Overview on processed synteny regions for HOXC9_ENSG00000180806_3e5.protein.info

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60region60, score=268626867.27-0.82.08Danio_rerio19 13916949 13917991 2 72.7% 54.1% 1 198.5 between_species_paralog: hoxa9a
61region61, score=123812383.29-0.81.6Tetraodon_nigroviridis8 6620995 6621216 1 28.5% 83.8% 1 135 between_species_paralog: HOXAb9
62region62, score=2262260.44-0.810.22Tetraodon_nigroviridisUn_random
63region63, score=125812583.22-0.881.35Gasterosteus_aculeatuscontig_2344 65911 66165 1 32.7% 80% -1 145 noComparaHits:
64region64, score=4684681.27-0.980.64Gallus_gallusUn_random
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GSTENG00017478001
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85region85, score=316331635.88-3.672.5Danio_rerio9 1580192 1581290 2 99.2% 53% -1 280 between_species_paralog: hoxd9a
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93region93, score=396639667.57-42.91Mus_musculus2 74498895 74500251 2 76.2% 58.3% 1 257 between_species_paralog: Hoxd9
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95region95, score=130513051.78-4.180.22Gasterosteus_aculeatuscontig_2642
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97region97, score=465146519.15-4.413.2Xenopus_tropicalisscaffold_56 1415310 1416635 2 99.2% 52.3% 1 266 noComparaHits: ENSXETG00000000724
98region98, score=408040807.97-4.582.9Macaca_mulatta3 99059984 99061847 2 99.2% 50.2% 1 247 between_species_paralog: HOXA9
99region99, score=2432430.01-4.60Macaca_mulatta17
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102region102, score=1951950.01-4.60Mus_musculus2
103region103, score=354035406.82-4.612.52Canis_familiaris36 22958879 22959109 1 29.6% 93.5% 1 154 noComparaHits: ENSCAFG00000023404
104region104, score=455145518.91-4.633.1Homo_sapiens7 27169750 27171601 2 99.2% 49.8% -1 244.3 within_species_paralog: HOXA9
105region105, score=442344238.82-4.753.06Canis_familiaris14 43293507 43295428 2 99.2% 47.7% -1 248.4 between_species_paralog: 482372
106region106, score=418941898.72-4.863.14Gallus_gallus2 32579719 32581455 2 99.2% 51.1% -1 248 between_species_paralog: HXA9_CHICK
107region107, score=444644468.94-4.93.12Mus_musculus6 52153830 52155687 2 99.2% 50.4% -1 248 between_species_paralog: Hoxa9
108region108, score=312431246.37-5.192.3Gallus_gallus7 17409077 17409745 1 69.2% 38.5% -1 126 noComparaHits: NP_997060.1
109region109, score=399639968.23-5.482.75Monodelphis_domestica8 293276346 293276801 1 56.2% 46.8% 1 119 between_species_paralog: HOXA9

Data table for reference protein loci

QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
QueryGenome=Homo_sapiens
ref-loci geneNameprotIDtransIDgeneIDprotNamechrstartPosendPosmeanPosorinumExonsprotLengthselfscore
p1 CALCOCO1 ENSP00000262059 ENST00000262059 ENSG00000012822 NP_065949.1 12 52391995 52405293 52396060 -1 14 691 1428
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p4 HOXC11 ENSP00000243082 ENST00000243082 ENSG00000123388 HXC11_HUMAN 12 52653293 52655464 52653746 1 2 304 632
p5 HOXC10 ENSP00000307321 ENST00000303460 ENSG00000180818 HXC10_HUMAN 12 52665311 52669497 52665821 1 2 342 708
p6 HOXC9 ENSP00000302836 ENST00000303450 ENSG00000180806 HXC9_HUMAN 12 52680240 52682725 52680627 1 2 260 556
p7 HOXC8 ENSP00000040584 ENST00000040584 ENSG00000037965 HXC8_HUMAN 12 52689336 52691432 52689696 1 2 242 469
p8 HOXC6 ENSP00000243108 ENST00000243108 ENSG00000197757 HXC6_HUMAN 12 52708573 52710013 52708921 1 2 235 491
p9 HOXC5 ENSP00000309336 ENST00000312492 ENSG00000172789 HXC5_HUMAN 12 52713174 52714543 52713504 1 2 222 467
p10 HOXC4 ENSP00000305973 ENST00000303406 ENSG00000198353 HXC4_HUMAN 12 52733974 52735256 52734367 1 2 264 566
p11 SMUG1 ENSP00000338606 ENST00000337581 ENSG00000123415 SMUG1_HUMAN 12 52862147 52863991 52862549 -1 2 270 568
p12 CBX5 ENSP00000209875 ENST00000209875 ENSG00000094916 CBX5_HUMAN 12 52921806 52937701 52932122 -1 4 191 401.7
p13 HNRPA1 ENSP00000341826 ENST00000340913 ENSG00000135486 ROA1_HUMAN 12 52960859 52964364 52962510 1 10 372 562
p14 NFE2 ENSP00000312436 ENST00000312156 ENSG00000123405 NFE2_HUMAN 12 52972425 52975299 52972980 -1 2 373 762.7
total length of ref-loci (on slice) = 583305 (58e4)

Parameter used for the loci-alignments

