[ref-loci][top][up]

Overview on processed synteny regions for HOXD9_ENSG00000128709_5e5.protein.info

p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
RankAlnOverviewAlnScoreRatioSumlogRatioSumfocalRatioSumTargetGenomechrstartPosendPoshitsCountqueryCovmeanIdentityoriscorecompara
1region1, score=140001400086556.7272.45Homo_sapiens2 176695773 176697146 2 100% 94% 1 681 within_species_paralog: HOXD9
2region2, score=1028310283264.5826.148.75Macaca_mulatta12 39764093 39764701 1 58.5% 76% 1 303 noComparaHits:
3region3, score=1072610726182.9625.9953.31Mus_musculus2 74498895 74500257 2 100% 75.6% 1 556 ortholog_one2one: Hoxd9
4region4, score=80938093155.1820.1458.36Bos_taurus2 16998544 16999927 2 100% 82.1% -1 577 ortholog_one2one: HOXD9
5region5, score=9379937952.5414.9113.97Monodelphis_domestica4 187464529 187465949 2 95.9% 61.6% 1 389 ortholog_one2one: HOXD9
6region6, score=8278827889.5512.8836.02Canis_familiaris36 22958266 22959115 2 48% 73.9% 1 268 noComparaHits: ENSCAFG00000023404
7region7, score=6880688023.56.816.56Xenopus_tropicalisscaffold_163 619634 620793 2 94.7% 52.8% -1 293 ortholog_one2one: HOXD9
8region8, score=5683568319.223.284.76Gallus_gallus7 17409077 17409745 1 76.9% 46.2% -1 198 noComparaHits: NP_997060.1
9region9, score=3922392210.571.993.42Gasterosteus_aculeatuscontig_5303 254123 255324 2 74.6% 49.2% 1 217.9 noComparaHits: Q4VQD4_GASAC
10region10, score=3922392210.571.993.42Gasterosteus_aculeatusgroupXVI 9814156 9815357 2 74.6% 49.2% -1 217.9 ortholog_one2one: Q4VQD4_GASAC
11region11, score=3930393010.41.933.46Takifugu_rubripesscaffold_100 358386 359535 2 68.4% 55.6% -1 244.6 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000124776
12region12, score=4111411111.751.893.79Danio_rerio9 1580195 1581290 2 99.4% 47.9% -1 264 ortholog_one2many: hoxd9a
13region13, score=3778377810.121.683.32Oryzias_latipes21 24614922 24616093 2 74.6% 50% 1 243 ortholog_one2one: HXD9_ORYLA
14region14, score=374337439.81.513.22Tetraodon_nigroviridis2 11097829 11098947 1 98.5% 39.1% -1 207 ortholog_one2one: GSTENG00031462001
15region15, score=175817586.61.211.61Gasterosteus_aculeatusgroupVI 16162358 16162570 1 20.8% 87.3% 1 134 noComparaHits: ENSGACG00000011902
16region16, score=276427647.831.123Danio_rerio2 12067419 12068514 2 99.4% 47.9% -1 264 ortholog_one2many: hoxd9a
17region17, score=109510954.140.880.61Gasterosteus_aculeatuscontig_4903
18region18, score=158615864.740.451.38Oryzias_latipes15 4374398 4374607 1 20.5% 87.1% -1 133 noComparaHits: Q9PVR1_ORYLA
19region19, score=157015704.760.421.38Takifugu_rubripesscaffold_39 584702 584911 1 20.5% 85.7% 1 132 noComparaHits: Q4VN43_FUGRU
20region20, score=5355351.220.20.24Tetraodon_nigroviridisUn_random
21region21, score=5515512.340.180.98Gasterosteus_aculeatuscontig_4905 15877 16089 1 20.8% 87.3% -1 134 noComparaHits: ENSGACG00000011902
22region22, score=4084081.030.030.21Takifugu_rubripesscaffold_3110
23region23, score=385385100.2Gallus_gallusUn_random
24region24, score=384384100.2Danio_rerio6
25region25, score=119211923.2101.13Tetraodon_nigroviridis17 9576378 9576557 1 17.5% 85% 1 113 noComparaHits: GSTENG00018723001 ;
HOXDb9
26region26, score=122412242.95-0.041.01Gasterosteus_aculeatuscontig_2345
27region27, score=131813182.93-0.061.54Gasterosteus_aculeatuscontig_2643 45188 46955 2 66.7% 58.1% -1 254 noComparaHits: ENSGACG00000009396
28region28, score=4004000.9-0.10.3Gallus_gallusUn_random
29region29, score=4074070.9-0.10.3Gasterosteus_aculeatuscontig_2645
30region30, score=5175171.84-0.160.34Gasterosteus_aculeatuscontig_9872
31region31, score=2482480.8-0.210.8Macaca_mulatta1099214175475 321 578 1 25.1% 94.2% 1 169 noComparaHits:
32region32, score=325532557.79-0.223Xenopus_tropicalisscaffold_226 388156 390489 2 76% 53.2% 1 252 noComparaHits: hoxc9
33region33, score=2112110.77-0.250.77Danio_rerio24 25218450 25218674 1 21.9% 86.7% 1 144 between_species_paralog: hoxb9a
34region34, score=2082080.76-0.260.76Takifugu_rubripesscaffold_4108 5963 6187 1 21.9% 86.7% 1 142 noComparaHits: NEWSINFRUG00000159744
35region35, score=184818484.73-0.282.05Bos_taurus4 40177480 40179364 2 88.3% 47.5% 1 244.5 between_species_paralog: HOXA9
36region36, score=3093090.74-0.290.19Gallus_gallusUn_random
37region37, score=276727676.72-0.32.71Takifugu_rubripesscaffold_66 154997 156667 2 66.7% 57.3% -1 251 between_species_paralog: HXC9_FUGRU
38region38, score=2042040.73-0.30.37Gasterosteus_aculeatuscontig_2644
39region39, score=276427646.71-0.312.72Oryzias_latipes7 12875582 12877170 2 66.7% 58.7% 1 255 between_species_paralog: HXC9_ORYLA
40region40, score=276627666.7-0.312.72Tetraodon_nigroviridis9 4222544 4224247 2 66.7% 57.6% 1 252 between_species_paralog: HOXC9 ;
GSTENG00028039001
41region41, score=260326036.68-0.342.63Gasterosteus_aculeatusgroupXII 11616265 11618032 2 66.7% 58.1% 1 254 between_species_paralog: ENSGACG00000009396
42region42, score=269926996.63-0.392.77Macaca_mulatta11 51098616 51101080 2 67.8% 59.2% 1 266 ortholog_one2many: HOXC9
43region43, score=207520755.62-0.41.88Homo_sapiens17 44055273 44055494 1 21.6% 89.2% -1 145 within_species_paralog: HOXB9
44region44, score=208220825.63-0.41.89Mus_musculus11 96090716 96090937 1 21.6% 89.2% 1 145 between_species_paralog: Hoxb9
45region45, score=2212210.66-0.410.17Takifugu_rubripesscaffold_3809
46region46, score=7107101.65-0.420.5Danio_rerio3
47region47, score=1131130.64-0.440.13Gallus_gallus1
48region48, score=1171170.64-0.440.13Bos_taurus12
49region49, score=1121120.64-0.440.13Canis_familiaris25
50region50, score=2002000.64-0.440.16Monodelphis_domesticaUn
51region51, score=1141140.64-0.440.13Monodelphis_domestica4
52region52, score=1101100.64-0.440.13Mus_musculus5
53region53, score=1811810.63-0.450.16Gallus_gallusUn_random
54region54, score=1811810.63-0.450.16Takifugu_rubripesscaffold_95
55region55, score=1091090.63-0.450.13Tetraodon_nigroviridis6
56region56, score=2012010.62-0.470.21Tetraodon_nigroviridisUn_random
57region57, score=334333438.63-0.472.98Xenopus_tropicalisscaffold_56 1415310 1416623 2 68.4% 55.2% 1 249 noComparaHits: ENSXETG00000000724
58region58, score=9259252.58-0.490.52Takifugu_rubripesscaffold_346
59region59, score=4464461.55-0.50.45Danio_rerio11
60region60, score=259725976.53-0.532.74Homo_sapiens12 52680240 52682713 2 67.8% 59.2% 1 266 within_species_paralog: HOXC9
61region61, score=199419945.46-0.581.85Canis_familiaris9 28212650 28212871 1 21.6% 89.2% -1 145 ortholog_one2many: 608958
62region62, score=4864861.48-0.610.63Tetraodon_nigroviridis3
63region63, score=210521055.42-0.652.2Bos_taurus5 16811875 16814511 2 67.8% 59.2% -1 266 between_species_paralog: HOXC9
64region64, score=163116314.44-0.652Danio_rerio16 21188212 21189729 2 56.1% 57% 1 203.6 between_species_paralog: hoxa9b
65region65, score=3043041.43-0.661.07Gallus_gallusUn_random 20047888 20048409 1 53.2% 41.8% -1 108 ortholog_one2many: HXD9_CHICK
66region66, score=192419245.41-0.681.83Gallus_gallus27 3567989 3568210 1 21.6% 89.2% 1 144 between_species_paralog: HOXB9
67region67, score=312631268.41-0.683.06Danio_rerio23 35676857 35678677 2 79.2% 52% 1 264 between_species_paralog: hoxc9a
68region68, score=263526357.39-0.72.44Danio_rerio3 23019703 23019927 1 21.9% 86.7% -1 144 between_species_paralog: hoxb9a
69region69, score=115811583.42-0.710.77Bos_taurus4
70region70, score=317131718.39-0.712.91Mus_musculus6 52153842 52155687 2 91.8% 46.3% -1 239.3 between_species_paralog: Hoxa9
71region71, score=317731778.37-0.722.89Homo_sapiens7 27169762 27171601 2 85.1% 47.9% -1 237.5 within_species_paralog: HOXA9
72region72, score=4024021.39-0.730.59Gallus_gallusUn_random
73region73, score=4064061.38-0.750.97Gasterosteus_aculeatuscontig_9877 17464 17697 1 22.8% 85.9% -1 146 noComparaHits:
74region74, score=247424746.33-0.762.68Mus_musculus15 102809687 102812161 2 67.8% 59.2% 1 266 between_species_paralog: Hoxc9
75region75, score=315231528.31-0.792.85Gasterosteus_aculeatusgroupX 9901362 9902621 2 54.4% 58.5% -1 214.1 between_species_paralog: ENSGACG00000007123
76region76, score=313431348.31-0.82.85Oryzias_latipes11 10539576 10540702 2 80.7% 43% -1 213.2 noComparaHits: Q9PTV6_ORYLA
77region77, score=182618265.27-0.811.8Macaca_mulatta16 32852664 32852885 1 21.6% 89.2% -1 145 between_species_paralog: HOXB9
78region78, score=182318235.28-0.841.77Monodelphis_domestica2 201204831 201205052 1 21.6% 89.2% -1 145 between_species_paralog: HOXB9
79region79, score=145914594.27-0.851.57Gasterosteus_aculeatuscontig_2344 65914 66156 1 23.7% 81.5% -1 144 noComparaHits:
80region80, score=5365362.29-0.860.46Gasterosteus_aculeatuscontig_6417
81region81, score=5365362.29-0.860.46Gasterosteus_aculeatusgroupV
82region82, score=187018705.25-0.871.89Xenopus_tropicalisscaffold_334 579382 579603 1 21.6% 86.5% -1 143 between_species_paralog: HOXB9
83region83, score=4304301.28-0.880.37Gasterosteus_aculeatuscontig_9874
84region84, score=143014304.18-0.951.83Oryzias_latipes16 13131568 13131795 1 22.2% 78.9% 1 134 between_species_paralog: Q3V626_ORYLA
85region85, score=302430248.15-0.982.85Canis_familiaris14 43293519 43295428 2 92.1% 46.5% -1 242.1 between_species_paralog: 482372
86region86, score=266926697.12-1.012.63Takifugu_rubripesscaffold_12 2360015 2361166 2 69% 50% -1 216.4 between_species_paralog: HXA9_FUGRU
87region87, score=134213424.11-1.021.53Bos_taurus19 31239444 31239665 1 21.6% 89.2% -1 145 between_species_paralog: HOXB9
88region88, score=9379373.14-1.040.74Danio_rerio12
89region89, score=204420446.07-1.061.9Takifugu_rubripesscaffold_41 540964 541188 1 21.9% 86.7% 1 142 noComparaHits: NEWSINFRUG00000160069
90region90, score=133313334.07-1.081.77Gasterosteus_aculeatuscontig_1095 43335 43559 1 21.9% 77.3% 1 130 noComparaHits: ENSGACG00000008310
91region91, score=133313334.07-1.081.77Gasterosteus_aculeatusgroupXX 9727575 9727799 1 21.9% 77.3% 1 130 between_species_paralog: ENSGACG00000008310
92region92, score=130513054.04-1.111.77Takifugu_rubripesscaffold_48 1063108 1063341 1 22.8% 79.5% -1 137 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000138062
93region93, score=130513054.04-1.121.83Tetraodon_nigroviridis8 6620992 6621216 1 21.9% 81.3% 1 135 between_species_paralog: HOXAb9
94region94, score=198519856.01-1.141.89Gasterosteus_aculeatusgroupXI 1626200 1626433 1 22.8% 85.9% 1 146 noComparaHits:
95region95, score=251725177-1.152.19Danio_rerio19 13917746 13917979 1 22.8% 82.1% 1 139 between_species_paralog: hoxa9a
96region96, score=288428847.97-1.172.79Tetraodon_nigroviridis21 3012226 3013378 2 80.4% 46% 1 219.3 between_species_paralog: HOXA9 ;
GSTENG00017478001
97region97, score=197619765.98-1.181.88Tetraodon_nigroviridisUn_random 38140064 38140297 1 22.8% 84.6% -1 143 noComparaHits: GSTENG00020456001
98region98, score=281328137.94-1.252.62Monodelphis_domestica8 293276346 293276780 1 51.8% 37.3% 1 107 between_species_paralog: HOXA9
99region99, score=281228127.95-1.262.77Gallus_gallus2 32579731 32581455 2 89.2% 45.3% -1 232.1 between_species_paralog: HXA9_CHICK
100region100, score=4624620.28-1.260.04Bos_taurus21
101region101, score=189918995.91-1.261.86Oryzias_latipes8 24318538 24318762 1 21.9% 86.7% 1 142 between_species_paralog: Q3V615_ORYLA
102region102, score=278727877.89-1.322.74Macaca_mulatta3 99059984 99061835 2 85.1% 48.5% 1 240.6 between_species_paralog: HOXA9
103region103, score=7447442.91-1.330.67Takifugu_rubripesscaffold_130
104region104, score=7557552.9-1.340.66Oryzias_latipes19
105region105, score=210921095.86-1.341.79Canis_familiaris27
106region106, score=7247242.9-1.350.66Tetraodon_nigroviridis2

[ref-loci][top][up]

Data table for reference protein loci

QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
QueryGenome=Homo_sapiens
ref-loci geneNameprotIDtransIDgeneIDprotNamechrstartPosendPosmeanPosorinumExonsprotLengthselfscore
p1 KIAA1715 ENSP00000272748 ENST00000272748 ENSG00000144320 LNP_HUMAN 2 176502941 176568558 176520512 -1 12 428 789.2
p2 EVX2 ENSP00000312385 ENST00000308618 ENSG00000174279 EVX2_HUMAN 2 176653081 176656750 176653792 -1 3 476 815
p3 HOXD13 ENSP00000249505 ENST00000249505 ENSG00000128714 HXD13_HUMAN 2 176665889 176667704 176666387 1 2 335 648
p4 HOXD12 ENSP00000303578 ENST00000306412 ENSG00000170178 HXD12_HUMAN 2 176672776 176673734 176673190 1 3 278 558
p5 HOXD11 ENSP00000249504 ENST00000249504 ENSG00000128713 NP_067015.2 2 176680330 176682116 176680834 1 2 338 556
p6 HOXD10 ENSP00000249501 ENST00000249501 ENSG00000128710 HXD10_HUMAN 2 176689808 176692205 176690315 1 2 340 693
p7 HOXD9 ENSP00000249499 ENST00000249499 ENSG00000128709 HXD9_HUMAN 2 176695773 176697149 176696283 1 2 342 681
p8 Q8NAT4_HUMAN ENSP00000316098 ENST00000313266 ENSG00000175892 Q8NAT4_HUMAN 2 176701687 176702151 176701915 -1 1 154 303
p9 HOXD8 ENSP00000315949 ENST00000313173 ENSG00000175879 HXD8_HUMAN 2 176703341 176704586 176703773 1 2 290 546
p10 HOXD4 ENSP00000302548 ENST00000306324 ENSG00000170166 HXD4_HUMAN 2 176724608 176725916 176724986 1 2 255 550
p11 HOXD3 ENSP00000249440 ENST00000249440 ENSG00000128652 HXD3_HUMAN 2 176742089 176745248 176744595 1 2 432 917
p12 HOXD1 ENSP00000328598 ENST00000331462 ENSG00000128645 HXD1_HUMAN 2 176761776 176763116 176762265 1 2 328 631
p13 - ENSP00000346209 ENST00000331781 ENSG00000182553 - 2 176773882 176774226 176774050 -1 1 114 227
p14 MTX2 ENSP00000249442 ENST00000249442 ENSG00000128654 MTX2_HUMAN 2 176842604 176910638 176901860 1 10 263 455
total length of ref-loci (on slice) = 407698 (41e4)

