Overview on processed synteny regions for HOXB9_ENSG00000170689_2e5.protein.info

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HOXDb9
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Data table for reference protein loci

QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
QueryGenome=Homo_sapiens
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Parameter used for the loci-alignments

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loci-grouping type: loci intervalls
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 1 (region 1 for Hsap)
region1, score=12998 region1, score=12998 region1, score=12998
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob01.17.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 17 -i 43961824:44249439 -f 22e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=12998 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Homo_sapiens
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p2 q2 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q2 q2 701 17 43975432 43977272 -1 2 100% 95.8% 1074 0.55 / 0.01 = 55 within_species_paralog: HOXB2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 842 17 43982698 43984835 -1 2 100% 93% 1293 0.5 / 0.01 = 50 within_species_paralog: HOXB3 1
p4 q4 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q4 q4 501 17 44009086 44010680 -1 2 100% 92.2% 768 0.43 / 0.01 = 43 within_species_paralog: HOXB4 1
p5 q5 +/+ ENSP00000239151 HOXB5 q5 q5 548 17 44024573 44026043 -1 2 100% 100% 807 0.4 / 0.01 = 40 within_species_paralog: HOXB5 1
p6 q6 +/+ ENSP00000225648 HOXB6 q6 q6 477 17 44028777 44030511 -1 2 100% 98.3% 690 0.47 / 0.01 = 47 within_species_paralog: HOXB6 1
p7 q7 +/+ ENSP00000365889 - q7 q7 215 17 44036275 44038671 1 2 95.4% 78.4% 411 1 / 0.01 = 100 noComparaHits: HOXB6 ;
ENSG00000204609
1
p8 q8 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q8 q8 440 17 44040218 44043279 -1 2 98.2% 96.4% 660 0.42 / 0.01 = 42 within_species_paralog: HOXB7 1
p9 q9 +/+ ENSP00000239144 HOXB8 q9 q9 514 17 44045566 44047065 -1 2 100% 89.4% 849 0.41 / 0.01 = 41 within_species_paralog: HOXB8 1
p10 q10 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q10 q10 520 17 44055264 44058630 -1 2 100% 99.6% 750 0.53 / 0.01 = 53 within_species_paralog: HOXB9 1
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q11 q11 609 17 44159154 44160954 -1 2 100% 93.3% 936 0.58 / 0.01 = 58 within_species_paralog: HOXB13 1
p13 q12 +/+ ENSP00000302547 TTLL6 q12 q12 1149 17 44201353 44223966 -1 7 97.5% 98.2% 1713 0.78 / 0.01 = 78 within_species_paralog: TTLL6 1
p14 q13 +/+ ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN q13 q13 321 17 44236659 44237431 -1 2 96.2% 87.4% 540 1 / 0.01 = 100 noComparaHits: Q658K6_HUMAN 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 2 (region 1 for Mmul)
region2, score=11658 region2, score=11658 region2, score=11658
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob01.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 16 -i 32758343:33041955 -f 21e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=292.55 log_scoreRatio_sum=32.53 focal_scoreRatio_sum=120.1
AlnScore=11658 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Macaca_mulatta
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p1 q1 +/+ ENSP00000355140 HOXB1 q1 q1 601 16 32758430 32759792 -1 2 100% 92.9% 927 0.67 / 0.05 = 13.4 ortholog_one2one: HOXB1 1
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p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 731 16 32779070 32781189 -1 2 81.2% 97.1% 1050 0.5 / 0.13 = 3.85 noComparaHits: 1
p4 q4 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q4 q4 432 16 32806478 32807983 -1 2 88.4% 89.4% 681 0.43 / 0.13 = 3.31 ortholog_one2one: HOXB4 1
