Overview on processed synteny regions for HOXD9_ENSG00000128709_5e5.protein.info

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4region4, score=9379937952.5414.9113.97Monodelphis_domestica4 187464529 187465949 2 95.9% 61.6% 1 389 ortholog_one2one: HOXD9
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6region6, score=80938093155.1820.1458.36Bos_taurus2 16998544 16999927 2 100% 82.1% -1 577 ortholog_one2one: HOXD9
7region7, score=6880688023.56.816.56Xenopus_tropicalisscaffold_163 619634 620793 2 94.7% 52.8% -1 293 ortholog_one2one: HOXD9
8region8, score=5683568319.223.284.76Gallus_gallus7 17409077 17409745 1 76.9% 46.2% -1 198 noComparaHits: NP_997060.1
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17region17, score=317731778.37-0.722.89Homo_sapiens7 27169762 27171601 2 85.1% 47.9% -1 237.5 within_species_paralog: HOXA9
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28region28, score=276627666.7-0.312.72Tetraodon_nigroviridis9 4222544 4224247 2 66.7% 57.6% 1 252 between_species_paralog: HOXC9 ;
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29region29, score=276427647.831.123Danio_rerio2 12067419 12068514 2 99.4% 47.9% -1 264 ortholog_one2many: hoxd9a
30region30, score=276427646.71-0.312.72Oryzias_latipes7 12875582 12877170 2 66.7% 58.7% 1 255 between_species_paralog: HXC9_ORYLA
31region31, score=269926996.63-0.392.77Macaca_mulatta11 51098616 51101080 2 67.8% 59.2% 1 266 ortholog_one2many: HOXC9
32region32, score=266926697.12-1.012.63Takifugu_rubripesscaffold_12 2360015 2361166 2 69% 50% -1 216.4 between_species_paralog: HXA9_FUGRU
33region33, score=263526357.39-0.72.44Danio_rerio3 23019703 23019927 1 21.9% 86.7% -1 144 between_species_paralog: hoxb9a
34region34, score=260326036.68-0.342.63Gasterosteus_aculeatusgroupXII 11616265 11618032 2 66.7% 58.1% 1 254 between_species_paralog: ENSGACG00000009396
35region35, score=259725976.53-0.532.74Homo_sapiens12 52680240 52682713 2 67.8% 59.2% 1 266 within_species_paralog: HOXC9
36region36, score=251725177-1.152.19Danio_rerio19 13917746 13917979 1 22.8% 82.1% 1 139 between_species_paralog: hoxa9a
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39region39, score=210521055.42-0.652.2Bos_taurus5 16811875 16814511 2 67.8% 59.2% -1 266 between_species_paralog: HOXC9
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43region43, score=199419945.46-0.581.85Canis_familiaris9 28212650 28212871 1 21.6% 89.2% -1 145 ortholog_one2many: 608958
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HOXDb9
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Data table for reference protein loci

QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
QueryGenome=Homo_sapiens
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total length of ref-loci (on slice) = 407698 (41e4)

Parameter used for the loci-alignments

qLoci-Score_CutOff: 100 bits
qLoci-MaxProtOverlap: 40 aa
loci size factor: 2 (additional loci size constraint: 0 nt)
loci-grouping type: loci intervalls
max distance between non-highlighted (orange) target columns: 500000 nt
RelativeScore color index:
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 1 (region 1 for Hsap)
region1, score=14000 region1, score=14000 region1, score=14000
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 2 -i 176502944:176910635 -f 31e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=865 log_scoreRatio_sum=56.7 focal_scoreRatio_sum=272.45
AlnScore=14000 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Homo_sapiens
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p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 815 2 176653084 176656750 -1 3 100% 80.6% 1578 0.62 / 0.01 = 62 within_species_paralog: EVX2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 648 2 176665889 176667701 1 2 100% 94.9% 1008 0.61 / 0.01 = 61 within_species_paralog: HOXD13 1
p4 q4 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q4 q4 558 2 176672776 176673731 1 2 100% 93.7% 897 0.66 / 0.01 = 66 noComparaHits: HOXD12 1
p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 556 2 176680330 176682113 1 2 100% 75.6% 1119 0.53 / 0.01 = 53 within_species_paralog: HOXD11 1
p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 693 2 176689808 176692202 1 2 100% 100% 1020 0.58 / 0.01 = 58 noComparaHits: HOXD10 1
