Locus 8533

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 21,136,126 – 21,136,322
Length 196
Max. P 0.967637
window14043 window14044 window14045 window14046

overview

Window 3

Location 21,136,126 – 21,136,242
Length 116
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.46
Mean single sequence MFE -53.57
Consensus MFE -29.05
Energy contribution -28.30
Covariance contribution -0.75
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.28
SVM RNA-class probability 0.667131
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21136126 116 + 22224390
CUCCGGCUGAG-GGACGUAUGCAAGGCGCACAACAUGUGGCUGCACGCCAGUGGCCACGGACUGGCCGCCUUGGUGUGCGCCCAAAAUCAGGGCCAUGUGGAGGAGGUACUCCACUC
....(((((((-((.(((((((((((((..((...((((((..(......)..))))))...))..)))))).))))))))))....))..))))..((((((......)))))).. ( -54.70)
>DroVir_CAF1 73939 116 + 1
CAGAGGCUGCG-CGAUGUCUGUAAGGCGCACAACAUGUGGCUGCAUGCCAGUGGCCAUGGCCUGGCCGCACUCGUUUGCGCCCAGAGUCCGGGCAAUGUGCACGAUGUGCUGCACUC
..(((((.(((-((((.((((...((((((.(((...((((.....))))(((((((.....)))))))....))))))))))))))))((.((.....)).))..)))).)).))) ( -50.20)
>DroGri_CAF1 83709 116 + 1
CAGCUUUUGCG-GGAUGUCUGCAAGGCGCAAAAUAUGUGGCUACAUGCCAGCGGCCAUGGAUUGGCCGCACUCGUUUGUGCCCAGCGGCCGGGCAAUGUUCAUGAUGUCCUGCAUUC
.......((((-((((((((((..((((((((.....((((.....))))(((((((.....))))))).....))))))))..)))...((((...))))..)))))))))))... ( -52.70)
>DroMoj_CAF1 17884 116 + 1
CAGCGCCUGCG-CGACGUCUGCAAGGCCCACAACAUGUGGCUGCACGCCAGCGGCCACGGCCUGGCCGCACUCGUCUGCGCCCAGAGUCCGGGCAGCGUGCACGACGUGCUCCACUC
..(((....))-).(((((((((..((((.......((((((((......))))))))(((((((.((((......)))).)))).))).))))....)))).)))))......... ( -56.20)
>DroAna_CAF1 742 116 + 1
AUCCGGCUGCG-GGAUGUGUGCAAGGCGAGCAACAUGUGGCUCCAUGCCAGUGGCCACGGCCUGGCCGCCCUGGUCUGUGCCCAGUAUCCGGGCCAUGUGGAGGAUGUCCUGCACUC
....((((.((-((.((.(..((.(((.((.......((((.....))))(((((((.....))))))).)).)))))..).))...))))))))..(((.(((....))).))).. ( -48.50)
>DroPer_CAF1 65687 117 + 1
CAGCGACUACGUGGACGUGUGCAAGCCGCACAACAUGUGGCUUCAUGCCAGUGGCCAUGGCCUGGCCGCUCUCGUGUGUGCCCAGAGCCAGGGCCAUGUCGACGAUGUCCUGCACUC
(((.(((..(((.((((((((.((((((((.....)))))))))))))..((((((.((((((((.(((.(....).))).)))).)))).))))))))).)))..))))))..... ( -59.10)
>consensus
CAGCGGCUGCG_GGACGUCUGCAAGGCGCACAACAUGUGGCUGCAUGCCAGUGGCCACGGCCUGGCCGCACUCGUCUGCGCCCAGAGUCCGGGCAAUGUGCACGAUGUCCUGCACUC
..............((((..(((.(((..........((((.....))))(((((((.....)))))))....))))))((((.......)))).)))).................. (-29.05 = -28.30 +  -0.75)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 4