p5 q5 +/+ ENSP00000239151 HOXB5 q5 q5 546 16 32821961 32823429 -1 2 100% 99.6% 807 0.4 / 0.01 = 40 ortholog_one2one: HOXB5 1
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p7 q7 +/+ ENSP00000365889 - q7 q7 183.2 16 32833634 32836028 1 2 95.4% 69.6% 399 1 / 0.14 = 7.14 noComparaHits: HOXB6 1
p8 q8 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q8 q8 426 16 32837563 32840308 -1 2 96.8% 84.2% 759 0.42 / 0.03 = 14 ortholog_one2one: HOXB7 1
p9 q9 +/+ ENSP00000239144 HOXB8 q9 q9 513 16 32842608 32844111 -1 2 100% 100% 729 0.41 / 0.01 = 41 ortholog_one2one: HOXB8 1
p10 q10 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q10 q10 517 16 32852655 32856017 -1 2 100% 98.8% 750 0.53 / 0.01 = 53 ortholog_one2one: HOXB9 1
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q11 q11 606 16 32951569 32953359 -1 2 100% 95% 909 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: HOXB13 1
p13 q12 +/+ ENSP00000302547 TTLL6 q12 q12 909 16 32995240 33016834 -1 6 86.6% 86.8% 1521 0.78 / 0.2 = 3.9 ortholog_one2one: Q24KA4_MACMU 1
p14 q13 +/+ ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN q13 q13 270 16 33028950 33029720 -1 2 95.7% 75.7% 525 1 / 0.15 = 6.67 ortholog_one2one: Q658K6_HUMAN 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 3 (region 1 for Cfam)
region3, score=10240 region3, score=10240 region3, score=10240
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob01.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 9 -i 28119456:28360233 -f 18e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=202.05 log_scoreRatio_sum=26.34 focal_scoreRatio_sum=94.75
AlnScore=10240 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000355140 HOXB1 q1 q1 563 9 28119786 28121196 -1 2 100% 83% 987 0.67 / 0.11 = 6.09 ortholog_one2one: 491052 1
p2 q2 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q2 q2 515 9 28131323 28133190 -1 2 100% 73.9% 1071 0.55 / 0.26 = 2.12 ortholog_one2one: HOXB2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 755 9 28138727 28140950 -1 2 93.5% 89.3% 1209 0.5 / 0.1 = 5 noComparaHits: ENSCAFG00000016845 1
p4 q4 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q4 q4 475 9 28165646 28167383 -1 3 88% 97.3% 672 0.43 / 0.05 = 8.6 ortholog_one2one: HOXB4 1
p5 q5 +/+ ENSP00000239151 HOXB5 q5 q5 546 9 28181544 28183107 -1 2 100% 99.6% 807 0.4 / 0.01 = 40 ortholog_one2one: 491056 1
p6 q6 +/+ ENSP00000225648 HOXB6 q6 q6 464 9 28185792 28187509 -1 2 100% 97.3% 672 0.47 / 0.02 = 23.5 ortholog_one2one: 491056 1
p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 q7 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q7 q7 423 9 28197371 28200188 -1 2 96.8% 93.1% 651 0.42 / 0.03 = 14 ortholog_one2one: 608962 1
p9 q8 +/+ ENSP00000239144 HOXB8 q8 q8 512 9 28202523 28204191 -1 2 100% 96.5% 765 0.41 / 0.01 = 41 ortholog_one2one: 491059 1
p10 q9 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q9 q9 518 9 28212641 28216111 -1 2 100% 98.8% 750 0.53 / 0.01 = 53 ortholog_one2one: 608958 1
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q10 q10 533 9 28285962 28287966 -1 2 98.2% 88.7% 852 0.58 / 0.12 = 4.83 ortholog_one2one: 491060 1
p13 q11 +/+ ENSP00000302547 TTLL6 q11 q11 779.3 9 28326304 28348175 -1 7 97.9% 68.6% 1758 0.78 / 0.32 = 2.44 ortholog_one2one: TTLL6 1
p14 q12 +/+ ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN q12 q12 100 9 28360009 28360233 -1 1 40.5% 66.7% 225 1 / 0.68 = 1.47 noComparaHits: TTLL6 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 4 (region 1 for Mmus)
region4, score=9660 region4, score=9660 region4, score=9660
syntenyRegion: Mus_musculus.glob01.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 11 -i 95949846:96183226 -f 18e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=187.2 log_scoreRatio_sum=24.67 focal_scoreRatio_sum=51.52
