Overview on processed synteny regions for HOXA9_ENSG00000078399_5e5.protein.info

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7region7, score=52015201162.114.5384.14Bos_taurus4 40177480 40179376 2 100% 95% 1 565 ortholog_one2one: HOXA9
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9region9, score=7735773528.747.028.26Gallus_gallus2 32579719 32581455 2 100% 71.2% -1 398 ortholog_one2one: HXA9_CHICK
10region10, score=6577657717.33.844.79Oryzias_latipes11 10539576 10540702 2 100% 54.9% -1 274 noComparaHits: Q9PTV6_ORYLA
11region11, score=6508650816.943.654.72Gasterosteus_aculeatusgroupX 9901359 9902621 2 70.6% 62.5% -1 236.1 ortholog_one2many: ENSGACG00000007123
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15region15, score=3356335611.612.253Gasterosteus_aculeatusgroupXX 9726620 9727808 2 92.6% 44.5% 1 208 ortholog_one2many: ENSGACG00000008310
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HOXDb9
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83region83, score=329732978.33-0.792.73Canis_familiaris9 28212641 28216111 2 91.9% 48.8% -1 231 between_species_paralog: 608958
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GSTENG00028039001
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98region98, score=272527257.05-1.143.1Oryzias_latipes7 12875582 12877188 2 100% 51.1% 1 262 between_species_paralog: HXC9_ORYLA
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105region105, score=343034308.85-1.352.68Gasterosteus_aculeatusgroupXI 1626146 1626442 1 34.6% 73.7% 1 150 noComparaHits:
106region106, score=287828787.83-1.383.16Gasterosteus_aculeatusgroupXII 11616265 11618032 2 98.5% 50.9% 1 257 between_species_paralog: ENSGACG00000009396
107region107, score=312931297.84-1.382.15Tetraodon_nigroviridisUn_random 38140058 38140288 1 28.3% 85.7% -1 142 noComparaHits: GSTENG00020456001
108region108, score=312031207.72-1.462.16Oryzias_latipes8 24318538 24318771 1 28.7% 84.6% 1 143 between_species_paralog: Q3V615_ORYLA
109region109, score=261326137.57-1.632.71Canis_familiaris36 22958837 22959100 1 29.4% 80.7% 1 151 noComparaHits: ENSCAFG00000023404
110region110, score=180318035.57-1.671.4Gallus_gallus7
111region111, score=319731978.59-1.673.32Danio_rerio23 35676857 35678677 2 98.5% 49.6% 1 255 between_species_paralog: hoxc9a

Data table for reference protein loci

QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
QueryGenome=Homo_sapiens
ref-loci geneNameprotIDtransIDgeneIDprotNamechrstartPosendPosmeanPosorinumExonsprotLengthselfscore
p1 SKAP2 ENSP00000005587 ENST00000345317 ENSG00000005020 NP_003921.2 7 26676244 26870573 26733074 -1 12 359 681.9
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p5 HOXA3 ENSP00000324884 ENST00000317201 ENSG00000105997 HXA3_HUMAN 7 27114059 27116784 27114719 -1 2 443 844
p6 Q96MZ3_HUMAN ENSP00000297027 ENST00000297027 ENSG00000164519 Q96MZ3_HUMAN 7 27122158 27128119 27122347 1 2 128 226
p7 HOXA4 ENSP00000353151 ENST00000360046 ENSG00000197576 HXA4_HUMAN 7 27135369 27136877 27136392 -1 2 320 684
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p9 HOXA6 ENSP00000222728 ENST00000222728 ENSG00000106006 HXA6_HUMAN 7 27151802 27153893 27153537 -1 2 233 500
p10 HOXA7 ENSP00000242159 ENST00000242159 ENSG00000122592 HXA7_HUMAN 7 27161053 27162689 27162339 -1 2 230 484
p11 HOXA9 ENSP00000343619 ENST00000343483 ENSG00000078399 HXA9_HUMAN 7 27169747 27171601 27171188 -1 2 272 576
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p13 HOXA11 ENSP00000006015 ENST00000006015 ENSG00000005073 HXA11_HUMAN 7 27188940 27191288 27190812 -1 2 313 553
p14 HOXA13 ENSP00000222753 ENST00000222753 ENSG00000106031 HXA13_HUMAN 7 27204342 27206221 27205634 -1 2 388 640
p15 EVX1 ENSP00000222761 ENST00000222761 ENSG00000106038 EVX1_HUMAN 7 27249175 27252569 27251371 1 3 407 638
p16 - ENSP00000322111 ENST00000313812 ENSG00000177093 - 7 27464307 27464999 27464649 -1 1 230 473
p17 HIBADH ENSP00000265395 ENST00000265395 ENSG00000106049 3HIDH_HUMAN 7 27532358 27668932 27549219 -1 8 336 707.1
total length of ref-loci (on slice) = 992689 (99e4)

Parameter used for the loci-alignments

qLoci-Score_CutOff: 100 bits
qLoci-MaxProtOverlap: 40 aa
loci size factor: 2 (additional loci size constraint: 0 nt)
loci-grouping type: loci intervalls
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 1 (region 1 for Hsap)
region1, score=17000 region1, score=17000 region1, score=17000
