Overview on processed synteny regions for HOXD9_ENSG00000128709_5e5.protein.info

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64region64, score=163116314.44-0.652Danio_rerio16 21188212 21189729 2 56.1% 57% 1 203.6 between_species_paralog: hoxa9b
65region65, score=3043041.43-0.661.07Gallus_gallusUn_random 20047888 20048409 1 53.2% 41.8% -1 108 ortholog_one2many: HXD9_CHICK
66region66, score=192419245.41-0.681.83Gallus_gallus27 3567989 3568210 1 21.6% 89.2% 1 144 between_species_paralog: HOXB9
67region67, score=312631268.41-0.683.06Danio_rerio23 35676857 35678677 2 79.2% 52% 1 264 between_species_paralog: hoxc9a
68region68, score=263526357.39-0.72.44Danio_rerio3 23019703 23019927 1 21.9% 86.7% -1 144 between_species_paralog: hoxb9a
69region69, score=115811583.42-0.710.77Bos_taurus4
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71region71, score=317731778.37-0.722.89Homo_sapiens7 27169762 27171601 2 85.1% 47.9% -1 237.5 within_species_paralog: HOXA9
72region72, score=4024021.39-0.730.59Gallus_gallusUn_random
73region73, score=4064061.38-0.750.97Gasterosteus_aculeatuscontig_9877 17464 17697 1 22.8% 85.9% -1 146 noComparaHits:
74region74, score=247424746.33-0.762.68Mus_musculus15 102809687 102812161 2 67.8% 59.2% 1 266 between_species_paralog: Hoxc9
75region75, score=315231528.31-0.792.85Gasterosteus_aculeatusgroupX 9901362 9902621 2 54.4% 58.5% -1 214.1 between_species_paralog: ENSGACG00000007123
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80region80, score=5365362.29-0.860.46Gasterosteus_aculeatuscontig_6417
81region81, score=5365362.29-0.860.46Gasterosteus_aculeatusgroupV
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88region88, score=9379373.14-1.040.74Danio_rerio12
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93region93, score=130513054.04-1.121.83Tetraodon_nigroviridis8 6620992 6621216 1 21.9% 81.3% 1 135 between_species_paralog: HOXAb9
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95region95, score=251725177-1.152.19Danio_rerio19 13917746 13917979 1 22.8% 82.1% 1 139 between_species_paralog: hoxa9a
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GSTENG00017478001
97region97, score=197619765.98-1.181.88Tetraodon_nigroviridisUn_random 38140064 38140297 1 22.8% 84.6% -1 143 noComparaHits: GSTENG00020456001
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101region101, score=189918995.91-1.261.86Oryzias_latipes8 24318538 24318762 1 21.9% 86.7% 1 142 between_species_paralog: Q3V615_ORYLA
102region102, score=278727877.89-1.322.74Macaca_mulatta3 99059984 99061835 2 85.1% 48.5% 1 240.6 between_species_paralog: HOXA9
103region103, score=7447442.91-1.330.67Takifugu_rubripesscaffold_130
104region104, score=7557552.9-1.340.66Oryzias_latipes19
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106region106, score=7247242.9-1.350.66Tetraodon_nigroviridis2

Data table for reference protein loci

QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
QueryGenome=Homo_sapiens
ref-loci geneNameprotIDtransIDgeneIDprotNamechrstartPosendPosmeanPosorinumExonsprotLengthselfscore
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p5 HOXD11 ENSP00000249504 ENST00000249504 ENSG00000128713 NP_067015.2 2 176680330 176682116 176680834 1 2 338 556
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p11 HOXD3 ENSP00000249440 ENST00000249440 ENSG00000128652 HXD3_HUMAN 2 176742089 176745248 176744595 1 2 432 917
p12 HOXD1 ENSP00000328598 ENST00000331462 ENSG00000128645 HXD1_HUMAN 2 176761776 176763116 176762265 1 2 328 631
p13 - ENSP00000346209 ENST00000331781 ENSG00000182553 - 2 176773882 176774226 176774050 -1 1 114 227
p14 MTX2 ENSP00000249442 ENST00000249442 ENSG00000128654 MTX2_HUMAN 2 176842604 176910638 176901860 1 10 263 455
total length of ref-loci (on slice) = 407698 (41e4)

Parameter used for the loci-alignments

qLoci-Score_CutOff: 100 bits
qLoci-MaxProtOverlap: 40 aa
loci size factor: 2 (additional loci size constraint: 0 nt)
loci-grouping type: loci intervalls
max distance between non-highlighted (orange) target columns: 500000 nt
RelativeScore color index:
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 1 (region 1 for Hsap)
region1, score=14000 region1, score=14000 region1, score=14000
