Locus 10069

Sequence ID dm3.chr3R
Location 11,025,033 – 11,025,192
Length 159
Max. P 0.990331
window13841 window13842

overview

Window 1

Location 11,025,033 – 11,025,192
Length 159
Sequences 15
Columns 176
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.81
Shannon entropy 0.42184
G+C content 0.47471
Mean single sequence MFE -54.23
Consensus MFE -21.19
Energy contribution -21.24
Covariance contribution 0.05
Combinations/Pair 1.56
Mean z-score -3.47
Structure conservation index 0.39
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 2.41
SVM RNA-class probability 0.990331
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 11025033 159 + 27905053
-----------------CUUUAUCGAUGCGUUUACCGCAUCGAUCUCUGUUAUCUUACUAACAGAGCUAGGGGAUAAGACUUUCUUUAUCGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGCCAUCCGCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCCAUCGCCGCCUUGGCGCUAAUGACGGUACUCUCAUG
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>droGri2.scaffold_14906 2829748 159 + 14172833
-----------------AUUUAUCGAUGCUUUUACAGCAUCGAUCUCUGUUAUAUUGUUAACAGAGCUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUUAUGGCGAUGCGCCACCCGCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCCAUUGCCGCCUUGGCCCUAAUGACGGUUCUCUCGUG
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>droMoj3.scaffold_6540 7031115 159 + 34148556
-----------------UUUUAUCGAUGCGUUUACCGCAUCGAUCUCUGUUAUAUUAUUAACAGAGCUAGGUGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCAAUGCGCCAUCCUCGUCUGAUUGUCUUCCUCGGUGCUAUAACCGCAUUGGCUCUCAUGACGGUUCUCUCAUG
-----------------....(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...((..(((((......)))))..))(((...(((((.....)))))....((((((..(((.....((((......))))....)))..))).))))))......... ( -50.20, z-score =  -4.47, R)
>droVir3.scaffold_12855 6655652 159 + 10161210
-----------------UUUUAUCGAUGCUUUUACAGCAUCGAUCUCUGUUAUAUUAUUAACAGAGUUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCAAUGCGCCACCCGCGUUUGAUAGUCUUUGGCGGUGCCAUUGCCGCCUUGGCCCUUAUGACGGUUCUCUCAUG
-----------------....(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...(((((((((......)))))))))((((...((((((((((((.((.((........))....)).)))).))))))))...))))...(((((........))))) ( -56.20, z-score =  -4.91, R)
>droWil1.scaffold_181130 9422077 159 - 16660200
-----------------UUUUAUCGAUGCUUUUACAGCAUCGAUCUCUGUUAUCUUAUUAACGGAGCUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGUCAUCCCCGUUUAAUUGUCUUUGGCGGUGCAAUUGCCGCUCUAGCCCUAAUGACGGUACUCUCAUG
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>droPer1.super_3 3761453 159 + 7375914
-----------------UUUUAUCGAUGCGUUCACAGCAUCGAUAUCUGUUAUACUUUUAACAGAACUAGGCGAUAAGACAUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGCCAUCCCCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCUAUUGCCGCCUUGGCCCUUAUGACGGUACUCUCAUG
-----------------...(((((((((.......)))))))))(((((((......)))))))(((.(((((((((......)))))))))..(((((.(((((.((((((....((......))....))))(((......)))))..))))).)))))..)))......... ( -53.70, z-score =  -4.56, R)
>dp4.chr2 21010277 159 + 30794189
-----------------UUUUAUCGAUGCGUUCACAGCAUCGAUAUCUGUUAUACUUUUAACAGAACUAGGCGAUAAGACAUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGCCAUCCCCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCUAUUGCCGCCUUGGCCCUUAUGACGGUACUCUCAUG
-----------------...(((((((((.......)))))))))(((((((......)))))))(((.(((((((((......)))))))))..(((((.(((((.((((((....((......))....))))(((......)))))..))))).)))))..)))......... ( -53.70, z-score =  -4.56, R)
>droAna3.scaffold_13340 6114753 159 + 23697760