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob01.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 7 -i 26676247:27668932 -f 74e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1053 log_scoreRatio_sum=69.29 focal_scoreRatio_sum=277.17
AlnScore=17000 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Homo_sapiens
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 681.9 7 26676247 26861035 -1 9 85.8% 98.7% 942 0.91 / 0.01 = 91 within_species_paralog: SKAP2 1
p2 q2 +/+ ENSP00000328286 - q2 q2 366.1 7 26988974 26989532 -1 2 89.4% 99.4% 531 0.25 / 0.01 = 25 within_species_paralog: ENSG00000184579 1
p3 q3 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q3 q3 671 7 27100587 27102056 -1 2 100% 96.1% 1011 0.67 / 0.01 = 67 within_species_paralog: HOXA1 1
p4 q4 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q4 q4 736 7 27106873 27108644 -1 2 100% 94.8% 1155 0.58 / 0.01 = 58 within_species_paralog: HOXA2 1
p5 q5 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q5 q5 844 7 27114062 27116784 -1 2 100% 87.9% 1389 0.51 / 0.01 = 51 within_species_paralog: HOXA3 1
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Q96MZ3_HUMAN
1
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p10 q10 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q10 q10 484 7 27161056 27162689 -1 2 100% 100% 696 0.72 / 0.01 = 72 within_species_paralog: HOXA7 1
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p12 q12 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q12 q12 727 7 27178046 27180399 -1 2 100% 90.4% 1182 0.64 / 0.01 = 64 within_species_paralog: HOXA10 1
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p15 q15 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q15 q15 638 7 27249175 27252566 1 2 81.6% 93.1% 996 0.51 / 0.01 = 51 within_species_paralog: EVX1 1
p16 q16 +/+ ENSP00000322111 - q16 q16 473 7 27464310 27464999 -1 1 100% 100% 690 0.6 / 0.01 = 60 within_species_paralog: ENSG00000177093 1
p17 q17 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q17 q17 707.1 7 27532361 27668932 -1 8 100% 97.7% 1053 1 / 0.01 = 100 noComparaHits: ENSG00000203508 ;
HIBADH
1
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
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region 2 (region 1 for Mmul)
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syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob01.3.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q15 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q15 q15 652.4 3 98565502 98705633 1 7 92.6% 94% 1008 1 / 0.07 = 14.29 ortholog_one2one: HIBADH 1
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 3 (region 1 for Mmus)
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syntenyRegion: Mus_musculus.glob01.6.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 6 -i 51789593:52559931 -f 58e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=12736 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 527.7 6 51789593 51933339 -1 7 78.6% 82.2% 882 0.91 / 0.22 = 4.14 ortholog_one2one: Skap2 1
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q2 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q2 q2 632 6 52086320 52087804 -1 2 100% 89.7% 1023 0.67 / 0.05 = 13.4 ortholog_one2one: Hoxa1 1
p4 q3 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q3 q3 724 6 52092472 52094227 -1 2 100% 92.8% 1149 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: Hoxa2 1
p5 q4 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q4 q4 795 6 52099526 52102232 -1 2 100% 85.2% 1338 0.51 / 0.05 = 10.2 ortholog_one2one: Hoxa3 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q5 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q5 q5 373 6 52119928 52121271 -1 2 100% 62.9% 858 0.63 / 0.45 = 1.4 ortholog_one2one: Hoxa4 1
p8 q6 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q6 q6 552 6 52132167 52133933 -1 2 100% 97.8% 810 0.42 / 0.01 = 42 ortholog_one2one: Hoxa5 1
p9 q7 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q7 q7 474 6 52135951 52138207 -1 2 100% 94.9% 708 0.49 / 0.05 = 9.8 ortholog_one2one: Hoxa6 1
p10 q8 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q8 q8 410 6 52145360 52146988 -1 2 91.7% 90% 660 0.72 / 0.15 = 4.8 ortholog_one2one: Hoxa7 1
p11 q9 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q9 q9 561 6 52153830 52155687 -1 2 100% 97.4% 816 0.56 / 0.02 = 28 ortholog_one2one: Hoxa9 1
