Overview on processed synteny regions for HOXC9_ENSG00000180806_3e5.protein.info

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5region5, score=1168611686362.7931.94126.19Bos_taurus5 16811866 16814511 2 100% 99.2% -1 553 ortholog_one2one: HOXC9
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7region7, score=7467746726.333.069.1Takifugu_rubripesscaffold_66 154982 156667 2 99.6% 69.4% -1 399 ortholog_one2one: HXC9_FUGRU
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32region32, score=316331635.88-3.672.5Danio_rerio9 1580192 1581290 2 99.2% 53% -1 280 between_species_paralog: hoxd9a
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HOXDb9
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105region105, score=2092090.01-4.60Danio_rerio14
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Data table for reference protein loci

QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
QueryGenome=Homo_sapiens
ref-loci geneNameprotIDtransIDgeneIDprotNamechrstartPosendPosmeanPosorinumExonsprotLengthselfscore
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p13 HNRPA1 ENSP00000341826 ENST00000340913 ENSG00000135486 ROA1_HUMAN 12 52960859 52964364 52962510 1 10 372 562
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total length of ref-loci (on slice) = 583305 (58e4)

Parameter used for the loci-alignments

qLoci-Score_CutOff: 100 bits
qLoci-MaxProtOverlap: 40 aa
loci size factor: 2 (additional loci size constraint: 0 nt)
loci-grouping type: loci intervalls
max distance between non-highlighted (orange) target columns: 500000 nt
RelativeScore color index:
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 1 (region 1 for Hsap)
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syntenyRegion: Homo_sapiens.glob01.12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 1428 12 52391998 52405293 -1 14 100% 92.4% 2289 0.94 / 0.01 = 94 within_species_paralog: CALCOCO1 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 645 12 52618958 52625304 1 2 100% 90.5% 1038 0.57 / 0.01 = 57 within_species_paralog: HOXC13 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 406 12 52634981 52635592 1 1 72.3% 93.6% 612 0.51 / 0.01 = 51 noComparaHits: HOXC12 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 632 12 52653293 52655461 1 2 99.3% 99.7% 906 0.56 / 0.01 = 56 within_species_paralog: HOXC11 1
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p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 556 12 52680240 52682722 1 2 100% 96% 825 0.52 / 0.01 = 52 within_species_paralog: HOXC9 1
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p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 566 12 52733974 52735253 1 2 100% 100% 792 0.51 / 0.01 = 51 within_species_paralog: HOXC4 1
p11 q11 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q11 q11 568 12 52862150 52863991 -1 2 100% 95.5% 873 0.73 / 0.01 = 73 noComparaHits: SMUG1 1
p12 q12 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q12 q12 401.7 12 52921809 52937701 -1 4 100% 95.5% 600 0.37 / 0.01 = 37 within_species_paralog: CBX5 1
p13 q13 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q13 q13 501.7 12 52961437 52964020 1 4 65.3% 88.1% 831 0.01 / 0.1 = 0.1 within_species_paralog: HNRPA1 noData
p14 q14 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q14 q14 762.7 12 52972428 52975299 -1 2 100% 96.7% 1173 0.74 / 0.01 = 74 noComparaHits: NFE2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 2 (region 1 for Mmus)
region2, score=13295 region2, score=13295 region2, score=13295
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AlnScore=13295 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Mus_musculus
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p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 1162.7 15 102535406 102547731 -1 12 95.5% 78.9% 2244 0.94 / 0.18 = 5.22 ortholog_one2one: Calcoco1 1
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p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 458 15 102837640 102839021 1 2 92.8% 97.8% 675 0.56 / 0.06 = 9.33 ortholog_one2one: Hoxc6 1
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 3 (region 1 for Mmul)
region3, score=12914 region3, score=12914 region3, score=12914