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 2 -i 176502944:176910635 -f 31e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=865 log_scoreRatio_sum=56.7 focal_scoreRatio_sum=272.45
AlnScore=14000 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Homo_sapiens
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p14 q14 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q14 q14 455 2 176896354 176910635 1 6 79.8% 97.7% 645 0.55 / 0.01 = 55 noComparaHits: MTX2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 2 (region 1 for Mmul)
region2, score=10283 region2, score=10283 region2, score=10283
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob01.12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 12 -i 39563563:39986152 -f 32e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
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p9 q9 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q9 q9 361 12 39772034 39772943 1 2 59% 99.4% 513 0.49 / 0.33 = 1.48 ortholog_one2one: HOXD8 1
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p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 3 (region 1 for Mmus)
region3, score=10726 region3, score=10726 region3, score=10726
syntenyRegion: Mus_musculus.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 2 -i 74322901:74677310 -f 27e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=182.96 log_scoreRatio_sum=25.99 focal_scoreRatio_sum=53.31
AlnScore=10726 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 649.1 2 74322901 74369970 -1 8 86.2% 81.8% 1134 1 / 0.17 = 5.88 ortholog_one2one: Lnp 1
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p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 616 2 74469173 74470972 1 2 100% 86.6% 1041 0.61 / 0.04 = 15.25 ortholog_one2one: Hoxd13 1
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p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 503 2 74483232 74484974 1 2 97% 75.9% 990 0.53 / 0.09 = 5.89 ortholog_one2one: Hoxd11 1
p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 685 2 74492819 74495204 1 2 100% 98.8% 1020 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: Hoxd10 1
p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 556 2 74498895 74500257 1 2 100% 75.6% 1119 0.6 / 0.18 = 3.33 ortholog_one2one: Hoxd9 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q8 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q8 q8 450 2 74506387 74507636 1 2 99% 77.1% 855 0.49 / 0.17 = 2.88 ortholog_one2one: Hoxd8 1
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 494 2 74528118 74529423 1 2 100% 89.1% 777 0.51 / 0.1 = 5.1 noComparaHits: Hoxd3 1
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 880 2 74544851 74547915 1 2 100% 94.6% 1323 0.56 / 0.04 = 14 ortholog_one2one: Hoxd3 1
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 554 2 74563941 74565225 1 2 100% 81.4% 1002 0.79 / 0.12 = 6.58 ortholog_one2one: Hoxd1 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 446 2 74660229 74677310 1 6 80.2% 87.8% 702 0.55 / 0.01 = 55 ortholog_one2one: Mtx2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 4 (region 1 for Btau)
region4, score=8093 region4, score=8093 region4, score=8093
syntenyRegion: Bos_taurus.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 2 -i 16934939:17086630 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=155.18 log_scoreRatio_sum=20.14 focal_scoreRatio_sum=58.36
AlnScore=8093 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 630.7 2 17082934 17086630 1 4 77.3% 85.5% 1107 0.62 / 0.22 = 2.82 ortholog_one2one: EVX2 1
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 596 2 17072582 17074328 -1 2 96.1% 90.7% 966 0.61 / 0.08 = 7.63 ortholog_one2one: HOXD13 1
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 490 2 17066540 17067497 -1 2 100% 84.6% 873 0.66 / 0.12 = 5.5 ortholog_one2one: HOXD12 1
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 693 2 17003673 17006048 -1 2 100% 94% 1092 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: HOXD10 1
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 577 2 16998544 16999927 -1 2 100% 82.1% 1050 0.6 / 0.15 = 4 ortholog_one2one: HOXD9 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 546 2 16991108 16992329 -1 2 100% 84.3% 930 0.49 / 0.01 = 49 ortholog_one2one: HOXD8 1
