Locus 8641

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 21,746,846 – 21,746,966
Length 120
Max. P 0.859758
window14201

overview

Window 1

Location 21,746,846 – 21,746,966
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.06
Mean single sequence MFE -55.60
Consensus MFE -25.24
Energy contribution -24.43
Covariance contribution -0.80
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.45
SVM decision value 0.82
SVM RNA-class probability 0.859758
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21746846 120 + 22224390
AGUCUUUGGCGGGUUCGCUCGAGCUCCGCCCGACGGCGCUGCAGCUUUGAUCCCAGAGCAUUGAGCUCCACCUUGGCUGCUUCCAGUUGGGCUCUACUCGAUUGGAGGCGAACUUGGUUA
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>DroPse_CAF1 53962 120 + 1
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>DroGri_CAF1 43784 120 + 1
AGCCGUUGCUUGGUGCGCUCCAGUUCGGCCCGUUUGCGCUGCAGCUUCGAGUUGAGGGCAUUCAGCUCGACGCGCCCAUUCUCCAGCUGGGCGUGGCUGGACUGCAGUUUCAGCUGGCUG
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>DroEre_CAF1 37642 120 + 1
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>DroYak_CAF1 38846 120 + 1
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......((((..((((((((((((...)))))).(((((((.((..((((((.(((....))).)))))).)))))))))((((((((((((...))))))))))))))))))...)))) ( -56.70)
>DroPer_CAF1 55588 120 + 1
AGCCGCUGCUUGGUCCGCUCUAGCUCGGCCCGCUUUCGCUGCAGCUUCGAGUUUAGAGCGUUCAGCUCGACGCGGGCCGCCUCUAGCUGGGCCCGGCUCGACUGCAACUUGAGCUGGCUG
((((.......((((((((..((..((((((((((..((((..((((........))))...))))..)).)))))))).))..))).))))).(((((((.......))))))))))). ( -53.60)
>consensus
AGCCGUUGCCGGGUUCGCUCCAGCUCCGCCCGCCGCCGCUGCAGCUUCGAGCCCAGAGCAUUCAGCUCCACCCGGGCCGCCUCCAGCUGGGCUCGGCUCGACUGCAGGCGAACCUGGCUG
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:09:10 2006