Location 21,136,165 – 21,136,282
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.11
Mean single sequence MFE -58.82
Consensus MFE -38.54
Energy contribution -38.97
Covariance contribution 0.42
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -3.12
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 1.61
SVM RNA-class probability 0.967637
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21136165 117 + 22224390
CUGCACGCCAGUGGCCACGGACUGGCCGCCUUGGUGUGCGCCCAAAAUCAGGGCCAUGUGGAGGAGG---UACUCCACUCGAUGGCCCUGAAUUUGGGCAGCUGGCUGGGUGUGCCCAGU
..(((((((((((((((.....)))))))..))))))))(((((((.((((((((((((((((....---..))))))...)))))))))).))))))).....((((((....)))))) ( -78.50)
>DroVir_CAF1 73978 117 + 1
CUGCAUGCCAGUGGCCAUGGCCUGGCCGCACUCGUUUGCGCCCAGAGUCCGGGCAAUGUGCACGAUG---UGCUGCACUCCAUGGCGCUAAAUCUGGGCAGCUGGCUGGGCGUGCCCAGU
..(((((((.(((((((.....)))))))....((..(((((((((....(.((...(((((.....---...)))))......)).)....))))))).))..))..)))))))..... ( -53.40)
>DroGri_CAF1 83748 117 + 1
CUACAUGCCAGCGGCCAUGGAUUGGCCGCACUCGUUUGUGCCCAGCGGCCGGGCAAUGUUCAUGAUG---UCCUGCAUUCUAUGGCCCUCAAUUUAGGCAGCUGGUUGGGCGUGCCCAGU
......(((((((((((((((..((((((....((....))...))))))(((((..........))---))).....)))))))))((......))...))))))((((....)))).. ( -47.50)
>DroWil_CAF1 376 120 + 1
CUACAUGCCAGCGGUCAUGGAUUGGCCGCUUUGGUCUGUCAAUCGAAUGCCGGCCAGGUGGUGGAUGAUUUCGUCCAUUCGAUGGCACUAAAUUUGGGCAGUUGGCUGGGUGUGCCCAGU
..(((.(((((((((((.....)))))))..)))).)))....(((.((((.((((...((((((((....))))))))...)))).(.......))))).)))((((((....)))))) ( -50.90)
>DroMoj_CAF1 17923 117 + 1
CUGCACGCCAGCGGCCACGGCCUGGCCGCACUCGUCUGCGCCCAGAGUCCGGGCAGCGUGCACGACG---UGCUCCACUCGAUGGCCCUCAACCUGGGCAGCUGGCUGGGCGUGCCCAGU
..(((((((.(((((((.....)))))))....(((.((((((((.((..((((..((.((((...)---)))......))...))))...)))))))).)).)))..)))))))..... ( -60.10)
>DroAna_CAF1 781 117 + 1
CUCCAUGCCAGUGGCCACGGCCUGGCCGCCCUGGUCUGUGCCCAGUAUCCGGGCCAUGUGGAGGAUG---UCCUGCACUCGAUGGCCCUGAAUUUGGGCAGCUGGCUGGGUGUGCCCAGU
......(((((((((((.(((......))).)))))..(((((((..((.((((((((((.(((...---.))).)))...))))))).))..)))))))))))))((((....)))).. ( -62.50)
>consensus
CUGCAUGCCAGCGGCCACGGACUGGCCGCACUCGUCUGCGCCCAGAAUCCGGGCAAUGUGCAGGAUG___UCCUCCACUCGAUGGCCCUAAAUUUGGGCAGCUGGCUGGGCGUGCCCAGU
......(((((((((((.....)))))............((((((.....((((...(((((...........)))))......)))).....)))))).))))))((((....)))).. (-38.54 = -38.97 +   0.42)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 5