AlnScore=9660 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000355140 HOXB1 q1 q1 537 11 96181917 96183226 1 2 100% 84.6% 906 0.67 / 0.15 = 4.47 ortholog_one2one: Hoxb1 1
p2 q2 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q2 q2 550 11 96167901 96169716 1 2 100% 78.2% 1077 0.55 / 0.21 = 2.62 ortholog_one2one: HXB2_MOUSE 1
p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 823 11 96160339 96162486 1 2 93.5% 95.8% 1206 0.5 / 0.02 = 25 ortholog_one2one: Hoxb3 1
p4 q4 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q4 q4 466 11 96134860 96136415 1 2 100% 87.8% 759 0.43 / 0.06 = 7.17 ortholog_one2one: Hoxb4 1
p5 q5 +/+ ENSP00000239151 HOXB5 q5 q5 541 11 96119704 96121224 1 2 100% 98.9% 807 0.4 / 0.01 = 40 ortholog_one2one: Hoxb5 1
p6 q6 +/+ ENSP00000225648 HOXB6 q6 q6 468 11 96115267 96117015 1 2 100% 97.8% 672 0.47 / 0.01 = 47 ortholog_one2one: Hoxb6 1
p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 q7 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q7 q7 409 11 96102818 96105681 1 2 94.5% 94.2% 618 0.42 / 0.07 = 6 ortholog_one2one: Hoxb7 1
p9 q8 +/+ ENSP00000239144 HOXB8 q8 q8 507 11 96099053 96100557 1 2 100% 98.4% 729 0.41 / 0.01 = 41 ortholog_one2one: Hoxb8 1
p10 q9 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q9 q9 468 11 96087632 96090946 1 2 100% 81.9% 843 0.53 / 0.1 = 5.3 ortholog_one2one: Hoxb9 1
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q10 q10 560 11 96010533 96012316 1 2 100% 93% 858 0.58 / 0.08 = 7.25 ortholog_one2one: Hoxb13 1
p13 q11 +/+ ENSP00000302547 TTLL6 q11 q11 495.7 11 95961474 95972886 1 5 70.1% 60.1% 1218 0.78 / 0.56 = 1.39 ortholog_one2one: Ttll6 1
p14 --- gape ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 5 (region 1 for Mdom)
region5, score=7560 region5, score=7560 region5, score=7560
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 2 -i 201105049:201431522 -f 24e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=34.83 log_scoreRatio_sum=10.78 focal_scoreRatio_sum=12.35
AlnScore=7560 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000355140 HOXB1 q1 q1 466 2 201105049 201106545 -1 2 100% 72.6% 930 0.67 / 0.27 = 2.48 ortholog_one2one: HOXB1 1
p2 q2 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q2 q2 520 2 201116099 201118103 -1 2 99.4% 73.5% 1122 0.55 / 0.25 = 2.2 ortholog_one2one: HOXB2 1
p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 765 2 201123983 201126209 -1 2 100% 85% 1293 0.5 / 0.09 = 5.56 ortholog_one2one: HOXB3 1
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p4 q5 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q5 q5 259 2 201154627 201155052 -1 1 60.6% 80.3% 426 0.43 / 0.48 = 0.9 ortholog_one2one: HOXB4 1
p5 q6 +/+ ENSP00000239151 HOXB5 q6 q6 491 2 201170725 201172260 -1 2 100% 90% 801 0.4 / 0.1 = 4 ortholog_one2one: HOXB5 1
p6 q7 +/+ ENSP00000225648 HOXB6 q7 q7 415 2 201175565 201177388 -1 2 100% 86.6% 669 0.47 / 0.12 = 3.92 ortholog_one2one: HOXB6 1
p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 q8 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q8 q8 381 2 201188149 201191355 -1 2 98.6% 82.4% 663 0.42 / 0.13 = 3.23 ortholog_one2one: HOXB7 1
p9 --- gapq ENSP00000239144 HOXB8 q7,q8 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q9 q9 474 2 201204822 201208661 -1 2 100% 90.4% 744 0.53 / 0.08 = 6.63 ortholog_one2one: HOXB9 1
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q10 q10 531 2 201363757 201365724 -1 2 100% 81.8% 906 0.58 / 0.12 = 4.83 ortholog_one2one: HOXB13 1
p13 q11 +/+ ENSP00000302547 TTLL6 q11 q11 311 2 201427539 201431522 -1 3 34.8% 68.2% 642 0.78 / 0.72 = 1.08 ortholog_one2one: TTLL6 1
p14 --- gape ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 6 (region 1 for Drer)
