Locus 92

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 366,785 – 366,905
Length 120
Max. P 0.551315
window122

overview

Window 2

Location 366,785 – 366,905
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.33
Mean single sequence MFE -42.19
Consensus MFE -26.96
Energy contribution -27.10
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.36
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.551315
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 366785 120 - 22224390
CUAAAAACUGCGUGUUCUCCACGAGCAUGAGUUUCACCUGUUCAAUCAGUGCCCGAUUGCAGGCCAUGAAGUCCGCGUAGUUUCGGAUGUGGUGAUAGUGCACACGCUGCUGCUGGAGAA
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>DroVir_CAF1 368 120 - 1
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>DroGri_CAF1 813 120 - 1
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>DroWil_CAF1 595 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 392 120 - 1
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>DroAna_CAF1 370 120 - 1
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>consensus
CCAGGAACUGUGCGUUCUCCUGCAGCAUCAGCUGCACCUGCCCAAUCAGCGCCAGAUUGCAGGCCAUAAAGUCCGCAUAGUUCCGGAUGUGAUGAUAAUGCACGCGCUGCUGCUGCAGCA
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alignment

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secondary structure

Postscript

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