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob01.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 11 -i 50799467:51402814 -f 45e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=331.23 log_scoreRatio_sum=33.3 focal_scoreRatio_sum=119.67
AlnScore=12914 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 1157.9 11 50799467 50813539 -1 11 82.2% 85.1% 2037 0.94 / 0.18 = 5.22 ortholog_one2one: CALCOCO1 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 606 11 51036974 51043365 1 2 100% 86.7% 1035 0.57 / 0.06 = 9.5 ortholog_one2one: HOXC13 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 425 11 51052937 51053542 1 1 72.3% 98% 606 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC12 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 610 11 51071312 51073479 1 2 99% 96.3% 903 0.56 / 0.03 = 18.67 ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 568 11 51083777 51087885 1 2 81% 98.6% 831 0.59 / 0.19 = 3.11 ortholog_one2one: HOXC10 1
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 555 11 51098616 51101089 1 2 100% 95.6% 825 0.52 / 0.01 = 52 ortholog_one2one: HOXC9 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 455 11 51107689 51109686 1 2 88% 90.5% 669 0.34 / 0.02 = 17 ortholog_one2one: HOXC8 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 491 11 51127353 51128787 1 2 100% 97.9% 726 0.56 / 0.01 = 56 ortholog_one2one: HOXC6 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 314 11 51131926 51132378 1 1 68% 99.3% 453 0.57 / 0.32 = 1.78 ortholog_one2one: HOXC5 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 518 11 51153294 51154580 1 2 100% 92.8% 792 0.51 / 0.08 = 6.38 ortholog_one2one: HOXC4 1
p11 q11 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q11 q11 553 11 51281980 51283824 -1 2 100% 97.4% 813 0.73 / 0.02 = 36.5 ortholog_one2one: SMUG1 1
p12 q12 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q12 q12 399.7 11 51344412 51363039 -1 4 100% 94.5% 603 0.37 / 0.01 = 37 ortholog_one2one: CBX5 1
p13 q13 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q13 q13 478 11 51388168 51390759 1 4 65.6% 76% 960 0.01 / 0.14 = 0.07 ortholog_one2many: ENSMMUG00000012989 noData
p14 q14 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q14 q14 746.7 11 51399610 51402814 -1 2 100% 94.6% 1173 0.74 / 0.02 = 37 ortholog_one2one: NFE2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 4 (region 1 for Cfam)
region4, score=12209 region4, score=12209 region4, score=12209
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob01.27.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 27 -i 4008479:5021721 -f 76e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=257.8 log_scoreRatio_sum=30.56 focal_scoreRatio_sum=66.01
AlnScore=12209 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
--- q1 gaps - - - q1 - - - - - - - - - - - -
p1 q2 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q2 q2 1116 27 4529145 4542635 1 11 87.1% 85.8% 1926 0.94 / 0.21 = 4.48 ortholog_one2one: 486505 1
p2 q3 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q3 q3 534 27 4318373 4324857 -1 2 100% 75.6% 1065 0.57 / 0.17 = 3.35 ortholog_one2one: HOXC13 1
p3 q4 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q4 q4 486 27 4307268 4308845 -1 2 100% 82.8% 867 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC12 1
p4 q5 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q5 q5 549 27 4288983 4291010 -1 2 99% 88.1% 906 0.56 / 0.13 = 4.31 ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 q6 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q6 q6 657 27 4274733 4278914 -1 2 100% 92.4% 1026 0.59 / 0.07 = 8.43 ortholog_one2one: HOXC10 1
p6 --- gapq ENSP00000302836 HOXC9 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 454 27 4254360 4256431 -1 2 90.1% 89% 681 0.34 / 0.03 = 11.33 ortholog_one2one: 607052 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 489 27 4235998 4237443 -1 2 100% 97.5% 726 0.56 / 0.01 = 56 ortholog_one2one: 486499 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 450 27 4231281 4232665 -1 2 100% 93.1% 693 0.57 / 0.03 = 19 ortholog_one2one: 607625 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 562 27 4211935 4213230 -1 2 100% 99.2% 792 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: 486498 1