-----------------CUUUAUCGAUGCGUUCACCGCAUCGAUCUCUGUUAUCCUUUUAACAGAGCUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUAGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGCCAUCCGCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGAGCCAUUACCGCCUUGGCCCUAAUGACGGUACUCUCAUG
-----------------....(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...(((.(((((......))))).((.(((.....)))...)))))..(((((((.....(((...(((((........)))))..)))...)))).))).......... ( -51.00, z-score =  -3.23, R)
>droEre2.scaffold_4770 10546600 159 + 17746568
-----------------CUUUAUCGAUGCGUUCACCGCAUCGAUCUCUGUUAUCUUACUAACAGAGCUAGGGGAUAAGACUUUCUUCAUUGCCGCCAUCAUGGCCAUGCGCCAUCCGCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCCAUCGCCGCCUUGGCGCUAAUGACGGUACUCUCAUG
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>droYak2.chr3R 13422649 159 - 28832112
-----------------CUUUAUCGAUGCGUUUACCGCAUCGAUCUCUGUUAUCUUACUAACAGAGCUAGGGGAUAAGACUUUCUUCAUUGCUGCCAUCAUGGCCAUGCGCCAUCCGCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCCAUCGCCGCCUUGGCGCUAAUGACGGUACUCUCAUG
-----------------....(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))...(((((........))))).....((((.(((((((((.((((.....)))).))...(((...(((((((....)))))))..)))))).)))).))))........ ( -56.90, z-score =  -3.69, R)
>droSec1.super_0 10193910 159 - 21120651
-----------------CUUUAUCGAUGCGUUUACCGCAUCGAUCUCUGUUAUCUUACUAACAGAGCUAGGGGAUAAGACUUUCUUCAUCGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGCCAUCCGCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCCAUCGCCGCCUUGGCGCUAAUGACGGUACUCUCAUG
-----------------....(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))..((((((((((.....))).)))((((.(((..((((((.((((.....)))).))...(((...(((((((....)))))))..)))))))))).)))).)))).... ( -55.80, z-score =  -3.39, R)
>droSim1.chr3R 17076404 159 - 27517382
-----------------CUUUAUCGAUGCGUUUACCGCAUCGAUCUCUGUUAUCUUACUAACAGAGCUAGGGGAUAAGACUUUCUUCAUCGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGCCAUCCGCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCCAUCGCCGCCUUGGCGCUAAUGACGGUACUCUCAUG
-----------------....(((((((((.....)))))))))((((((((......))))))))..((((((((((.....))).)))((((.(((..((((((.((((.....)))).))...(((...(((((((....)))))))..)))))))))).)))).)))).... ( -55.80, z-score =  -3.39, R)
>apiMel3.GroupUn 169499101 159 - 399230636
-----------------UUUUCUACAUGCAUUUGUAGCAUCUUUAUCUGUCAUCGUUGUUUCUGAGUUGGGAGACAAAACUUUCUUUAUUGCUGCUAUUAUGGCAAUGAAACAUCCAAGAUUGACAGUUUUUAUAGGAGCAAUUAGUGCUUUAGCUUUAAUGACUCUUCUUUCAGG
-----------------....(((((......))))).........((((((((.((((((((......)))))))).......(((((((((........)))))))))........)).)))))).......(((((..(((((.((....)).)))))..)))))........ ( -36.30, z-score =  -0.86, R)
>anoGam1.chr3L 34950232 176 + 41284009
CUCUCGUCCGAUAUCGGGUUCGUGCACGCGUUCGCCGCCUCCUUCAUGGUGAUUAUCGUGUCCGAGCUGGGCGACAAAACGUUCUUCAUUGCGGCGAUCAUGGCGAUGCGGCACCCGCGGCUGACCGUGUUCGCCGGCGCCAUUGCCGCGCUCGCCCUCAUGACCGUGCUGUCGGU
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>triCas2.ChLG4 11348813 159 + 13894384
-----------------CUUCAUUCACGCAUUCGUUGCCUCUUUUUCUGUUAUUCUCGUGUCAGAGAUCGGAGAUAAAACAUUUUUUAUAGCUGCUAUCAUGGCAAUGAGGCAUCCUAGAACGACUGUUUUCGCAGGGGCUAUUUCAGCGCUUGCCUUAAUGACAGUCUUGUCAGG
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>consensus
_________________CUUUAUCGAUGCGUUUACCGCAUCGAUCUCUGUUAUCUUAUUAACAGAGCUAGGCGAUAAGACUUUCUUUAUUGCUGCCAUAAUGGCCAUGCGCCAUCCGCGUUUGAUUGUCUUUGGCGGUGCCAUUGCCGCCUUGGCCCUAAUGACGGUACUCUCAUG
..................((((((.(((((.....))))).....((((.((......)).)))).......))))))...........(((.(((.....)))...))).............((((((...(((((.....)))))((....))......))))))......... (-21.19 = -21.24 +   0.05)

