Sequence ID | dm3.chr3R |
---|---|
Location | 11,225,156 – 11,225,270 |
Length | 114 |
Max. P | 0.951999 |
Location | 11,225,156 – 11,225,270 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 12 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.75 |
Shannon entropy | 0.10835 |
G+C content | 0.57456 |
Mean single sequence MFE | -48.52 |
Consensus MFE | -43.21 |
Energy contribution | -43.07 |
Covariance contribution | -0.14 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.29 |
Structure conservation index | 0.89 |
Background model | dinucleotide |
Decision model | sequence based alignment quality |
SVM decision value | 1.58 |
SVM RNA-class probability | 0.951999 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 11225156 114 - 27905053 CGUUUGCUUGUUGCUGCGCUGGCUGCACACCACCUUGUGGUUGCAUUGGAUCCGUCUUGGGCGGUUGCUUCGACCCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAGGUAGCACCAGAGA ......(((..((((((.((((((((.(((((((....))).....(((.((..(.((((((((.....))).))))))..)))))..)))))))))).))))))))...))). ( -46.30, z-score = -1.45, R) >droGri2.scaffold_14906 4336848 114 - 14172833 CGUUUGCUUGUUGCUGCGUUGGCUGCACACCGCCAGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGCGGUUGCUUUGAACCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAAA .......(((.((((((.((((((((.((((....(((((((((.(..((.....))..)))((((......)))).....))))))))))))))))))).)))))).)))... ( -49.60, z-score = -2.76, R) >droMoj3.scaffold_6540 23559224 114 + 34148556 CGUUUGCUUGUUGCUGCGUUGGCUGCACACCGCCAGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGCGGUUGCUUCGAACCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAGA ......(((..((((((.((((((((.((((....(((((((((.(..((.....))..)))((((......)))).....))))))))))))))))))).))))))...))). ( -49.70, z-score = -2.69, R) >droVir3.scaffold_13047 5869128 114 + 19223366 CGUUUGCUUGUUGCUGCGUUGGCUGCACACCGCCAGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGUGGUUGCUUUGAACCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAGA ......(((..((((((.((((((((.((((.((((((....)).))))..........(((((((..((((...))))..))))))))))))))))))).))))))...))). ( -48.70, z-score = -2.67, R) >droWil1.scaffold_181089 2120528 114 - 12369635 CAUUUGUUUGUUGCUGCGUUGGCUGCACACCACCGGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGUGGUUGUUUCGAACCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAGA ......((((.((((((.((((((((.((((....(((((((...((((((((.....))))((.....))...))))...))))))))))))))))))).)))))).)))).. ( -50.30, z-score = -3.63, R) >droPer1.super_0 10641388 114 - 11822988 CAUUUGCUUGUUGCUGCGUUGGCUGCACACCGCCGGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGCGGUUGCUUCGACCCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAGA ......(((..((((((.((((((((.((((....(((((((.....(....)..(((((((((.....))).))))))..))))))))))))))))))).))))))...))). ( -51.70, z-score = -3.07, R) >dp4.chr2 20950797 114 + 30794189 CAUUUGCUUGUUGCUGCGUUGGCUGCACACCGCCAGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGCGGUUGCUUCGACCCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAGA ......(((..((((((.((((((((.((((....(((((((.....(....)..(((((((((.....))).))))))..))))))))))))))))))).))))))...))). ( -51.70, z-score = -3.37, R) >droAna3.scaffold_13340 12809765 114 - 23697760 CGUUCGCUUGUUGCUGCGCUGGCUGCACACCCCCGGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGCGGUUGCUUCGACCCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAGGUAGCACCAGAGA ...((..(((.((((((.((((((((.((((....(((((((.....(....)..(((((((((.....))).))))))..))))))))))))))))).)))))))).))).)) ( -50.20, z-score = -1.88, R) >droEre2.scaffold_4770 10751241 114 - 17746568 CGUUUGCUUGUUGCUGCGCUGGCUGCACACCACCUUGUGGUUGCAUUGGAUCCGUCUUGGGCGGUUGCUUCGACCCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAGGUAGCACCAGAGA ......(((..((((((.((((((((.(((((((....))).....(((.((..(.((((((((.....))).))))))..)))))..)))))))))).))))))))...))). ( -46.30, z-score = -1.45, R) >droYak2.chr3R 13625509 114 + 28832112 CGUUUGCUUGUUGCUGCGCUGGCUGCACACCACCUUGUGGUUGCAUUGGAUCCGUCUUGGGCGGUUGCUUCGACCCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAGGUAGCACCAGAGA ......(((..((((((.((((((((.(((((((....))).....(((.((..(.((((((((.....))).))))))..)))))..)))))))))).))))))))...))). ( -46.30, z-score = -1.45, R) >droSec1.super_0 10397750 114 + 21120651 CGUUUGCUUGUUGCUGCGCUGGCUGCACACCAACUUGUGGUUGCAUUGGAUCCGUCUUAGGCGGUUGCUUCGACCCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAGGUAGCACCAGAGA ......(((..((((((.((((((((.((((.....((((((...((((....(((..((((....)))).)))))))...)))))).)))))))))).))))))))...))). ( -45.20, z-score = -1.66, R) >droSim1.chr3R 17270846 114 + 27517382 CGUUUGCUUGUUGCUGCGCUGGCUGCACACCACCUUGUGGUUGCAUUGGAUCCGUCUUGGGCGGUUGCUUCGACCCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAGGUAGCACCAGAGA ......(((..((((((.((((((((.(((((((....))).....(((.((..(.((((((((.....))).))))))..)))))..)))))))))).))))))))...))). ( -46.30, z-score = -1.45, R) >consensus CGUUUGCUUGUUGCUGCGCUGGCUGCACACCACCUGGUGGUUGCAUUGGAUCCGUUUUGGGCGGUUGCUUCGACCCAAAUAGACCACCGGUGGCAGCCGAAGUAGCACCAGAGA .......(((.((((((..(((((((.((((.....((((((...((((..((((.....))))..........))))...)))))).)))))))))))..)))))).)))... (-43.21 = -43.07 + -0.14)
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