Locus 8545

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 21,163,944 – 21,164,075
Length 131
Max. P 0.856497
window14062 window14063 window14064

overview

Window 2

Location 21,163,944 – 21,164,056
Length 112
Sequences 6
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.89
Mean single sequence MFE -48.33
Consensus MFE -34.88
Energy contribution -35.83
Covariance contribution 0.95
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.81
SVM RNA-class probability 0.856497
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21163944 112 - 22224390
GCUGAUGGCGAACUCGCAAUGGCCACCGCCGUCGCGGCUGCCUGUGCCGCCUGCGCAGCAGCUGCUCUUAGUUGCUGCUGGGCCAGGGCCACGCAUUCGUUCUCAUACAACU
..(((..(((((..((...(((((...(((((.(((((.......)))))..))((((((((((....))))))))))..)))...)))))))..)))))..)))....... ( -49.70)
>DroPse_CAF1 1677 109 - 1
AGCAGAGGCAGGGGC---ACAGCCACGGCGGUUGCUGCUGCCUGGGCUGCCUGGGCAGCGGUCGCCCUCAGCUGCUGUUGGACCAAGGCCACGCAAUCGUUCUCAUACAGCU
(((.(((((...(((---...)))...))(((.(((((((((..((...))..))))))))).)))))).)))(((((.((((....((...))....))))....))))). ( -49.60)
>DroSim_CAF1 1450 112 - 1
GCUGAAGGCGAGCUCGCAAUGGCCACCGCCGUCGCGGCUGCCUGUGCCGCCUGCGCAGCUGCUGCCCUUAGUUGCUGCUGGGCCAGGGCCACGCACUCGUUCUCAUACAACU
..(((..(((((..((...(((((...(((((.(((((.......)))))..))(((((.((((....)))).)))))..)))...)))))))..)))))..)))....... ( -48.70)
>DroEre_CAF1 1411 112 - 1
GCGGAAGGCGAACUAGCAAUGGCCACCGCCGUCGCGGCUGCCUGUGCCGCCUGCGCAGCAGCUGCUCUUAGUUGCUGCUGAGCCAAGGCCACGCACUCGUUCUCAUACAACU
...((..((((.........(((..((((....))))..))).((((.((((((.(((((((.((.....)).))))))).))..))))...))))))))..))........ ( -46.40)
>DroYak_CAF1 1428 112 - 1
GCGGAGGGCGAACUCGCAAUGGCCACCGCCGUCGCGGCGGCUUGGGCCGCCUGCGCAGCAGCUGCUCUUAGUUGCUGCUGAGCCAAGGCCACGCACUCGUUCUCAUACAACU
...((((((((....((.(((((....))))).))((((((....))))))(((((((((((((....))))))))))((.((....)))).))).))))))))........ ( -54.30)
>DroAna_CAF1 2597 108 - 1
----CCGGUGAACUAGCUAUAGCCACCGCUGUGGCUGCCACUUGUGCCGCCUGGGCAGCAGCUGCUCUUAGCUGUUGCUGGGCAAGUGCCACACAUUCAUUUUCAUACAACU
----...(((((.((((((((((....)))))))))).....((((.(((((.(((((((((((....))))))))))).))...))).))))........)))))...... ( -41.30)
>consensus
GCGGAAGGCGAACUCGCAAUGGCCACCGCCGUCGCGGCUGCCUGUGCCGCCUGCGCAGCAGCUGCUCUUAGUUGCUGCUGGGCCAAGGCCACGCACUCGUUCUCAUACAACU
...((..((((..((((.(((((....))))).))))..((.((.((((((((.((((((((((....)))))))))))))))...))))).))..))))..))........ (-34.88 = -35.83 +   0.95)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 3