p11 q11 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q11 q11 485 27 4090464 4092280 1 2 100% 85.2% 813 0.73 / 0.14 = 5.21 ortholog_one2one: 486497 1
p12 q12 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q12 q12 399.7 27 4040285 4050441 1 4 100% 95% 600 0.37 / 0.01 = 37 ortholog_one2one: 477593 1
p13 q13 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q13 q13 551.4 27 4017226 4019929 -1 4 75% 78% 1062 0.01 / 0.01 = 1 between_species_paralog: 476099 3
p14 q14 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q14 q14 659.4 27 4008479 4010923 1 2 100% 88.5% 1125 0.74 / 0.13 = 5.69 ortholog_one2one: 486495 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 5 (region 1 for Btau)
region5, score=11686 region5, score=11686 region5, score=11686
syntenyRegion: Bos_taurus.glob01.5.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 5 -i 16526128:16874969 -f 26e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=362.79 log_scoreRatio_sum=31.94 focal_scoreRatio_sum=126.19
AlnScore=11686 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 626 5 16868572 16874969 -1 2 100% 90.3% 993 0.57 / 0.02 = 28.5 ortholog_one2one: HOXC13 1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 539 5 16857536 16859124 -1 2 100% 90.1% 870 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC12 1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 606 5 16838893 16841078 -1 2 98.4% 96.7% 897 0.56 / 0.04 = 14 ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 553 5 16811866 16814511 -1 2 100% 99.2% 786 0.52 / 0.01 = 52 ortholog_one2one: HOXC9 1
p7 q5 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q5 q5 342 5 16772489 16774359 -1 2 65.7% 88.7% 504 0.34 / 0.27 = 1.26 ortholog_one2one: HOXC8 1
p8 q6 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q6 q6 489 5 16754275 16755703 -1 2 100% 97.5% 726 0.56 / 0.01 = 56 ortholog_one2one: Q28015_BOVIN 1
p9 q7 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q7 q7 460 5 16749677 16751039 -1 2 100% 94.9% 702 0.57 / 0.01 = 57 ortholog_one2one: HOXC5 1
p10 q8 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q8 q8 569 5 16729786 16731061 -1 2 100% 90% 900 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC4 1
p11 q9 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q9 q9 504 5 16609804 16611606 1 2 99.3% 89.2% 807 0.73 / 0.11 = 6.64 ortholog_one2one: SMUG1_BOVIN 1
p12 q10 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q10 q10 401.7 5 16554116 16563425 1 4 100% 95.5% 600 0.37 / 0.01 = 37 apparent_ortholog_one2one: Q52T68_BOVIN 1
p13 q11 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q11 q11 523.6 5 16533665 16536290 -1 5 65.3% 99.2% 741 0.01 / 0.06 = 0.17 ortholog_one2many: ROA1_BOVIN 4
p14 q12 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q12 q12 691.9 5 16526128 16528480 1 2 100% 91% 1128 0.74 / 0.09 = 8.22 ortholog_one2one: NP_001014923.1 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 6 (region 1 for Olat)
region6, score=7720 region6, score=7720 region6, score=7720
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob01.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 7 -i 12781664:12979066 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=23.67 log_scoreRatio_sum=2.83 focal_scoreRatio_sum=8.26
AlnScore=7720 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 234.9 7 12781664 12786178 -1 4 55.4% 33.3% 1245 0.94 / 0.83 = 1.13 ortholog_one2one: ENSORLG00000007883 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 480 7 12836622 12839106 1 2 100% 70.2% 918 0.57 / 0.25 = 2.28 ortholog_one2one: Q3V600_ORYLA 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 368 7 12845783 12847609 1 2 99.6% 65.8% 828 0.51 / 0.09 = 5.67 ortholog_one2one: Q3V601_ORYLA 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 415 7 12857047 12859665 1 2 98.7% 66.6% 930 0.56 / 0.34 = 1.65 ortholog_one2many: Q90ZG3_ORYLA 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 216.6 7 12866025 12868489 1 2 100% 39% 984 0.59 / 0.69 = 0.86 noComparaHits: Q3V603_ORYLA 3