p12 q10 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q10 q10 671 6 52162092 52164466 -1 2 100% 81.8% 1227 0.64 / 0.07 = 9.14 ortholog_one2one: Hoxa10 1
p13 q11 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q11 q11 531 6 52172946 52175299 -1 2 100% 82.6% 960 0.46 / 0.03 = 15.33 ortholog_one2one: Hoxa11 1
p14 q12 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q12 q12 643.5 6 52188490 52190352 -1 4 85.1% 92.8% 987 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: Hoxa13 1
p15 q13 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q13 q13 720 6 52243423 52246674 1 3 100% 81.9% 1317 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: Evx1 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q14 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q14 q14 563.2 6 52476485 52559931 -1 6 86% 87.7% 927 1 / 0.2 = 5 ortholog_one2many: Hibadh 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 4 (region 1 for Cfam)
region4, score=11893 region4, score=11893 region4, score=11893
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob01.14.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 14 -i 42873930:43723829 -f 64e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=176.84 log_scoreRatio_sum=26.62 focal_scoreRatio_sum=61.03
AlnScore=11893 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 517.2 14 42873930 43039498 -1 7 74.7% 86.8% 819 0.91 / 0.24 = 3.79 ortholog_one2one: 482366 1
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q2 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q2 q2 390 14 43224741 43225391 -1 1 65.4% 86.8% 651 0.67 / 0.41 = 1.63 ortholog_one2one: 482367 1
p4 q3 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q3 q3 717 14 43230182 43231949 -1 2 100% 91.3% 1170 0.58 / 0.02 = 29 ortholog_one2one: 609592 1
p5 q4 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q4 q4 782 14 43237520 43240239 -1 2 100% 81.6% 1401 0.51 / 0.07 = 7.29 ortholog_one2one: HOXA3 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q5 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q5 q5 478 14 43258529 43260031 -1 2 100% 73.8% 954 0.63 / 0.3 = 2.1 ortholog_one2one: Q9XT68_CANFA 1
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p8 q7 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q7 q7 360 14 43272608 43273168 -1 1 69.3% 92.5% 561 0.42 / 0.36 = 1.17 ortholog_one2one: HOXA5 1
p9 q8 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q8 q8 487 14 43275219 43277309 -1 2 100% 96.6% 714 0.49 / 0.02 = 24.5 ortholog_one2one: 611383 1
p10 q9 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q9 q9 410 14 43284774 43286350 -1 2 84.3% 99% 585 0.72 / 0.15 = 4.8 ortholog_one2one: 482371 1
p11 q10 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q10 q10 564 14 43293507 43295428 -1 2 100% 97.4% 816 0.56 / 0.02 = 28 ortholog_one2one: 482372 1
p12 q11 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q11 q11 631 14 43301964 43304348 -1 2 100% 80.7% 1194 0.64 / 0.13 = 4.92 ortholog_one2one: 482373 1
p13 q12 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q12 q12 503 14 43312984 43315440 -1 2 78.9% 96.8% 741 0.46 / 0.09 = 5.11 ortholog_one2one: HOXA11 1
p14 q13 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q13 q13 483 14 43328786 43330229 -1 2 61.3% 94.6% 723 0.58 / 0.24 = 2.42 ortholog_one2one: 482375 1
p15 q14 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q14 q14 702 14 43374223 43377670 1 3 100% 81.2% 1293 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: 482376 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q15 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q15 q15 639.1 14 43628673 43723829 -1 7 91.4% 94% 993 1 / 0.09 = 11.11 ortholog_one2one: 479610 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 5 (region 1 for Mdom)
region5, score=10929 region5, score=10929 region5, score=10929
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob01.8.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 8 -i 292554153:293690078 -f 85e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=70.49 log_scoreRatio_sum=18.72 focal_scoreRatio_sum=16.51
AlnScore=10929 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 495.6 8 293547015 293690078 1 7 75.2% 78.5% 837 0.91 / 0.27 = 3.37 ortholog_one2one: SKAP2 1
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q2 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q2 q2 590 8 293352743 293354376 1 2 100% 83% 1038 0.67 / 0.12 = 5.58 ortholog_one2one: HOXA1 1
