Locus 10085

Sequence ID	dm3.chr3R
Location	11,213,733 – 11,213,853
Length	120
Max. P	0.976545

overview

Window 5

Location	11,213,733 – 11,213,853
Length	120
Sequences	13
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.40
Shannon entropy	0.32007
G+C content	0.61923
Mean single sequence MFE	-53.50
Consensus MFE	-39.54
Energy contribution	-39.72
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.35
Structure conservation index	0.74
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	1.95
SVM RNA-class probability	0.976545
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 11213733 120 + 27905053
UGGGCCCCUCGGCGGUGCGCGCCUCGCACAUAACUUGUUCCUCGGCGGUCAUCUCGUGGCUGCCGGCCAACUCGAACCACCAGCACGUGGUGUGUGUAAACAAUGUGGAGGUGCGCACCG
...(((....)))((((((((((((.(((((.....(((..(((((((((((...)))))))))))..)))....(((((((.....))))).)).......))))))))))))))))). ( -60.80, z-score =  -3.67, R)
>droWil1.scaffold_181089 2106955 120 + 12369635
UGGGCCCCUCGGCGGUGCGCGCCUCGCACAUAACGUGUUCCUCAGCGGUCAUCUCGUGGCUGCCGGCCAAUUCCAACCACCAGCACGUGGUGUGUGUGAACAAUGUGGAGGUGCGCACCG
...(((....)))((((((((((((.(((((....((((((.((((((((((...))))))))............(((((......))))).)).).)))))))))))))))))))))). ( -57.00, z-score =  -2.39, R)
>droMoj3.scaffold_6540 23547425 120 - 34148556
UGGGCCCCUCGGCGGUGCGCGCCUCGCACAUAACGUGUUCCUCGGCGGUUAUCUCAUGGCUGCCAGCCAACUCCAACCACCAGCACGUGGUGUGUGUGAACAAUGUGGAGGUGCGCACCG
...(((....)))((((((((((((.(((((....(((((...(((((((((...))))))))).....((....(((((......)))))....)))))))))))))))))))))))). ( -58.30, z-score =  -3.03, R)
>droVir3.scaffold_13047 5857523 120 - 19223366
UGGGCCCCUCGGCGGUGCGCGCCUCGCACAUAACGUGUUCCUCGGCGGUUAUCUCGUGGCUGCCGGCCAACUCCAACCACCAGCACGUGGUGUGUGUGAACAAUGUGGAGGUGCGCACCG
...(((....)))((((((((((((.(((((....(((((.(((((((((((...)))))))))))...((....(((((......)))))....)))))))))))))))))))))))). ( -60.60, z-score =  -3.00, R)
>anoGam1.chr2R 44660503 120 + 62725911
UAGGACCAUCGGCUGUAAGGGCUACACACAUUACCUGCUCCAGUGCCGUCAUCUCCUGGCUACCGGCCAACUCCAACCAUCAGCACGUCGUCUGCGUGAACAACGUGGAGGUCAGAACGG
...((((...(((((...((((..............)).)).((((((........)))).)))))))...((((........(((((.....))))).......))))))))....... ( -32.80, z-score =   0.86, R)
>droPer1.super_0 10628458 120 + 11822988
UGGGCCCCUCGGCGGUGCGCGCCUCGCACAUAACGUGUUCCUCGGCGGUCAUCUCGUGGCAGCCGGCCAAUUCCAACCACCAACACGUGGUGUGUGUGAACAAUGUGGAGGUGCGCACCG
...(((....)))((((((((((((.(((((....(((((.(((((.(((((...))))).))))).......((..(((((.....)))))..)).)))))))))))))))))))))). ( -58.70, z-score =  -2.78, R)