Parameter used for the loci-alignments

qLoci-Score_CutOff: 100 bits
qLoci-MaxProtOverlap: 40 aa
loci size factor: 2 (additional loci size constraint: 0 nt)
loci-grouping type: loci intervalls
max distance between non-highlighted (orange) target columns: 500000 nt
RelativeScore color index:
<=
33		<=
66		<=
100		<=
133		<=
166		<=
200		<=
233		<=
266		<=
300		<=
333		<=
366		<=
400		<=
433		<=
466		<=
500		<=
533		<=
566		<=
600		<=
633		<=
666		<=
700		<=
733		<=
766		<=
800		<=
833		<=
866		<=
900		<=
933		<=
966		<=
1000		relSc>1000
<=
33		<=
66		<=
100		<=
133		<=
166		<=
200		<=
233		<=
266		<=
300		<=
333		<=
366		<=
400		<=
433		<=
466		<=
500		<=
533		<=
566		<=
600		<=
633		<=
666		<=
700		<=
733		<=
766		<=
800		<=
833		<=
866		<=
900		<=
933		<=
966		<=
1000		relSc>1000
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]1[next]
[previous Hsap]1[next Hsap]

region 1 (region 1 for Hsap)
region1, score=14000 region1, score=14000 region1, score=14000
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 2 -i 176502944:176910635 -f 31e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=865 log_scoreRatio_sum=56.7 focal_scoreRatio_sum=272.45
AlnScore=14000 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Homo_sapiens
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 789.2 2 176502944 176565395 -1 8 87.1% 98.9% 1131 1 / 0.01 = 100 noComparaHits: KIAA1715 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 815 2 176653084 176656750 -1 3 100% 80.6% 1578 0.62 / 0.01 = 62 within_species_paralog: EVX2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 648 2 176665889 176667701 1 2 100% 94.9% 1008 0.61 / 0.01 = 61 within_species_paralog: HOXD13 1
p4 q4 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q4 q4 558 2 176672776 176673731 1 2 100% 93.7% 897 0.66 / 0.01 = 66 noComparaHits: HOXD12 1
p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 556 2 176680330 176682113 1 2 100% 75.6% 1119 0.53 / 0.01 = 53 within_species_paralog: HOXD11 1
p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 693 2 176689808 176692202 1 2 100% 100% 1020 0.58 / 0.01 = 58 noComparaHits: HOXD10 1
p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 681 2 176695773 176697146 1 2 100% 94% 1044 0.6 / 0.01 = 60 within_species_paralog: HOXD9 1
p8 q8 +/+ ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN q8 q8 303 2 176701690 176702151 -1 1 100% 100% 462 1 / 0.01 = 100 noComparaHits: Q8NAT4_HUMAN 1
p9 q9 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q9 q9 546 2 176703341 176704583 1 2 100% 90% 870 0.49 / 0.01 = 49 within_species_paralog: HOXD8 1
p10 q10 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q10 q10 550 2 176724608 176725913 1 2 100% 99.6% 768 0.51 / 0.01 = 51 within_species_paralog: HOXD4 1
p11 q11 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q11 q11 917 2 176742089 176745245 1 2 100% 99.8% 1305 0.56 / 0.01 = 56 within_species_paralog: HOXD3 1
p12 q12 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q12 q12 631 2 176761776 176763113 1 2 100% 93.1% 1005 0.79 / 0.01 = 79 noComparaHits: HOXD1 1
p13 q13 +/+ ENSP00000346209 - q13 q13 227 2 176773885 176774226 -1 1 100% 100% 342 0.15 / 0.01 = 15 within_species_paralog: ENSG00000182553 1
p14 q14 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q14 q14 455 2 176896354 176910635 1 6 79.8% 97.7% 645 0.55 / 0.01 = 55 noComparaHits: MTX2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]2[next]
[previous Mmul]1[next Mmul]

region 2 (region 1 for Mmul)
region2, score=10283 region2, score=10283 region2, score=10283
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob01.12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 12 -i 39563563:39986152 -f 32e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=264.58 log_scoreRatio_sum=26.1 focal_scoreRatio_sum=48.75
AlnScore=10283 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 765.2 12 39563563 39631521 -1 8 87.1% 95.8% 1131 1 / 0.03 = 33.33 ortholog_one2one: KIAA1715 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 814 12 39720761 39724430 -1 3 100% 87.1% 1434 0.62 / 0.01 = 62 ortholog_one2one: EVX2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 564 12 39733939 39735562 1 2 81.2% 99.6% 819 0.61 / 0.12 = 5.08 ortholog_one2one: HOXD13 1
p4 q4 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q4 q4 543 12 39740821 39741776 1 2 100% 91.7% 897 0.66 / 0.02 = 33 ortholog_one2one: HOXD12 1
p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 255 12 39748740 39750377 1 2 35.8% 98.3% 363 0.53 / 0.54 = 0.98 noComparaHits: 2
p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 420 12 39758095 39760422 1 2 59.7% 100% 609 0.58 / 0.39 = 1.49 ortholog_one2one: HOXD10 1
p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 303 12 39764093 39764701 1 1 58.5% 76% 609 0.6 / 0.55 = 1.09 noComparaHits: 1
p8 q8 +/+ ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN q8 q8 159 12 39770022 39770417 -1 1 81.8% 65.7% 396 1 / 0.47 = 2.13 noComparaHits: ENSMMUG00000023505 1
p9 q9 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q9 q9 361 12 39772034 39772943 1 2 59% 99.4% 513 0.49 / 0.33 = 1.48 ortholog_one2one: HOXD8 1
p10 q10 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q10 q10 494 12 39793366 39794671 1 2 100% 90.2% 768 0.51 / 0.1 = 5.1 ortholog_one2one: HOXD4 1
p11 q11 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q11 q11 912 12 39810758 39813914 1 2 100% 97.3% 1335 0.56 / 0.01 = 56 ortholog_one2one: HOXD3 1
p12 q12 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q12 q12 566 12 39830419 39831755 1 2 100% 84.6% 996 0.79 / 0.1 = 7.9 ortholog_one2one: HOXD1 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q13 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q13 q13 452.3 12 39968889 39986152 1 6 79.8% 97.2% 645 0.55 / 0.01 = 55 ortholog_one2one: MTX2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]3[next]
[previous Mmus]1[next Mmus]

region 3 (region 1 for Mmus)
region3, score=10726 region3, score=10726 region3, score=10726
syntenyRegion: Mus_musculus.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 2 -i 74322901:74677310 -f 27e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=182.96 log_scoreRatio_sum=25.99 focal_scoreRatio_sum=53.31
AlnScore=10726 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 649.1 2 74322901 74369970 -1 8 86.2% 81.8% 1134 1 / 0.17 = 5.88 ortholog_one2one: Lnp 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 746 2 74456458 74460258 -1 3 100% 79.9% 1434 0.62 / 0.08 = 7.75 ortholog_one2one: Evx2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 616 2 74469173 74470972 1 2 100% 86.6% 1041 0.61 / 0.04 = 15.25 ortholog_one2one: Hoxd13 1
p4 q4 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q4 q4 445 2 74475926 74476888 1 1 100% 72.4% 963 0.66 / 0.2 = 3.3 ortholog_one2one: Hoxd12 1
p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 503 2 74483232 74484974 1 2 97% 75.9% 990 0.53 / 0.09 = 5.89 ortholog_one2one: Hoxd11 1
p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 685 2 74492819 74495204 1 2 100% 98.8% 1020 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: Hoxd10 1
p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 556 2 74498895 74500257 1 2 100% 75.6% 1119 0.6 / 0.18 = 3.33 ortholog_one2one: Hoxd9 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q8 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q8 q8 450 2 74506387 74507636 1 2 99% 77.1% 855 0.49 / 0.17 = 2.88 ortholog_one2one: Hoxd8 1
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 494 2 74528118 74529423 1 2 100% 89.1% 777 0.51 / 0.1 = 5.1 noComparaHits: Hoxd3 1
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 880 2 74544851 74547915 1 2 100% 94.6% 1323 0.56 / 0.04 = 14 ortholog_one2one: Hoxd3 1
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 554 2 74563941 74565225 1 2 100% 81.4% 1002 0.79 / 0.12 = 6.58 ortholog_one2one: Hoxd1 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 446 2 74660229 74677310 1 6 80.2% 87.8% 702 0.55 / 0.01 = 55 ortholog_one2one: Mtx2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]4[next]
[previous Btau]1[next Btau]

region 4 (region 1 for Btau)
region4, score=8093 region4, score=8093 region4, score=8093
syntenyRegion: Bos_taurus.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 2 -i 16934939:17086630 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=155.18 log_scoreRatio_sum=20.14 focal_scoreRatio_sum=58.36
AlnScore=8093 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 630.7 2 17082934 17086630 1 4 77.3% 85.5% 1107 0.62 / 0.22 = 2.82 ortholog_one2one: EVX2 1
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 596 2 17072582 17074328 -1 2 96.1% 90.7% 966 0.61 / 0.08 = 7.63 ortholog_one2one: HOXD13 1
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 490 2 17066540 17067497 -1 2 100% 84.6% 873 0.66 / 0.12 = 5.5 ortholog_one2one: HOXD12 1
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 693 2 17003673 17006048 -1 2 100% 94% 1092 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: HOXD10 1
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 577 2 16998544 16999927 -1 2 100% 82.1% 1050 0.6 / 0.15 = 4 ortholog_one2one: HOXD9 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 546 2 16991108 16992329 -1 2 100% 84.3% 930 0.49 / 0.01 = 49 ortholog_one2one: HOXD8 1
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 477 2 16969446 16970762 -1 2 100% 86.5% 777 0.51 / 0.13 = 3.92 ortholog_one2one: HOXD4 1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 883 2 16951347 16954688 -1 2 100% 95% 1314 0.56 / 0.03 = 18.67 ortholog_one2one: HOXD3 1
p12 q9 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q9 q9 537 2 16934939 16936242 -1 2 100% 80.9% 987 0.79 / 0.14 = 5.64 ortholog_one2one: HOXD1 1
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]5[next]
[previous Mdom]1[next Mdom]

region 5 (region 1 for Mdom)
region5, score=9379 region5, score=9379 region5, score=9379
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob01.4.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 4 -i 187208613:187739147 -f 40e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=52.54 log_scoreRatio_sum=14.91 focal_scoreRatio_sum=13.97
AlnScore=9379 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 541.3 4 187208613 187285683 -1 6 85.3% 68.1% 1182 1 / 0.31 = 3.23 ortholog_one2many: ENSMODG00000009536 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 707.6 4 187417681 187421910 -1 4 83.8% 86.3% 1218 0.62 / 0.13 = 4.77 ortholog_one2one: EVX2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 562 4 187431202 187433173 1 2 100% 82.1% 999 0.61 / 0.13 = 4.69 ortholog_one2one: HOXD13 1
p4 q4 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q4 q4 403 4 187439427 187440514 1 2 98.9% 73.8% 816 0.66 / 0.27 = 2.44 ortholog_one2one: HOXD12 1
p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 447 4 187447938 187449659 1 2 100% 67.1% 915 0.53 / 0.19 = 2.79 ortholog_one2one: HOXD11 1
p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 645 4 187458195 187460683 1 2 100% 92.6% 1020 0.58 / 0.06 = 9.67 ortholog_one2one: HOXD10 1
p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 389 4 187464529 187465949 1 2 95.9% 61.6% 993 0.6 / 0.42 = 1.43 ortholog_one2one: HOXD9 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q8 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q8 q8 422 4 187472546 187473913 1 2 100% 71.3% 921 0.49 / 0.22 = 2.23 ortholog_one2one: HOXD8 1
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 385 4 187497377 187498661 1 2 100% 74.2% 714 0.51 / 0.3 = 1.7 ortholog_one2one: HOXD4 1
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 759 4 187515814 187518908 1 2 100% 83.5% 1299 0.56 / 0.17 = 3.29 ortholog_one2one: HOXD3 1
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 431 4 187537162 187538614 1 2 100% 65.2% 1014 0.79 / 0.31 = 2.55 ortholog_one2one: HOXD1 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 434.6 4 187709797 187739147 1 6 78.7% 89.7% 672 0.55 / 0.04 = 13.75 ortholog_one2one: MTX2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]6[next]
[previous Cfam]1[next Cfam]

region 6 (region 1 for Cfam)
region6, score=8278 region6, score=8278 region6, score=8278
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob01.36.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 36 -i 22759346:23161054 -f 30e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=89.55 log_scoreRatio_sum=12.88 focal_scoreRatio_sum=36.02
AlnScore=8278 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 692.8 36 22759346 22826897 -1 7 86.9% 81% 1245 1 / 0.12 = 8.33 ortholog_one2one: 478809 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 681 36 22914522 22918242 -1 3 100% 69.1% 1584 0.62 / 0.16 = 3.88 ortholog_one2one: EVX2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 172 36 22928994 22929335 1 1 34.3% 77.4% 342 0.61 / 0.73 = 0.84 noComparaHits: 3
p4 q4 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q4 q4 478 36 22934436 22935399 1 2 100% 84.5% 849 0.66 / 0.14 = 4.71 ortholog_one2one: HOXD12 1
p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 439 36 22941982 22943757 1 2 100% 64.1% 1095 0.53 / 0.21 = 2.52 ortholog_one2one: HOXD11 1
p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 693 36 22951611 22954001 1 2 100% 100% 1020 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: 488415 1
p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 268 36 22958266 22959115 1 2 48% 73.9% 540 0.6 / 0.6 = 1 noComparaHits: ENSCAFG00000023404 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q8 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q8 q8 404 36 22965937 22966947 1 2 68.6% 94.5% 597 0.49 / 0.26 = 1.88 ortholog_one2one: HOXD8 1
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 333 36 22987182 22988389 1 2 82.4% 76.4% 615 0.51 / 0.39 = 1.31 ortholog_one2one: HOXD4 1
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 531 36 23006364 23007248 1 1 71.5% 85.2% 885 0.56 / 0.42 = 1.33 ortholog_one2one: HOXD3 1
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 302 36 23022458 23023340 1 2 69.8% 69.7% 675 0.79 / 0.52 = 1.52 noComparaHits: 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 394.3 36 23143436 23161054 1 5 79.5% 87.7% 618 0.55 / 0.13 = 4.23 ortholog_one2one: 478811 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]7[next]
[previous Xtro]1[next Xtro]

region 7 (region 1 for Xtro)
region7, score=6880 region7, score=6880 region7, score=6880
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob01.scaffold_163.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_163 -i 476364:744115 -f 20e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=23.5 log_scoreRatio_sum=6.81 focal_scoreRatio_sum=6.56
AlnScore=6880 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 360.5 scaffold_163 728459 744115 1 5 54.7% 67.5% 726 1 / 0.54 = 1.85 ortholog_one2one: TEgg059c18.1 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 621 scaffold_163 659972 664035 1 3 98.9% 69.6% 1269 0.62 / 0.23 = 2.7 ortholog_one2one: EVX2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 457 scaffold_163 649601 652611 -1 2 100% 69.1% 894 0.61 / 0.29 = 2.1 ortholog_one2one: HOXD13 1
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 327 scaffold_163 633881 635453 -1 2 95.3% 56.3% 825 0.53 / 0.41 = 1.29 noComparaHits: 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 592 scaffold_163 624911 627904 -1 2 100% 85.6% 1014 0.58 / 0.14 = 4.14 ortholog_one2one: HOXD10 1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 293 scaffold_163 619634 620793 -1 2 94.7% 52.8% 765 0.6 / 0.56 = 1.07 ortholog_one2one: HOXD9 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q7 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q7 q7 282 scaffold_163 608268 609787 -1 2 95.5% 54.9% 657 0.49 / 0.48 = 1.02 ortholog_one2one: HOXD8 1
p10 q8 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q8 q8 337 scaffold_163 582346 583439 -1 2 100% 63.7% 777 0.51 / 0.38 = 1.34 between_species_paralog: HOXD4 1
p11 q9 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q9 q9 594 scaffold_163 567719 569361 -1 2 100% 68.2% 1248 0.56 / 0.35 = 1.6 ortholog_one2one: HOXD3 1
p12 q10 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q10 q10 271 scaffold_163 534709 536091 -1 2 99.4% 48.6% 906 0.79 / 0.57 = 1.39 ortholog_one2one: hoxd1 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q11 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q11 q11 404.2 scaffold_163 476364 496298 -1 6 78.7% 84.1% 642 0.55 / 0.11 = 5 ortholog_one2one: mtx2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]8[next]
[previous Ggal]1[next Ggal]

region 8 (region 1 for Ggal)
region8, score=5683 region8, score=5683 region8, score=5683
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob01.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 7 -i 17315309:17512501 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=19.22 log_scoreRatio_sum=3.28 focal_scoreRatio_sum=4.76
AlnScore=5683 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 350 7 17486635 17512501 1 4 48.1% 77.4% 636 1 / 0.55 = 1.82 ortholog_one2one: 424141 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 419.8 7 17444164 17447372 1 3 69.5% 69.3% 897 0.62 / 0.48 = 1.29 ortholog_one2one: EVX2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 221.8 7 17438755 17439670 -1 2 32.8% 93.7% 333 0.61 / 0.65 = 0.94 ortholog_one2one: HXD13_CHICK 3
p4 q4 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q4 q4 332 7 17431970 17433038 -1 2 97.5% 64.1% 807 0.66 / 0.4 = 1.65 ortholog_one2one: HXD12_CHICK 1
p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 160 7 17425088 17425324 -1 1 23.4% 96.2% 237 0.53 / 0.71 = 0.75 ortholog_one2one: NP_989951.1 2
p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 439 7 17416029 17416769 -1 1 72.9% 88.4% 741 0.58 / 0.36 = 1.61 ortholog_one2one: NP_997060.1 1
p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 198 7 17409077 17409745 -1 1 76.9% 46.2% 669 0.6 / 0.7 = 0.86 noComparaHits: NP_997060.1 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q8 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q8 q8 323 7 17402517 17404435 -1 2 57.9% 88.7% 504 0.49 / 0.4 = 1.23 noComparaHits: NP_997060.1 1
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 196 7 17386750 17387178 -1 1 61.2% 67.5% 429 0.51 / 0.64 = 0.8 ortholog_one2one: HXD4_CHICK 1
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 457 7 17369712 17370758 -1 1 82.4% 64.6% 1047 0.56 / 0.5 = 1.12 ortholog_one2one: HOXD3 1
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 147.4 7 17361528 17362441 -1 2 74.7% 37% 810 0.79 / 0.76 = 1.04 noComparaHits: HM1_CHICK 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 412 7 17315309 17322161 -1 6 80.2% 83.4% 687 0.55 / 0.09 = 6.11 ortholog_one2one: 424138 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]9[next]
[previous Gacu]1[next Gacu]