qLoci-Score_CutOff: 100 bits
qLoci-MaxProtOverlap: 40 aa
loci size factor: 2 (additional loci size constraint: 0 nt)
loci-grouping type: loci intervalls
max distance between non-highlighted (orange) target columns: 500000 nt
RelativeScore color index:
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 1 (region 1 for Hsap)
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 2 (region 1 for Mmus)
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syntenyRegion: Mus_musculus.glob01.15.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 15 -i 102535406:103079076 -f 41e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=13295 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
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p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 1162.7 15 102535406 102547731 -1 12 95.5% 78.9% 2244 0.94 / 0.18 = 5.22 ortholog_one2one: Calcoco1 1
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p14 q14 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q14 q14 675.8 15 103076478 103079076 -1 2 100% 88.8% 1125 0.74 / 0.11 = 6.73 ortholog_one2one: Nfe2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 3 (region 1 for Mmul)
region3, score=12914 region3, score=12914 region3, score=12914
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob01.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 11 -i 50799467:51402814 -f 45e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=331.23 log_scoreRatio_sum=33.3 focal_scoreRatio_sum=119.67
AlnScore=12914 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 1157.9 11 50799467 50813539 -1 11 82.2% 85.1% 2037 0.94 / 0.18 = 5.22 ortholog_one2one: CALCOCO1 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 606 11 51036974 51043365 1 2 100% 86.7% 1035 0.57 / 0.06 = 9.5 ortholog_one2one: HOXC13 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 425 11 51052937 51053542 1 1 72.3% 98% 606 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC12 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 610 11 51071312 51073479 1 2 99% 96.3% 903 0.56 / 0.03 = 18.67 ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 568 11 51083777 51087885 1 2 81% 98.6% 831 0.59 / 0.19 = 3.11 ortholog_one2one: HOXC10 1
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 555 11 51098616 51101089 1 2 100% 95.6% 825 0.52 / 0.01 = 52 ortholog_one2one: HOXC9 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 455 11 51107689 51109686 1 2 88% 90.5% 669 0.34 / 0.02 = 17 ortholog_one2one: HOXC8 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 491 11 51127353 51128787 1 2 100% 97.9% 726 0.56 / 0.01 = 56 ortholog_one2one: HOXC6 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 314 11 51131926 51132378 1 1 68% 99.3% 453 0.57 / 0.32 = 1.78 ortholog_one2one: HOXC5 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 518 11 51153294 51154580 1 2 100% 92.8% 792 0.51 / 0.08 = 6.38 ortholog_one2one: HOXC4 1
p11 q11 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q11 q11 553 11 51281980 51283824 -1 2 100% 97.4% 813 0.73 / 0.02 = 36.5 ortholog_one2one: SMUG1 1
p12 q12 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q12 q12 399.7 11 51344412 51363039 -1 4 100% 94.5% 603 0.37 / 0.01 = 37 ortholog_one2one: CBX5 1
p13 q13 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q13 q13 478 11 51388168 51390759 1 4 65.6% 76% 960 0.01 / 0.14 = 0.07 ortholog_one2many: ENSMMUG00000012989 noData
p14 q14 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q14 q14 746.7 11 51399610 51402814 -1 2 100% 94.6% 1173 0.74 / 0.02 = 37 ortholog_one2one: NFE2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 4 (region 1 for Btau)
region4, score=11686 region4, score=11686 region4, score=11686
syntenyRegion: Bos_taurus.glob01.5.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 5 -i 16526128:16874969 -f 26e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=362.79 log_scoreRatio_sum=31.94 focal_scoreRatio_sum=126.19