region6, score=5955 region6, score=5955 region6, score=5955
syntenyRegion: Danio_rerio.glob01.3.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 3 -i 22929828:23046057 -f 87e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=13.86 log_scoreRatio_sum=2.8 focal_scoreRatio_sum=4.66
AlnScore=5955 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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p2 q2 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q2 q2 356 3 22946170 22948177 -1 2 96.1% 57% 1125 0.55 / 0.49 = 1.12 ortholog_one2one: hoxb2a 1
p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 576 3 22952393 22954315 -1 2 94.9% 68.4% 1242 0.5 / 0.31 = 1.61 ortholog_one2one: hoxb3a 1
p4 q4 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q4 q4 314 3 22976965 22978642 -1 2 100% 61.8% 744 0.43 / 0.37 = 1.16 ortholog_one2one: hoxb4a 1
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p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 q7 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q7 q7 139 3 23004698 23004952 -1 1 39.2% 75.3% 255 0.42 / 0.68 = 0.62 ortholog_one2many: hoxb7a 1
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
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p10 q10 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q10 q10 366 3 23019694 23022949 -1 2 100% 72.7% 759 0.53 / 0.29 = 1.83 ortholog_one2many: hoxb9a 1
--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q12 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q12 q12 344 3 23044786 23046057 -1 2 94.7% 63.2% 828 0.58 / 0.43 = 1.35 between_species_paralog: hoxb13a 1
p13 --- gape ENSP00000302547 TTLL6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 7 (region 1 for Xtro)
region7, score=5242 region7, score=5242 region7, score=5242
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob01.scaffold_334.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_334 -i 486967:589462 -f 77e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=12.59 log_scoreRatio_sum=2.2 focal_scoreRatio_sum=4.21
AlnScore=5242 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000355140 HOXB1 q1 q1 273 scaffold_334 486967 489038 -1 2 99.3% 51.9% 933 0.67 / 0.57 = 1.18 noComparaHits: ENSXETG00000021964 1
p2 q2 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q2 q2 352 scaffold_334 505842 508165 -1 2 99.4% 57.3% 1014 0.55 / 0.49 = 1.12 noComparaHits: ENSXETG00000027353 1
p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 506 scaffold_334 512901 514755 -1 2 93.3% 64.7% 1137 0.5 / 0.39 = 1.28 ortholog_one2one: hoxb3 1
p4 q4 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q4 q4 268 scaffold_334 533018 534165 -1 2 96.8% 58.4% 678 0.43 / 0.46 = 0.93 ortholog_one2one: hoxb4 2
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p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 q7 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q7 q7 153 scaffold_334 560611 560865 -1 1 39.2% 82.4% 255 0.42 / 0.65 = 0.65 noComparaHits: ENSXETG00000027351 2
p9 q8 +/+ ENSP00000239144 HOXB8 q8 q8 447 scaffold_334 572876 573865 -1 2 99.6% 82.9% 768 0.41 / 0.13 = 3.15 noComparaHits: ENSXETG00000021993 1
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p10 q10 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q10 q10 308 scaffold_334 584781 589462 -1 2 98.8% 64.4% 705 0.53 / 0.4 = 1.33 ortholog_one2one: HOXB9 1
p11 --- gape ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 8 (region 1 for Trub)
region8, score=4398 region8, score=4398 region8, score=4398
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob01.scaffold_41.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_41 -i 501893:661547 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=4398 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