Location 21,163,976 – 21,164,075
Length 99
Sequences 6
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.27
Mean single sequence MFE -42.82
Consensus MFE -29.31
Energy contribution -28.45
Covariance contribution -0.86
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.653254
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21163976 99 + 22224390
CAGCAGCAACUAAGAGCAGCUGCUGCGCAGGCGGCACAGGCAGCCGCGACGGCGGUGGCCAUUGCGAGUUCGCCAUCAGCUAAGGCUAUGGCCGAACCA
(((((((..(.....)..)))))))((((((((((.......)))))...(((....))).))))).(((((((((.(((....))))))).))))).. ( -45.10)
>DroPse_CAF1 1709 93 + 1
CAACAGCAGCUGAGGGCGACCGCUGCCCAGGCAGCCCAGGCAGCAGCAACCGCCGUGGCUGU---GCCCCUGCCUCUGCUUAUGCCUGUGGCUU---CC
.....(((((...((....)))))))...((.((((((((((..((((...((.(.(((...---))).).))...))))..)))))).)))).---)) ( -40.00)
>DroSec_CAF1 2161 99 + 1
CAGCAGCAACUAAGGGCAGCAGCUGCGCAGGCGGCACAGGCAGCCGCGACGGCGGUGGCCAUUGCGAGUUCGCCUUCAGCUAAGACUAUGGCCGAACCA
.....((((.....(((.((.(((((((.(((.((....)).)))))).)))).)).))).))))(.(((((((...((......))..)).)))))). ( -36.60)
>DroSim_CAF1 1482 99 + 1
CAGCAGCAACUAAGGGCAGCAGCUGCGCAGGCGGCACAGGCAGCCGCGACGGCGGUGGCCAUUGCGAGCUCGCCUUCAGCUAAGGCUAUGGCCGAACCA
..(((((..((......))..)))))...((((((..((((((((((((.(((....))).))))).))).))))..(((....)))...))))..)). ( -41.70)
>DroEre_CAF1 1443 96 + 1
CAGCAGCAACUAAGAGCAGCUGCUGCGCAGGCGGCACAGGCAGCCGCGACGGCGGUGGCCAUUGCUAGUUCGCCUUCCGCCAAGACGGCGGCCGAA---
..((((((.((......)).))))))((..((((((..(((.(((((....))))).)))..)))).))..))...(((((.....))))).....--- ( -43.20)
>DroYak_CAF1 1460 99 + 1
CAGCAGCAACUAAGAGCAGCUGCUGCGCAGGCGGCCCAAGCCGCCGCGACGGCGGUGGCCAUUGCGAGUUCGCCCUCCGCUAAGGCGACGGCCGAACCA
(((((((..(.....)..)))))))(((.((((((....))))))))).((((.((.(((...(((((......)).)))...))).)).))))..... ( -50.30)
>consensus
CAGCAGCAACUAAGAGCAGCUGCUGCGCAGGCGGCACAGGCAGCCGCGACGGCGGUGGCCAUUGCGAGUUCGCCUUCAGCUAAGGCUAUGGCCGAACCA
.............((((....(((((....)))))...(((.(((((....))))).))).......))))(((...((......))..)))....... (-29.31 = -28.45 +  -0.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 4

Location 21,163,976 – 21,164,075
Length 99
Sequences 6
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.27
Mean single sequence MFE -46.93
Consensus MFE -34.61
Energy contribution -36.28
Covariance contribution 1.67
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.75
SVM RNA-class probability 0.841209
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21163976 99 - 22224390
UGGUUCGGCCAUAGCCUUAGCUGAUGGCGAACUCGCAAUGGCCACCGCCGUCGCGGCUGCCUGUGCCGCCUGCGCAGCAGCUGCUCUUAGUUGCUGCUG
.((((((.(((((((....))).)))))))))).((((((((....))))).(((((.......))))).)))((((((((((....)))))))))).. ( -47.40)
>DroPse_CAF1 1709 93 - 1
GG---AAGCCACAGGCAUAAGCAGAGGCAGGGGC---ACAGCCACGGCGGUUGCUGCUGCCUGGGCUGCCUGGGCAGCGGUCGCCCUCAGCUGCUGUUG
..---..(((.((((((...((..((((((.(((---(..((....))...)))).))))))..)))))))))))((((((.((.....)).)))))). ( -48.10)
>DroSec_CAF1 2161 99 - 1
UGGUUCGGCCAUAGUCUUAGCUGAAGGCGAACUCGCAAUGGCCACCGCCGUCGCGGCUGCCUGUGCCGCCUGCGCAGCUGCUGCCCUUAGUUGCUGCUG
.((((((.(..((((....))))..).)))))).((((((((....))))).(((((.......))))).)))(((((.((((....)))).))))).. ( -39.50)
>DroSim_CAF1 1482 99 - 1
UGGUUCGGCCAUAGCCUUAGCUGAAGGCGAGCUCGCAAUGGCCACCGCCGUCGCGGCUGCCUGUGCCGCCUGCGCAGCUGCUGCCCUUAGUUGCUGCUG
.((..(((((.((((....)))).((((.(((.(((.(((((....))))).))))))))))).))))))...(((((.((((....)))).))))).. ( -43.60)
>DroEre_CAF1 1443 96 - 1
---UUCGGCCGCCGUCUUGGCGGAAGGCGAACUAGCAAUGGCCACCGCCGUCGCGGCUGCCUGUGCCGCCUGCGCAGCAGCUGCUCUUAGUUGCUGCUG
---...(((.(((((..((((((..(((.(........).))).))))))..))))).)))...((.....))((((((((((....)))))))))).. ( -47.30)
>DroYak_CAF1 1460 99 - 1
UGGUUCGGCCGUCGCCUUAGCGGAGGGCGAACUCGCAAUGGCCACCGCCGUCGCGGCGGCUUGGGCCGCCUGCGCAGCAGCUGCUCUUAGUUGCUGCUG
.((((((.((..(((....)))..)).)))))).((.(((((....))))).))((((((....))))))...((((((((((....)))))))))).. ( -55.70)
>consensus
UGGUUCGGCCAUAGCCUUAGCUGAAGGCGAACUCGCAAUGGCCACCGCCGUCGCGGCUGCCUGUGCCGCCUGCGCAGCAGCUGCCCUUAGUUGCUGCUG
.(((((.(((.((((....))))..)))))))).((((((((....))))).(((((.......))))).)))((((((((((....)))))))))).. (-34.61 = -36.28 +   1.67)

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