| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 12,208,776 – 12,208,880 |
| Length | 104 |
| Max. P | 0.918771 |
| Location | 12,208,776 – 12,208,880 |
|---|---|
| Length | 104 |
| Sequences | 11 |
| Columns | 111 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.55 |
| Shannon entropy | 0.45367 |
| G+C content | 0.43470 |
| Mean single sequence MFE | -34.95 |
| Consensus MFE | -9.72 |
| Energy contribution | -9.81 |
| Covariance contribution | 0.09 |
| Combinations/Pair | 1.00 |
| Mean z-score | -3.27 |
| Structure conservation index | 0.28 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 1.27 |
| SVM RNA-class probability | 0.918771 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 12208776 104 - 27905053 UUUGCUGAAUUAAAAGUGC-AUGUGUGCCUCGGUGU------GUAUUUGUUUGUUGCACUGUCCGAGGCGCCAACAUAUGCACUUGUCACAGUCAUGACAGUUUAAUUUAA .....((((((((((((((-(((((((((((((.((------(((.........)))))...)))))))....)))))))))))(((((......))))).))))))))). ( -42.20, z-score = -5.31, R) >droSim1.chr3R 18262187 107 + 27517382 UUUGCUGAAUUAAAAGUGC-AUGUGUGCC---GCCUCGGUGUGUAUUUGUUUGUUGCACUGUCCGAGGCGCCAACAUAUGCACUUGUCACAGUCAUGACAGUUUAAUUUAA .....((((((((((((((-((((((..(---(((((((.(((((.........)))))...))))))))...)))))))))))(((((......))))).))))))))). ( -46.80, z-score = -6.32, R) >droSec1.super_12 184659 107 + 2123299 UUUGCUGAAUUAAAAGUGC-AUGUGUGCC---GCCUCGGUGUGUAUUUGUUUGUUGCACUGUCCGAGGCGCCAACAUAUGCACUUGUCACAGUCAUGACAGUUUAAUUUAA .....((((((((((((((-((((((..(---(((((((.(((((.........)))))...))))))))...)))))))))))(((((......))))).))))))))). ( -46.80, z-score = -6.32, R) >droYak2.chr3R 14624199 109 + 28832112 UUUGCUGAAUUAAAAGUGC-AUGUGUGCCUCGGUGU-GUAUAGUAUUUGUUUGUUGCACUGUCCGAGGCGCCAACAUAUGCACUUGUCACAGUCAUGACAGUUUAAUUUAA .....((((((((((((((-(((((((((((((.((-((((((.......))).)))))...)))))))....)))))))))))(((((......))))).))))))))). ( -41.90, z-score = -4.86, R) >droEre2.scaffold_4770 11736569 104 - 17746568 UUUGCUGAAUUAAAAGUGC-AUGUGUGCCUCAGUGU------GUAUUUGCUUCUUGCACUGUCCGAGGCGCCAACAUAUGCACUUGUCACAGUCAUGACAGUUUAAUUUAA .....((((((((((((((-(((((((((((.(.((------(((.........)))))...).)))))....)))))))))))(((((......))))).))))))))). ( -36.10, z-score = -3.58, R) >droAna3.scaffold_13340 15560037 100 - 23697760 UUUGCUGAAUUAAAAGUGCAAUGUG--CCUCUGCAU---------UUGUUUUGUUGCAGUGUCCGAGGCGCCAACAUAUGCACUUGUCACAGUCAUGACAGUUUAAUUUAA .....((((((((((((((((((((--((((.((((---------(.((......)))))))..)))))....)))).))))))(((((......))))).))))))))). ( -29.80, z-score = -2.05, R) >droPer1.super_3 2197481 108 + 7375914 CUCGUUGAAAUAAAAGGCCGAUGUGU-UCUCGGCCCCA--CUCUCUCUCUCUCCUGCACUGUCCGAGGCGCCAACAUAUGCACUUGUCACAGUCAUGACAGUUUAAUUUAA ...((((((......((((((.....-..))))))...--........((.((.((.(((((.(((((((........))).))))..))))))).)).)))))))).... ( -24.10, z-score = -1.01, R) >dp4.chr2 8396561 110 + 30794189 UUUGUUGAAUUAAAAGUGC-AUGUGUCUCUCCGCCUCACUCUCUCUCUCUCUCCUGCACUGUCCGAGGCGCCAACAUAUGCACUUGUCACAGUCAUGACAGUUUAAUUUAA ....(((((((((((((((-((((((.....((((((...........................))))))...)))))))))))(((((......))))).)))))))))) ( -31.93, z-score = -4.71, R) >droMoj3.scaffold_6540 3845483 94 - 34148556 UUUGCUGAAUUAAAGCGCUUUUGUGGGCCGCCG-------------UUGCCGCU--UG-UGGCC-AGGCGCGAACAUAUGCACUUGUCACACUCAUGACAGUUUAAUUUAA .....(((((((((..((...((((..(((((.-------------..((((..--..-)))).-.)))).)..)))).))..((((((......))))))))))))))). ( -30.10, z-score = -1.33, R) >droGri2.scaffold_14906 8753257 98 - 14172833 UUUGCUGAAUUAAAGCACAUUUGUGGGCAGCAG------------UUUGCUGCAGUUGCUGGCC-AGGCGCGAACAUAUGCACUUGUCACAGUCAUGACAGUUUAAUUUAA .....(((((((((.(((....))).(((((..------------...))))).((((((((.(-(((.(((......))).)))).).))))...)))..))))))))). ( -26.50, z-score = 0.44, R) >droVir3.scaffold_13047 1914970 94 - 19223366 UUUGCUGAAUUAAAGCACUUUUGUGGGCCGCAG-------------UUGGUGCA--UG-UGGCC-AGGCGCGAACAUAUGCACUUGUCACACUCAUGACAGUUUAAUUUAA .....((((((((((((..((((((((((((((-------------(....)).--))-)))))-...))))))....)))..((((((......))))))))))))))). ( -28.20, z-score = -0.89, R) >consensus UUUGCUGAAUUAAAAGUGC_AUGUGUGCCUCAGCCU______GUAUUUGUUUCUUGCACUGUCCGAGGCGCCAACAUAUGCACUUGUCACAGUCAUGACAGUUUAAUUUAA .....(((((((((...................................................(((.((........)).)))((((......))))..))))))))). ( -9.72 = -9.81 + 0.09)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Wed Apr 20 00:19:46 2011