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p10 q9 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q9 q9 148 scaffold_41 540967 541197 1 1 30.8% 89.6% 231 0.53 / 0.71 = 0.75 noComparaHits: NEWSINFRUG00000160069 5
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q10 q10 295 scaffold_41 501893 503547 1 2 93.3% 56.7% 861 0.58 / 0.51 = 1.14 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000163355 1
p13 --- gape ENSP00000302547 TTLL6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 9 (region 2 for Hsap)
region9, score=4318 region9, score=4318 region9, score=4318
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob02.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 7 -i 27100587:27251451 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=4318 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Homo_sapiens
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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p9 --- gapq ENSP00000239144 HOXB8 q7 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q8 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q8 q8 228.6 7 27169753 27171601 -1 2 93.2% 48.4% 750 0.53 / 0.56 = 0.95 within_species_paralog: HOXA9 4
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 --- gape ENSP00000302547 TTLL6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 10 (region 1 for Tnig)
region10, score=4290 region10, score=4290 region10, score=4290
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob01.Un_random.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l Un_random -i 38028407:38178153 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=9.05 log_scoreRatio_sum=-0.11 focal_scoreRatio_sum=2.9
AlnScore=4290 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
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p1 q1 +/+ ENSP00000355140 HOXB1 q1 q1 124 Un_random 38028407 38028751 -1 1 35.9% 62.6% 345 0.67 / 0.8 = 0.84 noComparaHits: GSTENG00005035001 ;
HOXB1
2
p2 q2 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q2 q2 325 Un_random 38041366 38043918 -1 2 97.5% 50% 1212 0.55 / 0.53 = 1.04 ortholog_one2many: HOXBa2 ;
GSTENG00020451001
1
p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 471.6 Un_random 38049854 38053272 -1 3 97.7% 56.7% 1458 0.5 / 0.43 = 1.16 between_species_paralog: HOXB3 1
p4 q4 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q4 q4 303 Un_random 38083032 38085184 -1 2 92% 65.1% 705 0.43 / 0.39 = 1.1 ortholog_one2one: HOXB4 1
p5 q5 +/+ ENSP00000239151 HOXB5 q5 q5 316 Un_random 38101271 38103594 -1 2 100% 58% 951 0.4 / 0.42 = 0.95 ortholog_one2many: HOXB5 ;
GSTENG00020455001
2
p6 q6 +/+ ENSP00000225648 HOXB6 q6 q6 169 Un_random 38107367 38109897 -1 2 50.4% 70.8% 387 0.47 / 0.64 = 0.73 noComparaHits: GSTENG00020456001 2
p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000239165 HOXB7 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p9 q7 +/+ ENSP00000239144 HOXB8 q7 q7 236 Un_random 38129985 38130416 -1 1 58% 77.8% 432 0.41 / 0.54 = 0.76 ortholog_one2one: HOXB8 2
p10 q8 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q8 q8 312 Un_random 38140058 38146583 -1 2 99.6% 62.4% 834 0.53 / 0.4 = 1.33 noComparaHits: GSTENG00020456001 1
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q9 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q9 q9 296 Un_random 38176501 38178153 -1 2 94.4% 56.2% 870 0.58 / 0.51 = 1.14 ortholog_one2many: GSTENG00020457001 ;
HOXB13
1
p13 --- gape ENSP00000302547 TTLL6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 11 (region 2 for Mmus)
region11, score=4237 region11, score=4237 region11, score=4237
syntenyRegion: Mus_musculus.glob02.6.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 6 -i 52086248:52245575 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.71 log_scoreRatio_sum=-0.31 focal_scoreRatio_sum=2.43