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 477 2 16969446 16970762 -1 2 100% 86.5% 777 0.51 / 0.13 = 3.92 ortholog_one2one: HOXD4 1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 883 2 16951347 16954688 -1 2 100% 95% 1314 0.56 / 0.03 = 18.67 ortholog_one2one: HOXD3 1
p12 q9 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q9 q9 537 2 16934939 16936242 -1 2 100% 80.9% 987 0.79 / 0.14 = 5.64 ortholog_one2one: HOXD1 1
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 5 (region 1 for Mdom)
region5, score=9379 region5, score=9379 region5, score=9379
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob01.4.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 4 -i 187208613:187739147 -f 40e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=52.54 log_scoreRatio_sum=14.91 focal_scoreRatio_sum=13.97
AlnScore=9379 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 541.3 4 187208613 187285683 -1 6 85.3% 68.1% 1182 1 / 0.31 = 3.23 ortholog_one2many: ENSMODG00000009536 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 707.6 4 187417681 187421910 -1 4 83.8% 86.3% 1218 0.62 / 0.13 = 4.77 ortholog_one2one: EVX2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 562 4 187431202 187433173 1 2 100% 82.1% 999 0.61 / 0.13 = 4.69 ortholog_one2one: HOXD13 1
p4 q4 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q4 q4 403 4 187439427 187440514 1 2 98.9% 73.8% 816 0.66 / 0.27 = 2.44 ortholog_one2one: HOXD12 1
p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 447 4 187447938 187449659 1 2 100% 67.1% 915 0.53 / 0.19 = 2.79 ortholog_one2one: HOXD11 1
p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 645 4 187458195 187460683 1 2 100% 92.6% 1020 0.58 / 0.06 = 9.67 ortholog_one2one: HOXD10 1
p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 389 4 187464529 187465949 1 2 95.9% 61.6% 993 0.6 / 0.42 = 1.43 ortholog_one2one: HOXD9 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q8 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q8 q8 422 4 187472546 187473913 1 2 100% 71.3% 921 0.49 / 0.22 = 2.23 ortholog_one2one: HOXD8 1
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 385 4 187497377 187498661 1 2 100% 74.2% 714 0.51 / 0.3 = 1.7 ortholog_one2one: HOXD4 1
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 759 4 187515814 187518908 1 2 100% 83.5% 1299 0.56 / 0.17 = 3.29 ortholog_one2one: HOXD3 1
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 431 4 187537162 187538614 1 2 100% 65.2% 1014 0.79 / 0.31 = 2.55 ortholog_one2one: HOXD1 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 434.6 4 187709797 187739147 1 6 78.7% 89.7% 672 0.55 / 0.04 = 13.75 ortholog_one2one: MTX2 1
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 6 (region 1 for Cfam)
region6, score=8278 region6, score=8278 region6, score=8278
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob01.36.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 36 -i 22759346:23161054 -f 30e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=89.55 log_scoreRatio_sum=12.88 focal_scoreRatio_sum=36.02
AlnScore=8278 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 302 36 23022458 23023340 1 2 69.8% 69.7% 675 0.79 / 0.52 = 1.52 noComparaHits: 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 394.3 36 23143436 23161054 1 5 79.5% 87.7% 618 0.55 / 0.13 = 4.23 ortholog_one2one: 478811 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 7 (region 1 for Xtro)
region7, score=6880 region7, score=6880 region7, score=6880
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob01.scaffold_163.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_163 -i 476364:744115 -f 20e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=23.5 log_scoreRatio_sum=6.81 focal_scoreRatio_sum=6.56
AlnScore=6880 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 360.5 scaffold_163 728459 744115 1 5 54.7% 67.5% 726 1 / 0.54 = 1.85 ortholog_one2one: TEgg059c18.1 1