p4 q3 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q3 q3 655 8 293345541 293347302 1 2 100% 87.1% 1131 0.58 / 0.11 = 5.27 ortholog_one2one: HOXA2 1
p5 q4 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q4 q4 660 8 293336615 293339276 1 2 100% 70.7% 1368 0.51 / 0.21 = 2.43 ortholog_one2one: HOXA3 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q5 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q5 q5 265 8 293316292 293317805 1 2 100% 51% 963 0.63 / 0.61 = 1.03 ortholog_one2one: HOXA4 1
p8 q6 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q6 q6 490 8 293302329 293304252 1 2 100% 84.8% 825 0.42 / 0.12 = 3.5 ortholog_one2one: HOXA5 1
p9 q7 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q7 q7 443 8 293298050 293300138 1 2 100% 89.3% 699 0.49 / 0.11 = 4.45 ortholog_one2one: HOXA6 1
p10 q8 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q8 q8 367 8 293287927 293289833 1 2 90% 83.4% 630 0.72 / 0.24 = 3 noComparaHits: HOXA9 1
p11 q9 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q9 q9 251 8 293276346 293276969 1 1 77.9% 63.8% 624 0.56 / 0.56 = 1 ortholog_one2one: HOXA9 1
p12 q10 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q10 q10 485 8 293266093 293268944 1 2 100% 60.8% 1338 0.64 / 0.33 = 1.94 ortholog_one2one: HOXA10 1
p13 q11 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q11 q11 498 8 293253076 293255750 1 2 100% 73.9% 1023 0.46 / 0.09 = 5.11 ortholog_one2one: HOXA11 1
p14 q12 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q12 q12 599 8 293234661 293236750 1 2 100% 76.8% 1197 0.58 / 0.06 = 9.67 ortholog_one2one: Q9TUC8_MONDO 1
p15 q13 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q13 q13 615 8 293153229 293157272 -1 3 100% 74.8% 1239 0.51 / 0.03 = 17 ortholog_one2one: EVX1 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q14 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q14 q14 607.4 8 292712693 292857997 1 7 91.1% 81.7% 1062 1 / 0.14 = 7.14 ortholog_one2many: ENSMODG00000000340 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 6 (region 1 for Btau)
region6, score=5933 region6, score=5933 region6, score=5933
syntenyRegion: Bos_taurus.glob01.4.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 4 -i 37098097:37159206 -f 46e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=115.35 log_scoreRatio_sum=15.23 focal_scoreRatio_sum=22.77
AlnScore=5933 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q1 q1 627 4 37157707 37159206 1 2 100% 84.5% 1089 0.67 / 0.06 = 11.17 ortholog_one2one: HOXA1 1
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 736 4 37151131 37152881 1 2 100% 94.3% 1149 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: HOXA2 1
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 758 4 37142956 37145704 1 2 90.1% 84.6% 1284 0.51 / 0.1 = 5.1 ortholog_one2one: HOXA3 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q4 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q4 q4 222 4 37124791 37125138 1 1 36.3% 90.5% 348 0.63 / 0.67 = 0.94 ortholog_one2one: HOXA4 3
p8 q5 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q5 q5 535 4 37111024 37112777 1 2 96.7% 98.5% 783 0.42 / 0.04 = 10.5 ortholog_one2one: HOXA5 1
p9 q6 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q6 q6 488 4 37106916 37108988 1 2 100% 97.1% 714 0.49 / 0.02 = 24.5 ortholog_one2one: HOXA6 1
p10 q7 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q7 q7 413 4 37098097 37099670 1 2 87.8% 94.6% 612 0.72 / 0.14 = 5.14 ortholog_one2one: HOXA7 1
p11 --- gape ENSP00000343619 HOXA9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000283921 HOXA10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 7 (region 2 for Btau)
region7, score=5201 region7, score=5201 region7, score=5201
syntenyRegion: Bos_taurus.glob02.4.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 4 -i 39784917:40179400 -f 30e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=162.1 log_scoreRatio_sum=14.53 focal_scoreRatio_sum=84.14
AlnScore=5201 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q1 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q1 q1 565 4 40177480 40179376 1 2 100% 95% 843 0.56 / 0.01 = 56 ortholog_one2one: HOXA9 1
p12 q2 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q2 q2 587 4 40168458 40171084 1 3 75.6% 95% 900 0.64 / 0.19 = 3.37 ortholog_one2one: HOXA10 1
p13 q3 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q3 q3 544 4 40157132 40159492 1 2 100% 81.5% 1005 0.46 / 0.01 = 46 ortholog_one2one: HOXA11 1