AlnScore=4237 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000355140 HOXB1 q1 q1 216 6 52086341 52087804 -1 2 100% 42.7% 1002 0.67 / 0.66 = 1.02 noComparaHits: Hoxa1 2
p2 q2 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q2 q2 324 6 52092484 52094227 -1 2 99.4% 49.6% 1215 0.55 / 0.53 = 1.04 between_species_paralog: Hoxa2 2
p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 398.2 6 52099526 52102232 -1 2 100% 46.6% 1521 0.5 / 0.52 = 0.96 between_species_paralog: Hoxa3 3
p4 q4 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q4 q4 227.6 6 52120000 52121271 -1 2 96.8% 48.3% 783 0.43 / 0.54 = 0.8 between_species_paralog: Hoxa4 4
p5 q5 +/+ ENSP00000239151 HOXB5 q5 q5 322 6 52132167 52133933 -1 2 100% 59.6% 816 0.4 / 0.41 = 0.98 between_species_paralog: Hoxa5 2
p6 q6 +/+ ENSP00000225648 HOXB6 q6 q6 248 6 52135951 52138207 -1 2 100% 56.2% 699 0.47 / 0.48 = 0.98 between_species_paralog: Hoxa6 2
p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 q7 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q7 q7 244 6 52145402 52146988 -1 2 94% 59% 618 0.42 / 0.44 = 0.95 between_species_paralog: Hoxa7 2
p9 --- gapq ENSP00000239144 HOXB8 q7 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q8 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q8 q8 231.8 6 52153833 52155687 -1 2 94.8% 49.4% 759 0.53 / 0.55 = 0.96 between_species_paralog: Hoxa9 4
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q10 q10 257 6 52188490 52189924 -1 2 76.8% 57.9% 699 0.58 / 0.57 = 1.02 between_species_paralog: Hoxa13 2
p13 --- gape ENSP00000302547 TTLL6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 12 (region 2 for Xtro)
region12, score=4150 region12, score=4150 region12, score=4150
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob02.scaffold_56.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_56 -i 1324797:1481229 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.6 log_scoreRatio_sum=-0.44 focal_scoreRatio_sum=2.48
AlnScore=4150 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000355140 HOXB1 q1 q1 187.5 scaffold_56 1479966 1481208 1 2 100% 41.5% 960 0.67 / 0.7 = 0.96 noComparaHits: hoxa1 2
p2 q2 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q2 q2 290 scaffold_56 1470271 1471789 1 2 96.6% 48.7% 1074 0.55 / 0.58 = 0.95 ortholog_one2many: HOXA2 2
p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 333 scaffold_56 1464665 1465438 1 1 60.1% 65.5% 774 0.5 / 0.6 = 0.83 between_species_paralog: HOXA3 3
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p4 q5 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q5 q5 261.4 scaffold_56 1443839 1444907 1 2 94% 50.4% 759 0.43 / 0.47 = 0.91 between_species_paralog: HOXA4 3
p5 q6 +/+ ENSP00000239151 HOXB5 q6 q6 310 scaffold_56 1433019 1434430 1 2 100% 58.4% 828 0.4 / 0.43 = 0.93 between_species_paralog: hoxa5 2
p6 q7 +/+ ENSP00000225648 HOXB6 q7 q7 250 scaffold_56 1430023 1431420 1 2 100% 56.4% 699 0.47 / 0.47 = 1 noComparaHits: ENSXETG00000027535 2
p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 q8 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q8 q8 223.7 scaffold_56 1421765 1423383 1 2 95.9% 54% 615 0.42 / 0.49 = 0.86 ortholog_one2many: HOXA7 1
p9 --- gapq ENSP00000239144 HOXB8 q8 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q9 q9 248 scaffold_56 1415310 1416632 1 2 81.6% 56.7% 630 0.53 / 0.52 = 1.02 noComparaHits: ENSXETG00000000724 2
--- q10 gapp - - - q10 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q11 q11 293 scaffold_56 1384919 1386299 1 2 90.8% 54.6% 792 0.58 / 0.51 = 1.14 between_species_paralog: HOXA13 1
p13 --- gape ENSP00000302547 TTLL6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 13 (region 2 for Cfam)