Location 21,136,165 – 21,136,282
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.11
Mean single sequence MFE -52.39
Consensus MFE -31.25
Energy contribution -33.17
Covariance contribution 1.92
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.52
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 1.10
SVM RNA-class probability 0.914655
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21136165 117 - 22224390
ACUGGGCACACCCAGCCAGCUGCCCAAAUUCAGGGCCAUCGAGUGGAGUA---CCUCCUCCACAUGGCCCUGAUUUUGGGCGCACACCAAGGCGGCCAGUCCGUGGCCACUGGCGUGCAG
.(((((....)))))......(((((((.((((((((((...((((((..---....)))))))))))))))).)))))))((((.(((.(..(((((.....))))).)))).)))).. ( -68.60)
>DroVir_CAF1 73978 117 - 1
ACUGGGCACGCCCAGCCAGCUGCCCAGAUUUAGCGCCAUGGAGUGCAGCA---CAUCGUGCACAUUGCCCGGACUCUGGGCGCAAACGAGUGCGGCCAGGCCAUGGCCACUGGCAUGCAG
.(((((....)))))...((((((.((.....((((......)))).(((---(.((((......(((((((...)))))))...))))))))(((((.....))))).)))))).)).. ( -52.20)
>DroGri_CAF1 83748 117 - 1
ACUGGGCACGCCCAACCAGCUGCCUAAAUUGAGGGCCAUAGAAUGCAGGA---CAUCAUGAACAUUGCCCGGCCGCUGGGCACAAACGAGUGCGGCCAAUCCAUGGCCGCUGGCAUGUAG
..((((....)))).(((((.(((........((((......(((.....---...))).......))))((((((....(......)...)))))).......))).)))))....... ( -40.72)
>DroWil_CAF1 376 120 - 1
ACUGGGCACACCCAGCCAACUGCCCAAAUUUAGUGCCAUCGAAUGGACGAAAUCAUCCACCACCUGGCCGGCAUUCGAUUGACAGACCAAAGCGGCCAAUCCAUGACCGCUGGCAUGUAG
.(((((....)))))...((((((..((((.((((((......((((.(....).))))((....))..)))))).))))..........(((((.((.....)).))))))))).)).. ( -35.50)
>DroMoj_CAF1 17923 117 - 1
ACUGGGCACGCCCAGCCAGCUGCCCAGGUUGAGGGCCAUCGAGUGGAGCA---CGUCGUGCACGCUGCCCGGACUCUGGGCGCAGACGAGUGCGGCCAGGCCGUGGCCGCUGGCGUGCAG
.....(((((((.((((((((.....)))))..((((((.(..(((.(((---(.((((.(..((.((((((...)))))))).)))))))))..)))..).)))))))))))))))).. ( -61.00)
>DroAna_CAF1 781 117 - 1
ACUGGGCACACCCAGCCAGCUGCCCAAAUUCAGGGCCAUCGAGUGCAGGA---CAUCCUCCACAUGGCCCGGAUACUGGGCACAGACCAGGGCGGCCAGGCCGUGGCCACUGGCAUGGAG
.(((((....)))))(((((((((((...((.(((((((...(((.(((.---...))).)))))))))).))...))))))(((.(((.(((......))).)))...))))).))).. ( -56.30)
>consensus
ACUGGGCACACCCAGCCAGCUGCCCAAAUUCAGGGCCAUCGAGUGCAGGA___CAUCCUCCACAUGGCCCGGACUCUGGGCACAGACCAGUGCGGCCAGGCCAUGGCCACUGGCAUGCAG
..((((....))))(((((.((((((......((((...((.(((((...........))))).))))))......))))))...........(((((.....))))).)))))...... (-31.25 = -33.17 +   1.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 21,136,205 – 21,136,322
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.36
Mean single sequence MFE -51.87
Consensus MFE -30.61
Energy contribution -30.45
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.40
Structure conservation index 0.59
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21136205 117 - 22224390
CGCUGUUCUGCAGCGGACGGUGCAGCAGGACGAUGGGCAGACUGGGCACACCCAGCCAGCUGCCCAAAUUCAGGGCCAUCGAGUGGAGUACCUCCUCCACAUGGCCCUGAUUUUGGG
...((((((((.(((.....))).)))))))).(((((((.(((((....)))))....)))))))...((((((((((...((((((......))))))))))))))))....... ( -61.20)
>DroVir_CAF1 74018 117 - 1
CGCUAUUCUGUAGCGGGCGAUGGAGCAGCACAAUGGGUAAACUGGGCACGCCCAGCCAGCUGCCCAGAUUUAGCGCCAUGGAGUGCAGCACAUCGUGCACAUUGCCCGGACUCUGGG
.(((((...)))))((((((((.....((((.((((((((((((((((.((.......))))))))).))).)).))))...)))).((((...)))).)))))))).......... ( -49.30)
>DroPse_CAF1 65554 117 - 1
CACUGUUCAGGAGUGGACGAUGCAACAGGACAAUGGGCAGACUGGGAACUCCCAGCCAGCUGCCCAAAUUCAGGGCCAUCGAGUGCAGGACAUCGUCGACAUGGCCCUGGCUCUGGG
((.((((((....)))))).))...(((..(..(((((((.(((((....)))))....)))))))....(((((((((((((((.....)))..))))..)))))))))..))).. ( -50.10)
>DroGri_CAF1 83788 117 - 1
CGCUGUUCUGCAGCGGCCGAUGAAGUAACACAAUGGGCAGACUGGGCACGCCCAACCAGCUGCCUAAAUUGAGGGCCAUAGAAUGCAGGACAUCAUGAACAUUGCCCGGCCGCUGGG
..........((((((((............((((((((((.((((..........))))))))))..)))).((((......(((........))).......)))))))))))).. ( -43.92)
>DroMoj_CAF1 17963 117 - 1
CGCUGUUCUGGAGCGGCCGAUGGAGCAGCACAAUGGGCAGACUGGGCACGCCCAGCCAGCUGCCCAGGUUGAGGGCCAUCGAGUGGAGCACGUCGUGCACGCUGCCCGGACUCUGGG
......(((((.(((((((((((..((((....(((((((.(((((....)))))....))))))).))))....))))))......((((...))))..))))))))))....... ( -56.60)
>DroPer_CAF1 65767 117 - 1
CACUGUUCAGGAGUGGACGAUGCAACAGGACAAUGGGCAGACUGGGAACUCCCAGCCAGCUGCCCAAAUUCAGGGCCAUCGAGUGCAGGACAUCGUCGACAUGGCCCUGGCUCUGGG
((.((((((....)))))).))...(((..(..(((((((.(((((....)))))....)))))))....(((((((((((((((.....)))..))))..)))))))))..))).. ( -50.10)
>consensus
CGCUGUUCUGGAGCGGACGAUGCAGCAGCACAAUGGGCAGACUGGGCACGCCCAGCCAGCUGCCCAAAUUCAGGGCCAUCGAGUGCAGGACAUCGUCCACAUGGCCCGGACUCUGGG
((((.......))))..(((((..((..((...(((((((.(((((....)))))....)))))))...))...))))))).......................(((.......))) (-30.61 = -30.45 +  -0.16)

alignment

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