region 9 (region 1 for Gacu)
region9, score=3922 region9, score=3922 region9, score=3922
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob01.contig_5303.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_5303 -i 214375:277218 -f 47e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.57 log_scoreRatio_sum=1.99 focal_scoreRatio_sum=3.42
AlnScore=3922 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 246.5 contig_5303 214375 217990 -1 3 39.7% 50% 711 1 / 0.68 = 1.47 noComparaHits: ENSGACG00000004584 2
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 539 contig_5303 229470 231529 -1 3 99.6% 61.7% 1257 0.62 / 0.33 = 1.88 noComparaHits: ENSGACG00000004579 1
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 189.6 contig_5303 239842 241010 1 2 59.7% 56.5% 510 0.66 / 0.66 = 1 noComparaHits: ENSGACG00000004574 1
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 280 contig_5303 245547 246912 1 2 89.6% 51.3% 783 0.53 / 0.49 = 1.08 noComparaHits: ENSGACG00000004569 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 445 contig_5303 250305 252028 1 2 98.5% 67.8% 1005 0.58 / 0.35 = 1.66 noComparaHits: ENSGACG00000004564 1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 217.9 contig_5303 254123 255324 1 2 74.6% 49.2% 687 0.6 / 0.68 = 0.88 noComparaHits: Q4VQD4_GASAC 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 304 contig_5303 266163 267256 1 2 100% 61.2% 702 0.51 / 0.44 = 1.16 noComparaHits: ENSGACG00000004551 1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 551 contig_5303 275876 277218 1 2 96.3% 65.7% 1218 0.56 / 0.39 = 1.44 noComparaHits: ENSGACG00000004548 1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]10[next]
[previous Gacu]2[next Gacu]

region 10 (region 2 for Gacu)
region10, score=3922 region10, score=3922 region10, score=3922
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob02.groupXVI.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXVI -i 9792262:9855105 -f 47e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.57 log_scoreRatio_sum=1.99 focal_scoreRatio_sum=3.42
AlnScore=3922 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 246.5 groupXVI 9851490 9855105 1 3 39.7% 50% 711 1 / 0.68 = 1.47 ortholog_one2many: ENSGACG00000004584 2
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 539 groupXVI 9837951 9840010 1 3 99.6% 61.7% 1257 0.62 / 0.33 = 1.88 ortholog_one2one: ENSGACG00000004579 1
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 189.6 groupXVI 9828470 9829638 -1 2 59.7% 56.5% 510 0.66 / 0.66 = 1 noComparaHits: ENSGACG00000004574 1
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 280 groupXVI 9822568 9823933 -1 2 89.6% 51.3% 783 0.53 / 0.49 = 1.08 between_species_paralog: ENSGACG00000004569 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 445 groupXVI 9817452 9819175 -1 2 98.5% 67.8% 1005 0.58 / 0.35 = 1.66 ortholog_one2one: ENSGACG00000004564 1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 217.9 groupXVI 9814156 9815357 -1 2 74.6% 49.2% 687 0.6 / 0.68 = 0.88 ortholog_one2one: Q4VQD4_GASAC 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 304 groupXVI 9802224 9803317 -1 2 100% 61.2% 702 0.51 / 0.44 = 1.16 ortholog_one2one: ENSGACG00000004551 1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 551 groupXVI 9792262 9793604 -1 2 96.3% 65.7% 1218 0.56 / 0.39 = 1.44 ortholog_one2one: ENSGACG00000004548 1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]11[next]
[previous Trub]1[next Trub]

region 11 (region 1 for Trub)
region11, score=3930 region11, score=3930 region11, score=3930
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob01.scaffold_100.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_100 -i 339085:394942 -f 42e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.4 log_scoreRatio_sum=1.93 focal_scoreRatio_sum=3.46
AlnScore=3930 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 223.8 scaffold_100 390711 394942 1 3 40.7% 49.1% 666 1 / 0.71 = 1.41 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000143408 2
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 513 scaffold_100 378378 380283 1 3 97.9% 60.8% 1248 0.62 / 0.37 = 1.68 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000158421 1
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 205.5 scaffold_100 371715 372790 -1 2 73.7% 54.2% 630 0.66 / 0.63 = 1.05 noComparaHits: NEWSINFRUG00000120943 1
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 280 scaffold_100 366031 367381 -1 2 100% 47.7% 858 0.53 / 0.49 = 1.08 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000162044 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 451 scaffold_100 361352 362879 -1 2 99.1% 68.2% 999 0.58 / 0.34 = 1.71 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000124778 1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 244.6 scaffold_100 358386 359535 -1 2 68.4% 55.6% 621 0.6 / 0.64 = 0.94 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000124776 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 308 scaffold_100 348414 349464 -1 2 100% 62.2% 699 0.51 / 0.44 = 1.16 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000124775 1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 536 scaffold_100 339085 340364 -1 2 96.3% 63.8% 1227 0.56 / 0.41 = 1.37 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000124774 1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]12[next]
[previous Drer]1[next Drer]

region 12 (region 1 for Drer)
region12, score=4111 region12, score=4111 region12, score=4111
syntenyRegion: Danio_rerio.glob01.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 9 -i 1553343:2354366 -f 60e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=11.75 log_scoreRatio_sum=1.89 focal_scoreRatio_sum=3.79
AlnScore=4111 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 144.4 9 2338539 2354366 1 2 23.1% 60.6% 297 1 / 0.81 = 1.23 ortholog_one2many: ENSDARG00000063646 2
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 588 9 1618717 1621062 1 3 100% 66.7% 1260 0.62 / 0.27 = 2.3 ortholog_one2many: evx2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 180.3 9 1603330 1605831 -1 2 65.1% 41.9% 657 0.61 / 0.72 = 0.85 noComparaHits: hoxd13a 6
p4 q4 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q4 q4 119 9 1597990 1598232 -1 1 29.1% 70.4% 243 0.66 / 0.78 = 0.85 noComparaHits: hoxd12a 2
p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 271 9 1591957 1593647 -1 2 100% 46.5% 846 0.53 / 0.51 = 1.04 between_species_paralog: hoxd11a 1
p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 472 9 1583877 1585587 -1 2 99.7% 69.7% 996 0.58 / 0.31 = 1.87 ortholog_one2many: hoxd10a 1
p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 264 9 1580195 1581290 -1 2 99.4% 47.9% 780 0.6 / 0.61 = 0.98 ortholog_one2many: hoxd9a 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q8 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q8 q8 305 9 1565271 1566370 -1 2 100% 60.9% 711 0.51 / 0.44 = 1.16 ortholog_one2one: hoxd4a 1
p11 q9 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q9 q9 562 9 1553343 1554792 -1 2 100% 65.1% 1242 0.56 / 0.38 = 1.47 noComparaHits: ENSDARG00000059280 ;
hoxd3a 		1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]13[next]
[previous Olat]1[next Olat]

region 13 (region 1 for Olat)
region13, score=3778 region13, score=3778 region13, score=3778
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob01.21.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 21 -i 24538670:24637174 -f 74e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.12 log_scoreRatio_sum=1.68 focal_scoreRatio_sum=3.32
AlnScore=3778 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 217.6 21 24538670 24543652 -1 3 38.3% 58.5% 474 1 / 0.72 = 1.39 ortholog_one2many: ENSORLG00000017531 2
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 514 21 24590614 24592238 -1 3 75.8% 74% 1014 0.62 / 0.36 = 1.72 ortholog_one2one: Q2WFR6_ORYLA 1
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 191.1 21 24601819 24602905 1 2 57.6% 57.9% 492 0.66 / 0.65 = 1.02 noComparaHits: Q3V5Z4_ORYLA 1
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 225.2 21 24606914 24608290 1 2 68.3% 52.4% 564 0.53 / 0.59 = 0.9 between_species_paralog: Q3V5Z5_ORYLA 3
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 418 21 24611625 24613192 1 2 100% 63.4% 1044 0.58 / 0.39 = 1.49 ortholog_one2one: Q9PVQ4_ORYLA 1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 243 21 24614922 24616093 1 2 74.6% 50% 717 0.6 / 0.64 = 0.94 ortholog_one2one: HXD9_ORYLA 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 310 21 24626722 24627802 1 2 100% 61.6% 708 0.51 / 0.43 = 1.19 ortholog_one2one: Q3V5Z8_ORYLA 1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 560 21 24635889 24637174 1 2 96.3% 66.7% 1203 0.56 / 0.38 = 1.47 ortholog_one2one: Q3V5Z9_ORYLA 1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]14[next]
[previous Tnig]1[next Tnig]

region 14 (region 1 for Tnig)
region14, score=3743 region14, score=3743 region14, score=3743
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 2 -i 11075386:11132794 -f 43e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=9.8 log_scoreRatio_sum=1.51 focal_scoreRatio_sum=3.22
AlnScore=3743 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 217.2 2 11128959 11132794 1 3 49.5% 43% 771 1 / 0.72 = 1.39 ortholog_one2one: GSTENG00031457001 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 447 2 11117044 11118889 1 3 92.4% 55.9% 1194 0.62 / 0.45 = 1.38 ortholog_one2many: HOXD-EVX ;
GSTENG00031458001 		1
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 197.1 2 11110368 11111376 -1 2 68.7% 53.2% 609 0.66 / 0.64 = 1.03 noComparaHits: GSTENG00031459001 ;
HOXD12 ;
GSTENG00031460001 		1
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 285 2 11104973 11106367 -1 2 93.8% 51.4% 765 0.53 / 0.48 = 1.1 between_species_paralog: HOXD11 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 414 2 11100577 11102062 -1 2 99.1% 64.4% 993 0.58 / 0.4 = 1.45 ortholog_one2many: GSTENG00031461001 ;
HOXD10 		1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 207 2 11097829 11098947 -1 1 98.5% 39.1% 1119 0.6 / 0.69 = 0.87 ortholog_one2one: GSTENG00031462001 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 316.1 2 11087917 11088977 -1 3 100% 58.1% 774 0.51 / 0.42 = 1.21 between_species_paralog: GSTENG00031463001 ;
HOXD4 		1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 539 2 11075386 11076667 -1 2 96.3% 66% 1185 0.56 / 0.41 = 1.37 ortholog_one2many: GSTENG00031464001 ;
HOXD3 		1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]15[next]
[previous Gacu]3[next Gacu]

region 15 (region 3 for Gacu)
region15, score=1758 region15, score=1758 region15, score=1758
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob07.groupVI.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupVI -i 16143064:16188136 -f 34e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.6 log_scoreRatio_sum=1.21 focal_scoreRatio_sum=1.61
AlnScore=1758 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 288.8 groupVI 16143064 16145858 -1 4 43.9% 51.8% 825 1 / 0.63 = 1.59 ortholog_one2many: ENSGACG00000011901 1
p2 --- gapq ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 134 groupVI 16162358 16162570 1 1 20.8% 87.3% 213 0.6 / 0.8 = 0.75 noComparaHits: ENSGACG00000011902 6
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q3 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q3 q3 208.9 groupVI 16181214 16182596 1 2 88.2% 49% 684 0.51 / 0.62 = 0.82 noComparaHits: ENSGACG00000011907 5
p11 --- gapq ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q4 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q4 q4 381.3 groupVI 16186214 16188136 1 6 85.9% 61.3% 891 0.55 / 0.16 = 3.44 ortholog_one2one: ENSGACG00000011909 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]16[next]
[previous Drer]2[next Drer]

region 16 (region 2 for Drer)
region16, score=2764 region16, score=2764 region16, score=2764
syntenyRegion: Danio_rerio.glob04.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 2 -i 12067413:12108344 -f 31e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.83 log_scoreRatio_sum=1.12 focal_scoreRatio_sum=3
AlnScore=2764 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 588 2 12105996 12108344 1 3 100% 66.7% 1260 0.62 / 0.27 = 2.3 ortholog_one2many: evx2 1
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 180.3 2 12090569 12093068 -1 2 65.1% 41.9% 657 0.61 / 0.72 = 0.85 noComparaHits: hoxd13a 6
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 119 2 12085228 12085470 -1 1 29.1% 70.4% 243 0.66 / 0.78 = 0.85 noComparaHits: hoxd12a 2
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 271 2 12079179 12080879 -1 2 100% 46.5% 846 0.53 / 0.51 = 1.04 between_species_paralog: hoxd11a 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 470 2 12071103 12072810 -1 2 99.4% 69.6% 993 0.58 / 0.32 = 1.81 ortholog_one2many: hoxd10a 2
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 264 2 12067419 12068514 -1 2 99.4% 47.9% 780 0.6 / 0.61 = 0.98 ortholog_one2many: hoxd9a 1
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]17[next]
[previous Gacu]4[next Gacu]

region 17 (region 4 for Gacu)
region17, score=1095 region17, score=1095 region17, score=1095
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob18.contig_4903.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_4903 -i 5131:10922 -f 43e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.14 log_scoreRatio_sum=0.88 focal_scoreRatio_sum=0.61
AlnScore=1095 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q1 q1 145 contig_4903 10671 10922 -1 1 32.9% 77.4% 252 0.51 / 0.73 = 0.7 noComparaHits: 6
p11 --- gapq ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q2 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q2 q2 381.3 contig_4903 5131 7053 -1 6 85.9% 61.3% 891 0.55 / 0.16 = 3.44 noComparaHits: ENSGACG00000011909 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]18[next]
[previous Olat]2[next Olat]

region 18 (region 2 for Olat)
region18, score=1586 region18, score=1586 region18, score=1586
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob05.15.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 15 -i 4337486:4400015 -f 47e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.74 log_scoreRatio_sum=0.45 focal_scoreRatio_sum=1.38
AlnScore=1586 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 297.7 15 4394562 4400015 1 5 57% 51.4% 849 1 / 0.62 = 1.61 ortholog_one2many: ENSORLG00000001366 1
p2 --- gapq ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 133 15 4374398 4374607 -1 1 20.5% 87.1% 210 0.6 / 0.8 = 0.75 noComparaHits: Q9PVR1_ORYLA 6
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q3 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q3 q3 217.9 15 4350793 4351949 -1 2 91% 52.1% 699 0.51 / 0.6 = 0.85 noComparaHits: Q3V5Z3_ORYLA 5
p11 --- gapq ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q4 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q4 q4 290.7 15 4337486 4342821 -1 4 65.8% 67.2% 603 0.55 / 0.36 = 1.53 ortholog_one2one: ENSORLG00000001332 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]19[next]
[previous Trub]2[next Trub]

region 19 (region 2 for Trub)
region19, score=1570 region19, score=1570 region19, score=1570
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob05.scaffold_39.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_39 -i 568162:603585 -f 27e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.76 log_scoreRatio_sum=0.42 focal_scoreRatio_sum=1.38
AlnScore=1570 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 348.3 scaffold_39 568162 571367 -1 6 55.1% 54.5% 960 1 / 0.55 = 1.82 noComparaHits: NEWSINFRUG00000161011 ;
NEWSINFRUG00000164545 ;
NEWSINFRUG00000148695 		1
p2 --- gapq ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 132 scaffold_39 584702 584911 1 1 20.5% 85.7% 210 0.6 / 0.8 = 0.75 noComparaHits: Q4VN43_FUGRU 6
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q3 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q3 q3 201.5 scaffold_39 597373 598598 1 2 83.9% 47.6% 654 0.51 / 0.63 = 0.81 noComparaHits: NEWSINFRUG00000162165 5
p11 --- gapq ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q4 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q4 q4 268.7 scaffold_39 601883 603036 1 4 82.5% 49.5% 876 0.55 / 0.4 = 1.38 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000144217 1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]20[next]
[previous Tnig]2[next Tnig]

region 20 (region 2 for Tnig)
region20, score=535 region20, score=535 region20, score=535
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob07.Un_random.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l Un_random -i 80676474:80677664 -f 89e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.22 log_scoreRatio_sum=0.2 focal_scoreRatio_sum=0.24
AlnScore=535 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q1 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q1 q1 491 Un_random 80676474 80677664 -1 3 88.9% 65.2% 1092 0.56 / 0.46 = 1.22 ortholog_one2many: GSTENG00003053001 2
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]21[next]
[previous Gacu]5[next Gacu]

region 21 (region 5 for Gacu)
region21, score=551 region21, score=551 region21, score=551
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob13.contig_4905.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_4905 -i 15850:35383 -f 15e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.34 log_scoreRatio_sum=0.18 focal_scoreRatio_sum=0.98
AlnScore=551 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 288.8 contig_4905 32589 35383 1 4 43.9% 51.8% 825 1 / 0.63 = 1.59 noComparaHits: ENSGACG00000011901 1
p2 --- gapq ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 134 contig_4905 15877 16089 -1 1 20.8% 87.3% 213 0.6 / 0.8 = 0.75 noComparaHits: ENSGACG00000011902 6
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]22[next]
[previous Trub]3[next Trub]

region 22 (region 3 for Trub)
region22, score=408 region22, score=408 region22, score=408
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob12.scaffold_3110.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_3110 -i 2177:3814 -f 12e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.03 log_scoreRatio_sum=0.03 focal_scoreRatio_sum=0.21
AlnScore=408 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 265 scaffold_3110 2177 3805 1 2 89% 47.8% 858 0.61 / 0.59 = 1.03 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000160125 2
p4 --- gape ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gape ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]23[next]
[previous Ggal]2[next Ggal]

region 23 (region 2 for Ggal)
region23, score=385 region23, score=385 region23, score=385
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob09.Un_random.minQN4.fac2.05.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 4242278:4245456 -f 24e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1 log_scoreRatio_sum=0 focal_scoreRatio_sum=0.2
AlnScore=385 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 250 Un_random 4242278 4245456 1 2 60% 56.8% 618 0.61 / 0.61 = 1 between_species_paralog: HOXC13 1
p4 --- gape ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gape ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]24[next]
[previous Drer]3[next Drer]

region 24 (region 3 for Drer)
region24, score=384 region24, score=384 region24, score=384
syntenyRegion: Danio_rerio.glob16.6.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 6 -i 37029844:37032258 -f 18e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1 log_scoreRatio_sum=0 focal_scoreRatio_sum=0.2
AlnScore=384 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 249 6 37029844 37032258 -1 2 89.9% 44.6% 780 0.61 / 0.61 = 1 between_species_paralog: hoxc13b 3
p4 --- gape ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gape ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]25[next]
[previous Tnig]3[next Tnig]

region 25 (region 3 for Tnig)
region25, score=1192 region25, score=1192 region25, score=1192
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob06.17.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 17 -i 9564414:9598839 -f 26e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.21 log_scoreRatio_sum=0 focal_scoreRatio_sum=1.13
AlnScore=1192 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q1 q1 113 17 9576378 9576557 1 1 17.5% 85% 180 0.6 / 0.83 = 0.72 noComparaHits: GSTENG00018723001 ;
HOXDb9 		9
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q2 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q2 q2 206.5 17 9593474 9594639 1 2 85.5% 48.9% 666 0.51 / 0.62 = 0.82 noComparaHits: HOXDb4 ;
GSTENG00018723001 		5
p11 --- gapq ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q3 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q3 q3 301.6 17 9597464 9598839 1 5 68.4% 60.3% 696 0.55 / 0.33 = 1.67 ortholog_one2one: GSTENG00018722001 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]26[next]
[previous Gacu]6[next Gacu]

