Sequence ID | Eco_1 |
---|---|
Location | 3,944,733 – 3,944,853 |
Length | 120 |
Max. P | 0.999628 |
Location | 3,944,733 – 3,944,853 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 88.75 |
Mean single sequence MFE | -51.22 |
Consensus MFE | -44.30 |
Energy contribution | -45.06 |
Covariance contribution | 0.76 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -3.08 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 3.81 |
SVM RNA-class probability | 0.999628 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>Eco_1 3944733 120 + 1 UCACCAGCUAGAGGUUGGGGACGGCGGGCCCUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCCAACGACAUCAAGAGCUCGAGCGAGCUCUAGAUGUACUCACGCGCGGACCAGCCGUAGCCAACUUAAA ......((((..((((((((.((((.((((((.(....).)))))).))))))....(((((.(((((((....))))))).))))).............)))))).))))......... ( -53.80) >Hin_1 9 107 + 1 UGCCUAACUAGAGGCUGGGGACGGGAGGCCAUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCUAACGACAUCAAGAGCUCGAGCGAGUUCUAGAUGAACUCACGCGUAGAUCAGCCG------------- ............((((((..(((((((((((..((......))..)))).........((((.(((((((....))))))).))))..))).).)))...)))))).------------- ( -42.00) >Sfl_1 17 120 + 1 UCACCAGCUAGAGGUUGGGGACGGAGGGCCCUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCCAACGUCAUCAAGAGCUCGAGCGAGCUCUAGAUGUACUCACGCGCGGACCAGCCAUAGCCAACCUAAA ...........((((((((((.((.....)).)))(((((..((((.((.((....((((((.(((((((....))))))).)))).))....)))).)))).)))))..)))))))... ( -52.80) >Sty_1 20 120 + 1 UCACCAGCUAGAGGUUGGGGACGGCGGGCCCUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCCAACGACAUCAAGAGCUCGAGCGAGCUCUAGAUGUACUCACGCGCGGACCAGCCGUAGCCAACUUAAA ......((((..((((((((.((((.((((((.(....).)))))).))))))....(((((.(((((((....))))))).))))).............)))))).))))......... ( -53.80) >Ype_1 20 120 + 1 UUCCCAGCUAGAGGUUGGGGACGGCGGGCCCUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCCAACAACAUCAAGAGCUCGAGCGAGCUCUAGAUGUACUCACGCGCAGACCAGCCGUAGCCAACAUAAA ......((((..((((((((.((((.((((((.(....).)))))).))))))....(((((.(((((((....))))))).))))).............)))))).))))......... ( -53.70) >consensus UCACCAGCUAGAGGUUGGGGACGGCGGGCCCUUCCAUGGCAGGGUUGGCUGCCAACGACAUCAAGAGCUCGAGCGAGCUCUAGAUGUACUCACGCGCGGACCAGCCGUAGCCAACUUAAA ......((((..((((((((.((((.((((((.(....).)))))).)))))).....((((.(((((((....))))))).))))..............)))))).))))......... (-44.30 = -45.06 + 0.76)
Location | 3,944,733 – 3,944,853 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.75 |
Mean single sequence MFE | -50.34 |
Consensus MFE | -42.10 |
Energy contribution | -44.06 |
Covariance contribution | 1.96 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -2.80 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 3.02 |
SVM RNA-class probability | 0.998150 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>Eco_1 3944733 120 - 1 UUUAAGUUGGCUACGGCUGGUCCGCGCGUGAGUACAUCUAGAGCUCGCUCGAGCUCUUGAUGUCGUUGGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAGGGCCCGCCGUCCCCAACCUCUAGCUGGUGA .....(((((..(((((.(((((((((....))(((((.(((((((....))))))).))))).))((((((......)))))).....))))).)))))..)))))............. ( -55.10) >Hin_1 9 107 - 1 -------------CGGCUGAUCUACGCGUGAGUUCAUCUAGAACUCGCUCGAGCUCUUGAUGUCGUUAGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAUGGCCUCCCGUCCCCAGCCUCUAGUUAGGCA -------------.(((((....((((((((((((.....))))))))((((....)))).).)))...)))))..........(((.((((....))))..)))((((......)))). ( -34.80) >Sfl_1 17 120 - 1 UUUAGGUUGGCUAUGGCUGGUCCGCGCGUGAGUACAUCUAGAGCUCGCUCGAGCUCUUGAUGACGUUGGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAGGGCCCUCCGUCCCCAACCUCUAGCUGGUGA ...(((((((..((((..(((((..((....)).((((.(((((((....))))))).)))).(((.(((((......))))))))...)))))..))))..)))))))........... ( -53.20) >Sty_1 20 120 - 1 UUUAAGUUGGCUACGGCUGGUCCGCGCGUGAGUACAUCUAGAGCUCGCUCGAGCUCUUGAUGUCGUUGGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAGGGCCCGCCGUCCCCAACCUCUAGCUGGUGA .....(((((..(((((.(((((((((....))(((((.(((((((....))))))).))))).))((((((......)))))).....))))).)))))..)))))............. ( -55.10) >Ype_1 20 120 - 1 UUUAUGUUGGCUACGGCUGGUCUGCGCGUGAGUACAUCUAGAGCUCGCUCGAGCUCUUGAUGUUGUUGGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAGGGCCCGCCGUCCCCAACCUCUAGCUGGGAA .....(((((..(((((.(((((..((....))(((((.(((((((....))))))).)))))...((((((......)))))).....))))).)))))..)))))(((.....))).. ( -53.50) >consensus UUUAAGUUGGCUACGGCUGGUCCGCGCGUGAGUACAUCUAGAGCUCGCUCGAGCUCUUGAUGUCGUUGGCAGCCAACCCUGCCAUGGAAGGGCCCGCCGUCCCCAACCUCUAGCUGGUGA .....(((((..(((((.(((((((((....)).((((.(((((((....))))))).))))..))((((((......)))))).....))))).)))))..)))))............. (-42.10 = -44.06 + 1.96)
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