Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,357,270 – 2,357,409 |
Length | 139 |
Max. P | 0.850519 |
Location | 2,357,270 – 2,357,390 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.67 |
Mean single sequence MFE | -46.27 |
Consensus MFE | -30.35 |
Energy contribution | -29.67 |
Covariance contribution | -0.69 |
Combinations/Pair | 1.47 |
Mean z-score | -1.47 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | -0.03 |
SVM RNA-class probability | 0.518646 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2357270 120 - 22224390 CUGCAGCGGAAUGGAGUACCAAUGUCGCGACGGCACGCGCUGUAUCAGUGUGAGUCAGCAAUGCGACGGUCACUCCGAUUGCAGUGACGGCGACGACGAGGAGCAUUGCGACGGAAGUGA ..(..((((..(((....)))...))))..)(((.(((((((...))))))).))).(((((((..(.((((((........))))))(....).....)..))))))).((....)).. ( -43.40) >DroPse_CAF1 2059 120 - 1 CUGCAGUGGCAUGGAGUACCAGUGCCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAACAGUGCGACGGCCAGCCCGAUUGCAGCGACGGCGACGACGAAGAGCACUGCGACGGAAGUAA .(((.(((((((((....))).))))))....)))((((.(((.((..((((.(((..(..((((((((.....))).)))))..)..)))...))))..))))).))))((....)).. ( -47.90) >DroGri_CAF1 2766 120 - 1 CUGCAGCGACAUGGAAUAUCAAUGUCGCGACGGCAGUCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAGCAAUGUGAUGGCCAAGUCGAUUGCAACGAUGGCGACGAUGAGGACCACUGCGAUGGAAGUGA ((((.(((((((.(.....).)))))))....))))(((((.((((.((........))...((..(((((..((((.((((.......))))))))..)).)))..))))))..))))) ( -44.20) >DroWil_CAF1 3567 120 - 1 CUGCAGUGCCAUGGAAUAUCAAUGUCGCGAUGGCACUCGCUGCAUCAGCUCAAGCCAACAAUGCGAUGGCCAUCCUGAUUGCAGUGAUGGCGAUGAUGAGGAGCACUGCGAUGGAAGUGA .(((((((((......((((...((((((.((((....((((...))))....))))....)))))).(((((((((....))).)))))))))).....).)))))))).......... ( -44.30) >DroAna_CAF1 2017 120 - 1 AUGCAGUGCUAUGGAGUAUCAGUGCAGCGACGGUACGCGCUGUAUUAGUGUUAGCCAGACCUGUGACGGUCGCAUAGACUGCACCGGAGGCGACGACGAGGAGCACUGCGACGGAAGUGA .(((((((((.(((..(((.(((((((((.((...))))))))))).)))....)))..((((((.(((((.....))))))))((..(....)..))))))))))))))((....)).. ( -49.90) >DroPer_CAF1 2049 120 - 1 CUGCAGUGGCAUGGAGUACCAGUGCCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAACAGUGCGACGGCCAGCCCGAUUGCAGCGACGGCGACGACGAAGAGCACUGCGACGGAAGUAA .(((.(((((((((....))).))))))....)))((((.(((.((..((((.(((..(..((((((((.....))).)))))..)..)))...))))..))))).))))((....)).. ( -47.90) >consensus CUGCAGUGGCAUGGAGUACCAAUGCCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAACAAUGCGACGGCCACCCCGAUUGCAGCGACGGCGACGACGAGGAGCACUGCGACGGAAGUGA .(((.(((((((((....)).)))))))....)))((((.(((.((..((((.(((.....((((((((.....))).))))).....)))...))))..))))).))))((....)).. (-30.35 = -29.67 + -0.69)
Location | 2,357,310 – 2,357,409 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.14 |
Mean single sequence MFE | -44.56 |
Consensus MFE | -26.58 |
Energy contribution | -26.72 |
Covariance contribution | 0.14 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -1.49 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2357310 99 + 22224390 AAUCGGAGUGACCGUCGCAUUGCUGACUCACACUGAUACAGCGCGUGCCGUCGCGACAUUGGUACUCCAUUCCGCUGCAGGCGGCGGCUG---------UUAGUAGA-----U .(((((((((.(((((((...((((..((.....))..))))(((...))).)))))...))))))))...((((((....))))))...---------......))-----) ( -34.70) >DroVir_CAF1 2679 112 + 1 AAUCGGCGUGGCCAUCGCAUUGCUGGCUGACGCUGAUGCAGCGGGUGCCAUCGCGACAUUGAUACUCCAUGCCGCUGCAGGCGGCGGCUAUUGUGGGCGUUAGUA-ACGUUGG .(((((((((((((.(.....).))))).)))))))).(((((.((((....)).))(((((..(((((.(((((((....)))))))...)).)))..))))).-.))))). ( -46.50) >DroPse_CAF1 2099 106 + 1 AAUCGGGCUGGCCGUCGCACUGUUGGCUGACGCUGAUGCAGCGCGUGCCGUCGCGGCACUGGUACUCCAUGCCACUGCAGGCGGCGGCUAUGG------UUAGUUGUUGGU-U ((((((((((((((((((.((((.(((....)))...)))).))).