AlnScore=11686 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 626 5 16868572 16874969 -1 2 100% 90.3% 993 0.57 / 0.02 = 28.5 ortholog_one2one: HOXC13 1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 539 5 16857536 16859124 -1 2 100% 90.1% 870 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC12 1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 606 5 16838893 16841078 -1 2 98.4% 96.7% 897 0.56 / 0.04 = 14 ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 553 5 16811866 16814511 -1 2 100% 99.2% 786 0.52 / 0.01 = 52 ortholog_one2one: HOXC9 1
p7 q5 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q5 q5 342 5 16772489 16774359 -1 2 65.7% 88.7% 504 0.34 / 0.27 = 1.26 ortholog_one2one: HOXC8 1
p8 q6 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q6 q6 489 5 16754275 16755703 -1 2 100% 97.5% 726 0.56 / 0.01 = 56 ortholog_one2one: Q28015_BOVIN 1
p9 q7 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q7 q7 460 5 16749677 16751039 -1 2 100% 94.9% 702 0.57 / 0.01 = 57 ortholog_one2one: HOXC5 1
p10 q8 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q8 q8 569 5 16729786 16731061 -1 2 100% 90% 900 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC4 1
p11 q9 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q9 q9 504 5 16609804 16611606 1 2 99.3% 89.2% 807 0.73 / 0.11 = 6.64 ortholog_one2one: SMUG1_BOVIN 1
p12 q10 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q10 q10 401.7 5 16554116 16563425 1 4 100% 95.5% 600 0.37 / 0.01 = 37 apparent_ortholog_one2one: Q52T68_BOVIN 1
p13 q11 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q11 q11 523.6 5 16533665 16536290 -1 5 65.3% 99.2% 741 0.01 / 0.06 = 0.17 ortholog_one2many: ROA1_BOVIN 4
p14 q12 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q12 q12 691.9 5 16526128 16528480 1 2 100% 91% 1128 0.74 / 0.09 = 8.22 ortholog_one2one: NP_001014923.1 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 5 (region 1 for Cfam)
region5, score=12209 region5, score=12209 region5, score=12209
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob01.27.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 27 -i 4008479:5021721 -f 76e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=257.8 log_scoreRatio_sum=30.56 focal_scoreRatio_sum=66.01
AlnScore=12209 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
--- q1 gaps - - - q1 - - - - - - - - - - - -
p1 q2 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q2 q2 1116 27 4529145 4542635 1 11 87.1% 85.8% 1926 0.94 / 0.21 = 4.48 ortholog_one2one: 486505 1
p2 q3 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q3 q3 534 27 4318373 4324857 -1 2 100% 75.6% 1065 0.57 / 0.17 = 3.35 ortholog_one2one: HOXC13 1
p3 q4 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q4 q4 486 27 4307268 4308845 -1 2 100% 82.8% 867 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC12 1
p4 q5 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q5 q5 549 27 4288983 4291010 -1 2 99% 88.1% 906 0.56 / 0.13 = 4.31 ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 q6 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q6 q6 657 27 4274733 4278914 -1 2 100% 92.4% 1026 0.59 / 0.07 = 8.43 ortholog_one2one: HOXC10 1
p6 --- gapq ENSP00000302836 HOXC9 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 454 27 4254360 4256431 -1 2 90.1% 89% 681 0.34 / 0.03 = 11.33 ortholog_one2one: 607052 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 489 27 4235998 4237443 -1 2 100% 97.5% 726 0.56 / 0.01 = 56 ortholog_one2one: 486499 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 450 27 4231281 4232665 -1 2 100% 93.1% 693 0.57 / 0.03 = 19 ortholog_one2one: 607625 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 562 27 4211935 4213230 -1 2 100% 99.2% 792 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: 486498 1
p11 q11 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q11 q11 485 27 4090464 4092280 1 2 100% 85.2% 813 0.73 / 0.14 = 5.21 ortholog_one2one: 486497 1
p12 q12 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q12 q12 399.7 27 4040285 4050441 1 4 100% 95% 600 0.37 / 0.01 = 37 ortholog_one2one: 477593 1
p13 q13 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q13 q13 551.4 27 4017226 4019929 -1 4 75% 78% 1062 0.01 / 0.01 = 1 between_species_paralog: 476099 3
p14 q14 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q14 q14 659.4 27 4008479 4010923 1 2 100% 88.5% 1125 0.74 / 0.13 = 5.69 ortholog_one2one: 486495 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 6 (region 1 for Xtro)
