Locus 8535

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 21,145,534 – 21,145,632
Length 98
Max. P 0.654862
window14048

overview

Window 8

Location 21,145,534 – 21,145,632
Length 98
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.03
Mean single sequence MFE -41.85
Consensus MFE -35.02
Energy contribution -35.47
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.654862
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21145534 98 + 22224390
GCUCC----CCACUUACCGGUCAUGUGGGUGGGGCUGUGGUUAUGCGAUGGCAGCCGGCCCAGCGUGUGGGUGCCCAUGGCGCGCAUGUUCUGCUGGAUGUG
(((..----((((((((.......))))))))((((((.(((....))).)))))))))((((((..((.(((((...))))).))..)...)))))..... ( -43.80)
>DroVir_CAF1 84793 98 + 1
UAGUC----GGACUUACCAGUCAUGUGGGUGGGGCUGUGGUUGUGCGACGGCAGUCUGCCCAGCGUAUGGGUGCCCAUUGCCCGCAUGUUCUGCUGGAUGUG
.....----.......((((((((((((((.(((((((.(((....))).)))....(((((.....)))))))))...)))))))))....)))))..... ( -42.30)
>DroGri_CAF1 92413 93 + 1
---------GCACUUACCAGUCAUGUGGGUGGGGCUGUGAUUGUGCGACGGCAGUCUGCCUAGCGUAUGGGUUCCCAUAGCCCGCAUGUUCUGCUGGAUGUG
---------.(((...((((((((((((((.((((...((((((......)))))).))))....(((((....))))))))))))))....)))))..))) ( -40.60)
>DroWil_CAF1 10676 97 + 1
-AUUC----CAACUUACCGGACAUGUGGGUGGGGCUGUGAUUAUGCGAUGGCAGUCGACCCAGAGUAUGGGUGCCCAUGGCUCGCAUAUUCUGCUGGAUGUG
-....----.......((((.((..(((((.((.((((.(((....))).)))))).)))))(((((((.(.(((...))).).)))))))))))))..... ( -35.80)
>DroMoj_CAF1 35429 98 + 1
CACUU----GCACUUACCAGUCAUGUGGGUGGGGCUGUGGUUGUGCGAGGGCAGUCUGCCCAGCGUAUGGGUGCCCAUUGCCCGCAUGUUCUGCUGGAUGUG
.....----.(((...((((((((((((((.((((...(.(..((((.((((.....))))..))))..).)))))...)))))))))....)))))..))) ( -44.00)
>DroAna_CAF1 10907 102 + 1
UGUCCAGGUCCACUUACCGGUCAUGUGGGUGGGGCUGUGGUUGUGCGAGGGCAGCCUGCCCAGCGUGUGGGUGCCCAUGGCGCGCAUGUUCUGCUGGAUGUG
.((((((..((((((((.......))))))))(((...((((((......)))))).)))(((.(..((.(((((...))))).))..).)))))))))... ( -44.60)
>consensus
_AUUC____CCACUUACCAGUCAUGUGGGUGGGGCUGUGGUUGUGCGACGGCAGUCUGCCCAGCGUAUGGGUGCCCAUGGCCCGCAUGUUCUGCUGGAUGUG
..........(((...((((((((((((((.((((...((((((......)))))).(((((.....)))))))))...)))))))))....)))))..))) (-35.02 = -35.47 +   0.45)

alignment

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secondary structure

Postscript

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