>dp4.chr2 20937724 120 - 30794189
UGGGCCCCUCGGCGGUGCGCGCCUCGCACAUAACGUGUUCCUCGGCGGUCAUCUCGUGGCAGCCGGCCAAUUCCAACCACCAGCACGUGGUGUGUGUGAACAAUGUGGAGGUGCGCACCG
...(((....)))((((((((((((.(((((....(((((.(((((.(((((...))))).))))).......((..(((((.....)))))..)).)))))))))))))))))))))). ( -58.60, z-score =  -2.47, R)
>droGri2.scaffold_14906 4324261 120 + 14172833
UGGGCCCCUCGGCGGUGCGCGCCUCGCACAUAACGUGUUCCUCGGCGGUUAUCUCGUGGCUGCCGGCCAAUUCCAACCACCAGCAUGUGGUGUGUGUGAACAAUGUGGAGGUGCGCACCG
...(((....)))((((((((((((.(((((....(((((.(((((((((((...))))))))))).......((..(((((.....)))))..)).)))))))))))))))))))))). ( -60.40, z-score =  -3.27, R)
>droEre2.scaffold_4770 10739701 120 + 17746568
UGGGCCCCUCGGCGGUGCGCGCCUCGCACAUAACUUGUUCCUCGGCGGUCAUCUCGUGGCUGCCGGCCAACUCGAACCACCAGCACGUGGUGUGUGUAAACAAUGUGGAGGUGCGCACCG
...(((....)))((((((((((((.(((((.....(((..(((((((((((...)))))))))))..)))....(((((((.....))))).)).......))))))))))))))))). ( -60.80, z-score =  -3.67, R)
>droYak2.chr3R 13613887 120 - 28832112
UGGGCCCCUCGGCGGUGCGCGCCUCGCACAUAACUUGUUCCUCGGCGGUCAUCUCGUGGCUGCCGGCCAACUCGAACCACCAGCACGUGGUGUGUGUAAACAAUGUGGAGGUGCGCACCG
...(((....)))((((((((((((.(((((.....(((..(((((((((((...)))))))))))..)))....(((((((.....))))).)).......))))))))))))))))). ( -60.80, z-score =  -3.67, R)
>droAna3.scaffold_13340 12798186 120 + 23697760
UGGGCCCCUCGGCGGUGCGCGCCUCGCACAUAACGUGUUCCUCGGCGGUCAUCUCGUGGCUGCCGGCCAACUCCAACCACCAGCAUGUGGUGUGUGUGAACAAUGUGGAGGUGCGCACCG
...(((....)))((((((((((((.(((((....(((((.(((((((((((...)))))))))))...((....(((((......)))))....)))))))))))))))))))))))). ( -62.60, z-score =  -3.52, R)
>apiMel3.GroupUn 354805676 120 - 399230636
UGGGCCCAACCGCUGUCAAGGCAUCGAACGUAACCGCCACUAGUGCAGUCAUAUCUUGGAUGCCGAGCAAUAGCAAUCAUCAACACGUGGUUUGUGUGAAUAACGUGGAGGUUAGGACGG
....((.(((((((((...((((((.((.(((((.(((....).)).))..))).)).)))))).....))))).........(((((.((((....)))).)))))..)))).)).... ( -33.90, z-score =   0.34, R)
>triCas2.ChLG6 1306938 120 - 13544221
UGGGCCCCAGCGCAGUCCGAGCCUCUAACAUAACCUCAACAUCGGCUGUCAUCAGUUGGCUACCAGCCAACUCGAACCACCAACACGUCGUAUGUGUCAACAAUGUGGAAGUACGAACUG
...((....)).((((.((.((.((((.(((.......(((((((((((..(((((((((.....))))))).)).......))).)))).)))).......))))))).)).)).)))) ( -30.14, z-score =  -0.26, R)
>consensus
UGGGCCCCUCGGCGGUGCGCGCCUCGCACAUAACGUGUUCCUCGGCGGUCAUCUCGUGGCUGCCGGCCAACUCCAACCACCAGCACGUGGUGUGUGUGAACAAUGUGGAGGUGCGCACCG
...(((....)))((((((((((((.(((((.........................((((.....))))((....(((((......)))))....)).....))))))))))))))))). (-39.54 = -39.72 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	11,213,733 – 11,213,853
