| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 387,413 – 387,517 |
| Length | 104 |
| Max. P | 0.573322 |
| Location | 387,413 – 387,517 |
|---|---|
| Length | 104 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 84.26 |
| Mean single sequence MFE | -56.56 |
| Consensus MFE | -40.74 |
| Energy contribution | -41.22 |
| Covariance contribution | 0.48 |
| Combinations/Pair | 1.12 |
| Mean z-score | -1.63 |
| Structure conservation index | 0.72 |
| SVM decision value | 0.08 |
| SVM RNA-class probability | 0.573322 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 387413 104 + 22224390 C-CCCAUCUGACCACUCCCCGACAGCUUGGGAAGGCCAGGGGCUGCUGGCCAGUGGCUCUUGUCGUUCUCCCGCUCGGGCGGA---GAGGU-GGUGGCCGAGGAGCCAC----------- .-((((.(((.(........).)))..))))..((((((......)))))).(((((((((((((.((((((((....)))).---)))).-..))))..)))))))))----------- ( -46.70) >DroSec_CAF1 21282 105 + 1 C-CCCAUCUGACCGCUCCCCCACAGUCGGGGAAGGCCAGGGGCUGCUGGUCAGUGGCUCUUGUCGUUCUCCCGCUCGGGCGGA---AAGGUUGGGGGCCGAGAAGCCAC----------- .-((((....(((..((((((..(((.((((((.(.(((((((..((....))..))))))).).)))))).))).))).)))---..)))))))(((......)))..----------- ( -51.30) >DroSim_CAF1 21528 105 + 1 C-CCCAUCUGACUGCUCCUCGACAGCCGGGGAAGGCCAGGGGCUGCUGGCCAGUGGCUCUUGUCGUUCUCCCGCUCGGGCGGA---AAGGUUGGGGGCCGAGAAGCCAC----------- (-((.((((..((((((......(((.((((((.(.(((((((..((....))..))))))).).)))))).))).)))))).---.)))).)))(((......)))..----------- ( -49.60) >DroEre_CAF1 21522 107 + 1 C-CCCGUCUGACCGCUCCCCGCCAGCUGGGGAAGGCCAGGGGCUGCUGGCCAGUGGCUCUUGGCGUUCUCCCGCUCGGGCGGGAGAGAGG-UGGUGGCCGGGGAGCCAC----------- (-(((((((.(((.((((((((((((.((((((.(((((((((..((....))..))))))))).)))))).)))..)))))).))).))-).).)).)))))......----------- ( -71.20) >DroYak_CAF1 22109 119 + 1 CUCCCCGCUCCCCGCUCCCCACCAGCUGGGGAAGGCCAGGGGCUGCUGGCCAGUGGCUCUUGGCGUUCUCGCGCUCGGGCGGGAGAGAGG-UGGUGGCCGAGGAGCCACAGAGCAAAGGA .(((..(((((((.((((((.(((((..(((((.(((((((((..((....))..))))))))).)))))..))).))..))).))).))-.)(((((......))))).))))...))) ( -64.00) >consensus C_CCCAUCUGACCGCUCCCCGACAGCUGGGGAAGGCCAGGGGCUGCUGGCCAGUGGCUCUUGUCGUUCUCCCGCUCGGGCGGA___GAGGUUGGUGGCCGAGGAGCCAC___________ .......((((((..(((((...(((.((((((.(.(((((((..((....))..))))))).).)))))).)))..)).))).....)))))).(((......)))............. (-40.74 = -41.22 + 0.48)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:34:15 2006