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p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q7 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q7 q7 282 scaffold_163 608268 609787 -1 2 95.5% 54.9% 657 0.49 / 0.48 = 1.02 ortholog_one2one: HOXD8 1
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p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q11 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q11 q11 404.2 scaffold_163 476364 496298 -1 6 78.7% 84.1% 642 0.55 / 0.11 = 5 ortholog_one2one: mtx2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 8 (region 1 for Ggal)
region8, score=5683 region8, score=5683 region8, score=5683
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob01.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 7 -i 17315309:17512501 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=5683 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
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p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 147.4 7 17361528 17362441 -1 2 74.7% 37% 810 0.79 / 0.76 = 1.04 noComparaHits: HM1_CHICK 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 412 7 17315309 17322161 -1 6 80.2% 83.4% 687 0.55 / 0.09 = 6.11 ortholog_one2one: 424138 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 9 (region 1 for Gacu)
region9, score=3922 region9, score=3922 region9, score=3922
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob01.contig_5303.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_5303 -i 214375:277218 -f 47e3 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=3922 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
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p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 246.5 contig_5303 214375 217990 -1 3 39.7% 50% 711 1 / 0.68 = 1.47 noComparaHits: ENSGACG00000004584 2
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p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 189.6 contig_5303 239842 241010 1 2 59.7% 56.5% 510 0.66 / 0.66 = 1 noComparaHits: ENSGACG00000004574 1
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 280 contig_5303 245547 246912 1 2 89.6% 51.3% 783 0.53 / 0.49 = 1.08 noComparaHits: ENSGACG00000004569 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 445 contig_5303 250305 252028 1 2 98.5% 67.8% 1005 0.58 / 0.35 = 1.66 noComparaHits: ENSGACG00000004564 1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 217.9 contig_5303 254123 255324 1 2 74.6% 49.2% 687 0.6 / 0.68 = 0.88 noComparaHits: Q4VQD4_GASAC 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 304 contig_5303 266163 267256 1 2 100% 61.2% 702 0.51 / 0.44 = 1.16 noComparaHits: ENSGACG00000004551 1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 551 contig_5303 275876 277218 1 2 96.3% 65.7% 1218 0.56 / 0.39 = 1.44 noComparaHits: ENSGACG00000004548 1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 10 (region 2 for Gacu)
region10, score=3922 region10, score=3922 region10, score=3922
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob02.groupXVI.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXVI -i 9792262:9855105 -f 47e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.57 log_scoreRatio_sum=1.99 focal_scoreRatio_sum=3.42
AlnScore=3922 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
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p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 246.5 groupXVI 9851490 9855105 1 3 39.7% 50% 711 1 / 0.68 = 1.47 ortholog_one2many: ENSGACG00000004584 2
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 539 groupXVI 9837951 9840010 1 3 99.6% 61.7% 1257 0.62 / 0.33 = 1.88 ortholog_one2one: ENSGACG00000004579 1
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p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 217.9 groupXVI 9814156 9815357 -1 2 74.6% 49.2% 687 0.6 / 0.68 = 0.88 ortholog_one2one: Q4VQD4_GASAC 2
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p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 551 groupXVI 9792262 9793604 -1 2 96.3% 65.7% 1218 0.56 / 0.39 = 1.44 ortholog_one2one: ENSGACG00000004548 1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
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region 11 (region 1 for Trub)
region11, score=3930 region11, score=3930 region11, score=3930