region6, score=7062 region6, score=7062 region6, score=7062
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob01.scaffold_226.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_226 -i 280901:557959 -f 21e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=39.3 log_scoreRatio_sum=10.24 focal_scoreRatio_sum=14.42
AlnScore=7062 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 483 scaffold_226 280901 284157 1 2 100% 69.3% 918 0.57 / 0.25 = 2.28 between_species_paralog: ENSXETG00000025184 1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 393 scaffold_226 343006 344320 1 2 100% 70.6% 792 0.51 / 0.03 = 17 noComparaHits: ENSXETG00000023470 1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 422 scaffold_226 362368 364628 1 2 100% 69.7% 936 0.56 / 0.33 = 1.7 apparent_ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 478 scaffold_226 374651 378201 1 2 100% 67.3% 1053 0.59 / 0.32 = 1.84 ortholog_one2one: HOXC10 1
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 464 scaffold_226 388156 390498 1 2 100% 83.6% 783 0.52 / 0.16 = 3.25 noComparaHits: hoxc9 1
p7 q6 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q6 q6 440 scaffold_226 396316 398530 1 2 89.7% 92.2% 657 0.34 / 0.06 = 5.67 ortholog_one2one: hoxc8 1
p8 q7 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q7 q7 422 scaffold_226 418988 420489 1 2 97.4% 86.5% 690 0.56 / 0.14 = 4 ortholog_one2one: HOXC6 1
p9 q8 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q8 q8 330 scaffold_226 422390 423774 1 2 100% 70.6% 678 0.57 / 0.29 = 1.97 ortholog_one2one: HOXC5 1
p10 q9 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q9 q9 383 scaffold_226 463073 464312 1 2 100% 71.9% 795 0.51 / 0.32 = 1.59 ortholog_one2one: HOXC4 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gapq ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
--- q10 gape - - - q10 - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 7 (region 1 for Drer)
region7, score=7050 region7, score=7050 region7, score=7050
syntenyRegion: Danio_rerio.glob01.23.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 23 -i 35580664:35921769 -f 26e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=24.94 log_scoreRatio_sum=4.13 focal_scoreRatio_sum=9.36
AlnScore=7050 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 137.9 23 35580664 35582160 -1 2 19.7% 41.1% 504 0.94 / 0.9 = 1.04 noComparaHits: calcoco1 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 488 23 35634466 35637164 1 2 99.7% 71.3% 924 0.57 / 0.24 = 2.37 ortholog_one2many: hoxc13a 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 370 23 35645087 35646667 1 2 100% 65.9% 843 0.51 / 0.08 = 6.38 noComparaHits: Q4PR84_BRARE 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 410 23 35656397 35658682 1 2 100% 64.6% 942 0.56 / 0.35 = 1.6 ortholog_one2many: hoxc11a 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 257.4 23 35665105 35667851 1 2 94.4% 45.2% 1005 0.59 / 0.63 = 0.94 noComparaHits: Q4PR86_BRARE 2
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 403 23 35676857 35678692 1 2 99.6% 72.3% 777 0.52 / 0.27 = 1.93 ortholog_one2one: hoxc9a 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 438 23 35682935 35684949 1 2 100% 82% 750 0.34 / 0.06 = 5.67 ortholog_one2one: hoxc8a 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 367 23 35696960 35698247 1 2 98.3% 73.1% 696 0.56 / 0.25 = 2.24 ortholog_one2many: hoxc6a 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 226.4 23 35700226 35701742 1 2 100% 53.6% 699 0.57 / 0.51 = 1.12 ortholog_one2one: hoxc5a 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 381 23 35712551 35713874 1 2 100% 69% 804 0.51 / 0.32 = 1.59 ortholog_one2one: hoxc4a 1
--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 q13 --- - - - - - - - - - - - -
p13 q12 /+ ENSP00000341826 HNRPA1 q12 q12 456.9 23 35912140 35913858 -1 4 75.3% 65% 1050 0.01 / 0.18 = 0.06 between_species_paralog: hnrpa1 1
p14 --- gapq ENSP00000312436 NFE2 q11 --- - - - - - - - - - - - -
--- q13 gape - - - q13 - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 8 (region 1 for Mdom)
region8, score=977 region8, score=977 region8, score=977