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 409 7 12875582 12877182 1 2 99.2% 73.1% 780 0.52 / 0.26 = 2 ortholog_one2one: HXC9_ORYLA 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 421 7 12880841 12882567 1 2 89.7% 87.6% 651 0.34 / 0.1 = 3.4 noComparaHits: HXC9_ORYLA ;
Q3V609_ORYLA
1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 364 7 12891828 12892930 1 2 99.1% 72.5% 717 0.56 / 0.25 = 2.24 noComparaHits: HXC9_ORYLA ;
Q3V609_ORYLA
1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 135 7 12895763 12895993 1 1 34.7% 81.8% 231 0.57 / 0.71 = 0.8 ortholog_one2one: Q3V607_ORYLA 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 355 7 12904751 12906049 1 2 100% 66.9% 783 0.51 / 0.37 = 1.38 ortholog_one2one: HXC4_ORYLA 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q11 q11 278 7 12970430 12973774 -1 4 100% 61.3% 636 0.37 / 0.3 = 1.23 ortholog_one2one: ENSORLG00000007971 1
p13 q12 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q12 q12 403.5 7 12975670 12977062 1 4 94.4% 52.4% 1182 0.01 / 0.28 = 0.04 between_species_paralog: ENSORLG00000008001 1
p14 q13 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q13 q13 190 7 12978623 12979066 -1 1 40.2% 64.7% 444 0.74 / 0.75 = 0.99 noComparaHits: 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 7 (region 1 for Trub)
region7, score=7467 region7, score=7467 region7, score=7467
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob01.scaffold_66.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_66 -i 66101:225073 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=26.33 log_scoreRatio_sum=3.06 focal_scoreRatio_sum=9.1
AlnScore=7467 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 499 scaffold_66 191837 194602 -1 2 100% 71.6% 924 0.57 / 0.22 = 2.59 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000149366 1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 378 scaffold_66 183469 185171 -1 2 100% 66.1% 837 0.51 / 0.06 = 8.5 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000164408 1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 402 scaffold_66 171697 173892 -1 2 100% 64% 972 0.56 / 0.36 = 1.56 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000149367 1
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 206.5 scaffold_66 162817 165131 -1 2 64% 51.1% 669 0.59 / 0.7 = 0.84 noComparaHits: NEWSINFRUG00000146333 3
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 399 scaffold_66 154982 156667 -1 2 99.6% 69.4% 810 0.52 / 0.28 = 1.86 ortholog_one2one: HXC9_FUGRU 1
p7 q6 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q6 q6 427 scaffold_66 149217 151058 -1 2 90.5% 88.1% 657 0.34 / 0.08 = 4.25 ortholog_one2one: O42503_FUGRU 1
p8 q7 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q7 q7 368 scaffold_66 139091 140214 -1 2 100% 73.7% 708 0.56 / 0.25 = 2.24 ortholog_one2one: O42504_FUGRU 1
p9 q8 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q8 q8 135 scaffold_66 135771 135977 -1 1 31.1% 91.3% 207 0.57 / 0.71 = 0.8 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146325 1
p10 q9 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q9 q9 368 scaffold_66 126560 127863 -1 2 100% 68.8% 792 0.51 / 0.34 = 1.5 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146324 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q10 q10 273 scaffold_66 71311 73952 1 4 97.9% 64.2% 594 0.37 / 0.32 = 1.16 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146323 1
p13 q11 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q11 q11 333.5 scaffold_66 68705 69532 -1 3 54.8% 70.1% 672 0.01 / 0.4 = 0.03 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000146321 1
p14 q12 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q12 q12 192 scaffold_66 66101 66628 1 1 47.7% 57.5% 528 0.74 / 0.74 = 1 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146319 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 8 (region 1 for Gacu)
region8, score=7243 region8, score=7243 region8, score=7243
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob01.groupXII.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXII -i 11539588:11716245 -f 13e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=20.34 log_scoreRatio_sum=0.98 focal_scoreRatio_sum=7.47