p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 681 2 176695773 176697146 1 2 100% 94% 1044 0.6 / 0.01 = 60 within_species_paralog: HOXD9 1
p8 q8 +/+ ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN q8 q8 303 2 176701690 176702151 -1 1 100% 100% 462 1 / 0.01 = 100 noComparaHits: Q8NAT4_HUMAN 1
p9 q9 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q9 q9 546 2 176703341 176704583 1 2 100% 90% 870 0.49 / 0.01 = 49 within_species_paralog: HOXD8 1
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p13 q13 +/+ ENSP00000346209 - q13 q13 227 2 176773885 176774226 -1 1 100% 100% 342 0.15 / 0.01 = 15 within_species_paralog: ENSG00000182553 1
p14 q14 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q14 q14 455 2 176896354 176910635 1 6 79.8% 97.7% 645 0.55 / 0.01 = 55 noComparaHits: MTX2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 2 (region 1 for Mmus)
region2, score=10726 region2, score=10726 region2, score=10726
syntenyRegion: Mus_musculus.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 2 -i 74322901:74677310 -f 27e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=10726 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 649.1 2 74322901 74369970 -1 8 86.2% 81.8% 1134 1 / 0.17 = 5.88 ortholog_one2one: Lnp 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 746 2 74456458 74460258 -1 3 100% 79.9% 1434 0.62 / 0.08 = 7.75 ortholog_one2one: Evx2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 616 2 74469173 74470972 1 2 100% 86.6% 1041 0.61 / 0.04 = 15.25 ortholog_one2one: Hoxd13 1
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p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 503 2 74483232 74484974 1 2 97% 75.9% 990 0.53 / 0.09 = 5.89 ortholog_one2one: Hoxd11 1
p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 685 2 74492819 74495204 1 2 100% 98.8% 1020 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: Hoxd10 1
p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 556 2 74498895 74500257 1 2 100% 75.6% 1119 0.6 / 0.18 = 3.33 ortholog_one2one: Hoxd9 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q8 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q8 q8 450 2 74506387 74507636 1 2 99% 77.1% 855 0.49 / 0.17 = 2.88 ortholog_one2one: Hoxd8 1
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 494 2 74528118 74529423 1 2 100% 89.1% 777 0.51 / 0.1 = 5.1 noComparaHits: Hoxd3 1
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 880 2 74544851 74547915 1 2 100% 94.6% 1323 0.56 / 0.04 = 14 ortholog_one2one: Hoxd3 1
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 554 2 74563941 74565225 1 2 100% 81.4% 1002 0.79 / 0.12 = 6.58 ortholog_one2one: Hoxd1 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 446 2 74660229 74677310 1 6 80.2% 87.8% 702 0.55 / 0.01 = 55 ortholog_one2one: Mtx2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 3 (region 1 for Mmul)
region3, score=10283 region3, score=10283 region3, score=10283
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob01.12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 12 -i 39563563:39986152 -f 32e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=264.58 log_scoreRatio_sum=26.1 focal_scoreRatio_sum=48.75
AlnScore=10283 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 765.2 12 39563563 39631521 -1 8 87.1% 95.8% 1131 1 / 0.03 = 33.33 ortholog_one2one: KIAA1715 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 814 12 39720761 39724430 -1 3 100% 87.1% 1434 0.62 / 0.01 = 62 ortholog_one2one: EVX2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 564 12 39733939 39735562 1 2 81.2% 99.6% 819 0.61 / 0.12 = 5.08 ortholog_one2one: HOXD13 1
p4 q4 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q4 q4 543 12 39740821 39741776 1 2 100% 91.7% 897 0.66 / 0.02 = 33 ortholog_one2one: HOXD12 1
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p6 q6 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q6 q6 420 12 39758095 39760422 1 2 59.7% 100% 609 0.58 / 0.39 = 1.49 ortholog_one2one: HOXD10 1
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 4 (region 1 for Mdom)
region4, score=9379 region4, score=9379 region4, score=9379
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob01.4.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 4 -i 187208613:187739147 -f 40e4 some_geneID_to_be_selected