p14 q4 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q4 q4 253.4 4 40141768 40143117 1 2 28.6% 98.2% 333 0.58 / 0.6 = 0.97 ortholog_one2one: HOXA13 3
p15 q5 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q5 q5 800 4 40097176 40100392 -1 3 100% 86.9% 1365 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: EVX1 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q6 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q6 q6 555.6 4 39784917 39882324 1 6 80.7% 96% 834 1 / 0.21 = 4.76 ortholog_one2one: HIBADH 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 8 (region 1 for Xtro)
region8, score=9118 region8, score=9118 region8, score=9118
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob01.scaffold_56.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_56 -i 1151389:1730155 -f 43e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=29.81 log_scoreRatio_sum=9.35 focal_scoreRatio_sum=8.22
AlnScore=9118 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 271.9 scaffold_56 1602051 1730155 1 4 43.2% 71.7% 498 0.91 / 0.6 = 1.52 ortholog_one2one: scap2 1
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q2 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q2 q2 480 scaffold_56 1479966 1481226 1 2 99.7% 70.5% 978 0.67 / 0.28 = 2.39 ortholog_one2one: hoxa1 1
p4 q3 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q3 q3 600 scaffold_56 1470271 1471801 1 2 100% 80.7% 1119 0.58 / 0.18 = 3.22 ortholog_one2one: HOXA2 1
p5 q4 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q4 q4 403 scaffold_56 1464659 1465438 1 1 60.9% 74.5% 780 0.51 / 0.52 = 0.98 ortholog_one2one: HOXA3 1
--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q6 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q6 q6 254.7 scaffold_56 1443839 1444910 1 2 90.6% 50.6% 735 0.63 / 0.62 = 1.02 ortholog_one2one: HOXA4 1
p8 q7 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q7 q7 460 scaffold_56 1433019 1434430 1 2 100% 79% 822 0.42 / 0.18 = 2.33 ortholog_one2one: hoxa5 1
p9 q8 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q8 q8 356 scaffold_56 1430023 1431420 1 2 100% 71.6% 702 0.49 / 0.28 = 1.75 noComparaHits: ENSXETG00000027535 1
p10 q9 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q9 q9 304 scaffold_56 1421765 1423392 1 2 95.2% 69.5% 624 0.72 / 0.37 = 1.95 ortholog_one2one: HOXA7 1
p11 q10 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q10 q10 382 scaffold_56 1415310 1416635 1 2 100% 68.2% 786 0.56 / 0.33 = 1.7 noComparaHits: ENSXETG00000000724 1
p12 q11 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q11 q11 420 scaffold_56 1407357 1409254 1 2 100% 59.7% 1068 0.64 / 0.42 = 1.52 ortholog_one2one: HOXA10 1
p13 q12 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q12 q12 429 scaffold_56 1397331 1399145 1 2 81.5% 83.1% 756 0.46 / 0.22 = 2.09 ortholog_one2one: HOXA11 1
p14 q13 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q13 q13 400 scaffold_56 1384790 1386299 1 2 100% 56.2% 936 0.58 / 0.37 = 1.57 ortholog_one2one: HOXA13 1
p15 q14 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q14 q14 567 scaffold_56 1323527 1325865 -1 3 99% 71.3% 1161 0.51 / 0.11 = 4.64 ortholog_one2one: EVX1 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q15 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q15 q15 475.7 scaffold_56 1151389 1228229 1 5 89.9% 74.5% 921 1 / 0.32 = 3.13 ortholog_one2one: Q5BKJ0_XENTR 1
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
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region 9 (region 1 for Ggal)
region9, score=7735 region9, score=7735 region9, score=7735
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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--- q10 gapp - - - q10 - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 10 (region 1 for Olat)
region10, score=6577 region10, score=6577 region10, score=6577
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob01.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 11 -i 10492542:10619894 -f 96e3 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=6577 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 481 11 10497905 10499533 -1 2 100% 66.2% 1125 0.58 / 0.34 = 1.71 ortholog_one2many: Q3V636_ORYLA 1
