In C. minata there has duplicated putative control regions annotated (one between the tRNAs E and P and the other between the tRNAs T and Q). Because the current version of CREX can not handle duplicated genes we show both possibilities here. Both show the same TDRL rearrangement (i.e. both putative control regions are consistent with the rearrangement.)

This example illustrates perfectly the assymetry of TDRL operations (and the corresponding distance measure): To transform the gene order of C. miniata (A and B) into the Echinoid order three TDRL rearrangements are needed.

Echinoidea ⇒ Cucumaria miniata a

• family diagram for Echinoidea

  -CO1

  -R

  -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -E -T -CR -P -Q -N -L1 -A -W -C -V

  -M

  -D

  -Y

  -G

  -L2

  -ND1

  -I

  -ND2

  -16S

• family diagram for Cucumaria miniata a

  -CO1

  -R

  -E -CR -P -N -L1 -W -V -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -T -Q -A -C

  -M

  -D

  -Y

  -G

  -L2

  -ND1

  -I

  -ND2

  -16S

• szenario:
  • tdrl

    -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -E -T -CR -P -Q -N -L1 -A -W -C -V

    -E -CR -P -N -L1 -W -V -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -T -Q -A -C

Echinoidea ⇒ Cucumaria miniata b

• family diagram for Echinoidea

  -CO1

  -R

  -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -E -T -CR -P -Q -N -L1 -A -W -C -V

  -M

  -D

  -Y

  -G

  -L2

  -ND1

  -I

  -ND2

  -16S

• family diagram for Cucumaria miniata b

  -CO1

  -R

  -E -P -N -L1 -W -V -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -T -CR -Q -A -C

  -M

  -D

  -Y

  -G

  -L2

  -ND1

  -I

  -ND2

  -16S

• szenario:
  • tdrl

    -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -E -T -CR -P -Q -N -L1 -A -W -C -V

    -E -P -N -L1 -W -V -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -T -CR -Q -A -C

Cucumaria miniata a ⇒ Echinoidea

• family diagram for Cucumaria miniata a

  -CO1

  -R

  -E -CR -P -N -L1 -W -V -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -T -Q -A -C

  -M

  -D

  -Y

  -G

  -L2

  -ND1

  -I

  -ND2

  -16S

• family diagram for Echinoidea

  -CO1

  -R

  -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -E -T -CR -P -Q -N -L1 -A -W -C -V

  -M

  -D

  -Y

  -G

  -L2

  -ND1

  -I

  -ND2

  -16S

• szenario:
  • prime node szenario

    tdrl	-E -CR -P -N -L1 -W -V -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -T -Q -A -C
    →	-CR -P -W -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -Q -C -E -N -L1 -V -T -A
    tdrl	-CR -P -W -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -Q -C -E -N -L1 -V -T -A
    →	-W -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -C -E -V -T -CR -P -Q -N -L1 -A
    tdrl	-W -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -C -E -V -T -CR -P -Q -N -L1 -A
    →	-ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -E -T -CR -P -Q -N -L1 -A -W -C -V

Cucumaria miniata b ⇒ Echinoidea

• family diagram for Cucumaria miniata b

  -CO1

  -R

  -E -P -N -L1 -W -V -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -T -CR -Q -A -C

  -M

  -D

  -Y

  -G

  -L2

  -ND1

  -I

  -ND2

  -16S

• family diagram for Echinoidea

  -CO1

  -R

  -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -E -T -CR -P -Q -N -L1 -A -W -C -V

  -M

  -D

  -Y

  -G

  -L2

  -ND1

  -I

  -ND2

  -16S

• szenario:
  • prime node szenario

    tdrl	-E -P -N -L1 -W -V -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -T -CR -Q -A -C
    →	-P -W -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -Q -C -E -N -L1 -V -T -CR -A
    tdrl	-P -W -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -Q -C -E -N -L1 -V -T -CR -A
    →	-W -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -C -E -V -T -CR -P -Q -N -L1 -A
    tdrl	-W -ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -C -E -V -T -CR -P -Q -N -L1 -A
    →	-ND4L -CO2 -K -ATP8 -ATP6 -CO3 -S2 -ND3 -ND4 -H -S1 -ND5 -ND6 -CYTB -F -12S -E -T -CR -P -Q -N -L1 -A -W -C -V