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob04.Un.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l Un -i 106218114:106223253 -f 39e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=28 log_scoreRatio_sum=3.33 focal_scoreRatio_sum=9.33
AlnScore=977 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q1 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q1 q1 480 Un 106218114 106219621 1 2 100% 95.9% 723 0.56 / 0.02 = 28 ortholog_one2one: HOXC6 1
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 9 (region 1 for Trub)
region9, score=7467 region9, score=7467 region9, score=7467
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob01.scaffold_66.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_66 -i 66101:225073 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=26.33 log_scoreRatio_sum=3.06 focal_scoreRatio_sum=9.1
AlnScore=7467 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 499 scaffold_66 191837 194602 -1 2 100% 71.6% 924 0.57 / 0.22 = 2.59 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000149366 1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 378 scaffold_66 183469 185171 -1 2 100% 66.1% 837 0.51 / 0.06 = 8.5 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000164408 1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 402 scaffold_66 171697 173892 -1 2 100% 64% 972 0.56 / 0.36 = 1.56 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000149367 1
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 206.5 scaffold_66 162817 165131 -1 2 64% 51.1% 669 0.59 / 0.7 = 0.84 noComparaHits: NEWSINFRUG00000146333 3
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 399 scaffold_66 154982 156667 -1 2 99.6% 69.4% 810 0.52 / 0.28 = 1.86 ortholog_one2one: HXC9_FUGRU 1
p7 q6 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q6 q6 427 scaffold_66 149217 151058 -1 2 90.5% 88.1% 657 0.34 / 0.08 = 4.25 ortholog_one2one: O42503_FUGRU 1
p8 q7 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q7 q7 368 scaffold_66 139091 140214 -1 2 100% 73.7% 708 0.56 / 0.25 = 2.24 ortholog_one2one: O42504_FUGRU 1
p9 q8 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q8 q8 135 scaffold_66 135771 135977 -1 1 31.1% 91.3% 207 0.57 / 0.71 = 0.8 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146325 1
p10 q9 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q9 q9 368 scaffold_66 126560 127863 -1 2 100% 68.8% 792 0.51 / 0.34 = 1.5 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146324 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q10 q10 273 scaffold_66 71311 73952 1 4 97.9% 64.2% 594 0.37 / 0.32 = 1.16 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146323 1
p13 q11 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q11 q11 333.5 scaffold_66 68705 69532 -1 3 54.8% 70.1% 672 0.01 / 0.4 = 0.03 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000146321 1
p14 q12 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q12 q12 192 scaffold_66 66101 66628 1 1 47.7% 57.5% 528 0.74 / 0.74 = 1 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146319 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 10 (region 1 for Gacu)
region10, score=3319 region10, score=3319 region10, score=3319
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob05.contig_2643.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2643 -i 4976:46955 -f 31e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=9.94 log_scoreRatio_sum=2.91 focal_scoreRatio_sum=4.95
AlnScore=3319 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 409 contig_2643 45173 46955 -1 2 99.6% 73.9% 783 0.52 / 0.26 = 2 noComparaHits: ENSGACG00000009396 1
p7 q2 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q2 q2 419 contig_2643 39204 41140 -1 2 88.8% 86.3% 657 0.34 / 0.1 = 3.4 noComparaHits: ENSGACG00000009401 1
p8 q3 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q3 q3 365 contig_2643 28322 29473 -1 2 96.6% 74.9% 702 0.56 / 0.25 = 2.24 noComparaHits: Q4VQD3_GASAC 1
p9 q4 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q4 q4 135 contig_2643 24698 24928 -1 1 34.7% 80.5% 231 0.57 / 0.71 = 0.8 noComparaHits: ENSGACG00000009416 1
p10 q5 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q5 q5 373 contig_2643 14513 15813 -1 2 100% 69.5% 792 0.51 / 0.34 = 1.5 noComparaHits: ENSGACG00000009421 1
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 11 (region 1 for Olat)