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 497 11 10503391 10506703 -1 2 100% 59.2% 1275 0.51 / 0.41 = 1.24 ortholog_one2one: Q3V635_ORYLA 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q6 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q6 q6 132.5 11 10534219 10535456 -1 2 71.3% 47.6% 474 0.72 / 0.72 = 1 noComparaHits: Q9PTV6_ORYLA 2
p11 q7 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q7 q7 274 11 10539576 10540702 -1 2 100% 54.9% 810 0.56 / 0.52 = 1.08 noComparaHits: Q9PTV6_ORYLA 1
p12 q8 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q8 q8 309 11 10545005 10546852 -1 2 100% 47.3% 1104 0.64 / 0.57 = 1.12 ortholog_one2many: Q3V630_ORYLA 1
p13 q9 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q9 q9 372 11 10551755 10553422 -1 2 100% 62.3% 897 0.46 / 0.32 = 1.44 ortholog_one2many: Q3V629_ORYLA 1
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p15 q11 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q11 q11 442.5 11 10570435 10572561 1 3 98% 59.4% 1143 0.51 / 0.3 = 1.7 ortholog_one2one: Q2WFV6_ORYLA 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q12 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q12 q12 458.2 11 10596899 10619894 -1 5 83.9% 68.7% 987 1 / 0.35 = 2.86 ortholog_one2many: ENSORLG00000005067 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 11 (region 1 for Gacu)
region11, score=6508 region11, score=6508 region11, score=6508
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob01.groupX.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupX -i 9855280:9969018 -f 85e3 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=6508 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q1 q1 381 groupX 9855280 9856578 -1 2 99.4% 58.1% 987 0.67 / 0.43 = 1.56 ortholog_one2one: ENSGACG00000007085 1
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 485 groupX 9860317 9861991 -1 2 97.1% 70.2% 1047 0.58 / 0.34 = 1.71 ortholog_one2many: ENSGACG00000007090 1
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 493 groupX 9866274 9869714 -1 2 100% 60.7% 1251 0.51 / 0.41 = 1.24 ortholog_one2one: ENSGACG00000007094 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q4 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q4 q4 164 groupX 9880506 9880766 -1 1 27.2% 87.4% 261 0.63 / 0.76 = 0.83 ortholog_one2one: ENSGACG00000007100 2
p8 q5 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q5 q5 356 groupX 9889836 9891245 -1 2 100% 65.4% 840 0.42 / 0.36 = 1.17 ortholog_one2one: ENSGACG00000007108 1
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q6 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q6 q6 230.7 groupX 9896109 9897606 -1 2 94.8% 55.2% 633 0.72 / 0.52 = 1.38 ortholog_one2one: ENSGACG00000007112 1
p11 q7 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q7 q7 236.1 groupX 9901359 9902621 -1 2 70.6% 62.5% 549 0.56 / 0.59 = 0.95 ortholog_one2many: ENSGACG00000007123 2
p12 q8 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q8 q8 306 groupX 9906816 9908599 -1 2 100% 47.8% 1086 0.64 / 0.57 = 1.12 ortholog_one2many: ENSGACG00000007128 1
p13 q9 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q9 q9 357 groupX 9914072 9915687 -1 2 98.7% 60.8% 882 0.46 / 0.35 = 1.31 ortholog_one2many: ENSGACG00000007132 1
p14 q10 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q10 q10 372 groupX 9924924 9926349 -1 2 99.7% 56.9% 897 0.58 / 0.41 = 1.41 ortholog_one2many: Q9PWC4_GASAC 1
p15 q11 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q11 q11 451.1 groupX 9934458 9936730 1 3 96.1% 60.1% 1116 0.51 / 0.29 = 1.76 ortholog_one2one: ENSGACG00000007148 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q12 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q12 q12 421.6 groupX 9953837 9969018 -1 4 84.2% 58.6% 1137 1 / 0.4 = 2.5 ortholog_one2many: ENSGACG00000007155 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 12 (region 1 for Drer)
region12, score=3874 region12, score=3874 region12, score=3874
syntenyRegion: Danio_rerio.glob03.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 16 -i 21045634:21242048 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=11.92 log_scoreRatio_sum=3.15 focal_scoreRatio_sum=3.26
AlnScore=3874 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q8 q1 281.1 16 21208010 21242048 1 4 52.9% 53.5% 735 0.91 / 0.58 = 1.57 ortholog_one2one: scap2 2
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 511 16 21199897 21201582 1 2 98.9% 71% 1071 0.58 / 0.3 = 1.93 ortholog_one2one: hoxa2b 1
p5 --- gapq ENSP00000324884 HOXA3 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- ga