Length	120
Sequences	13
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.40
Shannon entropy	0.32007
G+C content	0.61923
Mean single sequence MFE	-50.93
Consensus MFE	-40.45
Energy contribution	-41.76
Covariance contribution	1.31
Combinations/Pair	1.34
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.79
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	1.13
SVM RNA-class probability	0.897247
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 11213733 120 - 27905053
CGGUGCGCACCUCCACAUUGUUUACACACACCACGUGCUGGUGGUUCGAGUUGGCCGGCAGCCACGAGAUGACCGCCGAGGAACAAGUUAUGUGCGAGGCGCGCACCGCCGAGGGGCCCA
.(((((((.((((((((((((((...(((.....)))((((((((((..((.(((.....)))))..))..)))))).)))))))....))))).)))).)))))))(((....)))... ( -53.30, z-score =  -1.93, R)
>droWil1.scaffold_181089 2106955 120 - 12369635
CGGUGCGCACCUCCACAUUGUUCACACACACCACGUGCUGGUGGUUGGAAUUGGCCGGCAGCCACGAGAUGACCGCUGAGGAACACGUUAUGUGCGAGGCGCGCACCGCCGAGGGGCCCA
.(((((((.((((((((((((((...(((.....)))((((((((((....((((.....)))).....)))))))).)))))))....))))).)))).)))))))(((....)))... ( -53.30, z-score =  -1.64, R)
>droMoj3.scaffold_6540 23547425 120 + 34148556
CGGUGCGCACCUCCACAUUGUUCACACACACCACGUGCUGGUGGUUGGAGUUGGCUGGCAGCCAUGAGAUAACCGCCGAGGAACACGUUAUGUGCGAGGCGCGCACCGCCGAGGGGCCCA
.(((((((.((((((((((((((...(((.....)))((((((((((....((((.....)))).....)))))))).)))))))....))))).)))).)))))))(((....)))... ( -57.90, z-score =  -2.88, R)
>droVir3.scaffold_13047 5857523 120 + 19223366
CGGUGCGCACCUCCACAUUGUUCACACACACCACGUGCUGGUGGUUGGAGUUGGCCGGCAGCCACGAGAUAACCGCCGAGGAACACGUUAUGUGCGAGGCGCGCACCGCCGAGGGGCCCA
.(((((((.((((((((((((((...(((.....)))((((((((((..((.(((.....)))))....)))))))).)))))))....))))).)))).)))))))(((....)))... ( -56.60, z-score =  -2.40, R)
>anoGam1.chr2R 44660503 120 - 62725911
CCGUUCUGACCUCCACGUUGUUCACGCAGACGACGUGCUGAUGGUUGGAGUUGGCCGGUAGCCAGGAGAUGACGGCACUGGAGCAGGUAAUGUGUGUAGCCCUUACAGCCGAUGGUCCUA
((.(((..((((((((((((((......)))))))))..)).)))..))).((((.....)))))).(((.(((((....(((..(((.((....)).))))))...)))).).)))... ( -38.10, z-score =   0.87, R)
>droPer1.super_0 10628458 120 - 11822988
CGGUGCGCACCUCCACAUUGUUCACACACACCACGUGUUGGUGGUUGGAAUUGGCCGGCUGCCACGAGAUGACCGCCGAGGAACACGUUAUGUGCGAGGCGCGCACCGCCGAGGGGCCCA
.(((((((.((((((((((((((...(((.....)))((((((((((....((((.....)))).....)))))))))).)))))....))))).)))).)))))))(((....)))... ( -56.90, z-score =  -2.50, R)
>dp4.chr2 20937724 120 + 30794189