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QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
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p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 434.6 4 187709797 187739147 1 6 78.7% 89.7% 672 0.55 / 0.04 = 13.75 ortholog_one2one: MTX2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 5 (region 1 for Cfam)
region5, score=8278 region5, score=8278 region5, score=8278
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob01.36.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 36 -i 22759346:23161054 -f 30e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=89.55 log_scoreRatio_sum=12.88 focal_scoreRatio_sum=36.02
AlnScore=8278 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 692.8 36 22759346 22826897 -1 7 86.9% 81% 1245 1 / 0.12 = 8.33 ortholog_one2one: 478809 1
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p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 394.3 36 23143436 23161054 1 5 79.5% 87.7% 618 0.55 / 0.13 = 4.23 ortholog_one2one: 478811 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 6 (region 1 for Btau)
region6, score=8093 region6, score=8093 region6, score=8093
syntenyRegion: Bos_taurus.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 2 -i 16934939:17086630 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=155.18 log_scoreRatio_sum=20.14 focal_scoreRatio_sum=58.36
AlnScore=8093 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 630.7 2 17082934 17086630 1 4 77.3% 85.5% 1107 0.62 / 0.22 = 2.82 ortholog_one2one: EVX2 1
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 596 2 17072582 17074328 -1 2 96.1% 90.7% 966 0.61 / 0.08 = 7.63 ortholog_one2one: HOXD13 1
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 490 2 17066540 17067497 -1 2 100% 84.6% 873 0.66 / 0.12 = 5.5 ortholog_one2one: HOXD12 1
p5 --- gapq ENSP00000249504 HOXD11 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 693 2 17003673 17006048 -1 2 100% 94% 1092 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: HOXD10 1
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 577 2 16998544 16999927 -1 2 100% 82.1% 1050 0.6 / 0.15 = 4 ortholog_one2one: HOXD9 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 546 2 16991108 16992329 -1 2 100% 84.3% 930 0.49 / 0.01 = 49 ortholog_one2one: HOXD8 1
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 477 2 16969446 16970762 -1 2 100% 86.5% 777 0.51 / 0.13 = 3.92 ortholog_one2one: HOXD4 1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 883 2 16951347 16954688 -1 2 100% 95% 1314 0.56 / 0.03 = 18.67 ortholog_one2one: HOXD3 1
p12 q9 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q9 q9 537 2 16934939 16936242 -1 2 100% 80.9% 987 0.79 / 0.14 = 5.64 ortholog_one2one: HOXD1 1
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 7 (region 1 for Xtro)
region7, score=6880 region7, score=6880 region7, score=6880
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob01.scaffold_163.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_163 -i 476364:744115 -f 20e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=23.5 log_scoreRatio_sum=6.81 focal_scoreRatio_sum=6.56
AlnScore=6880 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 360.5 scaffold_163 728459 744115 1 5 54.7% 67.5% 726 1 / 0.54 = 1.85 ortholog_one2one: TEgg059c18.1 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 621 scaffold_163 659972 664035 1 3 98.9% 69.6% 1269 0.62 / 0.23 = 2.7 ortholog_one2one: EVX2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 457 scaffold_163 649601 652611 -1 2 100% 69.1% 894 0.61 / 0.29 = 2.1 ortholog_one2one: HOXD13 1
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 327 scaffold_163 633881 635453 -1 2 95.3% 56.3% 825 0.53 / 0.41 = 1.29 noComparaHits: 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 592 scaffold_163 624911 627904 -1 2 100% 85.6% 1014 0.58 / 0.14 = 4.14 ortholog_one2one: HOXD10 1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 293 scaffold_163 619634 620793 -1 2 94.7% 52.8% 765 0.6 / 0.56 = 1.07 ortholog_one2one: HOXD9 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q7 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q7 q7 282 scaffold_163 608268 609787 -1 2 95.5% 54.9% 657 0.49 / 0.48 = 1.02 ortholog_one2one: HOXD8 1