region 26 (region 6 for Gacu)
region26, score=1224 region26, score=1224 region26, score=1224
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob12.contig_2345.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2345 -i 57:23907 -f 18e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.95 log_scoreRatio_sum=-0.04 focal_scoreRatio_sum=1.01
AlnScore=1224 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 249 contig_2345 22662 23907 -1 2 72.2% 56.9% 687 0.61 / 0.61 = 1 noComparaHits: Q9PWC4_GASAC 4
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q2 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q2 q2 251 contig_2345 11804 13419 -1 2 84.6% 50.2% 807 0.53 / 0.54 = 0.98 noComparaHits: ENSGACG00000007132 2
p6 q3 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q3 q3 271 contig_2345 4545 6319 -1 2 97.9% 49.4% 1038 0.58 / 0.6 = 0.97 noComparaHits: ENSGACG00000007128 2
p7 --- gape ENSP00000249499 HOXD9 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]27[next]
[previous Gacu]7[next Gacu]

region 27 (region 7 for Gacu)
region27, score=1318 region27, score=1318 region27, score=1318
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob08.contig_2643.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2643 -i 4952:46955 -f 32e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.93 log_scoreRatio_sum=-0.06 focal_scoreRatio_sum=1.54
AlnScore=1318 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q1 q1 254 contig_2643 45188 46955 -1 2 66.7% 58.1% 591 0.6 / 0.62 = 0.97 noComparaHits: ENSGACG00000009396 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q2 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q2 q2 274 contig_2643 39207 41140 -1 2 90.3% 54.9% 672 0.49 / 0.49 = 1 noComparaHits: ENSGACG00000009401 1
--- q3 gapp - - - q3 - - - - - - - - - - - -
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p10 q5 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q5 q5 257.1 contig_2643 14513 15813 -1 2 100% 53.8% 792 0.51 / 0.53 = 0.96 noComparaHits: ENSGACG00000009421 2
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]28[next]
[previous Ggal]3[next Ggal]

region 28 (region 3 for Ggal)
region28, score=400 region28, score=400 region28, score=400
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob08.Un_random.minQN4.fac2.04.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 11038122:11040291 -f 16e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.9 log_scoreRatio_sum=-0.1 focal_scoreRatio_sum=0.3
AlnScore=400 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q1 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q1 q1 222.7 Un_random 11038122 11040291 -1 2 99.1% 41.8% 849 0.53 / 0.59 = 0.9 between_species_paralog: HOXC11 1
p6 --- gape ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]29[next]
[previous Gacu]8[next Gacu]

region 29 (region 8 for Gacu)
region29, score=407 region29, score=407 region29, score=407
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob20.contig_2645.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2645 -i 14:19677 -f 15e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.9 log_scoreRatio_sum=-0.1 focal_scoreRatio_sum=0.3
AlnScore=407 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q1 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q1 q1 226.5 contig_2645 7504 9697 -1 2 76.9% 48.9% 660 0.53 / 0.59 = 0.9 noComparaHits: ENSGACG00000009392 4
p6 --- gape ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]30[next]
[previous Gacu]9[next Gacu]

region 30 (region 9 for Gacu)
region30, score=517 region30, score=517 region30, score=517
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob11.contig_9872.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_9872 -i 61563:92385 -f 23e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.84 log_scoreRatio_sum=-0.16 focal_scoreRatio_sum=0.34
AlnScore=517 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000302548 HOXD4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p11 q1 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q1 q1 312 contig_9872 88587 92385 -1 2 79.9% 49.7% 1170 0.56 / 0.65 = 0.86 noComparaHits: ENSGACG00000005631 3
--- q2 gapp - - - q2 - - - - - - - - - - - -
p12 q3 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q3 q3 118 contig_9872 61596 61883 -1 1 32.3% 61.3% 288 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: ENSGACG00000005635 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]31[next]
[previous Mmul]2[next Mmul]

region 31 (region 2 for Mmul)
region31, score=248 region31, score=248 region31, score=248
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob05.1099214175475.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 1099214175475 -i 300:578 -f 21e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.8 log_scoreRatio_sum=-0.21 focal_scoreRatio_sum=0.8
AlnScore=248 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q1 q1 169 1099214175475 321 578 1 1 25.1% 94.2% 258 0.6 / 0.75 = 0.8 noComparaHits: 4
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]32[next]
[previous Xtro]2[next Xtro]

region 32 (region 2 for Xtro)
region32, score=3255 region32, score=3255 region32, score=3255
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob03.scaffold_226.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_226 -i 281096:558409 -f 21e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.79 log_scoreRatio_sum=-0.22 focal_scoreRatio_sum=3
AlnScore=3255 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 264 scaffold_226 281096 284136 1 2 71.6% 51.3% 777 0.61 / 0.59 = 1.03 between_species_paralog: ENSXETG00000025184 3
p4 q2 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q2 q2 186.3 scaffold_226 343006 344320 1 2 98.2% 43.1% 774 0.66 / 0.66 = 1 noComparaHits: ENSXETG00000023470 1
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 224.7 scaffold_226 362428 364625 1 2 97.9% 41.4% 858 0.53 / 0.59 = 0.9 ortholog_one2many: HOXC11 3
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 302 scaffold_226 374651 378201 1 2 78.5% 56.9% 795 0.58 / 0.56 = 1.04 noComparaHits: HOXC10 2
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 252 scaffold_226 388156 390489 1 2 76% 53.2% 765 0.6 / 0.62 = 0.97 noComparaHits: hoxc9 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 273 scaffold_226 396316 398530 1 2 90.7% 56.6% 648 0.49 / 0.5 = 0.98 between_species_paralog: hoxc8 3
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 273.4 scaffold_226 463073 464312 1 2 100% 55.6% 795 0.51 / 0.5 = 1.02 between_species_paralog: HOXC4 2
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 303.6 scaffold_226 555793 558409 1 2 96.3% 44% 1194 0.56 / 0.66 = 0.85 noComparaHits: ENSXETG00000025181 4
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]33[next]
[previous Drer]4[next Drer]

region 33 (region 4 for Drer)
region33, score=211 region33, score=211 region33, score=211
syntenyRegion: Danio_rerio.glob09.24.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 24 -i 25215421:25218746 -f 25e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.77 log_scoreRatio_sum=-0.25 focal_scoreRatio_sum=0.77
AlnScore=211 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q1 q1 144 24 25218450 25218674 1 1 21.9% 86.7% 225 0.6 / 0.78 = 0.77 between_species_paralog: hoxb9a 3
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]34[next]
[previous Trub]4[next Trub]

region 34 (region 4 for Trub)
region34, score=208 region34, score=208 region34, score=208
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob09.scaffold_4108.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_4108 -i 5942:6187 -f 18e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.76 log_scoreRatio_sum=-0.26 focal_scoreRatio_sum=0.76
AlnScore=208 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q1 q1 142 scaffold_4108 5963 6187 1 1 21.9% 86.7% 225 0.6 / 0.79 = 0.76 noComparaHits: NEWSINFRUG00000159744 4
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]35[next]
[previous Btau]2[next Btau]

region 35 (region 2 for Btau)
region35, score=1848 region35, score=1848 region35, score=1848
syntenyRegion: Bos_taurus.glob04.4.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 4 -i 40097176:40179364 -f 62e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.73 log_scoreRatio_sum=-0.28 focal_scoreRatio_sum=2.05
AlnScore=1848 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 320 4 40097176 40098505 -1 2 67.6% 55.4% 804 0.62 / 0.6 = 1.03 between_species_paralog: EVX1 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 207.1 4 40142887 40144076 1 2 44.8% 64.6% 474 0.61 / 0.68 = 0.9 between_species_paralog: HOXA13 3
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 262 4 40157129 40159489 1 2 83.7% 54% 738 0.53 / 0.52 = 1.02 between_species_paralog: HOXA11 1
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 214.7 4 40169001 40171084 1 2 43.8% 71% 465 0.58 / 0.69 = 0.84 noComparaHits: HOXA10 2
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 244.5 4 40177480 40179364 1 2 88.3% 47.5% 834 0.6 / 0.64 = 0.94 between_species_paralog: HOXA9 3
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]36[next]
[previous Ggal]4[next Ggal]

region 36 (region 4 for Ggal)
region36, score=309 region36, score=309 region36, score=309
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob06.Un_random.minQN4.fac2.03.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 376714:377022 -f 23e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.74 log_scoreRatio_sum=-0.29 focal_scoreRatio_sum=0.19
AlnScore=309 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q1 q1 170 Un_random 376735 377022 -1 1 37.6% 85.4% 288 0.51 / 0.69 = 0.74 between_species_paralog: HOXB4 3
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]37[next]
[previous Trub]5[next Trub]

region 37 (region 5 for Trub)
region37, score=2767 region37, score=2767 region37, score=2767
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob04.scaffold_66.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_66 -i 126560:194452 -f 51e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.72 log_scoreRatio_sum=-0.3 focal_scoreRatio_sum=2.71
AlnScore=2767 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 279 scaffold_66 191852 194452 -1 2 79.7% 51.2% 801 0.61 / 0.56 = 1.09 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000149366 1
p4 q2 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q2 q2 181.8 scaffold_66 183469 185171 -1 2 85.6% 42.4% 705 0.66 / 0.67 = 0.99 noComparaHits: NEWSINFRUG00000164408 2
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 223.2 scaffold_66 171700 173835 -1 2 76% 49% 648 0.53 / 0.59 = 0.9 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000149367 3
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 206.6 scaffold_66 162838 165131 -1 2 69.7% 48.8% 717 0.58 / 0.7 = 0.83 noComparaHits: NEWSINFRUG00000146333 3
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 251 scaffold_66 154997 156667 -1 2 66.7% 57.3% 591 0.6 / 0.63 = 0.95 between_species_paralog: HXC9_FUGRU 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 279 scaffold_66 149211 151058 -1 2 92.8% 55% 693 0.49 / 0.48 = 1.02 ortholog_one2many: O42503_FUGRU 1
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 251.5 scaffold_66 126560 127863 -1 2 100% 53.5% 792 0.51 / 0.54 = 0.94 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000146324 3
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]38[next]
[previous Gacu]10[next Gacu]

region 38 (region 10 for Gacu)
region38, score=204 region38, score=204 region38, score=204
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob17.contig_2644.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2644 -i 2418:2705 -f 22e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.73 log_scoreRatio_sum=-0.3 focal_scoreRatio_sum=0.37
AlnScore=204 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q1 q1 142 contig_2644 2418 2693 -1 1 27.1% 72.8% 276 0.58 / 0.79 = 0.73 noComparaHits: 5
p7 --- gape ENSP00000249499 HOXD9 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]39[next]
[previous Olat]3[next Olat]

region 39 (region 3 for Olat)
region39, score=2764 region39, score=2764 region39, score=2764
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob04.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 7 -i 12836772:12915743 -f 59e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.71 log_scoreRatio_sum=-0.31 focal_scoreRatio_sum=2.72
AlnScore=2764 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 274 7 12836772 12839091 1 2 79.7% 51.9% 756 0.61 / 0.57 = 1.07 between_species_paralog: Q3V600_ORYLA 1
p4 q2 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q2 q2 185.3 7 12845783 12847609 1 2 89.9% 42.5% 735 0.66 / 0.66 = 1 noComparaHits: Q3V601_ORYLA 2
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 228.7 7 12857104 12859662 1 2 88.2% 44.3% 837 0.53 / 0.58 = 0.91 between_species_paralog: Q90ZG3_ORYLA 2
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 205.9 7 12866025 12868489 1 2 92.6% 42.9% 921 0.58 / 0.7 = 0.83 noComparaHits: Q3V603_ORYLA 4
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 255 7 12875582 12877170 1 2 66.7% 58.7% 591 0.6 / 0.62 = 0.97 between_species_paralog: HXC9_ORYLA 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 274 7 12880841 12882567 1 2 90.7% 56.6% 648 0.49 / 0.49 = 1 noComparaHits: HXC9_ORYLA ;
Q3V609_ORYLA 		1
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 247.4 7 12904751 12905965 1 2 91.4% 56.6% 699 0.51 / 0.55 = 0.93 between_species_paralog: HXC4_ORYLA 3
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]40[next]
[previous Tnig]4[next Tnig]

region 40 (region 4 for Tnig)
region40, score=2766 region40, score=2766 region40, score=2766
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob03.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 9 -i 4184090:4253147 -f 52e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.7 log_scoreRatio_sum=-0.31 focal_scoreRatio_sum=2.72
AlnScore=2766 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 271 9 4184090 4186692 1 2 79.7% 51.5% 756 0.61 / 0.58 = 1.05 between_species_paralog: HOXC13 ;
GSTENG00028043001 		1
p4 q2 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q2 q2 185.2 9 4193048 4194863 1 2 98.9% 41.2% 801 0.66 / 0.66 = 1 noComparaHits: HOXC12 ;
GSTENG00028042001 		2
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 224.3 9 4205466 4207565 1 2 76% 49.4% 648 0.53 / 0.59 = 0.9 between_species_paralog: GSTENG00028041001 ;
HOXC11 		4
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 209.8 9 4213950 4216213 1 2 84.4% 43.6% 870 0.58 / 0.69 = 0.84 noComparaHits: HOXC10 ;
GSTENG00028041001 		4
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 252 9 4222544 4224247 1 2 66.7% 57.6% 594 0.6 / 0.62 = 0.97 between_species_paralog: HOXC9 ;
GSTENG00028039001 		1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 276 9 4228016 4229940 1 2 89.7% 57.3% 639 0.49 / 0.49 = 1 ortholog_one2many: HOXC8 1
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 252.5 9 4251930 4253138 1 2 91.8% 57% 705 0.51 / 0.54 = 0.94 between_species_paralog: GSTENG00028038001 ;
HOXC4 		2
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]41[next]
[previous Gacu]11[next Gacu]

region 41 (region 11 for Gacu)
region41, score=2603 region41, score=2603 region41, score=2603
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob06.groupXII.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXII -i 11575579:11674038 -f 74e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.68 log_scoreRatio_sum=-0.34 focal_scoreRatio_sum=2.63
AlnScore=2603 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 276 groupXII 11575579 11578147 1 2 79.1% 52.2% 756 0.61 / 0.57 = 1.07 between_species_paralog: ENSGACG00000009389 1
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q2 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q2 q2 226.5 groupXII 11597276 11599469 1 2 76.9% 48.9% 660 0.53 / 0.59 = 0.9 between_species_paralog: ENSGACG00000009392 4
p6 q3 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q3 q3 201.3 groupXII 11606255 11609065 1 2 94.1% 41.2% 981 0.58 / 0.7 = 0.83 noComparaHits: ENSGACG00000009394 3
p7 q4 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q4 q4 254 groupXII 11616265 11618032 1 2 66.7% 58.1% 591 0.6 / 0.62 = 0.97 between_species_paralog: ENSGACG00000009396 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q5 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q5 q5 274 groupXII 11622080 11624013 1 2 90.3% 54.9% 672 0.49 / 0.49 = 1 ortholog_one2many: ENSGACG00000009401 1
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
p10 q8 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q8 q8 257.1 groupXII 11647407 11648707 1 2 100% 53.8% 792 0.51 / 0.53 = 0.96 between_species_paralog: ENSGACG00000009421 2
p11 --- gapq ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q9 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q9 q9 106 groupXII 11673811 11674017 1 1 21% 72.5% 207 0.79 / 0.83 = 0.95 noComparaHits: ENSGACG00000009431 4
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]42[next]
[previous Mmul]3[next Mmul]

region 42 (region 3 for Mmul)
region42, score=2699 region42, score=2699 region42, score=2699
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob04.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 11 -i 51037199:51154580 -f 88e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.63 log_scoreRatio_sum=-0.39 focal_scoreRatio_sum=2.77
AlnScore=2699 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 142 11 51037199 51037708 1 1 49.9% 41.8% 510 0.61 / 0.78 = 0.78 between_species_paralog: HOXC13 4
--- q2 gapp - - - q2 - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 197.9 11 51052937 51054562 1 2 100% 43.4% 858 0.66 / 0.64 = 1.03 noComparaHits: HOXC12 2
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 235.4 11 51071372 51073476 1 2 99.1% 44.3% 843 0.53 / 0.57 = 0.93 ortholog_one2many: HOXC11 3
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 264.1 11 51083777 51087885 1 2 80% 51.2% 831 0.58 / 0.61 = 0.95 noComparaHits: HOXC10 2
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 266 11 51098616 51101080 1 2 67.8% 59.2% 600 0.6 / 0.6 = 1 ortholog_one2many: HOXC9 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q7 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q7 q7 270 11 51107689 51109683 1 2 89.7% 52.4% 666 0.49 / 0.5 = 0.98 between_species_paralog: HOXC8 2
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 253.3 11 51153294 51154580 1 2 100% 52% 792 0.51 / 0.53 = 0.96 between_species_paralog: HOXC4 2
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]43[next]
[previous Hsap]2[next Hsap]

region 43 (region 2 for Hsap)
region43, score=2075 region43, score=2075 region43, score=2075
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob03.17.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 17 -i 43961923:44160786 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.62 log_scoreRatio_sum=-0.4 focal_scoreRatio_sum=1.88
AlnScore=2075 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Homo_sapiens
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 227 17 44159157 44160786 -1 2 70.7% 48.1% 663 0.61 / 0.64 = 0.95 within_species_paralog: HOXB13 3
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 145 17 44055273 44055494 -1 1 21.6% 89.2% 222 0.6 / 0.78 = 0.77 within_species_paralog: HOXB9 4
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q3 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q3 q3 269 17 44045623 44047065 -1 2 94.8% 53.3% 672 0.49 / 0.5 = 0.98 within_species_paralog: HOXB8 3
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 249.4 17 44009128 44010680 -1 2 89.8% 54.1% 726 0.51 / 0.54 = 0.94 within_species_paralog: HOXB4 3
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 398 17 43982698 43984856 -1 2 97.2% 52.3% 1233 0.56 / 0.56 = 1 within_species_paralog: HOXB3 2
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q10 q10 115 17 43961923 43962234 -1 1 31.7% 60% 312 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: HOXB1 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]44[next]
[previous Mmus]2[next Mmus]