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob01.scaffold_100.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_100 -i 339085:394942 -f 42e3 some_geneID_to_be_selected
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AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
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p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 223.8 scaffold_100 390711 394942 1 3 40.7% 49.1% 666 1 / 0.71 = 1.41 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000143408 2
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 513 scaffold_100 378378 380283 1 3 97.9% 60.8% 1248 0.62 / 0.37 = 1.68 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000158421 1
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 205.5 scaffold_100 371715 372790 -1 2 73.7% 54.2% 630 0.66 / 0.63 = 1.05 noComparaHits: NEWSINFRUG00000120943 1
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 280 scaffold_100 366031 367381 -1 2 100% 47.7% 858 0.53 / 0.49 = 1.08 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000162044 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 451 scaffold_100 361352 362879 -1 2 99.1% 68.2% 999 0.58 / 0.34 = 1.71 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000124778 1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 244.6 scaffold_100 358386 359535 -1 2 68.4% 55.6% 621 0.6 / 0.64 = 0.94 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000124776 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 308 scaffold_100 348414 349464 -1 2 100% 62.2% 699 0.51 / 0.44 = 1.16 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000124775 1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 536 scaffold_100 339085 340364 -1 2 96.3% 63.8% 1227 0.56 / 0.41 = 1.37 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000124774 1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 12 (region 1 for Drer)
region12, score=4111 region12, score=4111 region12, score=4111
syntenyRegion: Danio_rerio.glob01.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 9 -i 1553343:2354366 -f 60e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=11.75 log_scoreRatio_sum=1.89 focal_scoreRatio_sum=3.79
AlnScore=4111 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 144.4 9 2338539 2354366 1 2 23.1% 60.6% 297 1 / 0.81 = 1.23 ortholog_one2many: ENSDARG00000063646 2
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 588 9 1618717 1621062 1 3 100% 66.7% 1260 0.62 / 0.27 = 2.3 ortholog_one2many: evx2 1
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p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q8 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q8 q8 305 9 1565271 1566370 -1 2 100% 60.9% 711 0.51 / 0.44 = 1.16 ortholog_one2one: hoxd4a 1
p11 q9 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q9 q9 562 9 1553343 1554792 -1 2 100% 65.1% 1242 0.56 / 0.38 = 1.47 noComparaHits: ENSDARG00000059280 ;
hoxd3a
1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 13 (region 1 for Olat)
region13, score=3778 region13, score=3778 region13, score=3778
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob01.21.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 21 -i 24538670:24637174 -f 74e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.12 log_scoreRatio_sum=1.68 focal_scoreRatio_sum=3.32
AlnScore=3778 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 217.6 21 24538670 24543652 -1 3 38.3% 58.5% 474 1 / 0.72 = 1.39 ortholog_one2many: ENSORLG00000017531 2
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 514 21 24590614 24592238 -1 3 75.8% 74% 1014 0.62 / 0.36 = 1.72 ortholog_one2one: Q2WFR6_ORYLA 1
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 191.1 21 24601819 24602905 1 2 57.6% 57.9% 492 0.66 / 0.65 = 1.02 noComparaHits: Q3V5Z4_ORYLA 1
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 225.2 21 24606914 24608290 1 2 68.3% 52.4% 564 0.53 / 0.59 = 0.9 between_species_paralog: Q3V5Z5_ORYLA 3