p10 q8 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q8 q8 337 scaffold_163 582346 583439 -1 2 100% 63.7% 777 0.51 / 0.38 = 1.34 between_species_paralog: HOXD4 1
p11 q9 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q9 q9 594 scaffold_163 567719 569361 -1 2 100% 68.2% 1248 0.56 / 0.35 = 1.6 ortholog_one2one: HOXD3 1
p12 q10 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q10 q10 271 scaffold_163 534709 536091 -1 2 99.4% 48.6% 906 0.79 / 0.57 = 1.39 ortholog_one2one: hoxd1 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q11 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q11 q11 404.2 scaffold_163 476364 496298 -1 6 78.7% 84.1% 642 0.55 / 0.11 = 5 ortholog_one2one: mtx2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 8 (region 1 for Ggal)
region8, score=5683 region8, score=5683 region8, score=5683
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob01.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 7 -i 17315309:17512501 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=5683 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gallus_gallus
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p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 198 7 17409077 17409745 -1 1 76.9% 46.2% 669 0.6 / 0.7 = 0.86 noComparaHits: NP_997060.1 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 196 7 17386750 17387178 -1 1 61.2% 67.5% 429 0.51 / 0.64 = 0.8 ortholog_one2one: HXD4_CHICK 1
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 457 7 17369712 17370758 -1 1 82.4% 64.6% 1047 0.56 / 0.5 = 1.12 ortholog_one2one: HOXD3 1
p12 q11 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q11 q11 147.4 7 17361528 17362441 -1 2 74.7% 37% 810 0.79 / 0.76 = 1.04 noComparaHits: HM1_CHICK 1
p13 --- gapq ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q12 +/+ ENSP00000249442 MTX2 q12 q12 412 7 17315309 17322161 -1 6 80.2% 83.4% 687 0.55 / 0.09 = 6.11 ortholog_one2one: 424138 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 9 (region 1 for Drer)
region9, score=4111 region9, score=4111 region9, score=4111
syntenyRegion: Danio_rerio.glob01.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 9 -i 1553343:2354366 -f 60e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=11.75 log_scoreRatio_sum=1.89 focal_scoreRatio_sum=3.79
AlnScore=4111 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 144.4 9 2338539 2354366 1 2 23.1% 60.6% 297 1 / 0.81 = 1.23 ortholog_one2many: ENSDARG00000063646 2
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 588 9 1618717 1621062 1 3 100% 66.7% 1260 0.62 / 0.27 = 2.3 ortholog_one2many: evx2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q3 q3 180.3 9 1603330 1605831 -1 2 65.1% 41.9% 657 0.61 / 0.72 = 0.85 noComparaHits: hoxd13a 6
p4 q4 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q4 q4 119 9 1597990 1598232 -1 1 29.1% 70.4% 243 0.66 / 0.78 = 0.85 noComparaHits: hoxd12a 2
p5 q5 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q5 q5 271 9 1591957 1593647 -1 2 100% 46.5% 846 0.53 / 0.51 = 1.04 between_species_paralog: hoxd11a 1
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p7 q7 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q7 q7 264 9 1580195 1581290 -1 2 99.4% 47.9% 780 0.6 / 0.61 = 0.98 ortholog_one2many: hoxd9a 1
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q8 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q8 q8 305 9 1565271 1566370 -1 2 100% 60.9% 711 0.51 / 0.44 = 1.16 ortholog_one2one: hoxd4a 1
p11 q9 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q9 q9 562 9 1553343 1554792 -1 2 100% 65.1% 1242 0.56 / 0.38 = 1.47 noComparaHits: ENSDARG00000059280 ;
hoxd3a
1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 10 (region 1 for Trub)
region10, score=3930 region10, score=3930 region10, score=3930
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob01.scaffold_100.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_100 -i 339085:394942 -f 42e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.4 log_scoreRatio_sum=1.93 focal_scoreRatio_sum=3.46
AlnScore=3930 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
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region 11 (region 1 for Gacu)