region 44 (region 2 for Mmus)
region44, score=2082 region44, score=2082 region44, score=2082
syntenyRegion: Mus_musculus.glob03.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 11 -i 96010704:96183205 -f 13e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.63 log_scoreRatio_sum=-0.4 focal_scoreRatio_sum=1.89
AlnScore=2082 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 229 11 96010704 96012313 1 2 72.5% 48% 684 0.61 / 0.64 = 0.95 between_species_paralog: Hoxb13 3
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 145 11 96090716 96090937 1 1 21.6% 89.2% 222 0.6 / 0.78 = 0.77 between_species_paralog: Hoxb9 4
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q3 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q3 q3 270 11 96099053 96100527 1 2 98.6% 52.6% 699 0.49 / 0.5 = 0.98 between_species_paralog: Hoxb8 2
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 240.3 11 96134860 96136373 1 2 89.8% 54.7% 708 0.51 / 0.56 = 0.91 between_species_paralog: Hoxb4 3
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 418 11 96160327 96162486 1 2 96.8% 54.8% 1224 0.56 / 0.54 = 1.04 between_species_paralog: Hoxb3 2
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q10 q10 114 11 96182903 96183118 1 1 22.3% 75.3% 216 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: Hoxb1 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]45[next]
[previous Trub]6[next Trub]

region 45 (region 6 for Trub)
region45, score=221 region45, score=221 region45, score=221
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob10.scaffold_3809.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_3809 -i 5460:5702 -f 18e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.66 log_scoreRatio_sum=-0.41 focal_scoreRatio_sum=0.17
AlnScore=221 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q1 q1 122 scaffold_3809 5472 5702 1 1 30.2% 75.3% 231 0.51 / 0.77 = 0.66 noComparaHits: NEWSINFRUG00000159821 7
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]46[next]
[previous Drer]5[next Drer]

region 46 (region 5 for Drer)
region46, score=710 region46, score=710 region46, score=710
syntenyRegion: Danio_rerio.glob10.3.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 3 -i 24709958:24717334 -f 55e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.65 log_scoreRatio_sum=-0.42 focal_scoreRatio_sum=0.5
AlnScore=710 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q1 q1 275 3 24715898 24717334 -1 2 95.9% 52.7% 681 0.49 / 0.49 = 1 between_species_paralog: hoxb8a 2
p10 q2 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q2 q2 114 3 24709982 24710179 -1 1 25.9% 77.3% 198 0.51 / 0.79 = 0.65 noComparaHits: hoxb7a 9
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]47[next]
[previous Ggal]5[next Ggal]

region 47 (region 5 for Ggal)
region47, score=113 region47, score=113 region47, score=113
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob07.1.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 1 -i 180355088:180368171 -f 98e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.64 log_scoreRatio_sum=-0.44 focal_scoreRatio_sum=0.13
AlnScore=113 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q1 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q1 q1 104 1 180367578 180368063 -1 1 37% 43.3% 486 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: IPF1 6
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]48[next]
[previous Btau]3[next Btau]

region 48 (region 3 for Btau)
region48, score=117 region48, score=117 region48, score=117
syntenyRegion: Bos_taurus.glob06.12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 12 -i 17059616:17152307 -f 70e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.64 log_scoreRatio_sum=-0.44 focal_scoreRatio_sum=0.13
AlnScore=117 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q1 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q1 q1 108 12 17151894 17152307 1 1 31.3% 47.5% 414 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: IPF1 5
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]49[next]
[previous Cfam]2[next Cfam]

region 49 (region 2 for Cfam)
region49, score=112 region49, score=112 region49, score=112
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob05.25.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 25 -i 14692875:14842159 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.64 log_scoreRatio_sum=-0.44 focal_scoreRatio_sum=0.13
AlnScore=112 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q1 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q1 q1 103 25 14730016 14730396 -1 1 26.6% 48% 381 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: 493994 5
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]50[next]
[previous Mdom]2[next Mdom]

region 50 (region 2 for Mdom)
region50, score=200 region50, score=200 region50, score=200
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob04.Un.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l Un -i 106219307:106219567 -f 20e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.64 log_scoreRatio_sum=-0.44 focal_scoreRatio_sum=0.16
AlnScore=200 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q1 q1 110 Un 106219328 106219567 1 1 31.4% 63.8% 240 0.51 / 0.8 = 0.64 noComparaHits: HOXC6 9
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]51[next]
[previous Mdom]3[next Mdom]

region 51 (region 3 for Mdom)
region51, score=114 region51, score=114 region51, score=114
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob05.4.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 4 -i 288288681:288480685 -f 14e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.64 log_scoreRatio_sum=-0.44 focal_scoreRatio_sum=0.13
AlnScore=114 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q1 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q1 q1 105 4 288439997 288440407 1 1 30.8% 46.4% 411 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: IPF1 6
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]52[next]
[previous Mmus]3[next Mmus]

region 52 (region 3 for Mmus)
region52, score=110 region52, score=110 region52, score=110
syntenyRegion: Mus_musculus.glob05.5.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 5 -i 147500123:147613649 -f 85e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.64 log_scoreRatio_sum=-0.44 focal_scoreRatio_sum=0.13
AlnScore=110 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q1 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q1 q1 101 5 147584758 147585171 1 1 31.3% 44.3% 414 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: Ipf1 6
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]53[next]
[previous Ggal]6[next Ggal]

region 53 (region 6 for Ggal)
region53, score=181 region53, score=181 region53, score=181
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob13.Un_random.minQN4.fac2.06.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 13865410:13865634 -f 17e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.63 log_scoreRatio_sum=-0.45 focal_scoreRatio_sum=0.16
AlnScore=181 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q1 q1 100 Un_random 13865410 13865601 1 1 25.1% 71.9% 192 0.51 / 0.81 = 0.63 noComparaHits: noData
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]54[next]
[previous Trub]7[next Trub]

region 54 (region 7 for Trub)
region54, score=181 region54, score=181 region54, score=181
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob11.scaffold_95.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_95 -i 213369:213722 -f 27e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.63 log_scoreRatio_sum=-0.45 focal_scoreRatio_sum=0.16
AlnScore=181 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q1 q1 100 scaffold_95 213384 213611 1 1 29.8% 63.2% 228 0.51 / 0.81 = 0.63 noComparaHits: NEWSINFRUG00000149044 noData
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]55[next]
[previous Tnig]5[next Tnig]

region 55 (region 5 for Tnig)
region55, score=109 region55, score=109 region55, score=109
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob10.6.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 6 -i 2710849:2711238 -f 29e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.63 log_scoreRatio_sum=-0.45 focal_scoreRatio_sum=0.13
AlnScore=109 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q1 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q1 q1 100 6 2710849 2711220 -1 1 26.4% 48.4% 372 0.56 / 0.89 = 0.63 noComparaHits: GSTENG00023870001 10
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]56[next]
[previous Tnig]6[next Tnig]

region 56 (region 6 for Tnig)
region56, score=201 region56, score=201 region56, score=201
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob12.Un_random.minQN4.fac2.03.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l Un_random -i 110113334:110113540 -f 16e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.62 log_scoreRatio_sum=-0.47 focal_scoreRatio_sum=0.21
AlnScore=201 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q1 q1 110 Un_random 110113334 110113540 1 1 23.8% 79.7% 207 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: GSTENG00008821001 4
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]57[next]
[previous Xtro]3[next Xtro]

region 57 (region 3 for Xtro)
region57, score=3343 region57, score=3343 region57, score=3343
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob02.scaffold_56.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_56 -i 1323527:1481190 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.63 log_scoreRatio_sum=-0.47 focal_scoreRatio_sum=2.98
AlnScore=3343 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 312 scaffold_56 1323527 1325018 -1 2 66.8% 52.4% 747 0.62 / 0.61 = 1.02 between_species_paralog: EVX1 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 278 scaffold_56 1384955 1386296 1 2 76.1% 57% 735 0.61 / 0.57 = 1.07 between_species_paralog: HOXA13 2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 258 scaffold_56 1397328 1399142 1 2 79% 53.9% 684 0.53 / 0.53 = 1 between_species_paralog: HOXA11 2
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 282 scaffold_56 1407366 1409254 1 2 98.8% 48.7% 1032 0.58 / 0.59 = 0.98 noComparaHits: HOXA10 3
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 249 scaffold_56 1415310 1416623 1 2 68.4% 55.2% 636 0.6 / 0.63 = 0.95 noComparaHits: ENSXETG00000000724 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 114 scaffold_56 1423126 1423383 1 1 31% 62.2% 258 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: HOXA7 5
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 252.9 scaffold_56 1443839 1444940 1 2 94.1% 52.4% 729 0.51 / 0.54 = 0.94 ortholog_one2many: HOXA4 3
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 428 scaffold_56 1459721 1465438 1 2 96.3% 54.2% 1239 0.56 / 0.53 = 1.06 between_species_paralog: HOXA3 2
--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p12 q12 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q12 q12 125 scaffold_56 1480876 1481115 1 1 25.6% 73.8% 240 0.79 / 0.8 = 0.99 noComparaHits: hoxa1 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]58[next]
[previous Trub]8[next Trub]

region 58 (region 8 for Trub)
region58, score=925 region58, score=925 region58, score=925
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob07.scaffold_346.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_346 -i 186282:226492 -f 30e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.58 log_scoreRatio_sum=-0.49 focal_scoreRatio_sum=0.52
AlnScore=925 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 307 scaffold_346 186282 187332 -1 2 62.6% 54.2% 699 0.62 / 0.62 = 1 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000165271 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 219.4 scaffold_346 195273 196163 1 2 45.7% 69% 474 0.61 / 0.66 = 0.92 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000162059 5
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q3 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q3 q3 123 scaffold_346 226202 226399 1 1 25.9% 87.9% 198 0.51 / 0.77 = 0.66 noComparaHits: NEWSINFRUG00000149630 6
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]59[next]
[previous Drer]6[next Drer]

region 59 (region 6 for Drer)
region59, score=446 region59, score=446 region59, score=446
syntenyRegion: Danio_rerio.glob07.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 11 -i 1379031:1406535 -f 21e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.55 log_scoreRatio_sum=-0.5 focal_scoreRatio_sum=0.45
AlnScore=446 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
--- q1 gaps - - - q1 - - - - - - - - - - - -
p1 --- gapq ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gapq ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q2 q2 109 11 1398052 1398255 1 1 24.5% 73.5% 204 0.66 / 0.8 = 0.83 noComparaHits: hoxc12b 3
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 143 11 1406308 1406535 1 1 22.5% 89.5% 228 0.53 / 0.74 = 0.72 between_species_paralog: hoxc11b 5
p6 --- gape ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]60[next]
[previous Hsap]3[next Hsap]

region 60 (region 3 for Hsap)
region60, score=2597 region60, score=2597 region60, score=2597
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob04.12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 12 -i 52619219:52735253 -f 87e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.53 log_scoreRatio_sum=-0.53 focal_scoreRatio_sum=2.74
AlnScore=2597 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Homo_sapiens
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 151 12 52619219 52619716 1 1 50.7% 43.3% 498 0.61 / 0.76 = 0.8 within_species_paralog: HOXC13 4
--- q2 gapp - - - q2 - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 187.3 12 52634981 52636614 1 2 78.8% 48.7% 663 0.66 / 0.66 = 1 noComparaHits: HOXC12 2
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 148 12 52654595 52655458 1 1 80.2% 38.2% 864 0.53 / 0.73 = 0.73 within_species_paralog: HOXC11 3
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 288 12 52665383 52669494 1 2 92.1% 50.5% 954 0.58 / 0.58 = 1 noComparaHits: HOXC10 2
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 266 12 52680240 52682713 1 2 67.8% 59.2% 600 0.6 / 0.6 = 1 within_species_paralog: HOXC9 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q7 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q7 q7 278 12 52689336 52691360 1 2 92.1% 52.5% 687 0.49 / 0.49 = 1 within_species_paralog: HOXC8 2
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p10 q10 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q10 q10 265 12 52733974 52735253 1 2 100% 54.4% 792 0.51 / 0.51 = 1 within_species_paralog: HOXC4 2
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]61[next]
[previous Cfam]3[next Cfam]

region 61 (region 3 for Cfam)
region61, score=1994 region61, score=1994 region61, score=1994
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob03.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 9 -i 28119456:28287807 -f 13e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.46 log_scoreRatio_sum=-0.58 focal_scoreRatio_sum=1.85
AlnScore=1994 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 226 9 28285962 28287807 -1 2 71.3% 48.2% 669 0.61 / 0.65 = 0.94 between_species_paralog: 491060 2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 145 9 28212650 28212871 -1 1 21.6% 89.2% 222 0.6 / 0.78 = 0.77 ortholog_one2many: 608958 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q3 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q3 q3 273 9 28202580 28204191 -1 2 94.8% 52.8% 708 0.49 / 0.5 = 0.98 between_species_paralog: 491059 2
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 222.5 9 28165652 28167383 -1 2 75.3% 58.8% 501 0.51 / 0.59 = 0.86 between_species_paralog: HOXB4 2
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 363.4 9 28138727 28140962 -1 2 97.2% 48.8% 1260 0.56 / 0.6 = 0.93 noComparaHits: ENSCAFG00000016845 3
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q10 q10 115 9 28119861 28120124 -1 1 28% 65.2% 264 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: 491052 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]62[next]
[previous Tnig]7[next Tnig]

region 62 (region 7 for Tnig)
region62, score=486 region62, score=486 region62, score=486
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob09.3.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 3 -i 679911:697538 -f 13e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.48 log_scoreRatio_sum=-0.61 focal_scoreRatio_sum=0.63
AlnScore=486 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q1 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q1 q1 105 3 695268 695510 -1 1 23.7% 61.7% 243 0.53 / 0.81 = 0.65 between_species_paralog: GSTENG00031863001 5
p6 q2 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q1 q2 206.8 3 679911 682163 -1 2 81.5% 44.8% 840 0.58 / 0.7 = 0.83 noComparaHits: GSTENG00031864001 5
p7 --- gape ENSP00000249499 HOXD9 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]63[next]
[previous Btau]4[next Btau]

region 63 (region 4 for Btau)
region63, score=2105 region63, score=2105 region63, score=2105
syntenyRegion: Bos_taurus.glob03.5.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 5 -i 16729786:16874708 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.42 log_scoreRatio_sum=-0.65 focal_scoreRatio_sum=2.2
AlnScore=2105 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 150 5 16874232 16874708 -1 1 48.7% 44.4% 477 0.61 / 0.76 = 0.8 between_species_paralog: HOXC13 4
--- q2 gapp - - - q2 - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 190.2 5 16857536 16859124 -1 2 100% 41.8% 849 0.66 / 0.65 = 1.02 noComparaHits: HOXC12 2
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 144 5 16838896 16839789 -1 1 76.6% 38% 894 0.53 / 0.74 = 0.72 ortholog_one2many: HOXC11 3
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 266 5 16811875 16814511 -1 2 67.8% 59.2% 600 0.6 / 0.6 = 1 between_species_paralog: HOXC9 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 232.6 5 16772492 16774311 -1 2 48.6% 76.8% 423 0.49 / 0.57 = 0.86 between_species_paralog: HOXC8 2
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 272 5 16729786 16731061 -1 2 100% 53.3% 840 0.51 / 0.5 = 1.02 between_species_paralog: HOXC4 2
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]64[next]
[previous Drer]7[next Drer]

region 64 (region 7 for Drer)
region64, score=1631 region64, score=1631 region64, score=1631
syntenyRegion: Danio_rerio.glob06.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 16 -i 21167839:21201078 -f 25e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.44 log_scoreRatio_sum=-0.65 focal_scoreRatio_sum=2
AlnScore=1631 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 240 16 21167839 21168969 1 2 78.2% 51.9% 714 0.61 / 0.62 = 0.98 between_species_paralog: hoxa13b 4
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q2 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q2 q2 252 16 21177655 21179247 1 2 85.8% 49.5% 765 0.53 / 0.54 = 0.98 between_species_paralog: hoxa11b 2
p6 q3 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q3 q3 280 16 21183004 21185153 1 2 74.7% 59.7% 759 0.58 / 0.59 = 0.98 noComparaHits: hoxa10b 3
p7 q4 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q4 q4 203.6 16 21188212 21189729 1 2 56.1% 57% 543 0.6 / 0.7 = 0.86 between_species_paralog: hoxa9b 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q5 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q5 q5 105 16 21200887 21201078 1 1 14.8% 71.9% 192 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: hoxa2b 5
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]65[next]
[previous Ggal]7[next Ggal]

region 65 (region 7 for Ggal)
region65, score=304 region65, score=304 region65, score=304
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob05.Un_random.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 20045093:20048409 -f 25e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.43 log_scoreRatio_sum=-0.66 focal_scoreRatio_sum=1.07
AlnScore=304 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 /+ ENSP00000249501 HOXD10 q1 q1 125 Un_random 20045126 20045365 -1 1 23.5% 70% 240 0.58 / 0.81 = 0.72 noComparaHits: HXD9_CHICK 6
p7 q2 /+ ENSP00000249499 HOXD9 q1 q2 108 Un_random 20047888 20048409 -1 1 53.2% 41.8% 522 0.6 / 0.84 = 0.71 ortholog_one2many: HXD9_CHICK 7
p8 --- gape ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]66[next]
[previous Ggal]8[next Ggal]

region 66 (region 8 for Ggal)
region66, score=1924 region66, score=1924 region66, score=1924
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob03.27.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 27 -i 3518838:3641292 -f 92e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.41 log_scoreRatio_sum=-0.68 focal_scoreRatio_sum=1.83
AlnScore=1924 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 225 27 3518838 3521210 1 2 71.3% 48.4% 720 0.61 / 0.65 = 0.94 between_species_paralog: HOXB13 2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 144 27 3567989 3568210 1 1 21.6% 89.2% 222 0.6 / 0.78 = 0.77 between_species_paralog: HOXB9 4
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q3 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q3 q3 279 27 3578995 3580514 1 2 99.7% 50.7% 744 0.49 / 0.48 = 1.02 ortholog_one2many: HXB8_CHICK 2
p10 q4 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q4 q4 130 27 3586315 3586608 1 1 36.1% 68.4% 294 0.51 / 0.76 = 0.67 noComparaHits: HXB5_CHICK ;
HXB8_CHICK 		4
p11 q5 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q5 q5 406 27 3615199 3617444 1 2 96.3% 52.2% 1200 0.56 / 0.55 = 1.02 between_species_paralog: HXB3_CHICK 3
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p12 q7 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q7 q7 124 27 3640885 3641226 1 1 38.7% 55.1% 342 0.79 / 0.8 = 0.99 noComparaHits: HXB1_CHICK ;
HXB8_CHICK 		2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]67[next]
[previous Drer]8[next Drer]