AlnScore=7243 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 148.7 groupXII 11539588 11542115 -1 3 19.1% 46.8% 417 0.94 / 0.89 = 1.06 ortholog_one2one: ENSGACG00000009377 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 489 groupXII 11575429 11578165 1 2 99.7% 71% 915 0.57 / 0.24 = 2.37 ortholog_one2one: ENSGACG00000009389 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 326.2 groupXII 11585448 11587454 1 2 89.4% 65.5% 747 0.51 / 0.19 = 2.68 ortholog_one2one: ENSGACG00000009391 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 414 groupXII 11597219 11599472 1 2 100% 65.2% 954 0.56 / 0.34 = 1.65 ortholog_one2many: ENSGACG00000009392 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 213.8 groupXII 11606255 11609065 1 2 67.5% 48.1% 717 0.59 / 0.69 = 0.86 noComparaHits: ENSGACG00000009394 3
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 409 groupXII 11616265 11618047 1 2 99.6% 73.9% 783 0.52 / 0.26 = 2 ortholog_one2one: ENSGACG00000009396 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 419 groupXII 11622080 11624016 1 2 88.8% 86.3% 657 0.34 / 0.1 = 3.4 ortholog_one2one: ENSGACG00000009401 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 365 groupXII 11633747 11634898 1 2 96.6% 74.9% 702 0.56 / 0.25 = 2.24 ortholog_one2one: Q4VQD3_GASAC 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 135 groupXII 11638292 11638522 1 1 34.7% 80.5% 231 0.57 / 0.71 = 0.8 ortholog_one2one: ENSGACG00000009416 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 373 groupXII 11647407 11648707 1 2 100% 69.5% 792 0.51 / 0.34 = 1.5 ortholog_one2one: ENSGACG00000009421 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q11 q11 204.5 groupXII 11708653 11710250 -1 3 74.3% 63.3% 468 0.37 / 0.49 = 0.76 ortholog_one2one: ENSGACG00000009433 3
p13 q12 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q12 q12 304.8 groupXII 11711994 11713700 1 2 80.4% 48% 1152 0.01 / 0.45 = 0.02 between_species_paralog: ENSGACG00000009435 3
p14 q13 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q13 q13 194 groupXII 11715415 11716245 -1 1 64.3% 44.3% 831 0.74 / 0.74 = 1 ortholog_one2one: ENSGACG00000009442 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 9 (region 1 for Tnig)
region9, score=7224 region9, score=7224 region9, score=7224
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob01.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 9 -i 4148559:4311213 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=22.58 log_scoreRatio_sum=1.67 focal_scoreRatio_sum=8.05
AlnScore=7224 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 500 9 4183940 4186707 1 2 100% 71.6% 927 0.57 / 0.22 = 2.59 ortholog_one2many: HOXC13 ;
GSTENG00028043001
1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 367 9 4193048 4194863 1 2 100% 65.6% 843 0.51 / 0.09 = 5.67 ortholog_one2many: GSTENG00028042001 ;
HOXC12
1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 403 9 4205409 4207568 1 2 100% 65% 957 0.56 / 0.36 = 1.56 between_species_paralog: GSTENG00028041001 1
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 207.1 9 4213950 4216234 1 2 59.9% 53.7% 639 0.59 / 0.7 = 0.84 noComparaHits: HOXC10 ;
GSTENG00028041001
4
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 390 9 4222544 4224265 1 2 99.6% 68.1% 819 0.52 / 0.29 = 1.79 ortholog_one2many: HOXC9 ;
GSTENG00028039001
1
p7 q6 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q6 q6 424 9 4228016 4229943 1 2 88.8% 88.8% 645 0.34 / 0.09 = 3.78 ortholog_one2one: HOXC8 1
p8 q7 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q7 q7 370.6 9 4239684 4240805 1 3 99.6% 74.6% 711 0.56 / 0.24 = 2.33 ortholog_one2one: HOXC6 1
p9 q8 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q8 q8 137 9 4243970 4244176 1 1 31.1% 92.8% 207 0.57 / 0.7 = 0.81 between_species_paralog: HOXC5 ;
GSTENG00028038001
1
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HOXC4
1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p14 q12 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q12 q12 182 9 4310779 4311213 -1 1 38.9% 60.7% 435 0.74 / 0.76 = 0.97 ortholog_one2one: GSTENG00028033001 1
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 10 (region 1 for Xtro)