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syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob01.contig_5303.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_5303 -i 214375:277218 -f 47e3 some_geneID_to_be_selected
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QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
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p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 280 contig_5303 245547 246912 1 2 89.6% 51.3% 783 0.53 / 0.49 = 1.08 noComparaHits: ENSGACG00000004569 1
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p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 304 contig_5303 266163 267256 1 2 100% 61.2% 702 0.51 / 0.44 = 1.16 noComparaHits: ENSGACG00000004551 1
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p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 12 (region 2 for Gacu)
region12, score=3922 region12, score=3922 region12, score=3922
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob02.groupXVI.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXVI -i 9792262:9855105 -f 47e3 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=3922 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
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p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 189.6 groupXVI 9828470 9829638 -1 2 59.7% 56.5% 510 0.66 / 0.66 = 1 noComparaHits: ENSGACG00000004574 1
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p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 304 groupXVI 9802224 9803317 -1 2 100% 61.2% 702 0.51 / 0.44 = 1.16 ortholog_one2one: ENSGACG00000004551 1
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p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 13 (region 1 for Olat)
region13, score=3778 region13, score=3778 region13, score=3778
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob01.21.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 21 -i 24538670:24637174 -f 74e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.12 log_scoreRatio_sum=1.68 focal_scoreRatio_sum=3.32
AlnScore=3778 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 217.6 21 24538670 24543652 -1 3 38.3% 58.5% 474 1 / 0.72 = 1.39 ortholog_one2many: ENSORLG00000017531 2
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 514 21 24590614 24592238 -1 3 75.8% 74% 1014 0.62 / 0.36 = 1.72 ortholog_one2one: Q2WFR6_ORYLA 1
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 191.1 21 24601819 24602905 1 2 57.6% 57.9% 492 0.66 / 0.65 = 1.02 noComparaHits: Q3V5Z4_ORYLA 1
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 225.2 21 24606914 24608290 1 2 68.3% 52.4% 564 0.53 / 0.59 = 0.9 between_species_paralog: Q3V5Z5_ORYLA 3
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 418 21 24611625 24613192 1 2 100% 63.4% 1044 0.58 / 0.39 = 1.49 ortholog_one2one: Q9PVQ4_ORYLA 1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 243 21 24614922 24616093 1 2 74.6% 50% 717 0.6 / 0.64 = 0.94 ortholog_one2one: HXD9_ORYLA 2
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 310 21 24626722 24627802 1 2 100% 61.6% 708 0.51 / 0.43 = 1.19 ortholog_one2one: Q3V5Z8_ORYLA 1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 560 21 24635889 24637174 1 2 96.3% 66.7% 1203 0.56 / 0.38 = 1.47 ortholog_one2one: Q3V5Z9_ORYLA 1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 14 (region 1 for Tnig)
region14, score=3743 region14, score=3743 region14, score=3743
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 2 -i 11075386:11132794 -f 43e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=9.8 log_scoreRatio_sum=1.51 focal_scoreRatio_sum=3.22
AlnScore=3743 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000272748 KIAA1715 q1 q1 217.2 2 11128959 11132794 1 3 49.5% 43% 771 1 / 0.72 = 1.39 ortholog_one2one: GSTENG00031457001 1
p2 q2 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q2 q2 447 2 11117044 11118889 1 3 92.4% 55.9% 1194 0.62 / 0.45 = 1.38 ortholog_one2many: HOXD-EVX ;
GSTENG00031458001
1
p3 --- gapq ENSP00000249505 HOXD13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000303578 HOXD12 q3 q3 197.1 2 11110368 11111376 -1 2 68.7% 53.2% 609 0.66 / 0.64 = 1.03 noComparaHits: GSTENG00031459001 ;
HOXD12 ;
GSTENG00031460001
1