((((((((.(((.(((((.....))))).)))..)))))))).))))------)))))..)))))-) ( -49.30) >DroGri_CAF1 2806 110 + 1 AAUCGACUUGGCCAUCACAUUGCUGGCUGACGCUGAUGCAGCGACUGCCGUCGCGACAUUGAUAUUCCAUGUCGCUGCAGCUUGCGGCUGU--UGCAAGUUAGUU-ACGGUAG .......(..((((.(.....).))))..)(((((...))))).(((((((.(((((((.(.....).)))))((.(((((.....)))))--.))......)).-))))))) ( -41.30) >DroMoj_CAF1 3119 111 + 1 AAUCGGCGUGGCCAUCGCAUUGCUGGCUGACGCUGAUGCAGCGGGUGCCAUCGCGACAUUGAUACUCCAUGCCGCUGCAGGCGGCGGCUG--GUUAGCGUUAGUAAACGGUGA .(((((((((((((.(.....).))))).)))))))).((.((..(((...(((............(((.(((((((....)))))))))--)...)))...)))..)).)). ( -46.26) >DroPer_CAF1 2089 106 + 1 AAUCGGGCUGGCCGUCGCACUGUUGGCUGACGCUGAUGCAGCGCGUGCCGUCGCGGCACUGGUACUCCAUGCCACUGCAGGCGGCGGCUAUGG------UUAGUUGUUGGU-U ((((((((((((((((((.((((.(((....)))...)))).))).((((((((.(((.(((((.....))))).)))..)))))))).))))------)))))..)))))-) ( -49.30) >consensus AAUCGGCGUGGCCAUCGCAUUGCUGGCUGACGCUGAUGCAGCGCGUGCCGUCGCGACAUUGAUACUCCAUGCCGCUGCAGGCGGCGGCUAU_G______UUAGUAGACGGU_U ........(((((.((((.((((((((...(((((...)))))...))))..(((.((.((......)))).))).)))))))).)))))....................... (-26.58 = -26.72 + 0.14)
Location | 2,357,310 – 2,357,409 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.14 |
Mean single sequence MFE | -38.02 |
Consensus MFE | -31.43 |
Energy contribution | -30.27 |
Covariance contribution | -1.16 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -1.48 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.79 |
SVM RNA-class probability | 0.850519 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2357310 99 - 22224390 A-----UCUACUAA---------CAGCCGCCGCCUGCAGCGGAAUGGAGUACCAAUGUCGCGACGGCACGCGCUGUAUCAGUGUGAGUCAGCAAUGCGACGGUCACUCCGAUU .-----........---------...((((.(....).))))..(((((((((...((((((..(((.(((((((...))))))).))).....))))))))).))))))... ( -35.90) >DroVir_CAF1 2679 112 - 1 CCAACGU-UACUAACGCCCACAAUAGCCGCCGCCUGCAGCGGCAUGGAGUAUCAAUGUCGCGAUGGCACCCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAGCAAUGCGAUGGCCACGCCGAUU ....(((-.....))).........((((.(((.(((.(((((((.(.....).)))))))..((((...(((((...)))))...)))))))..))).)))).......... ( -35.80) >DroPse_CAF1 2099 106 - 1 A-ACCAACAACUAA------CCAUAGCCGCCGCCUGCAGUGGCAUGGAGUACCAGUGCCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAACAGUGCGACGGCCAGCCCGAUU .-............------.....((((.((((((..(((((((((....))).))))))...(((..((((((...))))))..)))..))).))).)))).......... ( -41.20) >DroGri_CAF1 2806 110 - 1 CUACCGU-AACUAACUUGCA--ACAGCCGCAAGCUGCAGCGACAUGGAAUAUCAAUGUCGCGACGGCAGUCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAGCAAUGUGAUGGCCAAGUCGAUU .......-.....(((((..--...((((((...(((.(((((((.(.....).)))))))...(((.(.(((((...))))).).))).)))...)).)))))))))..... ( -36.10) >DroMoj_CAF1 3119 111 - 1 UCACCGUUUACUAACGCUAAC--CAGCCGCCGCCUGCAGCGGCAUGGAGUAUCAAUGUCGCGAUGGCACCCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAGCAAUGCGAUGGCCACGCCGAUU ....((((....))))....(--(((((((.(....).))))).)))...(((...((((((.((((...(((((...)))))...))))....))))))(((...)))))). ( -37.90) >DroPer_CAF1 2089 106 - 1 A-ACCAACAACUAA------CCAUAGCCGCCGCCUGCAGUGGCAUGGAGUACCAGUGCCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAACAGUGCGACGGCCAGCCCGAUU .-............------.....((((.((((((..(((((((((....))).))))))...(((..((((((...))))))..)))..))).))).)))).......... ( -41.20) >consensus A_ACCGUCAACUAA______C_ACAGCCGCCGCCUGCAGCGGCAUGGAGUACCAAUGUCGCGACGGCACGCGCUGCAUCAGCGUCAGCCAGCAAUGCGACGGCCACGCCGAUU .........................((((.(((.(((.(((((((((....)).)))))))...(((...(((((...)))))...))).)))..))).)))).......... (-31.43 = -30.27 + -1.16)
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