region13, score=4053 region13, score=4053 region13, score=4053
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob02.14.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 14 -i 43223880:43376476 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.41 log_scoreRatio_sum=-0.67 focal_scoreRatio_sum=2.38
AlnScore=4053 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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p2 q2 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q2 q2 307 14 43230194 43231949 -1 2 99.4% 48.3% 1212 0.55 / 0.56 = 0.98 between_species_paralog: 609592 2
p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 403 14 43237520 43240239 -1 2 100% 48% 1467 0.5 / 0.52 = 0.96 ortholog_one2many: HOXA3 2
p4 q4 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q4 q4 170 14 43258601 43258876 -1 1 36.7% 82.6% 276 0.43 / 0.66 = 0.65 between_species_paralog: Q9XT68_CANFA 4
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p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 q7 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q7 q7 245 14 43284774 43286350 -1 2 92.6% 62.1% 585 0.42 / 0.44 = 0.95 between_species_paralog: 482371 2
p9 --- gapq ENSP00000239144 HOXB8 q6,q7 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q8 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q8 q8 229.4 14 43293510 43295428 -1 2 93.2% 49.6% 750 0.53 / 0.55 = 0.96 between_species_paralog: 482372 2
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q10 q10 246 14 43328786 43330229 -1 2 75.4% 56% 696 0.58 / 0.59 = 0.98 between_species_paralog: 482375 2
p13 --- gape ENSP00000302547 TTLL6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 14 (region 1 for Btau)
region14, score=4007 region14, score=4007 region14, score=4007
syntenyRegion: Bos_taurus.glob01.19.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 19 -i 31195622:31423477 -f 17e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=9.37 log_scoreRatio_sum=1.39 focal_scoreRatio_sum=3.53
AlnScore=4007 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000355140 HOXB1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000331741 HOXB2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000308252 HOXB3 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p4 q1 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q1 q1 207 19 31195622 31195927 -1 1 40.6% 96.1% 306 0.43 / 0.58 = 0.74 noComparaHits: HOXB5 3
p5 q2 +/+ ENSP00000239151 HOXB5 q2 q2 375 19 31211892 31212452 -1 1 69.5% 99.5% 561 0.4 / 0.31 = 1.29 ortholog_one2one: HOXB5 1
p6 q3 +/+ ENSP00000225648 HOXB6 q3 q3 297 19 31215456 31215872 -1 1 62.1% 97.8% 417 0.47 / 0.37 = 1.27 noComparaHits: HOXB5 1
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 q5 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q5 q5 271 19 31227309 31227812 -1 1 74.7% 82.7% 504 0.42 / 0.38 = 1.11 ortholog_one2one: HXB7_BOVIN 1
p9 q6 +/+ ENSP00000239144 HOXB8 q6 q6 214 19 31230130 31230462 -1 1 47.7% 93.1% 333 0.41 / 0.58 = 0.71 noComparaHits: 3
p10 q7 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q7 q7 340 19 31239435 31242559 -1 2 65.2% 99.4% 489 0.53 / 0.34 = 1.56 ortholog_one2one: HOXB9 1
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000290295 HOXB13 q10 --- - - - - - - - - - - - -
p13 q9 /+ ENSP00000302547 TTLL6 q9 q9 808 19 31368492 31387598 1 7 98.1% 68.3% 1824 0.78 / 0.29 = 2.69 ortholog_one2one: TTLL6 1
p14 --- gapq ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN q8 --- - - - - - - - - - - - -
--- q10 gape - - - q10 - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 15 (region 1 for Ggal)
region15, score=3940 region15, score=3940 region15, score=3940
