Locus 89

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 345,953 – 346,064
Length 111
Max. P 0.994018
window119

overview

Window 9

Location 345,953 – 346,064
Length 111
Sequences 6
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.78
Mean single sequence MFE -45.22
Consensus MFE -25.82
Energy contribution -26.02
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.66
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 2.44
SVM RNA-class probability 0.994018
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 345953 111 + 22224390
UUUCA--UU--GCAGAUCUACACCUCCCCCCAGUUGGCUGCCGUGAGUGCCUUGGUGGUUCCCGCGAUGGCGGGCAUGGCCAUCGUGUACGGACGCUACGUAAGGCGGAUCACCA
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>DroVir_CAF1 8313 108 + 1
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>DroPse_CAF1 529 111 + 1
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>DroWil_CAF1 82963 113 + 1
UUUCAUUUU--GCAGAUUUACACAUCACCGCAGCUGGCCCUGGUCAGUGCAUUGGUGGUGCCAGCAAUGGCUGGCAUGGCCAUUGUCUAUGGUAGAUAUGUGAGAUCCAUAACGC
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>DroAna_CAF1 579 108 + 1
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.....-------..(((((.....((((....(((((((.((((((..(((.((((.(((((.((....)).))))).)))).))))))))).))))).)))))).))))).... ( -39.50)
>DroPer_CAF1 529 111 + 1
UCUGA--UU--GCAGAUUUACACGUCGCCACAGCUAGCCAUGGUCAGUGCGCUGGUUGUGCCGGCCAUGGCUGGCAUGGCCAUUGUUUAUGGACGCUAUGUUCGACGCAUUACUA
((((.--..--.))))......((((((((..(((((((((((((.(.((((.....)))))))))))))))))).))))..........((((.....))))))))........ ( -46.60)
>consensus
UCUCA__UU__GCAGAUCUACACAUCGCCCCAGCUGGCCAUGGUCAGUGCGCUGGUGGUGCCCGCCAUGGCUGGCAUGGCCAUCGUUUAUGGACGCUAUGUGCGACGCAUUACCA
.....................((((.((....(((.((....)).)))(((.(((..((((((((....))))))))..))).)))........)).)))).............. (-25.82 = -26.02 +   0.20) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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