alignment

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Window 2

Location 11,025,033 – 11,025,192
Length 159
Sequences 15
Columns 176
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.81
Shannon entropy 0.42184
G+C content 0.47471
Mean single sequence MFE -52.41
Consensus MFE -17.59
Energy contribution -17.43
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.52
Mean z-score -3.04
Structure conservation index 0.34
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.22
SVM RNA-class probability 0.910997
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 11025033 159 - 27905053
CAUGAGAGUACCGUCAUUAGCGCCAAGGCGGCGAUGGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGCGGAUGGCGCAUGGCCAUUAUGGCAGCGAUAAAGAAAGUCUUAUCCCCUAGCUCUGUUAGUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCGGUAAACGCAUCGAUAAAG-----------------
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>droGri2.scaffold_14906 2829748 159 - 14172833
CACGAGAGAACCGUCAUUAGGGCCAAGGCGGCAAUGGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGCGGGUGGCGCAUCGCCAUAAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAGCUCUGUUAACAAUAUAACAGAGAUCGAUGCUGUAAAAGCAUCGAUAAAU-----------------
..(....)...........((((...(((((........))))).(((((..((....(((.....)))...(((.....))).........))..)))))...))))..((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))....----------------- ( -52.80, z-score =  -3.76, R)
>droMoj3.scaffold_6540 7031115 159 - 34148556
CAUGAGAGAACCGUCAUGAGAGCCAAUGCGGUUAUAGCACCGAGGAAGACAAUCAGACGAGGAUGGCGCAUUGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCACCUAGCUCUGUUAAUAAUAUAACAGAGAUCGAUGCGGUAAACGCAUCGAUAAAA-----------------
..((....(((((.(((........))))))))....))..((..(((((.(((.......)))...((..((((.....))))))..........))))).))......((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))....----------------- ( -47.00, z-score =  -3.41, R)
>droVir3.scaffold_12855 6655652 159 - 10161210
CAUGAGAGAACCGUCAUAAGGGCCAAGGCGGCAAUGGCACCGCCAAAGACUAUCAAACGCGGGUGGCGCAUUGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAACUCUGUUAAUAAUAUAACAGAGAUCGAUGCUGUAAAAGCAUCGAUAAAA-----------------
.((((........))))..((((...(((((........))))).((((((.((....(((.....))).(((((.....))))).......)).))))))...))))..((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))....----------------- ( -57.00, z-score =  -5.08, R)
>droWil1.scaffold_181130 9422077 159 + 16660200
CAUGAGAGUACCGUCAUUAGGGCUAGAGCGGCAAUUGCACCGCCAAAGACAAUUAAACGGGGAUGACGCAUGGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAGCUCCGUUAAUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCUGUAAAAGCAUCGAUAAAA-----------------
.............((....(((((((.(((((.........))).(((((.........(......)((...(((.....))).))..........)))))...))))))).))((((......)))).)).(((((((((.....)))))))))....----------------- ( -43.40, z-score =  -1.78, R)
>droPer1.super_3 3761453 159 - 7375914
CAUGAGAGUACCGUCAUAAGGGCCAAGGCGGCAAUAGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGGGGAUGGCGCAUGGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAUGUCUUAUCGCCUAGUUCUGUUAAAAGUAUAACAGAUAUCGAUGCUGUGAACGCAUCGAUAAAA-----------------
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>dp4.chr2 21010277 159 - 30794189
CAUGAGAGUACCGUCAUAAGGGCCAAGGCGGCAAUAGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGGGGAUGGCGCAUGGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAUGUCUUAUCGCCUAGUUCUGUUAAAAGUAUAACAGAUAUCGAUGCUGUGAACGCAUCGAUAAAA-----------------
.((((........))))..((((...(((((........))))).((((((.((.......((((((.....)))))).((....)).....)).))))))...))))...(((((((......)))))))(((((((((.(....))))))))))...----------------- ( -50.20, z-score =  -2.89, R)
>droAna3.scaffold_13340 6114753 159 - 23697760
CAUGAGAGUACCGUCAUUAGGGCCAAGGCGGUAAUGGCUCCGCCAAAGACAAUCAAACGCGGAUGGCGCAUGGCCAUUAUGGCAGCUAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAGCUCUGUUAAAAGGAUAACAGAGAUCGAUGCGGUGAACGCAUCGAUAAAG-----------------
.((((((.(...(((((...(((((.(((((........)))))..............(((.....))).)))))...)))))..((....))..).)))))).......((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))....----------------- ( -56.60, z-score =  -3.66, R)
>droEre2.scaffold_4770 10546600 159 - 17746568
CAUGAGAGUACCGUCAUUAGCGCCAAGGCGGCGAUGGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGCGGAUGGCGCAUGGCCAUGAUGGCGGCAAUGAAGAAAGUCUUAUCCCCUAGCUCUGUUAGUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCGGUGAACGCAUCGAUAAAG-----------------
.((((((.(....(((((..(((((.(((((.(....).)))))..................(((((.....)))))..)))))..)))))....).)))))).......((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))....----------------- ( -59.20, z-score =  -3.71, R)
>droYak2.chr3R 13422649 159 + 28832112
CAUGAGAGUACCGUCAUUAGCGCCAAGGCGGCGAUGGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGCGGAUGGCGCAUGGCCAUGAUGGCAGCAAUGAAGAAAGUCUUAUCCCCUAGCUCUGUUAGUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCGGUAAACGCAUCGAUAAAG-----------------
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>droSec1.super_0 10193910 159 + 21120651
CAUGAGAGUACCGUCAUUAGCGCCAAGGCGGCGAUGGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGCGGAUGGCGCAUGGCCAUUAUGGCAGCGAUGAAGAAAGUCUUAUCCCCUAGCUCUGUUAGUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCGGUAAACGCAUCGAUAAAG-----------------
.((((((.(....(((((.((((((.(((((.(....).))))).................((((((.....)))))).)))).)))))))....).)))))).......((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))....----------------- ( -59.90, z-score =  -4.50, R)
>droSim1.chr3R 17076404 159 + 27517382
CAUGAGAGUACCGUCAUUAGCGCCAAGGCGGCGAUGGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGCGGAUGGCGCAUGGCCAUUAUGGCAGCGAUGAAGAAAGUCUUAUCCCCUAGCUCUGUUAGUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCGGUAAACGCAUCGAUAAAG-----------------
.((((((.(....(((((.((((((.(((((.(....).))))).................((((((.....)))))).)))).)))))))....).)))))).......((((((((......))))))))(((((((((.....)))))))))....----------------- ( -59.90, z-score =  -4.50, R)
>apiMel3.GroupUn 169499101 159 + 399230636
CCUGAAAGAAGAGUCAUUAAAGCUAAAGCACUAAUUGCUCCUAUAAAAACUGUCAAUCUUGGAUGUUUCAUUGCCAUAAUAGCAGCAAUAAAGAAAGUUUUGUCUCCCAACUCAGAAACAACGAUGACAGAUAAAGAUGCUACAAAUGCAUGUAGAAAA-----------------
..........((((.((((..((....))..)))).))))((((.....((((((...(((..(((((((((((..........))))).......(..(((.....)))..).)))))).)))))))))......((((.......))))))))....----------------- ( -29.50, z-score =  -0.67, R)
>anoGam1.chr3L 34950232 176 - 41284009
ACCGACAGCACGGUCAUGAGGGCGAGCGCGGCAAUGGCGCCGGCGAACACGGUCAGCCGCGGGUGCCGCAUCGCCAUGAUCGCCGCAAUGAAGAACGUUUUGUCGCCCAGCUCGGACACGAUAAUCACCAUGAAGGAGGCGGCGAACGCGUGCACGAACCCGAUAUCGGACGAGAG
.((((..((((..(((((.((((((..(((((.((((((.(((((..(.(((....))).)..)))))...))))))....)))))((((.....))))...))))))...(((....))).......))))).....(((.....))))))).((....))...))))....... ( -70.60, z-score =  -0.41, R)
>triCas2.ChLG4 11348813 159 - 13894384
CCUGACAAGACUGUCAUUAAGGCAAGCGCUGAAAUAGCCCCUGCGAAAACAGUCGUUCUAGGAUGCCUCAUUGCCAUGAUAGCAGCUAUAAAAAAUGUUUUAUCUCCGAUCUCUGACACGAGAAUAACAGAAAAAGAGGCAACGAAUGCGUGAAUGAAG-----------------
((((....((((((..((...(((.(.((((...)))).).)))))..))))))....))))((((.((.(((((..(((((.(((..........)))))))).....((((......))))..............))))).))..))))........----------------- ( -34.40, z-score =  -0.15, R)
>consensus
CAUGAGAGUACCGUCAUUAGGGCCAAGGCGGCAAUGGCACCGCCAAAGACAAUCAAACGCGGAUGGCGCAUGGCCAUUAUGGCAGCAAUAAAGAAAGUCUUAUCGCCUAGCUCUGUUAAUAAGAUAACAGAGAUCGAUGCGGUAAACGCAUCGAUAAAG_________________
..(((((..............((((..(.(((.((.((...((((..................)))))))).))).)..))))..............))))).........((((............))))...(.(((((.....))))).)....................... (-17.59 = -17.43 +  -0.16)

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