p5 q4 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q4 q4 285 2 11104973 11106367 -1 2 93.8% 51.4% 765 0.53 / 0.48 = 1.1 between_species_paralog: HOXD11 1
p6 q5 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q5 q5 414 2 11100577 11102062 -1 2 99.1% 64.4% 993 0.58 / 0.4 = 1.45 ortholog_one2many: GSTENG00031461001 ;
HOXD10
1
p7 q6 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q6 q6 207 2 11097829 11098947 -1 1 98.5% 39.1% 1119 0.6 / 0.69 = 0.87 ortholog_one2one: GSTENG00031462001 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000315949 HOXD8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q7 q7 316.1 2 11087917 11088977 -1 3 100% 58.1% 774 0.51 / 0.42 = 1.21 between_species_paralog: GSTENG00031463001 ;
HOXD4
1
p11 q8 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q8 q8 539 2 11075386 11076667 -1 2 96.3% 66% 1185 0.56 / 0.41 = 1.37 ortholog_one2many: GSTENG00031464001 ;
HOXD3
1
p12 --- gape ENSP00000328598 HOXD1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 15 (region 2 for Xtro)
region15, score=3343 region15, score=3343 region15, score=3343
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob02.scaffold_56.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_56 -i 1323527:1481190 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.63 log_scoreRatio_sum=-0.47 focal_scoreRatio_sum=2.98
AlnScore=3343 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000312385 EVX2 q1 q1 312 scaffold_56 1323527 1325018 -1 2 66.8% 52.4% 747 0.62 / 0.61 = 1.02 between_species_paralog: EVX1 2
p3 q2 +/+ ENSP00000249505 HOXD13 q2 q2 278 scaffold_56 1384955 1386296 1 2 76.1% 57% 735 0.61 / 0.57 = 1.07 between_species_paralog: HOXA13 2
p4 --- gapq ENSP00000303578 HOXD12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000249504 HOXD11 q3 q3 258 scaffold_56 1397328 1399142 1 2 79% 53.9% 684 0.53 / 0.53 = 1 between_species_paralog: HOXA11 2
p6 q4 +/+ ENSP00000249501 HOXD10 q4 q4 282 scaffold_56 1407366 1409254 1 2 98.8% 48.7% 1032 0.58 / 0.59 = 0.98 noComparaHits: HOXA10 3
p7 q5 +/+ ENSP00000249499 HOXD9 q5 q5 249 scaffold_56 1415310 1416623 1 2 68.4% 55.2% 636 0.6 / 0.63 = 0.95 noComparaHits: ENSXETG00000000724 3
p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000315949 HOXD8 q6 q6 114 scaffold_56 1423126 1423383 1 1 31% 62.2% 258 0.49 / 0.79 = 0.62 noComparaHits: HOXA7 5
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000302548 HOXD4 q9 q9 252.9 scaffold_56 1443839 1444940 1 2 94.1% 52.4% 729 0.51 / 0.54 = 0.94 ortholog_one2many: HOXA4 3
p11 q10 +/+ ENSP00000249440 HOXD3 q10 q10 428 scaffold_56 1459721 1465438 1 2 96.3% 54.2% 1239 0.56 / 0.53 = 1.06 between_species_paralog: HOXA3 2
--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p12 q12 +/+ ENSP00000328598 HOXD1 q12 q12 125 scaffold_56 1480876 1481115 1 1 25.6% 73.8% 240 0.79 / 0.8 = 0.99 noComparaHits: hoxa1 2
p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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region 16 (region 3 for Xtro)
region16, score=3255 region16, score=3255 region16, score=3255
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob03.scaffold_226.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_226 -i 281096:558409 -f 21e4 some_geneID_to_be_selected
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QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
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p13 --- gape ENSP00000346209 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000249442 MTX2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 17 (region 2 for Hsap)
region17, score=3177 region17, score=3177 region17, score=3177
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob02.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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AlnScore=3177 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000249499 (contained in p7)
TargetGenome=Homo_sapiens
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p1 --- gaps ENSP00000272748 KIAA1715 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p8 --- gapq ENSP00000316098 Q8NAT4_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
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--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
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p13 --- gape ENSP00000346209 <