region 67 (region 8 for Drer)
region67, score=3126 region67, score=3126 region67, score=3126
syntenyRegion: Danio_rerio.glob05.23.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 23 -i 35634616:35764976 -f 98e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.41 log_scoreRatio_sum=-0.68 focal_scoreRatio_sum=3.06
AlnScore=3126 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 274 23 35634616 35637143 1 2 79.1% 52.8% 750 0.61 / 0.57 = 1.07 between_species_paralog: hoxc13a 1
p4 q2 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q2 q2 176.7 23 35645087 35646667 1 2 60.4% 54.1% 474 0.66 / 0.68 = 0.97 noComparaHits: Q4PR84_BRARE 1
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 223.2 23 35656454 35658679 1 2 76% 49.8% 645 0.53 / 0.59 = 0.9 between_species_paralog: hoxc11a 4
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 239.5 23 35665105 35667836 1 2 98.2% 44.8% 1005 0.58 / 0.65 = 0.89 noComparaHits: Q4PR86_BRARE 4
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 264 23 35676857 35678677 1 2 79.2% 52% 708 0.6 / 0.61 = 0.98 between_species_paralog: hoxc9a 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 284 23 35682935 35684928 1 2 97.9% 54.6% 726 0.49 / 0.47 = 1.04 ortholog_one2many: hoxc8a 1
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 258 23 35712551 35713772 1 2 91.8% 56.8% 702 0.51 / 0.53 = 0.96 between_species_paralog: hoxc4a 3
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 107 23 35729107 35729475 1 1 28.5% 48.1% 369 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: hoxc3a 4
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 109 23 35764719 35764910 1 1 19.5% 84.4% 192 0.79 / 0.82 = 0.96 noComparaHits: hoxc1a 5
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]68[next]
[previous Drer]9[next Drer]

region 68 (region 9 for Drer)
region68, score=2635 region68, score=2635 region68, score=2635
syntenyRegion: Danio_rerio.glob03.3.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 3 -i 22929834:23057956 -f 96e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.39 log_scoreRatio_sum=-0.7 focal_scoreRatio_sum=2.44
AlnScore=2635 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 171.7 3 23057158 23057956 1 2 34% 52.1% 450 0.62 / 0.78 = 0.79 noComparaHits: eve1 3
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 270 3 23044789 23046033 -1 2 89.6% 47.4% 825 0.61 / 0.58 = 1.05 between_species_paralog: ENSDARG00000056016 ;
hoxb13a 		2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q3 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q3 q3 139 3 23029315 23029581 -1 1 26.2% 71.9% 267 0.58 / 0.79 = 0.73 noComparaHits: hoxb10a 5
p7 q4 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q4 q4 144 3 23019703 23019927 -1 1 21.9% 86.7% 225 0.6 / 0.78 = 0.77 between_species_paralog: hoxb9a 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q5 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q5 q5 275 3 23010726 23012162 -1 2 95.9% 52.7% 681 0.49 / 0.49 = 1 between_species_paralog: hoxb8a 2
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 270 3 22976995 22978642 -1 2 93.7% 56.3% 714 0.51 / 0.5 = 1.02 between_species_paralog: hoxb4a 2
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 420 3 22952393 22954315 -1 2 96.3% 53.1% 1248 0.56 / 0.54 = 1.04 between_species_paralog: hoxb3a 2
--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p12 q12 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q12 q12 122 3 22929921 22930142 -1 1 22.9% 80% 222 0.79 / 0.8 = 0.99 noComparaHits: hoxb1a 4
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]69[next]
[previous Btau]5[next Btau]

region 69 (region 5 for Btau)
region69, score=1158 region69, score=1158 region69, score=1158
syntenyRegion: Bos_taurus.glob05.4.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 4 -i 37099203:37159173 -f 45e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.42 log_scoreRatio_sum=-0.71 focal_scoreRatio_sum=0.77
AlnScore=1158 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q1 q1 114 4 37099440 37099640 1 1 23.1% 76.1% 201 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: HOXA7 4
--- q2 gapp - - - q2 - - - - - - - - - - - -
--- q3 gapp - - - q3 - - - - - - - - - - - -
p10 q4 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q4 q4 170 4 37124791 37125126 1 1 43.1% 75.9% 336 0.51 / 0.69 = 0.74 between_species_paralog: HOXA4 3
p11 q5 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q5 q5 426.7 4 37142956 37145704 1 3 96.3% 53.5% 1254 0.56 / 0.53 = 1.06 between_species_paralog: HOXA3 2
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p12 q7 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q7 q7 130 4 37158853 37159134 1 1 33.8% 62.2% 282 0.79 / 0.79 = 1 noComparaHits: HOXA1 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]70[next]
[previous Mmus]4[next Mmus]

region 70 (region 4 for Mmus)
region70, score=3171 region70, score=3171 region70, score=3171
syntenyRegion: Mus_musculus.glob02.6.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 6 -i 52086299:52246434 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.39 log_scoreRatio_sum=-0.71 focal_scoreRatio_sum=2.91
AlnScore=3171 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 293 6 52245312 52246434 1 2 42.9% 71.4% 591 0.62 / 0.64 = 0.97 between_species_paralog: Evx1 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 251 6 52188493 52189924 -1 2 71.9% 55% 771 0.61 / 0.61 = 1 between_species_paralog: Hoxa13 2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 273 6 52172949 52175302 -1 2 87.3% 54% 777 0.53 / 0.5 = 1.06 between_species_paralog: Hoxa11 2
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 250.9 6 52162092 52164457 -1 2 70.9% 50.3% 882 0.58 / 0.63 = 0.92 noComparaHits: Hoxa10 3
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 239.3 6 52153842 52155687 -1 2 91.8% 46.3% 834 0.6 / 0.64 = 0.94 between_species_paralog: Hoxa9 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 112 6 52145417 52145611 -1 1 22.4% 76.9% 195 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: Hoxa7 4
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 227.1 6 52119961 52121271 -1 2 95.7% 47.6% 825 0.51 / 0.58 = 0.88 ortholog_one2many: Hoxa4 4
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 395.9 6 52099526 52102232 -1 2 96.3% 49.7% 1347 0.56 / 0.56 = 1 between_species_paralog: Hoxa3 3
--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p12 q12 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q12 q12 131 6 52086392 52086673 -1 1 33.8% 62.2% 282 0.79 / 0.79 = 1 noComparaHits: Hoxa1 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]71[next]
[previous Hsap]4[next Hsap]

region 71 (region 4 for Hsap)
region71, score=3177 region71, score=3177 region71, score=3177
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob02.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 7 -i 27100620:27252566 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.37 log_scoreRatio_sum=-0.72 focal_scoreRatio_sum=2.89
AlnScore=3177 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Homo_sapiens
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 305 7 27251188 27252566 1 2 69.7% 52.3% 828 0.62 / 0.62 = 1 within_species_paralog: EVX1 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 252 7 27204348 27205966 -1 2 90.4% 49.2% 909 0.61 / 0.61 = 1 within_species_paralog: HOXA13 2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 260 7 27188946 27191285 -1 2 79% 55.4% 690 0.53 / 0.53 = 1 within_species_paralog: HOXA11 2
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 257.4 7 27178046 27180390 -1 2 70.9% 52.2% 861 0.58 / 0.62 = 0.94 noComparaHits: HOXA10 3
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 237.5 7 27169762 27171601 -1 2 85.1% 47.9% 792 0.6 / 0.65 = 0.92 within_species_paralog: HOXA9 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 115 7 27161095 27161370 -1 1 32.4% 60.6% 276 0.49 / 0.78 = 0.63 noComparaHits: HOXA7 4
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 241.5 7 27135414 27136877 -1 2 95.3% 47.1% 945 0.51 / 0.56 = 0.91 within_species_paralog: HOXA4 4
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 376.8 7 27114062 27116784 -1 2 96.3% 48.5% 1338 0.56 / 0.58 = 0.97 within_species_paralog: HOXA3 3
--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p12 q12 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q12 q12 129 7 27100659 27100940 -1 1 33.8% 61.3% 282 0.79 / 0.79 = 1 noComparaHits: HOXA1 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]72[next]
[previous Ggal]9[next Ggal]

region 72 (region 9 for Ggal)
region72, score=402 region72, score=402 region72, score=402
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob04.Un_random.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 27778788:27807228 -f 21e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.39 log_scoreRatio_sum=-0.73 focal_scoreRatio_sum=0.59
AlnScore=402 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 /+ ENSP00000249501 HOXD10 q1 q1 169 Un_random 27778788 27779063 -1 1 27.1% 87% 276 0.58 / 0.75 = 0.77 noComparaHits: 430550 3
p7 --- gapq ENSP00000249499 HOXD9 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q2 /+ ENSP00000315949 HOXD8 q2 q2 114 Un_random 27806971 27807210 -1 1 27.6% 68.8% 240 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: HOXB7 5
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]73[next]
[previous Gacu]12[next Gacu]

region 73 (region 12 for Gacu)
region73, score=406 region73, score=406 region73, score=406
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob14.contig_9877.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_9877 -i 4242:26330 -f 17e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.38 log_scoreRatio_sum=-0.75 focal_scoreRatio_sum=0.97
AlnScore=406 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q1 q1 146 contig_9877 17464 17697 -1 1 22.8% 85.9% 234 0.6 / 0.78 = 0.77 noComparaHits: 4
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q2 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q2 q2 106 contig_9877 4242 4511 -1 1 30% 60% 270 0.49 / 0.8 = 0.61 noComparaHits: 5
p10 --- gape ENSP00000302548 HOXD4 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]74[next]
[previous Mmus]5[next Mmus]

region 74 (region 5 for Mmus)
region74, score=2474 region74, score=2474 region74, score=2474
syntenyRegion: Mus_musculus.glob04.15.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 15 -i 102749444:102864023 -f 86e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.33 log_scoreRatio_sum=-0.76 focal_scoreRatio_sum=2.68
AlnScore=2474 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 152 15 102749444 102749953 1 1 49.9% 44.5% 510 0.61 / 0.76 = 0.8 between_species_paralog: Hoxc13 4
--- q2 gapp - - - q2 - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 188.6 15 102764887 102766548 1 2 97.8% 41.4% 828 0.66 / 0.66 = 1 noComparaHits: Hoxc12 2
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 233.9 15 102782620 102784729 1 2 99.1% 44.2% 846 0.53 / 0.57 = 0.93 between_species_paralog: HXC11_MOUSE 3
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 286 15 102794964 102799106 1 2 92.1% 50.3% 903 0.58 / 0.58 = 1 noComparaHits: Hoxc10 2
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 266 15 102809687 102812161 1 2 67.8% 59.2% 600 0.6 / 0.6 = 1 between_species_paralog: Hoxc9 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q7 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q7 q7 139 15 102820593 102820802 1 1 24.1% 92.9% 210 0.49 / 0.74 = 0.66 between_species_paralog: Hoxc8 3
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p10 q10 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q10 q10 252.9 15 102862757 102864023 1 2 100% 51.5% 792 0.51 / 0.54 = 0.94 between_species_paralog: Hoxc4 2
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]75[next]
[previous Gacu]13[next Gacu]

region 75 (region 13 for Gacu)
region75, score=3152 region75, score=3152 region75, score=3152
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob03.groupX.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupX -i 9855319:9936730 -f 61e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.31 log_scoreRatio_sum=-0.79 focal_scoreRatio_sum=2.85
AlnScore=3152 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 299 groupX 9935674 9936730 1 2 67.6% 49.7% 798 0.62 / 0.63 = 0.98 between_species_paralog: ENSGACG00000007148 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 249 groupX 9924933 9926178 -1 2 72.2% 56.9% 687 0.61 / 0.61 = 1 between_species_paralog: Q9PWC4_GASAC 4
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 251 groupX 9914075 9915690 -1 2 84.6% 50.2% 807 0.53 / 0.54 = 0.98 between_species_paralog: ENSGACG00000007132 2
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 271 groupX 9906816 9908590 -1 2 97.9% 49.4% 1038 0.58 / 0.6 = 0.97 noComparaHits: ENSGACG00000007128 2
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 214.1 groupX 9901362 9902621 -1 2 54.4% 58.5% 537 0.6 / 0.68 = 0.88 between_species_paralog: ENSGACG00000007123 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 118 groupX 9896091 9896378 -1 1 32.4% 61.5% 288 0.49 / 0.78 = 0.63 noComparaHits: ENSGACG00000007112 2
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
p10 q8 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q8 q8 250.6 groupX 9880458 9881722 -1 2 95.3% 53.8% 732 0.51 / 0.54 = 0.94 between_species_paralog: ENSGACG00000007100 4
p11 q9 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q9 q9 365.3 groupX 9866274 9869714 -1 2 96.1% 49.2% 1245 0.56 / 0.6 = 0.93 between_species_paralog: ENSGACG00000007094 2
--- q10 gapp - - - q10 - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 127 groupX 9855319 9855645 -1 1 32% 60.6% 327 0.79 / 0.79 = 1 noComparaHits: ENSGACG00000007085 1
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]76[next]
[previous Olat]4[next Olat]

region 76 (region 4 for Olat)
region76, score=3134 region76, score=3134 region76, score=3134
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob02.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 11 -i 10492554:10572561 -f 60e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.31 log_scoreRatio_sum=-0.8 focal_scoreRatio_sum=2.85
AlnScore=3134 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 302 11 10571579 10572561 1 2 64.5% 52% 753 0.62 / 0.62 = 1 between_species_paralog: Q2WFV6_ORYLA 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 249 11 10561902 10563169 -1 2 93.7% 48.3% 795 0.61 / 0.61 = 1 between_species_paralog: Q3V628_ORYLA 3
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 256 11 10551758 10553425 -1 2 77.2% 54.7% 711 0.53 / 0.53 = 1 between_species_paralog: Q3V629_ORYLA 1
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 273 11 10545005 10546843 -1 2 96.5% 49% 1032 0.58 / 0.6 = 0.97 noComparaHits: Q3V630_ORYLA 2
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 213.2 11 10539576 10540702 -1 2 80.7% 43% 768 0.6 / 0.68 = 0.88 noComparaHits: Q9PTV6_ORYLA 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 102 11 10525404 10525595 -1 1 22.1% 70.3% 192 0.49 / 0.81 = 0.6 noComparaHits: Q9PTV6_ORYLA 7
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 242.6 11 10516220 10517399 -1 2 90.2% 49.5% 777 0.51 / 0.55 = 0.93 noComparaHits: Q9PTV6_ORYLA 4
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 362.9 11 10503391 10506703 -1 2 96.1% 48.4% 1242 0.56 / 0.6 = 0.93 between_species_paralog: Q3V635_ORYLA 2
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q10 q10 130 11 10492596 10492934 -1 1 34.5% 56.6% 339 0.79 / 0.79 = 1 noComparaHits: Q3V637_ORYLA 1
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]77[next]
[previous Mmul]4[next Mmul]

region 77 (region 4 for Mmul)
region77, score=1826 region77, score=1826 region77, score=1826
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob03.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 16 -i 32758415:32953191 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.27 log_scoreRatio_sum=-0.81 focal_scoreRatio_sum=1.8
AlnScore=1826 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 228 16 32951572 32953191 -1 2 71.3% 47.7% 669 0.61 / 0.64 = 0.95 between_species_paralog: HOXB13 2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 145 16 32852664 32852885 -1 1 21.6% 89.2% 222 0.6 / 0.78 = 0.77 between_species_paralog: HOXB9 5
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q3 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q3 q3 269 16 32842665 32844111 -1 2 94.8% 53.3% 672 0.49 / 0.5 = 0.98 between_species_paralog: HOXB8 3
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 160 16 32806520 32806789 -1 1 35.3% 83.3% 270 0.51 / 0.7 = 0.73 between_species_paralog: HOXB4 3
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 311 16 32779070 32781210 -1 2 85.6% 47.5% 1080 0.56 / 0.66 = 0.85 noComparaHits: 3
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q10 q10 120 16 32758415 32758756 -1 1 33.8% 58.5% 342 0.79 / 0.8 = 0.99 noComparaHits: HOXB1 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]78[next]
[previous Mdom]4[next Mdom]

region 78 (region 4 for Mdom)
region78, score=1823 region78, score=1823 region78, score=1823
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob03.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 2 -i 201105070:201365718 -f 20e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.28 log_scoreRatio_sum=-0.84 focal_scoreRatio_sum=1.77
AlnScore=1823 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 239 2 201363760 201365718 -1 2 97% 39.1% 900 0.61 / 0.63 = 0.97 between_species_paralog: HOXB13 3
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q2 q2 145 2 201204831 201205052 -1 1 21.6% 89.2% 222 0.6 / 0.78 = 0.77 between_species_paralog: HOXB9 2
--- q3 gapp - - - q3 - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q4 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q4 q4 113 2 201175565 201175924 -1 1 41.7% 51.2% 360 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: HOXB6 3
--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
p10 q6 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q6 q6 252.4 2 201153490 201155052 -1 2 91.4% 57.1% 693 0.51 / 0.54 = 0.94 between_species_paralog: HOXB4 2
p11 q7 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q7 q7 399 2 201123983 201126209 -1 2 95.1% 53.7% 1203 0.56 / 0.56 = 1 between_species_paralog: HOXB3 2
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p12 q9 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q9 q9 115 2 201105136 201105375 -1 1 24.4% 71.6% 240 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: HOXB1 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]79[next]
[previous Gacu]14[next Gacu]

region 79 (region 14 for Gacu)
region79, score=1459 region79, score=1459 region79, score=1459
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob05.contig_2344.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2344 -i 19871:66165 -f 35e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.27 log_scoreRatio_sum=-0.85 focal_scoreRatio_sum=1.57
AlnScore=1459 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q1 q1 144 contig_2344 65914 66156 -1 1 23.7% 81.5% 243 0.6 / 0.78 = 0.77 noComparaHits: 5
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q2 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q2 q2 118 contig_2344 60643 60930 -1 1 32.4% 61.5% 288 0.49 / 0.78 = 0.63 noComparaHits: ENSGACG00000007112 2
--- q3 gapp - - - q3 - - - - - - - - - - - -
p10 q4 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q4 q4 250.6 contig_2344 45010 46274 -1 2 95.3% 53.8% 732 0.51 / 0.54 = 0.94 noComparaHits: ENSGACG00000007100 4
p11 q5 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q5 q5 365.3 contig_2344 30826 34266 -1 2 96.1% 49.2% 1245 0.56 / 0.6 = 0.93 noComparaHits: ENSGACG00000007094 2
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p12 q7 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q7 q7 127 contig_2344 19871 20197 -1 1 32% 60.6% 327 0.79 / 0.79 = 1 noComparaHits: ENSGACG00000007085 1
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]80[next]
[previous Gacu]15[next Gacu]

