Locus 10083

Sequence ID dm3.chr3R
Location 11,206,873 – 11,206,970
Length 97
Max. P 0.951034
window13862 window13863

overview

Window 2

Location 11,206,873 – 11,206,970
Length 97
Sequences 12
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.68
Shannon entropy 0.31810
G+C content 0.65413
Mean single sequence MFE -42.83
Consensus MFE -35.63
Energy contribution -35.52
Covariance contribution -0.10
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.83
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.57
SVM RNA-class probability 0.951034
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 11206873 97 + 27905053
---------UUCCAUUGCAGUCGUCCG------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCACCC
---------......((((.(((.(((------.(.((((((....)).)))).).)).).))))))).........((((((((((((....))))))))))))....... ( -43.20, z-score =  -2.13, R)
>droVir3.scaffold_13047 5851117 99 - 19223366
-------UAUUUAUUCGCAGUCGUCGC------AAGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCAGUGGCCGCCGGCGUAGCGC
-------........(((..(((((..------..)((((((....)).))))..))))...((((......)))).((((((((((((....))))))))))))...))). ( -44.60, z-score =  -2.73, R)
>droGri2.scaffold_14906 4317180 103 + 14172833
---UGUCGUUGCAGUCGUCAGUGCAGU------CGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCCGGCGUAGCGC
---...((((((........(((((.(------((.((((((....)).))))...))).....)))))........((((((((((((....)))))))))))))))))). ( -49.60, z-score =  -1.92, R)
>droMoj3.scaffold_6540 23540912 99 - 34148556
-------UAUCCAUUCGCAGACGUCAG------AAGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCCGGCGUAGCGC
-------........(((.(((.((.(------.(.((((((....)).)))).).))))))((((......)))).((((((((((((....))))))))))))...))). ( -44.60, z-score =  -2.52, R)
>droWil1.scaffold_181089 2101089 111 + 12369635
-UUUGUUUGAUUACUUGCAGUCGUUAGUUAGUGAGAGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCAUCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGCCAGUGCCC
-.........(((((.((........)).)))))..((((((....)).))))((((.....((((......)))).(.((((((((((....)))))))))).).)))).. ( -39.00, z-score =  -0.81, R)
>droPer1.super_0 10617918 97 + 11822988
---------UUGCAUUUCAGUCGUCAU------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCACCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCGCUC
---------.((((((..(.((((...------.(.((((((....)).)))).))))).).)))))).........((((((((((((....))))))))))))....... ( -41.40, z-score =  -1.64, R)
>dp4.chr2 20927389 97 - 30794189
---------UUGCAUUUCAGUCGUCAU------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCACCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCGCUC
---------.((((((..(.((((...------.(.((((((....)).)))).))))).).)))))).........((((((((((((....))))))))))))....... ( -41.40, z-score =  -1.64, R)
>droAna3.scaffold_13340 12791066 97 + 23697760
---------UCUUUUUCCAGUCGUCAU------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCGCCC
---------...........((((...------.(.((((((....)).)))).)))))...((((......)))).((((((((((((....))))))))))))....... ( -37.40, z-score =  -1.06, R)
>droEre2.scaffold_4770 10732813 97 + 17746568
---------UUCCAUUGCAGUCGUCCG------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCACCC
---------......((((.(((.(((------.(.((((((....)).)))).).)).).))))))).........((((((((((((....))))))))))))....... ( -43.20, z-score =  -2.13, R)
>droYak2.chr3R 13606851 106 - 28832112
UUCUAUUGCCUCCAUUGCAGUCGUCCG------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCACCC
...............((((.(((.(((------.(.((((((....)).)))).).)).).))))))).........((((((((((((....))))))))))))....... ( -43.20, z-score =  -1.43, R)
>droSec1.super_0 10379616 97 - 21120651
---------UUCCAUUGCAGUCGUCCG------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCACCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCACCC
---------......((((.(((.(((------.(.((((((....)).)))).).)).).))))))).........((((((((((((....))))))))))))....... ( -43.20, z-score =  -1.99, R)
>droSim1.chr3R 17251857 97 - 27517382
---------UUCCAUUGCAGUCGUCCG------AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCACCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCACCC
---------......((((.(((.(((------.(.((((((....)).)))).).)).).))))))).........((((((((((((....))))))))))))....... ( -43.20, z-score =  -1.99, R)
>consensus
_________UUCCAUUGCAGUCGUCAG______AGGGGCAGCCACAGCAUGCCGUACGAGUCGAUGCACCAUCAUCAGUCGGCGGCCGCUGCCGUGGCCGCUGGCACCGCCC
....................................((((((....)).)))).........((((......)))).((((((((((((....))))))))))))....... (-35.63 = -35.52 +  -0.10)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 3