region11, score=7720 region11, score=7720 region11, score=7720
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob01.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 7 -i 12781664:12979066 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=23.67 log_scoreRatio_sum=2.83 focal_scoreRatio_sum=8.26
AlnScore=7720 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 234.9 7 12781664 12786178 -1 4 55.4% 33.3% 1245 0.94 / 0.83 = 1.13 ortholog_one2one: ENSORLG00000007883 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 480 7 12836622 12839106 1 2 100% 70.2% 918 0.57 / 0.25 = 2.28 ortholog_one2one: Q3V600_ORYLA 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 368 7 12845783 12847609 1 2 99.6% 65.8% 828 0.51 / 0.09 = 5.67 ortholog_one2one: Q3V601_ORYLA 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 415 7 12857047 12859665 1 2 98.7% 66.6% 930 0.56 / 0.34 = 1.65 ortholog_one2many: Q90ZG3_ORYLA 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 216.6 7 12866025 12868489 1 2 100% 39% 984 0.59 / 0.69 = 0.86 noComparaHits: Q3V603_ORYLA 3
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 409 7 12875582 12877182 1 2 99.2% 73.1% 780 0.52 / 0.26 = 2 ortholog_one2one: HXC9_ORYLA 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 421 7 12880841 12882567 1 2 89.7% 87.6% 651 0.34 / 0.1 = 3.4 noComparaHits: HXC9_ORYLA ;
Q3V609_ORYLA
1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 364 7 12891828 12892930 1 2 99.1% 72.5% 717 0.56 / 0.25 = 2.24 noComparaHits: HXC9_ORYLA ;
Q3V609_ORYLA
1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 135 7 12895763 12895993 1 1 34.7% 81.8% 231 0.57 / 0.71 = 0.8 ortholog_one2one: Q3V607_ORYLA 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 355 7 12904751 12906049 1 2 100% 66.9% 783 0.51 / 0.37 = 1.38 ortholog_one2one: HXC4_ORYLA 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q11 q11 278 7 12970430 12973774 -1 4 100% 61.3% 636 0.37 / 0.3 = 1.23 ortholog_one2one: ENSORLG00000007971 1
p13 q12 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q12 q12 403.5 7 12975670 12977062 1 4 94.4% 52.4% 1182 0.01 / 0.28 = 0.04 between_species_paralog: ENSORLG00000008001 1
p14 q13 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q13 q13 190 7 12978623 12979066 -1 1 40.2% 64.7% 444 0.74 / 0.75 = 0.99 noComparaHits: 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 12 (region 2 for Drer)
region12, score=1914 region12, score=1914 region12, score=1914
syntenyRegion: Danio_rerio.glob02.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 11 -i 1362989:1521780 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.53 log_scoreRatio_sum=1.83 focal_scoreRatio_sum=1.4
AlnScore=1914 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
--- q1 gaps - - - q1 - - - - - - - - - - - -
--- q2 gaps - - - q2 - - - - - - - - - - - -
p1 --- gapq ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gapq ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q3 /+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 281 11 1397134 1398255 1 2 96.5% 53.7% 816 0.51 / 0.3 = 1.7 ortholog_one2one: hoxc12b 2
p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q4 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q4 q4 349 11 1379049 1380153 -1 2 100% 71.3% 699 0.56 / 0.28 = 2 ortholog_one2many: hoxc6b 2
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000305973 HOXC4 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p11 q5 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q5 q5 340.1 11 1362989 1365267 1 2 90% 63.9% 732 0.73 / 0.4 = 1.83 ortholog_one2one: ENSDARG00000063611 1
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 13 (region 1 for Tnig)
region13, score=7224 region13, score=7224 region13, score=7224
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob01.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 9 -i 4148559:4311213 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=22.58 log_scoreRatio_sum=1.67 focal_scoreRatio_sum=8.05
AlnScore=7224 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 500 9 4183940 4186707 1 2 100% 71.6% 927 0.57 / 0.22 = 2.59 ortholog_one2many: HOXC13 ;
GSTENG00028043001
