Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,565,742 – 2,565,850 |
Length | 108 |
Max. P | 0.926761 |
Location | 2,565,742 – 2,565,850 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.00 |
Mean single sequence MFE | -44.22 |
Consensus MFE | -28.41 |
Energy contribution | -30.08 |
Covariance contribution | 1.67 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -2.42 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 1.18 |
SVM RNA-class probability | 0.926761 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2565742 108 + 22224390 CUGUGCCGGCGCCAUGAAGGCGCCCAUCCUUCUGUGCAAGAGUGGCCACAGUGUCUGUGAACAGUGCACCCGCAUUUUGCUCAUGUGCCCGCUCUGCAAGGUAAAAA-U ...((((((((((.....))))))..........((((.((((((.(((((((((((....))).))))..((.....))...)))).)))))))))).))))....-. ( -46.10) >DroVir_CAF1 696 107 + 1 CUGUGCGGGCCCAAUGAAGGCACCGGUACUCCUCUGCAAGAGCGGGCACAGCGUGUGCGAGCAGUGCACCCGCAUUCUGCUCAUGUGUCCGCUGUGUAAGGUAUGUC-- ..(((((((((.......))).)).)))).(((.((((..((((((((((((....))(((((((((....)))..)))))).)))))))))).)))))))......-- ( -47.20) >DroPse_CAF1 645 106 + 1 CUGUGCCGGCGCCAUGAAGGCUCCCAUUUUGCUGUGCAAGAGCGGGCACAGUGUCUGCGAGCAGUGCACCCGCAUUCUGCUCAUGUGCCCACUGUGCAAGGUAA--A-U .......((.(((.....))).))...((((((.((((..((.(((((((((....))(((((((((....)))..)))))).))))))).)).)))).)))))--)-. ( -44.90) >DroGri_CAF1 735 109 + 1 CUGUGCUGGGCCCAUGAAGGCACCAGUGCUGCUCUGCAAGAGCGGACACAGUAUUUGUGAGCAGUGCACCCGCAUUCUGCUCAUGUGUCCGCUGUGUAAGGUAUGUCAU ..(..(((((((......))).))))..)(((..((((..((((((((((.......((((((((((....)))..))))))))))))))))).))))..)))...... ( -52.11) >DroMoj_CAF1 1 95 + 1 -------------AUGAAGGCGCCCGUGAUGCUCUGCAAGAGCGGGCACAGCGUGUGUGAGCAGUGCACCCGCAUUCGUCUGAUGUGUCCGCUGUGCAAGGUAUGUA-U -------------...............((((..((((..(((((((((((((.((((.......)))).)))..((....)))))))))))).))))..))))...-. ( -35.90) >DroAna_CAF1 624 108 + 1 AUGUGCCGGAGCGAUGAAGGCGCCCGUGCUGCUCUGCAAGAGCGGGCACAGUGUCUGCGAGCAGUGCACCCGGAUCCUUCUCAUGUGUCCACUGUGCAAGGUAAAAA-U ....(((((.(((.......)))))).))(((..((((..((.((((((((((((((....))).))))..(((....)))..))))))).)).))))..)))....-. ( -39.10) >consensus CUGUGCCGGCGCCAUGAAGGCGCCCGUGCUGCUCUGCAAGAGCGGGCACAGUGUCUGCGAGCAGUGCACCCGCAUUCUGCUCAUGUGUCCGCUGUGCAAGGUAAGUA_U ..(((((...........)))))......(((..((((..((((((((((((....))(((((((((....)))..)))))).)))))))))).))))..)))...... (-28.41 = -30.08 + 1.67)
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