| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 12,486,023 – 12,486,141 |
| Length | 118 |
| Max. P | 0.621086 |
| Location | 12,486,023 – 12,486,141 |
|---|---|
| Length | 118 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 95.87 |
| Shannon entropy | 0.09166 |
| G+C content | 0.28592 |
| Mean single sequence MFE | -19.37 |
| Consensus MFE | -18.53 |
| Energy contribution | -18.62 |
| Covariance contribution | 0.08 |
| Combinations/Pair | 1.00 |
| Mean z-score | -1.07 |
| Structure conservation index | 0.96 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.27 |
| SVM RNA-class probability | 0.621086 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 12486023 118 + 27905053 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACUCACACAAGC-- (((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))))))))).))).(((((..........)))))(((......)))....(((((((...........))))))).........-- ( -19.00, z-score = -0.94, R) >droSim1.chr3R 18531532 118 - 27517382 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACUCACACACAC-- (((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))))))))).))).(((((..........)))))(((......)))....(((((((...........))))))).........-- ( -19.00, z-score = -1.31, R) >droSec1.super_12 462037 118 - 2123299 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACUCACACACAC-- (((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))))))))).))).(((((..........)))))(((......)))....(((((((...........))))))).........-- ( -19.00, z-score = -1.31, R) >droYak2.chr3R 16927372 118 - 28832112 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACUCGCACACAC-- (((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))))))))).))).(((((..........)))))(((......)))....(((((((...........))))))).........-- ( -19.00, z-score = -0.87, R) >droEre2.scaffold_4770 8601035 118 - 17746568 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACUCACACACAC-- (((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))))))))).))).(((((..........)))))(((......)))....(((((((...........))))))).........-- ( -19.00, z-score = -1.31, R) >droAna3.scaffold_13340 16301382 118 - 23697760 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACUCGCACACAC-- (((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))))))))).))).(((((..........)))))(((......)))....(((((((...........))))))).........-- ( -19.00, z-score = -0.87, R) >droWil1.scaffold_181130 11519092 118 - 16660200 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACUCACACAAAC-- (((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))))))))).))).(((((..........)))))(((......)))....(((((((...........))))))).........-- ( -19.00, z-score = -1.31, R) >droVir3.scaffold_13047 13439745 118 - 19223366 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGGCACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACAUUUACCCGU-- (((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))))))))).))).((((........((((((.....((....))))))))((((((...........))))))...))))...-- ( -19.80, z-score = -0.66, R) >droMoj3.scaffold_6540 17959625 120 - 34148556 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACAUUGGCCCAUGU .............(((((((((.....)))))((((((((((((....))).....)))))))))(((((...(((((..((((((((....))).))))))))))...))))).)))). ( -22.40, z-score = -1.20, R) >droGri2.scaffold_14906 3025446 120 - 14172833 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACAUUUACUCGCAU (((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))))))))).))).(((((..........)))))(((......))).....((((((...........))))))............ ( -18.90, z-score = -0.68, R) >droPer1.super_0 11316459 118 + 11822988 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUUAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACUCUCACAUAA-- (((((((((((.((((((.(((.....))))))))))))))).)))))(((((..........)))))(((......)))....(((((((...........))))))).........-- ( -19.30, z-score = -1.22, R) >dp4.chr2 17469144 118 + 30794189 UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACUCUCACAUAC-- (((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))))))))).))).(((((..........)))))(((......)))....(((((((...........))))))).........-- ( -19.00, z-score = -1.18, R) >consensus UUAAGUUAAAUAUUAUGAGCAUUUAUUAUGUUAUAAAUUUGGCCUAAAGGUAUUAACAAAUUUAUGCCGACACGAAAGUCAUAAAGUGAAAACGCAUUUAUCUUUCACUCACACACAC__ (((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))))))))).))).(((((..........))))).....(((((..((((((((....))).)))))))))).............. (-18.53 = -18.62 + 0.08)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Wed Apr 20 00:20:17 2011