region10, score=7062 region10, score=7062 region10, score=7062
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob01.scaffold_226.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_226 -i 280901:557959 -f 21e4 some_geneID_to_be_selected
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TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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p10 q9 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q9 q9 383 scaffold_226 463073 464312 1 2 100% 71.9% 795 0.51 / 0.32 = 1.59 ortholog_one2one: HOXC4 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gapq ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
--- q10 gape - - - q10 - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 11 (region 1 for Drer)
region11, score=7050 region11, score=7050 region11, score=7050
syntenyRegion: Danio_rerio.glob01.23.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 23 -i 35580664:35921769 -f 26e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=24.94 log_scoreRatio_sum=4.13 focal_scoreRatio_sum=9.36
AlnScore=7050 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
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p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 137.9 23 35580664 35582160 -1 2 19.7% 41.1% 504 0.94 / 0.9 = 1.04 noComparaHits: calcoco1 1
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--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 q12 /+ ENSP00000341826 HNRPA1 q12 q12 456.9 23 35912140 35913858 -1 4 75.3% 65% 1050 0.01 / 0.18 = 0.06 between_species_paralog: hnrpa1 1
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--- q13 gape - - - q13 - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
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region 12 (region 2 for Xtro)
region12, score=4651 region12, score=4651 region12, score=4651
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob02.scaffold_56.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 13 (region 2 for Hsap)
region13, score=4551 region13, score=4551 region13, score=4551
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob03.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 7 -i 26191449:27335677 -f 86e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.91 log_scoreRatio_sum=-4.63 focal_scoreRatio_sum=3.1
AlnScore=4551 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Homo_sapiens
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 14 (region 2 for Mmus)
region14, score=4446 region14, score=4446 region14, score=4446
syntenyRegion: Mus_musculus.glob03.6.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 6 -i 51387539:52189921 -f 60e4 some_geneID_to_be_selected
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p7 q5 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q5 q5 112 6 52145381 52145611 -1 1 31.4% 70.1% 231 0.34 / 0.76 = 0.45 noComparaHits: Hoxa7 4
p8 q6 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q6 q6 213.6 6 52135963 52138207 -1 2 91.5% 48.9% 699 0.56 / 0.56 = 1 between_species_paralog: Hoxa6 2
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Hoxa3
2
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p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q9 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q9 q9 249.2 6 51404820 51412177 1 4 91.6% 66.3% 498 0.37 / 0.37 = 1 between_species_paralog: Cbx3 3
p13 q10 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q10 q10 353.2 6 51393670 51396878 -1 3 61.6% 58.2% 918 0.01 / 0.37 = 0.03 between_species_paralog: Hnrpa2b1 noData
p14 q11 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q11 q11 157 6 51387539 51387997 1 1 39.7% 50.3% 459 0.74 / 0.79 = 0.94 noComparaHits: Nfe2l3 4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 15 (region 2 for Cfam)
region15, score=4423 region15, score=4423 region15, score=4423
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob03.14.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 14 -i 42451676:43376476 -f 69e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.82 log_scoreRatio_sum=-4.75 focal_scoreRatio_sum=3.06
AlnScore=4423 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 278 14 43312984 43315437 -1 2 75.7% 59.3% 702