1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 367 9 4193048 4194863 1 2 100% 65.6% 843 0.51 / 0.09 = 5.67 ortholog_one2many: GSTENG00028042001 ;
HOXC12
1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 403 9 4205409 4207568 1 2 100% 65% 957 0.56 / 0.36 = 1.56 between_species_paralog: GSTENG00028041001 1
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 207.1 9 4213950 4216234 1 2 59.9% 53.7% 639 0.59 / 0.7 = 0.84 noComparaHits: HOXC10 ;
GSTENG00028041001
4
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 390 9 4222544 4224265 1 2 99.6% 68.1% 819 0.52 / 0.29 = 1.79 ortholog_one2many: HOXC9 ;
GSTENG00028039001
1
p7 q6 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q6 q6 424 9 4228016 4229943 1 2 88.8% 88.8% 645 0.34 / 0.09 = 3.78 ortholog_one2one: HOXC8 1
p8 q7 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q7 q7 370.6 9 4239684 4240805 1 3 99.6% 74.6% 711 0.56 / 0.24 = 2.33 ortholog_one2one: HOXC6 1
p9 q8 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q8 q8 137 9 4243970 4244176 1 1 31.1% 92.8% 207 0.57 / 0.7 = 0.81 between_species_paralog: HOXC5 ;
GSTENG00028038001
1
p10 q9 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q9 q9 366 9 4251930 4253228 1 2 100% 68.4% 795 0.51 / 0.35 = 1.46 ortholog_one2many: GSTENG00028038001 ;
HOXC4
1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q10 q10 202.9 9 4304902 4305941 -1 3 73.8% 62% 465 0.37 / 0.49 = 0.76 ortholog_one2one: GSTENG00028035001 1
p13 q11 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q11 q11 324.9 9 4307821 4308642 1 3 51.6% 68.4% 693 0.01 / 0.42 = 0.02 between_species_paralog: GSTENG00028034001 1
p14 q12 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q12 q12 182 9 4310779 4311213 -1 1 38.9% 60.7% 435 0.74 / 0.76 = 0.97 ortholog_one2one: GSTENG00028033001 1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 14 (region 1 for Ggal)
region14, score=829 region14, score=829 region14, score=829
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob05.Un_random.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 20045123:20048409 -f 25e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.06 log_scoreRatio_sum=1.12 focal_scoreRatio_sum=3.06
AlnScore=829 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 461 Un_random 20045123 20048409 -1 2 99.6% 83.5% 783 0.52 / 0.17 = 3.06 ortholog_one2one: HXD9_CHICK 1
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 15 (region 2 for Gacu)
region15, score=1423 region15, score=1423 region15, score=1423
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob10.contig_2646.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2646 -i 1107:47554 -f 35e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.62 log_scoreRatio_sum=1.1 focal_scoreRatio_sum=0.95
AlnScore=1423 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 148.7 contig_2646 45027 47554 1 3 19.1% 46.8% 417 0.94 / 0.89 = 1.06 noComparaHits: ENSGACG00000009377 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 489 contig_2646 8977 11713 -1 2 99.7% 71% 915 0.57 / 0.24 = 2.37 noComparaHits: ENSGACG00000009389 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 228 contig_2646 1107 1694 -1 1 70.6% 59.6% 588 0.51 / 0.43 = 1.19 noComparaHits: 2
p4 --- gape ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gape ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 16 (region 3 for Gacu)
region16, score=7243 region16, score=7243 region16, score=7243
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob01.groupXII.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXII -i 11539588:11716245 -f 13e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=20.34 log_scoreRatio_sum=0.98 focal_scoreRatio_sum=7.47
AlnScore=7243 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 148.7 groupXII 11539588 11542115 -1 3 19.1% 46.8% 417 0.94 / 0.89 = 1.06 ortholog_one2one: ENSGACG00000009377 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 489 groupXII 11575429 11578165 1 2 99.7% 71% 915 0.57 / 0.24 = 2.37 ortholog_one2one: ENSGACG00000009389 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 326.2 groupXII 11585448 11587454 1 2 89.4% 65.5% 747 0.51 / 0.19 = 2.68 ortholog_one2one: ENSGACG00000009391 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 414 groupXII 11597219 11599472 1 2 100% 65.2% 954 0.56 / 0.34 = 1.65 ortholog_one2many: ENSGACG00000009392 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 213.8 groupXII 11606255 11609065 1 2 67.5% 48.1% 717 0.59 / 0.69 = 0.86 noComparaHits: ENSGACG00000009394 3
