Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,553,834 – 2,553,951 |
Length | 117 |
Max. P | 0.539211 |
Location | 2,553,834 – 2,553,951 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 74.20 |
Mean single sequence MFE | -42.55 |
Consensus MFE | -25.83 |
Energy contribution | -26.42 |
Covariance contribution | 0.59 |
Combinations/Pair | 1.31 |
Mean z-score | -1.27 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.539211 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2553834 117 - 22224390 UCUGUAGGUGAUGCAGCUGCAGGCGGAGUACAAGGCAAUUGUGGGCCUAAUAGCGCGCUCCCUGCAGCUGACUCCCAAGGAGGUUAGACUGAUGCACCUGCGCAGCCUGAGCAGCAC--- ...(((((((...((((((((((.((.(..(.((((........))))....)..).)).)))))))))).((((...))))............)))))))((.((....)).))..--- ( -46.20) >DroPse_CAF1 14859 116 - 1 ----CAGGUUCUCAAGAUGCAGGCGGAGUACAAAGCGGUUGUGGGCCUGAUAUCACGCUCUCUGCAGCUAACGCCGAACGAGGUGCGUAAAAUGCAUCUGCGCUGCAUGAGCAUGGGUAA ----......((((.(((((((((....(((((.....))))).))))).))))..((((..((((((...((.....))((((((((...))))))))..)))))).)))).))))... ( -39.90) >DroWil_CAF1 22946 115 - 1 --UCUAGGUGCUCCAACUGCAGUCGGAAUACAAGGCCAUUGUGGGCGUGAUAGCACGAUCAUUGCAGCUAACACCACGAGAGGUGCAACAGAUGCAUUUACGUUGCUUGAGCGGCAA--- --..(((((((((...(((((((((...((..(.(((......))).)..))...))))...)))))....((((......)))).....)).))))))).(((((....)))))..--- ( -32.60) >DroYak_CAF1 9521 117 - 1 UUUCUAGGUGAAGCAGCUGCAGGCGGAGUACAAGGCGAUUGUGGGCUUAAUAGCUCGCUCCCUGCAGCUGACCCCCAAGGAGGUGCGACUGAUGCACCUGCGCAGCCUGAGCAGCGC--- .((((.((.(...((((((((((..((((((((.....))))(((((....)))))))))))))))))))...))).))))((((((.....)))))).((((.((....)).))))--- ( -51.00) >DroAna_CAF1 9733 116 - 1 -CCACAGGUGCUUCAGUUACAAGCAGAGUACAAGGCAAUCGUGGGCGUGAUAGCCAGAUCCCUGCAGCUAACGCCCCGCGAGGUGCGGCUGAUGCAUCUGCGCUGCAUGAGCUCCAA--- -.....((.((((((((.....((((((((..(((((.(((((((.(((.(((((((....)))..)))).))))))))))..)))..))..))).)))))))))...)))).))..--- ( -45.70) >DroPer_CAF1 15671 116 - 1 ----CAGGUUCUCAAGAUGCAGGCGGAGUACAAAGCGGUUGUGGGCCUGAUAUCACGCUCUCUGCAGCUAACGCCGAACGAGGUGCGUAAAAUGCAUCUGCGCUGCAUGAGCAUGGGUAA ----......((((.(((((((((....(((((.....))))).))))).))))..((((..((((((...((.....))((((((((...))))))))..)))))).)))).))))... ( -39.90) >consensus __U_CAGGUGCUCCAGCUGCAGGCGGAGUACAAGGCGAUUGUGGGCCUGAUAGCACGCUCCCUGCAGCUAACGCCCAACGAGGUGCGACAGAUGCAUCUGCGCUGCAUGAGCAGCAA___ ...............(((((((((....(((((.....))))).))))).))))..((((...(((((...((.....))(((((((.....)))))))..)))))..))))........ (-25.83 = -26.42 + 0.59)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:57:05 2006