region 80 (region 15 for Gacu)
region80, score=536 region80, score=536 region80, score=536
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob15.contig_6417.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_6417 -i 33855:46196 -f 93e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.29 log_scoreRatio_sum=-0.86 focal_scoreRatio_sum=0.46
AlnScore=536 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q1 q1 123 contig_6417 45996 46193 -1 1 25.9% 87.9% 198 0.51 / 0.77 = 0.66 noComparaHits: 8
p11 q2 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q2 q2 122 contig_6417 36453 36818 -1 1 26.2% 56.6% 366 0.56 / 0.86 = 0.65 noComparaHits: ENSGACG00000003942 4
p12 q3 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q3 q3 114 contig_6417 33927 34151 -1 1 22.9% 70.7% 225 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: ENSGACG00000003939 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]81[next]
[previous Gacu]16[next Gacu]

region 81 (region 16 for Gacu)
region81, score=536 region81, score=536 region81, score=536
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob16.groupV.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupV -i 4598337:4610678 -f 93e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.29 log_scoreRatio_sum=-0.86 focal_scoreRatio_sum=0.46
AlnScore=536 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q1 q1 123 groupV 4610478 4610675 -1 1 25.9% 87.9% 198 0.51 / 0.77 = 0.66 noComparaHits: ENSGACG00000003945 8
p11 q2 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q2 q2 122 groupV 4600935 4601300 -1 1 26.2% 56.6% 366 0.56 / 0.86 = 0.65 noComparaHits: ENSGACG00000003942 4
p12 q3 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q3 q3 114 groupV 4598409 4598633 -1 1 22.9% 70.7% 225 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: ENSGACG00000003939 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]82[next]
[previous Xtro]4[next Xtro]

region 82 (region 4 for Xtro)
region82, score=1870 region82, score=1870 region82, score=1870
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob04.scaffold_334.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_334 -i 486988:589462 -f 77e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.25 log_scoreRatio_sum=-0.87 focal_scoreRatio_sum=1.89
AlnScore=1870 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q1 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q1,q2 q1 100 scaffold_334 584781 584996 -1 1 21.3% 61.1% 216 0.53 / 0.82 = 0.65 noComparaHits: HOXB9 6
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q1,q2 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q1,q2 q2 143 scaffold_334 579382 579603 -1 1 21.6% 86.5% 222 0.6 / 0.79 = 0.76 between_species_paralog: HOXB9 4
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q3 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q3 q3 278 scaffold_334 572897 573865 -1 2 99.3% 50.8% 747 0.49 / 0.49 = 1 noComparaHits: ENSXETG00000021993 2
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 215.6 scaffold_334 533069 534165 -1 2 88.2% 53.1% 642 0.51 / 0.6 = 0.85 between_species_paralog: hoxb4 4
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 397 scaffold_334 512901 514779 -1 2 98.6% 51.9% 1185 0.56 / 0.56 = 1 between_species_paralog: hoxb3 3
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q10 q10 122 scaffold_334 487045 487281 -1 1 24.1% 74.7% 237 0.79 / 0.8 = 0.99 noComparaHits: ENSXETG00000021964 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]83[next]
[previous Gacu]17[next Gacu]

region 83 (region 17 for Gacu)
region83, score=430 region83, score=430 region83, score=430
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob19.contig_9874.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_9874 -i 2487:8413 -f 44e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.28 log_scoreRatio_sum=-0.88 focal_scoreRatio_sum=0.37
AlnScore=430 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q1 q1 115 contig_9874 8132 8398 -1 1 32.1% 64.5% 267 0.49 / 0.78 = 0.63 noComparaHits: ENSGACG00000005623 3
p10 q2 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q1 q2 121 contig_9874 2487 2714 -1 1 29.8% 76.3% 228 0.51 / 0.78 = 0.65 noComparaHits: ENSGACG00000005626 9
p11 --- gape ENSP00000249440 HOXD3 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]84[next]
[previous Olat]5[next Olat]

region 84 (region 5 for Olat)
region84, score=1430 region84, score=1430 region84, score=1430
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob06.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 16 -i 13115399:13137005 -f 16e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.18 log_scoreRatio_sum=-0.95 focal_scoreRatio_sum=1.83
AlnScore=1430 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 240 16 13115399 13116156 1 2 68.4% 57.5% 633 0.61 / 0.62 = 0.98 between_species_paralog: Q3V623_ORYLA 4
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q2 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q2 q2 213.7 16 13120158 13121649 1 2 65.4% 49.6% 744 0.53 / 0.61 = 0.87 between_species_paralog: Q3V624_ORYLA 4
p6 q3 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q3 q3 259 16 13127649 13129140 1 2 95.3% 48% 927 0.58 / 0.62 = 0.94 noComparaHits: Q3V625_ORYLA 3
p7 q4 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q4 q4 134 16 13131568 13131795 1 1 22.2% 78.9% 228 0.6 / 0.8 = 0.75 between_species_paralog: Q3V626_ORYLA 5
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q5 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q5 q5 106 16 13136775 13137005 1 1 17.8% 63.6% 231 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: Q3V627_ORYLA 7
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]85[next]
[previous Cfam]4[next Cfam]

region 85 (region 4 for Cfam)
region85, score=3024 region85, score=3024 region85, score=3024
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob02.14.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 14 -i 43223946:43377670 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.15 log_scoreRatio_sum=-0.98 focal_scoreRatio_sum=2.85
AlnScore=3024 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 282 14 43376231 43377670 1 2 68.9% 49.4% 792 0.62 / 0.65 = 0.95 between_species_paralog: 482376 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 244 14 43328789 43330229 -1 2 70.7% 55.8% 717 0.61 / 0.62 = 0.98 ortholog_one2many: 482375 1
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 270 14 43312987 43315443 -1 2 99.4% 49.4% 879 0.53 / 0.51 = 1.04 between_species_paralog: HOXA11 2
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 252.8 14 43301964 43304339 -1 2 70.9% 51% 864 0.58 / 0.63 = 0.92 noComparaHits: 482373 3
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 242.1 14 43293519 43295428 -1 2 92.1% 46.5% 837 0.6 / 0.64 = 0.94 between_species_paralog: 482372 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 113 14 43284774 43284974 -1 1 23.4% 77.9% 201 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: 482371 4
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 171 14 43258571 43258876 -1 1 39.2% 82.4% 306 0.51 / 0.68 = 0.75 between_species_paralog: Q9XT68_CANFA 3
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 375.1 14 43237520 43240239 -1 2 96.3% 47.5% 1335 0.56 / 0.59 = 0.95 between_species_paralog: HOXA3 2
--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p12 q12 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q12 q12 131 14 43223985 43224266 -1 1 33.8% 62.2% 282 0.79 / 0.79 = 1 noComparaHits: 482367 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]86[next]
[previous Trub]9[next Trub]

region 86 (region 9 for Trub)
region86, score=2669 region86, score=2669 region86, score=2669
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob02.scaffold_12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_12 -i 2318883:2382177 -f 47e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.12 log_scoreRatio_sum=-1.01 focal_scoreRatio_sum=2.63
AlnScore=2669 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 254 scaffold_12 2381071 2382177 -1 2 72.2% 57.5% 690 0.61 / 0.6 = 1.02 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000149643 4
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q2 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q2 q2 216.2 scaffold_12 2371832 2373459 -1 2 44.7% 71.4% 447 0.53 / 0.61 = 0.87 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000157392 4
p6 q3 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q3 q3 276 scaffold_12 2365048 2366742 -1 2 95.9% 49.3% 1032 0.58 / 0.6 = 0.97 noComparaHits: NEWSINFRUG00000149640 2
p7 q4 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q4 q4 216.4 scaffold_12 2360015 2361166 -1 2 69% 50% 633 0.6 / 0.68 = 0.88 between_species_paralog: HXA9_FUGRU 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q5 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q5 q5 103 scaffold_12 2350075 2350314 -1 1 27.2% 60% 240 0.49 / 0.81 = 0.6 noComparaHits: 7
p10 q6 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q6 q6 235.3 scaffold_12 2341356 2342542 -1 2 90.2% 53% 675 0.51 / 0.57 = 0.89 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000149629 4
p11 q7 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q7 q7 347.1 scaffold_12 2329054 2331951 -1 2 96.1% 46.7% 1245 0.56 / 0.62 = 0.9 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000149628 2
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p12 q9 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q9 q9 124 scaffold_12 2318949 2319182 -1 1 23.8% 75.6% 234 0.79 / 0.8 = 0.99 noComparaHits: NEWSINFRUG00000149627 1
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]87[next]
[previous Btau]6[next Btau]

region 87 (region 6 for Btau)
region87, score=1342 region87, score=1342 region87, score=1342
syntenyRegion: Bos_taurus.glob02.19.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 19 -i 30587828:31239752 -f 49e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.11 log_scoreRatio_sum=-1.02 focal_scoreRatio_sum=1.53
AlnScore=1342 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q1 q1 145 19 31239444 31239665 -1 1 21.6% 89.2% 222 0.6 / 0.78 = 0.77 between_species_paralog: HOXB9 4
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q2 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q2 q2 150 19 31230187 31230462 -1 1 33.4% 78.4% 276 0.49 / 0.72 = 0.68 noComparaHits: 3
--- q3 gapp - - - q3 - - - - - - - - - - - -
p10 q4 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q4 q4 160 19 31195664 31195918 -1 1 33.3% 87.1% 255 0.51 / 0.7 = 0.73 noComparaHits: HOXB5 4
p11 q5 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q5 q5 368 19 30606318 30608469 -1 2 76.2% 57.5% 1002 0.56 / 0.59 = 0.95 between_species_paralog: HOXB3 3
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p12 q7 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q7 q7 118 19 30587828 30588133 -1 1 32.3% 60.4% 306 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: HOXB1 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]88[next]
[previous Drer]10[next Drer]

region 88 (region 10 for Drer)
region88, score=937 region88, score=937 region88, score=937
syntenyRegion: Danio_rerio.glob08.12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 12 -i 34135896:34673873 -f 40e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.14 log_scoreRatio_sum=-1.04 focal_scoreRatio_sum=0.74
AlnScore=937 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q1,q8 q1 215.6 12 34671599 34673873 -1 2 99% 43% 717 0.49 / 0.6 = 0.82 between_species_paralog: hoxb8b 3
p10 q2 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q3,q6 q2 111 12 34663066 34663269 -1 1 26.7% 75% 204 0.51 / 0.79 = 0.65 noComparaHits: hoxb6b 10
p11 q3 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q3,q6 q3 100 12 34660365 34660568 -1 1 15.7% 70.6% 204 0.56 / 0.89 = 0.63 noComparaHits: hoxb5b 7
p12 q4 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q5 q4 150 12 34648904 34649358 -1 2 41.5% 57.2% 372 0.79 / 0.76 = 1.04 noComparaHits: ENSDARG00000054033 2
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gapq ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
--- q5 gape - - - q5 - - - - - - - - - - - -
--- q6 gape - - - q6 - - - - - - - - - - - -
--- q7 gape - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gape - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]89[next]
[previous Trub]10[next Trub]

region 89 (region 10 for Trub)
region89, score=2044 region89, score=2044 region89, score=2044
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob03.scaffold_41.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_41 -i 485042:661622 -f 13e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.07 log_scoreRatio_sum=-1.06 focal_scoreRatio_sum=1.9
AlnScore=2044 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 153.3 scaffold_41 485042 487257 -1 2 30.9% 51% 432 0.62 / 0.81 = 0.77 noComparaHits: 3
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 264 scaffold_41 501905 503538 1 2 89% 48% 855 0.61 / 0.59 = 1.03 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000163355 3
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q3 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q3 q3 142 scaffold_41 540964 541188 1 1 21.9% 86.7% 225 0.6 / 0.79 = 0.76 noComparaHits: NEWSINFRUG00000160069 4
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q5 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q5 q5 146 scaffold_41 555237 555512 1 1 30.3% 79.3% 276 0.49 / 0.73 = 0.67 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000136620 2
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
p10 q8 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q8 q8 257.9 scaffold_41 601559 603728 1 2 89.8% 56.1% 708 0.51 / 0.53 = 0.96 between_species_paralog: HXB4_FUGRU 2
p11 q9 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q9 q9 334.7 scaffold_41 633457 637089 1 2 99.3% 45.6% 1458 0.56 / 0.63 = 0.89 between_species_paralog: Q6IEH9_FUGRU 3
--- q10 gapp - - - q10 - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 120 scaffold_41 661200 661538 1 1 33.5% 59.1% 339 0.79 / 0.8 = 0.99 noComparaHits: Q6IEI1_FUGRU 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]90[next]
[previous Gacu]18[next Gacu]

region 90 (region 18 for Gacu)
region90, score=1333 region90, score=1333 region90, score=1333
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob09.contig_1095.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_1095 -i 26570:49693 -f 17e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.07 log_scoreRatio_sum=-1.08 focal_scoreRatio_sum=1.77
AlnScore=1333 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 237 contig_1095 26570 27476 1 2 67.8% 55.4% 627 0.61 / 0.63 = 0.97 noComparaHits: ENSGACG00000008296 5
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q2 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q2 q2 249 contig_1095 32620 34350 1 2 97.3% 43.5% 861 0.53 / 0.55 = 0.96 noComparaHits: ENSGACG00000008297 3
p6 q3 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q3 q3 154 contig_1095 39804 40055 1 1 24.7% 88.1% 252 0.58 / 0.77 = 0.75 noComparaHits: ENSGACG00000008303 4
p7 q4 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q4 q4 130 contig_1095 43335 43559 1 1 21.9% 77.3% 225 0.6 / 0.8 = 0.75 noComparaHits: ENSGACG00000008310 7
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q5 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q5 q5 108 contig_1095 49436 49675 1 1 18.5% 62.5% 240 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: ENSGACG00000008314 6
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]91[next]
[previous Gacu]19[next Gacu]

region 91 (region 19 for Gacu)
region91, score=1333 region91, score=1333 region91, score=1333
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob10.groupXX.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXX -i 9710810:9733933 -f 17e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.07 log_scoreRatio_sum=-1.08 focal_scoreRatio_sum=1.77
AlnScore=1333 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 237 groupXX 9710810 9711716 1 2 67.8% 55.4% 627 0.61 / 0.63 = 0.97 between_species_paralog: ENSGACG00000008296 5
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q2 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q2 q2 249 groupXX 9716860 9718590 1 2 97.3% 43.5% 861 0.53 / 0.55 = 0.96 between_species_paralog: ENSGACG00000008297 3
p6 q3 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q3 q3 154 groupXX 9724044 9724295 1 1 24.7% 88.1% 252 0.58 / 0.77 = 0.75 noComparaHits: ENSGACG00000008303 4
p7 q4 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q4 q4 130 groupXX 9727575 9727799 1 1 21.9% 77.3% 225 0.6 / 0.8 = 0.75 between_species_paralog: ENSGACG00000008310 7
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q5 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q5 q5 108 groupXX 9733676 9733915 1 1 18.5% 62.5% 240 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: ENSGACG00000008314 6
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]92[next]
[previous Trub]11[next Trub]

region 92 (region 11 for Trub)
region92, score=1305 region92, score=1305 region92, score=1305
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob06.scaffold_48.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_48 -i 1057087:1085777 -f 22e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.04 log_scoreRatio_sum=-1.11 focal_scoreRatio_sum=1.77
AlnScore=1305 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 210 scaffold_48 1084995 1085777 -1 1 70.7% 45.9% 783 0.61 / 0.67 = 0.91 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000132089 6
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q2 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q2 q2 255 scaffold_48 1078635 1080372 -1 2 94.7% 44.7% 858 0.53 / 0.54 = 0.98 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000138060 2
--- q3 gapp - - - q3 - - - - - - - - - - - -
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 155 scaffold_48 1066192 1066455 -1 1 26.2% 85.4% 264 0.58 / 0.77 = 0.75 noComparaHits: NEWSINFRUG00000138061 4
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 137 scaffold_48 1063108 1063341 -1 1 22.8% 79.5% 234 0.6 / 0.79 = 0.76 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000138062 5
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q6 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q6 q6 108 scaffold_48 1057105 1057341 -1 1 18.3% 62% 237 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: NEWSINFRUG00000138063 6
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]93[next]
[previous Tnig]8[next Tnig]

region 93 (region 8 for Tnig)
region93, score=1305 region93, score=1305 region93, score=1305
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob05.8.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 8 -i 6607022:6627162 -f 15e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.04 log_scoreRatio_sum=-1.12 focal_scoreRatio_sum=1.83
AlnScore=1305 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 115 8 6607043 6607240 1 1 19.7% 84.8% 198 0.61 / 0.82 = 0.74 between_species_paralog: HOXAb13 ;
GSTENG00034119001 		4
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q2 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q2 q2 229.3 8 6611319 6613072 1 2 44.1% 72.8% 450 0.53 / 0.58 = 0.91 between_species_paralog: GSTENG00034118001 ;
HOXAb11 		3
p6 q3 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q3 q3 286.3 8 6616572 6618000 1 3 96.5% 50% 924 0.58 / 0.58 = 1 noComparaHits: HOXAb10 ;
GSTENG00034117001 		2
p7 q4 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q4 q4 135 8 6620992 6621216 1 1 21.9% 81.3% 225 0.6 / 0.8 = 0.75 between_species_paralog: HOXAb9 5
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q5 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q5 q5 104 8 6626881 6627078 1 1 15.3% 69.7% 198 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: HOXAb2 ;
GSTENG00034116001 		7
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]94[next]
[previous Gacu]20[next Gacu]