CGGUGCGCACCUCCACAUUGUUCACACACACCACGUGCUGGUGGUUGGAAUUGGCCGGCUGCCACGAGAUGACCGCCGAGGAACACGUUAUGUGCGAGGCGCGCACCGCCGAGGGGCCCA
.(((((((.((((((((((((((...(((.....)))((((((((((....((((.....)))).....)))))))).)))))))....))))).)))).)))))))(((....)))... ( -55.40, z-score =  -2.00, R)
>droGri2.scaffold_14906 4324261 120 - 14172833
CGGUGCGCACCUCCACAUUGUUCACACACACCACAUGCUGGUGGUUGGAAUUGGCCGGCAGCCACGAGAUAACCGCCGAGGAACACGUUAUGUGCGAGGCGCGCACCGCCGAGGGGCCCA
.(((((((.((((((((((((((.....((.....))((((((((((....((((.....)))).....)))))))).)))))))....))))).)))).)))))))(((....)))... ( -52.90, z-score =  -2.20, R)
>droEre2.scaffold_4770 10739701 120 - 17746568
CGGUGCGCACCUCCACAUUGUUUACACACACCACGUGCUGGUGGUUCGAGUUGGCCGGCAGCCACGAGAUGACCGCCGAGGAACAAGUUAUGUGCGAGGCGCGCACCGCCGAGGGGCCCA
.(((((((.((((((((((((((...(((.....)))((((((((((..((.(((.....)))))..))..)))))).)))))))....))))).)))).)))))))(((....)))... ( -53.30, z-score =  -1.93, R)
>droYak2.chr3R 13613887 120 + 28832112
CGGUGCGCACCUCCACAUUGUUUACACACACCACGUGCUGGUGGUUCGAGUUGGCCGGCAGCCACGAGAUGACCGCCGAGGAACAAGUUAUGUGCGAGGCGCGCACCGCCGAGGGGCCCA
.(((((((.((((((((((((((...(((.....)))((((((((((..((.(((.....)))))..))..)))))).)))))))....))))).)))).)))))))(((....)))... ( -53.30, z-score =  -1.93, R)
>droAna3.scaffold_13340 12798186 120 - 23697760
CGGUGCGCACCUCCACAUUGUUCACACACACCACAUGCUGGUGGUUGGAGUUGGCCGGCAGCCACGAGAUGACCGCCGAGGAACACGUUAUGUGCGAGGCGCGCACCGCCGAGGGGCCCA
.(((((((.((((((((((((((.((..(((((.....)))))..))...(((((.((((.........)).))))))).)))))....))))).)))).)))))))(((....)))... ( -53.50, z-score =  -1.65, R)
>apiMel3.GroupUn 354805676 120 + 399230636
CCGUCCUAACCUCCACGUUAUUCACACAAACCACGUGUUGAUGAUUGCUAUUGCUCGGCAUCCAAGAUAUGACUGCACUAGUGGCGGUUACGUUCGAUGCCUUGACAGCGGUUGGGCCCA
..(.(((((((.....((((((.((((.......)))).)))))).(((....(..((((((...((..(((((((.(....))))))))..)).))))))..)..)))))))))))... ( -38.30, z-score =  -1.73, R)
>triCas2.ChLG6 1306938 120 + 13544221
CAGUUCGUACUUCCACAUUGUUGACACAUACGACGUGUUGGUGGUUCGAGUUGGCUGGUAGCCAACUGAUGACAGCCGAUGUUGAGGUUAUGUUAGAGGCUCGGACUGCGCUGGGGCCCA
(((((((..((((...((..(..((((.......))))..)..))((.(((((((.....)))))))))((((((((........)))..)))))))))..))))))).((....))... ( -39.30, z-score =  -0.08, R)
>consensus
CGGUGCGCACCUCCACAUUGUUCACACACACCACGUGCUGGUGGUUGGAGUUGGCCGGCAGCCACGAGAUGACCGCCGAGGAACACGUUAUGUGCGAGGCGCGCACCGCCGAGGGGCCCA
.(((((((.((((((((((((((.(((.......)))..(((((((.....((((.....))))......)))))))...)))))....))))).)))).)))))))(((....)))... (-40.45 = -41.76 +   1.31)

alignment

secondary structure

dotplot

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