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob01.27.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 27 -i 3253442:3641490 -f 29e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=11.93 log_scoreRatio_sum=2.52 focal_scoreRatio_sum=5.74
AlnScore=3940 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000355140 HOXB1 q1 q1 165 27 3640987 3641313 1 1 36.5% 80.2% 327 0.67 / 0.74 = 0.91 ortholog_one2one: HXB1_CHICK 1
--- q2 gapp - - - q2 - - - - - - - - - - - -
p2 q3 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q3 q3 210 27 3625326 3625943 1 1 67.7% 53.3% 618 0.55 / 0.7 = 0.79 noComparaHits: HXB8_CHICK 1
p3 q4 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q4 q4 590 27 3615199 3617444 1 2 93.5% 71.7% 1185 0.5 / 0.29 = 1.72 ortholog_one2one: HXB3_CHICK 1
p4 --- gapq ENSP00000328928 HOXB4 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p5 q5 +/+ ENSP00000239151 HOXB5 q5 q5 281 27 3584442 3586617 1 2 57.6% 81.1% 492 0.4 / 0.48 = 0.83 ortholog_one2one: HXB5_CHICK 1
p6 --- gapq ENSP00000225648 HOXB6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000239165 HOXB7 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000239144 HOXB8 q6 q6 452 27 3578995 3580487 1 2 94.2% 90% 717 0.41 / 0.12 = 3.42 ortholog_one2one: HXB8_CHICK 1
p10 q7 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q7 q7 429 27 3563906 3568219 1 2 100% 81.2% 741 0.53 / 0.17 = 3.12 ortholog_one2one: HOXB9 1
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q8 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q8 q8 297 27 3518760 3521213 1 2 94.4% 53.2% 909 0.58 / 0.51 = 1.14 ortholog_one2one: HOXB13 1
p13 --- gape ENSP00000302547 TTLL6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 16 (region 2 for Mdom)
region16, score=3853 region16, score=3853 region16, score=3853
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob02.8.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 8 -i 293235105:293354412 -f 89e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.25 log_scoreRatio_sum=-0.9 focal_scoreRatio_sum=2.14
AlnScore=3853 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000309439 (contained in p10)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000355140 HOXB1 q1 q1 205 8 293352743 293354355 1 2 100% 41.8% 1023 0.67 / 0.67 = 1 noComparaHits: HOXA1 2
p2 q2 +/+ ENSP00000331741 HOXB2 q2 q2 295 8 293345541 293347290 1 2 98% 50.5% 1101 0.55 / 0.57 = 0.96 between_species_paralog: HOXA2 2
p3 q3 +/+ ENSP00000308252 HOXB3 q3 q3 432 8 293336615 293339276 1 2 94% 51.7% 1356 0.5 / 0.48 = 1.04 between_species_paralog: HOXA3 2
p4 q4 +/+ ENSP00000328928 HOXB4 q4 q4 154.4 8 293316292 293317748 1 2 98% 36.4% 909 0.43 / 0.69 = 0.62 between_species_paralog: HOXA4 3
p5 q5 +/+ ENSP00000239151 HOXB5 q5 q5 318 8 293302329 293304252 1 2 100% 58.8% 813 0.4 / 0.41 = 0.98 between_species_paralog: HOXA5 2
p6 q6 +/+ ENSP00000225648 HOXB6 q6 q6 254 8 293298050 293300138 1 2 100% 57.3% 696 0.47 / 0.46 = 1.02 between_species_paralog: HOXA6 2
p7 --- gapq ENSP00000365889 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 q7 +/+ ENSP00000239165 HOXB7 q7 q7 246 8 293287927 293289785 1 2 92.2% 61.1% 582 0.42 / 0.44 = 0.95 noComparaHits: HOXA9 2
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000239144 HOXB8 q7 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q9 +/+ ENSP00000309439 HOXB9 q9 q9 122 8 293268693 293268905 1 1 28.4% 77.5% 213 0.53 / 0.76 = 0.7 noComparaHits: HOXA10 3
p11 --- gapq ENSP00000290294 NP_115767.1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000290295 HOXB13 q10 q10 246 8 293235105 293236750 1 2 76.8% 54% 732 0.58 / 0.59 = 0.98 between_species_paralog: Q9TUC8_MONDO 2
p13 --- gape ENSP00000302547 TTLL6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000365871 Q658K6_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5