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 409 groupXII 11616265 11618047 1 2 99.6% 73.9% 783 0.52 / 0.26 = 2 ortholog_one2one: ENSGACG00000009396 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 419 groupXII 11622080 11624016 1 2 88.8% 86.3% 657 0.34 / 0.1 = 3.4 ortholog_one2one: ENSGACG00000009401 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 365 groupXII 11633747 11634898 1 2 96.6% 74.9% 702 0.56 / 0.25 = 2.24 ortholog_one2one: Q4VQD3_GASAC 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 135 groupXII 11638292 11638522 1 1 34.7% 80.5% 231 0.57 / 0.71 = 0.8 ortholog_one2one: ENSGACG00000009416 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 373 groupXII 11647407 11648707 1 2 100% 69.5% 792 0.51 / 0.34 = 1.5 ortholog_one2one: ENSGACG00000009421 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q11 q11 204.5 groupXII 11708653 11710250 -1 3 74.3% 63.3% 468 0.37 / 0.49 = 0.76 ortholog_one2one: ENSGACG00000009433 3
p13 q12 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q12 q12 304.8 groupXII 11711994 11713700 1 2 80.4% 48% 1152 0.01 / 0.45 = 0.02 between_species_paralog: ENSGACG00000009435 3
p14 q13 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q13 q13 194 groupXII 11715415 11716245 -1 1 64.3% 44.3% 831 0.74 / 0.74 = 1 ortholog_one2one: ENSGACG00000009442 1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 17 (region 2 for Ggal)
region17, score=740 region17, score=740 region17, score=740
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob06.Un_random.minQN4.fac2.03.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 11038119:11040351 -f 17e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.24 log_scoreRatio_sum=0.81 focal_scoreRatio_sum=0.75
AlnScore=740 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q1 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q1 q1 468 Un_random 11038119 11040351 -1 2 100% 74.1% 918 0.56 / 0.25 = 2.24 apparent_ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 --- gape ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 18 (region 4 for Gacu)
region18, score=655 region18, score=655 region18, score=655
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob16.contig_2645.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2645 -i 278:19677 -f 15e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.65 log_scoreRatio_sum=0.5 focal_scoreRatio_sum=0.55
AlnScore=655 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q1 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q1 q1 414 contig_2645 7501 9754 -1 2 100% 65.2% 954 0.56 / 0.34 = 1.65 noComparaHits: ENSGACG00000009392 1
p5 --- gape ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 19 (region 3 for Drer)
region19, score=618 region19, score=618 region19, score=618
syntenyRegion: Danio_rerio.glob12.6.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 6 -i 37029814:37032288 -f 19e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.5 log_scoreRatio_sum=0.41 focal_scoreRatio_sum=0.3
AlnScore=618 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 399 6 37029814 37032288 -1 2 83% 69.5% 822 0.57 / 0.38 = 1.5 ortholog_one2many: hoxc13b 2
p3 --- gape ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gape ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gape ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 20 (region 3 for Ggal)
region20, score=579 region20, score=579 region20, score=579
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob08.Un_random.minQN4.fac2.05.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 4242275:4245456 -f 24e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.36 log_scoreRatio_sum=0.31 focal_scoreRatio_sum=0.27
AlnScore=579 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 374 Un_random 4242275 4245456 1 2 58.2% 87.9% 594 0.57 / 0.42 = 1.36 ortholog_one2one: HOXC13 1
p3 --- gape ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gape ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gape ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14