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 418 21 24611625 24613192 1 2 100% 63.4% 1044 0.58 / 0.39 = 1.49 ortholog_one2one: Q9PVQ4_ORYLA 1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 243 21 24614922 24616093 1 2 74.6% 50% 717 0.6 / 0.64 = 0.94 ortholog_one2one: HXD9_ORYLA 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 310 21 24626722 24627802 1 2 100% 61.6% 708 0.51 / 0.43 = 1.19 ortholog_one2one: Q3V5Z8_ORYLA 1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 560 21 24635889 24637174 1 2 96.3% 66.7% 1203 0.56 / 0.38 = 1.47 ortholog_one2one: Q3V5Z9_ORYLA 1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 14 (region 1 for Tnig)
region14, score=3743 region14, score=3743 region14, score=3743
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 2 -i 11075386:11132794 -f 43e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=9.8 log_scoreRatio_sum=1.51 focal_scoreRatio_sum=3.22
AlnScore=3743 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 217.2 2 11128959 11132794 1 3 49.5% 43% 771 1 / 0.72 = 1.39 ortholog_one2one: GSTENG00031457001 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 447 2 11117044 11118889 1 3 92.4% 55.9% 1194 0.62 / 0.45 = 1.38 ortholog_one2many: HOXD-EVX ;
GSTENG00031458001
1
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 197.1 2 11110368 11111376 -1 2 68.7% 53.2% 609 0.66 / 0.64 = 1.03 noComparaHits: GSTENG00031459001 ;
HOXD12 ;
GSTENG00031460001
1
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 285 2 11104973 11106367 -1 2 93.8% 51.4% 765 0.53 / 0.48 = 1.1 between_species_paralog: HOXD11 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 414 2 11100577 11102062 -1 2 99.1% 64.4% 993 0.58 / 0.4 = 1.45 ortholog_one2many: GSTENG00031461001 ;
HOXD10
1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 207 2 11097829 11098947 -1 1 98.5% 39.1% 1119 0.6 / 0.69 = 0.87 ortholog_one2one: GSTENG00031462001 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 316.1 2 11087917 11088977 -1 3 100% 58.1% 774 0.51 / 0.42 = 1.21 between_species_paralog: GSTENG00031463001 ;
HOXD4
1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 539 2 11075386 11076667 -1 2 96.3% 66% 1185 0.56 / 0.41 = 1.37 ortholog_one2many: GSTENG00031464001 ;
HOXD3
1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 15 (region 3 for Gacu)
region15, score=1758 region15, score=1758 region15, score=1758
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob07.groupVI.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupVI -i 16143064:16188136 -f 34e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.6 log_scoreRatio_sum=1.21 focal_scoreRatio_sum=1.61
AlnScore=1758 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 288.8 groupVI 16143064 16145858 -1 4 43.9% 51.8% 825 1 / 0.63 = 1.59 ortholog_one2many: ENSGACG00000011901 1
p2 --- gapq ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 134 groupVI 16162358 16162570 1 1 20.8% 87.3% 213 0.6 / 0.8 = 0.75 noComparaHits: ENSGACG00000011902 6
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q3 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q3 q3 208.9 groupVI 16181214 16182596 1 2 88.2% 49% 684 0.51 / 0.62 = 0.82 noComparaHits: ENSGACG00000011907 5
p11 --- gapq ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q4 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q4 q4 381.3 groupVI 16186214 16188136 1 6 85.9% 61.3% 891 0.55 / 0.16 = 3.44 ortholog_one2one: ENSGACG00000011909 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 16 (region 2 for Drer)
region16, score=2764 region16, score=2764 region16, score=2764
syntenyRegion: Danio_rerio.glob04.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 2 -i 12067413:12108344 -f 31e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.83 log_scoreRatio_sum=1.12 focal_scoreRatio_sum=3
AlnScore=2764 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 588 2 12105996 12108344 1 3 100% 66.7% 1260 0.62 / 0.27 = 2.3 ortholog_one2many: evx2 1
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 180.3 2 12090569 12093068 -1 2 65.1% 41.9% 657 0.61 / 0.72 = 0.85 noComparaHits: hoxd13a 6
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 119 2 12085228 12085470 -1 1 29.1% 70.4% 243 0.66 / 0.78 = 0.85 noComparaHits: hoxd12a 2
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 271 2 12079179 12080879 -1 2 100% 46.5% 846 0.53 / 0.51 = 1.04 between_species_paralog: hoxd11a 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 470 2 12071103 12072810 -1 2 99.4% 69.6% 993 0.58 / 0.32 = 1.81 ortholog_one2many: hoxd10a 2
