Locus 8647

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 21,812,089 – 21,812,184
Length 95
Max. P 0.842162
window14209 window14210

overview

Window 9

Location 21,812,089 – 21,812,184
Length 95
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.57
Mean single sequence MFE -25.09
Consensus MFE -19.41
Energy contribution -19.60
Covariance contribution 0.19
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.73
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.75
SVM RNA-class probability 0.842162
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21812089 95 + 22224390
GGCAUGCACAAAUUAACCGCUUGUUUGCGGUUAAUUGAGAUGAUAUUAAUUAUAAUUAUGCCCGCGCACUCACAAACGACUCACAC--------ACAGAGGCA--
((((((....((((((((((......))))))))))...(((((....)))))...))))))...((.(((...............--------...))))).-- ( -24.57)
>DroPse_CAF1 36094 98 + 1
GGCAUGCACAAAUUAACCGCUUGUUUGCGGUUAAUUGAGAUGAUAUUAAUUAUAAUUAUGUGCGC--ACACACAGAG-ACACACACACAA----AACAAAUCACA
.((..(((((((((((((((......))))))))))...(((((....))))).....)))))))--..........-............----........... ( -21.60)
>DroSec_CAF1 28040 95 + 1
GGCAUGCACAAAUUAACCGCUUGUUUGCGGUUAAUUGAGAUUAUAUUAAUUAUAAUUAUGCCCGCGCACUCACAAACGACUCGCAC--------ACACAGGCA--
(((((.....((((((((((......))))))))))..(((((((.....)))))))))))).(((...((......))..)))..--------.........-- ( -26.30)
>DroEre_CAF1 27866 95 + 1
GGCAUGCACAAAUUAACCGCUUGUUUGCGGUUAAUUGAGAUGAUAUUAAUUAUAAUUAUGCCCGCGCACUCACAAACGGCGCACAC--------AAACAGGCG--
((((((....((((((((((......))))))))))...(((((....)))))...)))))).((((.(........)))))....--------.........-- ( -27.30)
>DroYak_CAF1 26137 103 + 1
GGCAUGCACAAAUUAACCGCUUGUUUGCGGUUAAUUGAGAUGAUAUUAAUUAUAAUUAUGCCCGCGCACUCACAAACGACGCACACACAGGCACAAACUGGCA--
((((((....((((((((((......))))))))))...(((((....)))))...)))))).((((..((......)).)).....(((.......))))).-- ( -26.70)
>DroAna_CAF1 28979 97 + 1
GGCAUGCACAAAUUAACCGCUUGUUAGCGGUUAAUUGAGAUGAUAUUAAUUAUAAUUAUGCCAGCGCGCGCACAAACAAUCAAAUCAU------ACAAACACA--
((((((....(((((((((((....)))))))))))...(((((....)))))...)))))).((....)).................------.........-- ( -24.10)
>consensus
GGCAUGCACAAAUUAACCGCUUGUUUGCGGUUAAUUGAGAUGAUAUUAAUUAUAAUUAUGCCCGCGCACUCACAAACGACGCACAC________AAACAGGCA__
((((((....((((((((((......))))))))))...(((((....)))))...))))))........................................... (-19.41 = -19.60 +   0.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 21,812,089 – 21,812,184
Length 95
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.57
Mean single sequence MFE -29.15
Consensus MFE -19.05
Energy contribution -19.38
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.57
Structure conservation index 0.65
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.512520
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21812089 95 - 22224390
--UGCCUCUGU--------GUGUGAGUCGUUUGUGAGUGCGCGGGCAUAAUUAUAAUUAAUAUCAUCUCAAUUAACCGCAAACAAGCGGUUAAUUUGUGCAUGCC
--.......((--------(((((((..(((((((....)))))))...((((....)))).....)))((((((((((......))))))))))...)))))). ( -25.30)
>DroPse_CAF1 36094 98 - 1
UGUGAUUUGUU----UUGUGUGUGUGU-CUCUGUGUGU--GCGCACAUAAUUAUAAUUAAUAUCAUCUCAAUUAACCGCAAACAAGCGGUUAAUUUGUGCAUGCC
..(((((....----(((((((((..(-........).--.)))))))))....)))))....((((.(((((((((((......)))))))).))).).))).. ( -27.40)
>DroSec_CAF1 28040 95 - 1
--UGCCUGUGU--------GUGCGAGUCGUUUGUGAGUGCGCGGGCAUAAUUAUAAUUAAUAUAAUCUCAAUUAACCGCAAACAAGCGGUUAAUUUGUGCAUGCC
--.....((((--------(..((((..(((((((....)))))))...((((((.....)))))))))((((((((((......)))))))))).)..))))). ( -30.30)
>DroEre_CAF1 27866 95 - 1
--CGCCUGUUU--------GUGUGCGCCGUUUGUGAGUGCGCGGGCAUAAUUAUAAUUAAUAUCAUCUCAAUUAACCGCAAACAAGCGGUUAAUUUGUGCAUGCC
--.........--------((((((((.(((((((....))))))).......................((((((((((......)))))))))).)))))))). ( -28.90)
>DroYak_CAF1 26137 103 - 1
--UGCCAGUUUGUGCCUGUGUGUGCGUCGUUUGUGAGUGCGCGGGCAUAAUUAUAAUUAAUAUCAUCUCAAUUAACCGCAAACAAGCGGUUAAUUUGUGCAUGCC
--(((((..(((((((((((..((((.....)))..)..)))))))))))...................((((((((((......)))))))))))).))).... ( -34.40)
>DroAna_CAF1 28979 97 - 1
--UGUGUUUGU------AUGAUUUGAUUGUUUGUGCGCGCGCUGGCAUAAUUAUAAUUAAUAUCAUCUCAAUUAACCGCUAACAAGCGGUUAAUUUGUGCAUGCC
--...((.(((------(((((((((((((((((((........))))))..)))))))).))).....(((((((((((....))))))))))).))))).)). ( -28.60)
>consensus
__UGCCUGUGU________GUGUGAGUCGUUUGUGAGUGCGCGGGCAUAAUUAUAAUUAAUAUCAUCUCAAUUAACCGCAAACAAGCGGUUAAUUUGUGCAUGCC
........................................(((.(((((((((....))))........((((((((((......))))))))))))))).))). (-19.05 = -19.38 +   0.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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