Locus 8463

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	21,030,176 – 21,030,335
Length	159
Max. P	0.989784

overview

Window 1

Location	21,030,176 – 21,030,296
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.33
Mean single sequence MFE	-38.06
Consensus MFE	-34.84
Energy contribution	-35.00
Covariance contribution	0.16
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.81
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.96
SVM RNA-class probability	0.983821
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21030176 120 + 22224390
GCUGGGGCGGAAAUGAAUGUUAUUUAUUUAUGUCGCUGCAACGUGGUUGUUGGCCCUGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGGCGGCGGGUGCACUUU
((((.(((((..(((((((.....))))))).))))).))((.(.(((((((((...(((((((..((((((.......))))))...))))))).....))))))))).)))))..... ( -37.70)
>DroSec_CAF1 1016 120 + 1
GCUGGGGCGGAAAUGAAUGUUAUUUAUUUAUGUCGCUGAAACGUGGUUGUUGGCCCUGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGGCGGCGGGUGCACUUU
((...(((((..(((((((.....))))))).)))))...((.(.(((((((((...(((((((..((((((.......))))))...))))))).....))))))))).)))))..... ( -34.80)
>DroSim_CAF1 1522 120 + 1
GCUGGGGCGGAAAUGAAUGUUAUUUAUUUAUGUCGCUGCAACGUGGUUGUUGGCCCUGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGGCGGCGGGUGCACUUU
((((.(((((..(((((((.....))))))).))))).))((.(.(((((((((...(((((((..((((((.......))))))...))))))).....))))))))).)))))..... ( -37.70)
>DroEre_CAF1 1133 119 + 1
GCUG-GGCGGAAAUGAAUGUUAUUUAUUUAUGUCGCUGCGGCGUGGUUGUUGGCCCCGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGCCGGCGGUUGCACUUU
((((-(((((..(((((((.....))))))).)))))((((((.(((.....))).)(((((((..((((((.......))))))...))))))).....)))))))))........... ( -38.20)
>DroYak_CAF1 1222 120 + 1
GCUGGGGCGGAAAUGAAUGUUAUUUAUUUAUGUCGCUGCGGCGUGGUUGUUGGCCCUGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGGCGGCGGGUGCACUUU
((((.(((((..(((((((.....))))))).))))).))))((((((((((((...(((((((..((((((.......))))))...))))))).....))))))))).....)))... ( -41.90)
>consensus
GCUGGGGCGGAAAUGAAUGUUAUUUAUUUAUGUCGCUGCAACGUGGUUGUUGGCCCUGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGGCGGCGGGUGCACUUU
((((.(((((..(((((((.....))))))).))))).)).....(((((((((...(((((((..((((((.......))))))...))))))).....)))))))))....))..... (-34.84 = -35.00 +   0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	21,030,216 – 21,030,335
Length	119
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.98
Mean single sequence MFE	-37.44
Consensus MFE	-36.24
Energy contribution	-36.00
Covariance contribution	-0.24
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.61
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	2.18
SVM RNA-class probability	0.989784
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 21030216 119 + 22224390
ACGUGGUUGUUGGCCCUGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGGCGGCGGGUGCACUUUUAUCCGGCAAAGUUUC-CCUGGUAAUAAAGUUUACCCCAG
.....(((((((((...(((((((..((((((.......))))))...))))))).....)))))))))(((((.(((((...((((.........-.))))....))))).)))))... ( -38.40)
>DroSec_CAF1 1056 119 + 1
ACGUGGUUGUUGGCCCUGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGGCGGCGGGUGCACUUUUACCCGGCAAAGUUUC-CCUGGUAAUAAAGUUUGCCCCAG
.....(((((((((...(((((((..((((((.......))))))...))))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((.........-)).))))..))))).)))))... ( -38.60)
>DroSim_CAF1 1562 119 + 1
ACGUGGUUGUUGGCCCUGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGGCGGCGGGUGCACUUUUACCCGGCAAAGUUUC-CCUGGUAAUAAAGUUUGCCCCAG
.....(((((((((...(((((((..((((((.......))))))...))))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((.........-)).))))..))))).)))))... ( -38.60)
>DroEre_CAF1 1172 119 + 1
GCGUGGUUGUUGGCCCCGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGCCGGCGGUUGCACUUUUACCCGGCAAAGUUUU-CCUGGUAAUAAAGUUUGCUCCAG
((.((((.(((((....(((((((..((((((.......))))))...)))))))..))))).))))))((..(((((((((((.((.((....))-)).))))..)))))..)).)).. ( -32.40)
>DroYak_CAF1 1262 120 + 1
GCGUGGUUGUUGGCCCUGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGGCGGCGGGUGCACUUUUGCCCGGCAAAGUUUUACCCGGUAAUAAAGUUUGCCCCAG
.....(((((((((...(((((((..((((((.......))))))...))))))).....)))))))))(((((.(.((((((...)))))).).)))))(((((......))))).... ( -39.20)
>consensus
ACGUGGUUGUUGGCCCUGUUAUUUGUUGUACUUAUUAGCAGUACAUAAGGAUAACUAUCAGCCGGCGGCGGGUGCACUUUUACCCGGCAAAGUUUC_CCUGGUAAUAAAGUUUGCCCCAG
.....(((((((((...(((((((..((((((.......))))))...))))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((..........)).))))..))))).)))))... (-36.24 = -36.00 +  -0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:04:37 2006