Location 11,206,873 – 11,206,970
Length 97
Sequences 12
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.68
Shannon entropy 0.31810
G+C content 0.65413
Mean single sequence MFE -42.31
Consensus MFE -36.91
Energy contribution -36.99
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -0.80
Structure conservation index 0.87
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.05
SVM RNA-class probability 0.517719
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 11206873 97 - 27905053
GGGUGGUGCCAGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGAUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCCU------CGGACGACUGCAAUGGAA---------
.(((.((.((.((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).))))))))))))....------.)))).))).........--------- ( -42.30, z-score =  -0.37, R)
>droVir3.scaffold_13047 5851117 99 + 19223366
GCGCUACGCCGGCGGCCACUGCAGCGGCCGCCGACUGAUGAUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCUU------GCGACGACUGCGAAUAAAUA-------
.(((..(((.(((((((((.(((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).))).)))))))))...------)))......)))........------- ( -42.30, z-score =  -1.89, R)
>droGri2.scaffold_14906 4317180 103 - 14172833
GCGCUACGCCGGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGAUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCCG------ACUGCACUGACGACUGCAACGACA---
(((...))).(((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).))))))))))))).((------..((((........)))).))...--- ( -44.60, z-score =  -1.48, R)
>droMoj3.scaffold_6540 23540912 99 + 34148556
GCGCUACGCCGGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGAUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCUU------CUGACGUCUGCGAAUGGAUA-------
.(((.((((.(((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).)))))))))))))...------..).)))..)))........------- ( -44.80, z-score =  -1.53, R)
>droWil1.scaffold_181089 2101089 111 - 12369635
GGGCACUGGCAGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGAUGAUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCUCUCACUAACUAACGACUGCAAGUAAUCAAACAAA-
((..(((.(((((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).))))))))))))..........(....)..))).)))..)).......- ( -42.90, z-score =  -2.55, R)
>droPer1.super_0 10617918 97 - 11822988
GAGCGGUGCCAGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGGUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCCU------AUGACGACUGAAAUGCAA---------
..(((....).((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).))))))))))))....------..............))..--------- ( -39.10, z-score =  -0.12, R)
>dp4.chr2 20927389 97 + 30794189
GAGCGGUGCCAGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGGUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCCU------AUGACGACUGAAAUGCAA---------
..(((....).((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).))))))))))))....------..............))..--------- ( -39.10, z-score =  -0.12, R)
>droAna3.scaffold_13340 12791066 97 - 23697760
GGGCGGUGCCAGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGAUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCCU------AUGACGACUGGAAAAAGA---------
(((.(....).((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).))))))))))))))).------..................--------- ( -40.50, z-score =  -0.91, R)
>droEre2.scaffold_4770 10732813 97 - 17746568
GGGUGGUGCCAGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGAUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCCU------CGGACGACUGCAAUGGAA---------
.(((.((.((.((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).))))))))))))....------.)))).))).........--------- ( -42.30, z-score =  -0.37, R)
>droYak2.chr3R 13606851 106 + 28832112
GGGUGGUGCCAGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGAUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCCU------CGGACGACUGCAAUGGAGGCAAUAGAA
......((((.((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).)))))))))))).((.------(((....)))....)).))))...... ( -45.00, z-score =  -0.43, R)
>droSec1.super_0 10379616 97 + 21120651
GGGUGGUGCCAGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGGUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCCU------CGGACGACUGCAAUGGAA---------
.(((.((.((.((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).))))))))))))....------.)))).))).........--------- ( -42.40, z-score =   0.10, R)
>droSim1.chr3R 17251857 97 + 27517382
GGGUGGUGCCAGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGGUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCCU------CGGACGACUGCAAUGGAA---------
.(((.((.((.((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).))))))))))))....------.)))).))).........--------- ( -42.40, z-score =   0.10, R)
>consensus
GGGCGGUGCCAGCGGCCACGGCAGCGGCCGCCGACUGAUGAUGGUGCAUCGACUCGUACGGCAUGCUGUGGCUGCCCCU______CGGACGACUGCAAUGGAA_________
...........((((((((((((...((((.(((.(((((......)))))..)))..)))).))))))))))))..................................... (-36.91 = -36.99 +   0.08)

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