region 94 (region 20 for Gacu)
region94, score=1985 region94, score=1985 region94, score=1985
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob04.groupXI.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXI -i 1481474:1740599 -f 19e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.01 log_scoreRatio_sum=-1.14 focal_scoreRatio_sum=1.89
AlnScore=1985 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 166.4 groupXI 1481474 1484334 -1 2 38.4% 46.9% 540 0.62 / 0.79 = 0.78 noComparaHits: 3
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 264 groupXI 1524294 1526021 1 2 90.7% 48.9% 831 0.61 / 0.59 = 1.03 between_species_paralog: ENSGACG00000005617 2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q3 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q3 q3 146 groupXI 1626200 1626433 1 1 22.8% 85.9% 234 0.6 / 0.78 = 0.77 noComparaHits: 4
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q5 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q5 q5 115 groupXI 1655562 1655828 1 1 32.1% 64.5% 267 0.49 / 0.78 = 0.63 noComparaHits: ENSGACG00000005623 3
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 253.7 groupXI 1677309 1679610 1 2 95.7% 51.8% 795 0.51 / 0.53 = 0.96 between_species_paralog: ENSGACG00000005628 3
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 312 groupXI 1709777 1713575 1 2 79.9% 49.7% 1170 0.56 / 0.65 = 0.86 between_species_paralog: ENSGACG00000005631 3
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q10 q10 118 groupXI 1740279 1740566 1 1 32.3% 61.3% 288 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: ENSGACG00000005635 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]95[next]
[previous Drer]11[next Drer]

region 95 (region 11 for Drer)
region95, score=2517 region95, score=2517 region95, score=2517
syntenyRegion: Danio_rerio.glob02.19.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 19 -i 13885840:13954198 -f 51e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7 log_scoreRatio_sum=-1.15 focal_scoreRatio_sum=2.19
AlnScore=2517 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 300 19 13885840 13886934 -1 2 66.8% 50.8% 774 0.62 / 0.63 = 0.98 between_species_paralog: evx1 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 224 19 13896550 13897422 1 1 76.1% 45.3% 873 0.61 / 0.65 = 0.94 between_species_paralog: hoxa13a 5
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 244 19 13904071 13905632 1 2 91.1% 46.2% 846 0.53 / 0.56 = 0.95 between_species_paralog: hoxa11a 3
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q4 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q4 q4 139 19 13917746 13917979 1 1 22.8% 82.1% 234 0.6 / 0.79 = 0.76 between_species_paralog: hoxa9a 4
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q5 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q5 q5 100 19 13927415 13927606 1 1 22.1% 70.3% 192 0.49 / 0.81 = 0.6 noComparaHits: hoxa5a noData
p10 q6 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q6 q6 228.9 19 13934404 13935531 1 2 89.8% 51.5% 681 0.51 / 0.58 = 0.88 noComparaHits: ENSDARG00000057724 ;
hoxa3a 		4
p11 q7 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q7 q7 337.4 19 13944458 13946294 1 2 96.3% 45.4% 1281 0.56 / 0.63 = 0.89 between_species_paralog: hoxa3a 3
p12 q8 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q8 q8 128 19 13953818 13954138 1 1 32.6% 61.7% 321 0.79 / 0.79 = 1 noComparaHits: hoxa1a 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]96[next]
[previous Tnig]9[next Tnig]

region 96 (region 9 for Tnig)
region96, score=2884 region96, score=2884 region96, score=2884
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob02.21.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 21 -i 2648861:3053346 -f 30e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.97 log_scoreRatio_sum=-1.17 focal_scoreRatio_sum=2.79
AlnScore=2884 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 289 21 2978001 2979139 -1 2 68.1% 48% 840 0.62 / 0.64 = 0.97 between_species_paralog: EVX-HOXA ;
GSTENG00017475001 		2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 130 21 2987051 2987620 1 1 58.2% 42% 570 0.61 / 0.79 = 0.77 between_species_paralog: HOXA13 ;
GSTENG00017476001 		3
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 237.7 21 2999952 3001417 1 2 83.1% 49% 768 0.53 / 0.57 = 0.93 between_species_paralog: HOXA11 2
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 276 21 3006865 3008450 1 2 98.8% 47.5% 1053 0.58 / 0.6 = 0.97 noComparaHits: GSTENG00017477001 ;
HOXA10 		3
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 219.3 21 3012226 3013378 1 2 80.4% 46% 753 0.6 / 0.67 = 0.9 between_species_paralog: HOXA9 ;
GSTENG00017478001 		2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 105 21 3022350 3022565 1 1 24.8% 63.9% 216 0.49 / 0.8 = 0.61 noComparaHits: GSTENG00017481001 ;
HOXA5 		6
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 226.9 21 3029847 3031009 1 2 87.1% 52.2% 651 0.51 / 0.58 = 0.88 ortholog_one2many: HOXA4 4
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 367.3 21 3040373 3043259 1 2 96.3% 49.4% 1251 0.56 / 0.59 = 0.95 between_species_paralog: HOXA3 ;
GSTENG00017482001 		3
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q10 q10 122 21 3053065 3053292 1 1 23.2% 75% 228 0.79 / 0.8 = 0.99 noComparaHits: GSTENG00017483001 ;
HOXA1 		1
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]97[next]
[previous Tnig]10[next Tnig]

region 97 (region 10 for Tnig)
region97, score=1976 region97, score=1976 region97, score=1976
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob04.Un_random.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l Un_random -i 38028536:38193032 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.98 log_scoreRatio_sum=-1.18 focal_scoreRatio_sum=1.88
AlnScore=1976 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 157.2 Un_random 38191031 38193032 1 2 30.9% 51.9% 432 0.62 / 0.8 = 0.78 noComparaHits: GSTENG00020458001 ;
HOXB-EVX 		3
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 264 Un_random 38176504 38178141 -1 2 89.6% 47.2% 870 0.61 / 0.59 = 1.03 between_species_paralog: GSTENG00020457001 ;
HOXB13 		2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q3 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q3 q3 143 Un_random 38140064 38140297 -1 1 22.8% 84.6% 234 0.6 / 0.79 = 0.76 noComparaHits: GSTENG00020456001 4
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q4 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q4 q4 115 Un_random 38129985 38130416 -1 1 66.2% 38.3% 432 0.49 / 0.78 = 0.63 between_species_paralog: HOXB8 2
--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
p10 q6 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q6 q6 252 Un_random 38083014 38085184 -1 2 89.8% 55.1% 723 0.51 / 0.54 = 0.94 between_species_paralog: HOXB4 3
p11 q7 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q7 q7 319.7 Un_random 38049854 38053317 -1 3 99.3% 43.6% 1473 0.56 / 0.65 = 0.86 between_species_paralog: GSTENG00020452001 4
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p12 q9 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q9 q9 114 Un_random 38028536 38028751 -1 1 21.6% 77.8% 216 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: GSTENG00005035001 ;
HOXB1 		3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]98[next]
[previous Mdom]5[next Mdom]

region 98 (region 5 for Mdom)
region98, score=2813 region98, score=2813 region98, score=2813
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob02.8.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 8 -i 293153229:293354370 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.94 log_scoreRatio_sum=-1.25 focal_scoreRatio_sum=2.62
AlnScore=2813 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 318 8 293153229 293154729 -1 2 61.8% 57.8% 690 0.62 / 0.6 = 1.03 between_species_paralog: EVX1 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 264 8 293234916 293236747 1 2 90.4% 50.1% 942 0.61 / 0.59 = 1.03 between_species_paralog: Q9TUC8_MONDO 2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 258 8 293253079 293255747 1 2 79% 54.2% 690 0.53 / 0.53 = 1 between_species_paralog: HOXA11 2
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 260 8 293266102 293268944 1 2 98.8% 41.5% 1212 0.58 / 0.62 = 0.94 noComparaHits: HOXA10 2
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q4 q5 107 8 293276346 293276780 1 1 51.8% 37.3% 435 0.6 / 0.84 = 0.71 between_species_paralog: HOXA9 5
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 115 8 293289531 293289833 1 1 31.4% 56.9% 303 0.49 / 0.78 = 0.63 noComparaHits: HOXA9 2
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 157.2 8 293316292 293317763 1 2 95.3% 37.5% 924 0.51 / 0.71 = 0.72 between_species_paralog: HOXA4 3
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 329 8 293338320 293339276 1 1 79.4% 52.7% 957 0.56 / 0.64 = 0.88 between_species_paralog: HOXA3 3
--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p12 q12 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q12 q12 127 8 293354020 293354274 1 1 29.3% 66.7% 255 0.79 / 0.79 = 1 noComparaHits: HOXA1 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]99[next]
[previous Ggal]10[next Ggal]

region 99 (region 10 for Ggal)
region99, score=2812 region99, score=2812 region99, score=2812
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob02.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 2 -i 32513637:32659744 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.95 log_scoreRatio_sum=-1.26 focal_scoreRatio_sum=2.77
AlnScore=2812 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 319 2 32658369 32659744 1 2 62.2% 56.4% 708 0.62 / 0.6 = 1.03 between_species_paralog: EVX1 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 154 2 32621241 32621825 -1 1 63.3% 44% 585 0.61 / 0.76 = 0.8 noComparaHits: HXA13_CHICK 4
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 139 2 32600653 32601117 -1 1 40.8% 54.1% 465 0.53 / 0.75 = 0.71 between_species_paralog: HXA11_CHICK 3
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 288 2 32588549 32590928 -1 2 98.8% 47.8% 1068 0.58 / 0.58 = 1 noComparaHits: ENSGALG00000011072 ;
HOXA10 ;
ENSGALG00000021833 		2
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 232.1 2 32579731 32581455 -1 2 89.2% 45.3% 858 0.6 / 0.65 = 0.92 between_species_paralog: HXA9_CHICK 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 115 2 32570317 32570610 -1 1 33.1% 56.1% 294 0.49 / 0.78 = 0.63 noComparaHits: HXA7_CHICK 4
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 172 2 32544807 32545190 -1 1 53.7% 64.5% 384 0.51 / 0.68 = 0.75 between_species_paralog: HXA4_CHICK 2
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 451 2 32524757 32527370 -1 2 96.3% 55.6% 1242 0.56 / 0.5 = 1.12 between_species_paralog: HXD3_CHICK 2
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 120 2 32513709 32513972 -1 1 30.2% 63.6% 264 0.79 / 0.8 = 0.99 noComparaHits: Q804C5_CHICK 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]100[next]
[previous Btau]7[next Btau]

region 100 (region 7 for Btau)
region100, score=462 region100, score=462 region100, score=462
syntenyRegion: Bos_taurus.glob12.21.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 21 -i 30860717:31473122 -f 46e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.28 log_scoreRatio_sum=-1.26 focal_scoreRatio_sum=0.04
AlnScore=462 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000302548 HOXD4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gaps ENSP00000249440 HOXD3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gaps ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q1 +/+ ENSP00000346209 - q1 q1 105 21 30860717 30860908 -1 1 61.4% 78.6% 192 0.15 / 0.53 = 0.28 noComparaHits: noData
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]101[next]
[previous Olat]6[next Olat]

region 101 (region 6 for Olat)
region101, score=1899 region101, score=1899 region101, score=1899
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob03.8.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 8 -i 24254536:24441881 -f 14e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.91 log_scoreRatio_sum=-1.26 focal_scoreRatio_sum=1.86
AlnScore=1899 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 161 8 24254536 24257383 -1 2 33% 50.3% 471 0.62 / 0.8 = 0.78 noComparaHits: Q2WFT1_ORYLA 3
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 254 8 24280310 24281755 1 2 90.1% 48.4% 828 0.61 / 0.6 = 1.02 between_species_paralog: Q3V614_ORYLA 2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000249501 HOXD10 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q3 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q3 q3 142 8 24318538 24318762 1 1 21.9% 86.7% 225 0.6 / 0.79 = 0.76 between_species_paralog: Q3V615_ORYLA 4
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q4 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q4 q4 122 8 24328909 24329400 1 1 70% 38.4% 492 0.49 / 0.77 = 0.64 noComparaHits: Q3V617_ORYLA 2
--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 257.4 8 24381089 24383038 1 2 96.5% 53.8% 774 0.51 / 0.53 = 0.96 between_species_paralog: Q3V619_ORYLA 2
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 245 8 24414385 24415236 1 1 59% 52.6% 852 0.56 / 0.73 = 0.77 between_species_paralog: Q3V620_ORYLA 3
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q10 q10 116 8 24441627 24441854 1 1 23.8% 74.4% 228 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: Q2WFU0_ORYLA 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]102[next]
[previous Mmul]5[next Mmul]

region 102 (region 5 for Mmul)
region102, score=2787 region102, score=2787 region102, score=2787
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob02.3.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 3 -i 98980072:99131547 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.89 log_scoreRatio_sum=-1.32 focal_scoreRatio_sum=2.74
AlnScore=2787 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 327 3 98980072 98981451 -1 2 69.7% 54.8% 828 0.62 / 0.59 = 1.05 between_species_paralog: EVX1 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 193.2 3 99025864 99026971 1 2 38.2% 69.8% 387 0.61 / 0.7 = 0.87 between_species_paralog: HOXA13 3
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 265 3 99039974 99042317 1 2 87% 53.4% 765 0.53 / 0.52 = 1.02 between_species_paralog: HOXA11 1
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 160 3 99053148 99053396 1 1 24.4% 92.8% 249 0.58 / 0.76 = 0.76 noComparaHits: HOXA10 3
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 240.6 3 99059984 99061835 1 2 85.1% 48.5% 792 0.6 / 0.64 = 0.94 between_species_paralog: HOXA9 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 114 3 99070144 99070356 1 1 24.8% 73.6% 213 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: HOXA7 4
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
p10 q8 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q8 q8 125 3 99083848 99084063 1 1 28.2% 83.3% 216 0.51 / 0.77 = 0.66 noComparaHits: HOXA5 5
p11 q9 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q9 q9 380 3 99115329 99118052 1 2 96.3% 48.1% 1338 0.56 / 0.58 = 0.97 between_species_paralog: HOXA3 2
--- q10 gapp - - - q10 - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 129 3 99131227 99131508 1 1 33.8% 61.3% 282 0.79 / 0.79 = 1 noComparaHits: HOXA1 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]103[next]
[previous Trub]12[next Trub]

region 103 (region 12 for Trub)
region103, score=744 region103, score=744 region103, score=744
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob08.scaffold_130.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_130 -i 628804:642318 -f 10e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.91 log_scoreRatio_sum=-1.33 focal_scoreRatio_sum=0.67
AlnScore=744 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q1 q1 114 scaffold_130 628828 629052 1 1 24.8% 73.3% 225 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: NEWSINFRUG00000156875 4
p10 q2 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q2 q2 123 scaffold_130 631301 631498 1 1 25.9% 87.9% 198 0.51 / 0.77 = 0.66 noComparaHits: NEWSINFRUG00000132774 6
p11 q3 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q3 q3 122 scaffold_130 639531 639938 1 1 32.2% 53.2% 408 0.56 / 0.86 = 0.65 noComparaHits: NEWSINFRUG00000161068 4
p12 q4 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q4 q4 114 scaffold_130 642031 642252 1 1 22.6% 73% 222 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: NEWSINFRUG00000131120 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]104[next]
[previous Olat]7[next Olat]

region 104 (region 7 for Olat)
region104, score=755 region104, score=755 region104, score=755
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob07.19.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 19 -i 17578385:17592929 -f 11e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.9 log_scoreRatio_sum=-1.34 focal_scoreRatio_sum=0.66
AlnScore=755 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q1 q1 113 19 17592687 17592911 -1 1 24.8% 72% 225 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: Q9PVR5_ORYLA 3
p10 q2 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q2 q2 123 19 17590258 17590455 -1 1 25.9% 87.9% 198 0.51 / 0.77 = 0.66 noComparaHits: Q3V611_ORYLA 7
p11 q3 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q3 q3 135 19 17580611 17581051 -1 1 34.3% 54.6% 441 0.56 / 0.85 = 0.66 noComparaHits: Q3V612_ORYLA 4
p12 q4 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q4 q4 113 19 17578472 17578684 -1 1 21.6% 76.1% 213 0.79 / 0.82 = 0.96 noComparaHits: Q3V613_ORYLA 3
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]105[next]
[previous Cfam]5[next Cfam]

region 105 (region 5 for Cfam)
region105, score=2109 region105, score=2109 region105, score=2109
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob04.27.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 27 -i 4211935:4324533 -f 84e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.86 log_scoreRatio_sum=-1.34 focal_scoreRatio_sum=1.79
AlnScore=2109 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q1 q1 142 27 4324138 4324533 -1 1 42.1% 47.9% 396 0.61 / 0.78 = 0.78 between_species_paralog: HOXC13 4
--- q2 gapp - - - q2 - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 182.9 27 4307268 4308845 -1 2 67.3% 52.1% 540 0.66 / 0.67 = 0.99 noComparaHits: HOXC12 2
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 208.4 27 4288986 4290950 -1 2 97.3% 41.3% 828 0.53 / 0.62 = 0.85 between_species_paralog: HOXC11 3
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 281 27 4274733 4278842 -1 2 92.1% 48.9% 903 0.58 / 0.59 = 0.98 noComparaHits: HOXC10 2
p7 --- gapq ENSP00000249499 HOXD9 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 269 27 4254363 4256431 -1 2 90.7% 55.5% 648 0.49 / 0.5 = 0.98 between_species_paralog: 607052 3
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q7 110 27 4236052 4236291 -1 1 31.4% 63.8% 240 0.51 / 0.8 = 0.64 noComparaHits: 486499 10
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 103 27 4231110 4231502 -1 1 25.9% 49.6% 393 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: 607625 5
p12 --- gapq ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gapq ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
--- q9 gape - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

[ref-loci][top][up]
[previous]106[next]
[previous Tnig]11[next Tnig]

region 106 (region 11 for Tnig)
region106, score=724 region106, score=724 region106, score=724
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob08.2.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 2 -i 1421792:1435644 -f 10e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.9 log_scoreRatio_sum=-1.35 focal_scoreRatio_sum=0.66
AlnScore=724 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000312385 EVX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000249504 HOXD11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000249501 HOXD10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000249499 HOXD9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q1 q1 112 2 1435444 1435620 -1 1 20.3% 86.4% 177 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: HOXBb6 ;
GSTENG00019143001 		3
p10 q2 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q2 q2 123 2 1432934 1433131 -1 1 25.9% 87.9% 198 0.51 / 0.77 = 0.66 noComparaHits: HOXBb5 ;
GSTENG00019143001 		7
p11 q3 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q3 q3 105 2 1424212 1424418 -1 1 16% 76.8% 207 0.56 / 0.88 = 0.64 noComparaHits: HOXBb3 ;
GSTENG00019144001 		6
p12 q4 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q4 q4 115 2 1421876 1422091 -1 1 22% 75% 216 0.79 / 0.81 = 0.98 noComparaHits: HOXBb1 ;
GSTENG00019145001 		2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -