| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 10,614,153 – 10,614,291 |
| Length | 138 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 10,614,153 – 10,614,291 |
|---|---|
| Length | 138 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 150 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 75.85 |
| Shannon entropy | 0.54855 |
| G+C content | 0.59020 |
| Mean single sequence MFE | -54.19 |
| Consensus MFE | -25.08 |
| Energy contribution | -25.22 |
| Covariance contribution | 0.14 |
| Combinations/Pair | 1.64 |
| Mean z-score | -1.21 |
| Structure conservation index | 0.46 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.01 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 10614153 138 - 27905053 GGCACCCACCGAAGACGUGGGAGUCGAGGGCGUUGCGGACAU---GGAGGCCAUCUUGUGCUUGAGGUCGGGAAAAGUUUCUAUGACCAGGUCCCGGAACUCCAGCAGAGCGCCAACCUCGUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA--------- (((.(((((.......))))).)))((((((((((((((..(---((.((((.((........))(((((((((....)))).))))).)))))))....))).)))..))))...)))).((((((((...)))))))).--------- ( -56.40, z-score = -0.77, R) >droSim1.chr3R 16670859 138 + 27517382 GGCACCCACCGAAGACGUCGGAGUCGAGGGCGUUGCGGACAU---GGAGGCCAUCUUGUGCUUGAGGUCGGGAAAAGUUUCUAUGACCAGGUCCCGGAACUCCAGCAGAGCGCCAACCUCGUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA--------- (((.....((...(((......)))..))((.(((((((..(---((.((((.((........))(((((((((....)))).))))).)))))))....))).)))).))))).......((((((((...)))))))).--------- ( -50.90, z-score = 0.49, R) >droSec1.super_0 9800115 138 + 21120651 GGCACCCACCGAAGACGUCGGAGUCGAGGGAGUUGCGGACAU---GGAGGCCAUCUUGUGCUUGAGGUCGGGAAAAGUUUCUAUGACCAGGUCCCGAAACUCCAGCAGAGCGCCAACCUCGUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA--------- .((.....((((.....))))....(.(((((((((((.(((---((.(((...(((.((((.(((.((((((...(((.....)))....))))))..))).))))))).)))....)))))))))))))))).).))..--------- ( -54.60, z-score = -1.03, R) >droYak2.chr3R 13016907 138 + 28832112 GGCACCCACCGAAGAUGUGGGCGUCGAGGGCGUGGCAGACAU---AGAGGCCAUCUUGUGCUUGAGGUCGGGAAAUGUUUCUAUGACCAGGUCCCUGAACUCGAGCAGGGCGCCAACCUCGUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA--------- (((.(((((.......))))).)))((((...((((...(..---...)(((......((((((((.((((((..((((.....)).))..)))).)).)))))))).))))))).)))).((((((((...)))))))).--------- ( -60.30, z-score = -1.67, R) >droEre2.scaffold_4770 10148426 138 - 17746568 GGCUCCCACCGAAGAUGUGGGCGUCGAAGGCGUGGCGGACAU---GGAGGCCAUCUUGUGCUUGAGGUCGGGAAACGUUUCUAUGACCAGGUCCCUAAACUCCAGCAGUGCGCCAACCUCGUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA--------- (((.(((((.......))))).)))((.((..(((((.((.(---(((((((.((........))))).((((...(((.....)))....))))....)))))...)).))))).)))).((((((((...)))))))).--------- ( -55.50, z-score = -0.73, R) >droAna3.scaffold_13340 13614633 138 + 23697760 GGCCCCUACCGAAGAGGUGGGUGUCGAUGGUGUGGCGGACAU---GGAGGCCAUCUUGUGCUUGAGAUCGGGAAAAGUUUCGAUGACCAGAUCCCGGAACUCCAGCAGGGCACCGACCUCGUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA--------- ((......))...(((((.(((((((((((((((.....)))---....))))))...((((.(((.((((((...(((.....)))....))))))..))).)))).)))))).))))).((((((((...)))))))).--------- ( -58.80, z-score = -1.52, R) >dp4.chr2 7687815 138 - 30794189 GGCGCCCACUGAGGAGGUGGGUGUCGAGGGCCUGACCGACAU---GGAGGCCAUUUUAUGCUUGAGAUCGGGAAACGUUUCGAUCACCAGAUCCCGGAACUCCAGCAGGGCACCGACCUCGUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA--------- .............(((((.((((((...(((((..((.....---)))))))......((((.(((.(((((((....)))((((....))))))))..))).)))).)))))).))))).((((((((...)))))))).--------- ( -57.30, z-score = -1.22, R) >droPer1.super_0 1510607 138 - 11822988 GGCGCCCACUGAGGAGGUGGGUGUCGAGGGCCUGACCGACAU---GGAGGCCAUUUUAUGCUUGAGAUCGGGAAACGUUUCGAUCACCAGAUCCCGGAACUCCAGCAGGGCACCGACCUCGUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA--------- .............(((((.((((((...(((((..((.....---)))))))......((((.(((.(((((((....)))((((....))))))))..))).)))).)))))).))))).((((((((...)))))))).--------- ( -57.30, z-score = -1.22, R) >droWil1.scaffold_181089 9749405 138 + 12369635 GACACCCACCGAGGAUGUGGGUGUCGUUGGUGUGCCAGACAU---AGAUGCCAUUUUAUGCUUGAGAUCGGGAAAUGUUUCAAUGACCAGAUCCCGGAACUCCAGCAGGGCACCAACCUCAUGCUGUAGCUCCUGCAGCGA--------- (((((((((.......)))))))))((((((((.((....((---(((......)))))(((.(((.((((((..((((.....)).))..))))))..))).))).))))))))))....((((((((...)))))))).--------- ( -56.90, z-score = -3.51, R) >droMoj3.scaffold_6540 4076094 135 + 34148556 CGCAGUCACAGAGU---UCGGUGUCGACGGCGUGGCGGACAU---UGAGGCCAUUUUAUGCUUGAGAUCGGGAAACGUUUCAAUGACCAGAUCUCUGAACUCCAACAGAGCGCCCACCUCGUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA--------- .((((.....((((---((((((.(((.((.(.(((((.(((---((((((.((((((....))))))..(....)))))))))).))....(((((........))))).)))).)))))))))).))))))))).....--------- ( -46.70, z-score = -0.46, R) >droGri2.scaffold_14624 1775900 135 - 4233967 UGCACCCACCGAAC---UGGACGUUGUGGGUGUCACGGAUAU---GGAGGCCAUUUUAUGCUUGAGAUCGGGAAACGUUUCGAUGACCAGAUCUCGGAAUUCCAACAGAGCGCCAACCUCAUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA--------- .((((((((..(((---.....))))))))))).........---.((((........(((((((((((.(....)(((.....)))..))))))((....))....)))))....)))).((((((((...)))))))).--------- ( -45.30, z-score = -1.01, R) >droVir3.scaffold_13047 11697228 135 - 19223366 GGCGCCCACGGAGC---UGGGCGUAGAUGGUGUGGCGGACAU---GGAGGCCAUUUUAUGUUUGAGAUCGGGAAACGUUUCGAUGACCAGAUCUCGGAAUUCCAACAGAGCGCCCACCUCAUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA--------- .(((((((......---))))))).((.((((.(((((((((---((((....))))))))).((((((.(....)(((.....)))..))))))((....)).......)))))))))).((((((((...)))))))).--------- ( -57.10, z-score = -2.55, R) >anoGam1.chrX 2310779 137 - 22145176 ----GAGGUCGAUGGUAGACCGGUAAGGGUACUGUUCGCCGCUGAGGAAGCCAUCUUCGAUUUAAGAUCGGGAAAGGUUUCAAUAACCAGAUCACGGAACUCCAGUAGAGCGGCGACUUCAUUCUGCAAAUCCUGCAACAA--------- ----(((((((((((((..((.....)).))))))).((((((...((((((.(..((((((...))))))..).))))))..............((....)).....))))))))))))....((((.....))))....--------- ( -44.20, z-score = -1.63, R) >apiMel3.Group4 6016557 143 + 10796202 GGCGCACGAGGACGACGUCAUCACGGACGCCCCCGCGGACGCCGUGGCGGCCAUCUUGUGGCGGAGAUUCGGGAACGUCUCGAUGACGAGGUCCCGAAACUCGAGAAGGGCGCCGACCUCAUUCUGCAACUCCUGCAGGGCGA------- ..(((..((((..((.....)).(((.(((((((((((...))))))..(((((...))))).(((.(((((((.((((.....))))...))))))).))).....)))))))).))))..((((((.....))))))))).------- ( -66.30, z-score = -1.56, R) >triCas2.ChLG2 6502407 132 + 12900155 ------------CGACGAAGUCAUGG------UGGCAGGCGUCGACGAGGCGAGUUUGGUCCGCAGAUUUGGAAAUGUCUCGAUGACGAGAUCGCGAAACUGCAGAAGAGCGCCCACUUCAUGCUGGAGCUCUUGGAGGGCCACGAGGGA ------------(((((..(((....------.)))...)))))............((((((((((.(((.(....((((((....))))))..).)))))))..((((((..((((.....).))).))))))...))))))....... ( -45.20, z-score = 0.25, R) >consensus GGCACCCACCGAAGACGUGGGCGUCGAGGGCGUGGCGGACAU___GGAGGCCAUCUUGUGCUUGAGAUCGGGAAACGUUUCGAUGACCAGAUCCCGGAACUCCAGCAGAGCGCCAACCUCGUGCUGCAGCUCCUGCAGCGA_________ ..............................................((((........((((.(((.((((((...(((.....)))....))))))..))).)))).........)))).((((((((...)))))))).......... (-25.08 = -25.22 + 0.14)
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