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 264 2 12067419 12068514 -1 2 99.4% 47.9% 780 0.6 / 0.61 = 0.98 ortholog_one2many: hoxd9a 1
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 17 (region 4 for Gacu)
region17, score=1095 region17, score=1095 region17, score=1095
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob18.contig_4903.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_4903 -i 5131:10922 -f 43e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.14 log_scoreRatio_sum=0.88 focal_scoreRatio_sum=0.61
AlnScore=1095 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q1 q1 145 contig_4903 10671 10922 -1 1 32.9% 77.4% 252 0.51 / 0.73 = 0.7 noComparaHits: 6
p11 --- gapq ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q2 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q2 q2 381.3 contig_4903 5131 7053 -1 6 85.9% 61.3% 891 0.55 / 0.16 = 3.44 noComparaHits: ENSGACG00000011909 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 18 (region 2 for Olat)
region18, score=1586 region18, score=1586 region18, score=1586
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob05.15.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 15 -i 4337486:4400015 -f 47e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.74 log_scoreRatio_sum=0.45 focal_scoreRatio_sum=1.38
AlnScore=1586 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 297.7 15 4394562 4400015 1 5 57% 51.4% 849 1 / 0.62 = 1.61 ortholog_one2many: ENSORLG00000001366 1
p2 --- gapq ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 133 15 4374398 4374607 -1 1 20.5% 87.1% 210 0.6 / 0.8 = 0.75 noComparaHits: Q9PVR1_ORYLA 6
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q3 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q3 q3 217.9 15 4350793 4351949 -1 2 91% 52.1% 699 0.51 / 0.6 = 0.85 noComparaHits: Q3V5Z3_ORYLA 5
p11 --- gapq ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q4 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q4 q4 290.7 15 4337486 4342821 -1 4 65.8% 67.2% 603 0.55 / 0.36 = 1.53 ortholog_one2one: ENSORLG00000001332 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 19 (region 2 for Trub)
region19, score=1570 region19, score=1570 region19, score=1570
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob05.scaffold_39.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_39 -i 568162:603585 -f 27e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.76 log_scoreRatio_sum=0.42 focal_scoreRatio_sum=1.38
AlnScore=1570 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 348.3 scaffold_39 568162 571367 -1 6 55.1% 54.5% 960 1 / 0.55 = 1.82 noComparaHits: NEWSINFRUG00000161011 ;
NEWSINFRUG00000164545 ;
NEWSINFRUG00000148695
1
p2 --- gapq ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 132 scaffold_39 584702 584911 1 1 20.5% 85.7% 210 0.6 / 0.8 = 0.75 noComparaHits: Q4VN43_FUGRU 6
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q3 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q3 q3 201.5 scaffold_39 597373 598598 1 2 83.9% 47.6% 654 0.51 / 0.63 = 0.81 noComparaHits: NEWSINFRUG00000162165 5
p11 --- gapq ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q4 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q4 q4 268.7 scaffold_39 601883 603036 1 4 82.5% 49.5% 876 0.55 / 0.4 = 1.38 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000144217 1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 20 (region 2 for Tnig)
region20, score=535 region20, score=535 region20, score=535
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob07.Un_random.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l Un_random -i 80676474:80677664 -f 89e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.22 log_scoreRatio_sum=0.2 focal_scoreRatio_sum=0.24
AlnScore=535 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q1 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q1 q1 491 Un_random 80676474 80677664 -1 3 88.9% 65.2% 1092 0.56 / 0.46 = 1.22 ortholog_one2many: GSTENG00003053001 2
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11