Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,863,055 – 20,863,161 |
Length | 106 |
Max. P | 0.765668 |
Location | 20,863,055 – 20,863,161 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.45 |
Mean single sequence MFE | -33.18 |
Consensus MFE | -22.98 |
Energy contribution | -23.28 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -1.40 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.51 |
SVM RNA-class probability | 0.765668 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 20863055 106 - 22224390 CUGCGUCGGCA-CCAUUCUGUCGAUGCAGAUCUCGUUUGUGGGAUUCCAACCCAUCCAGAGCUCCGAACACAUGCUGGUGAGUGUAA--C-UACUUUGUGUAAUGCU-GUG (((((((((((-......))))))))))).........(((((.......))))).((.(((.....(((((...((((.......)--)-))...)))))...)))-.)) ( -34.00) >DroVir_CAF1 12169 109 - 1 UUGCGUUGGCA-CCAUUCUCUCGAUGCAGAUAUCGUUUGUGGGCUUCCAGCCCAUCCAGAGCUCCGAGCACAUGCUGGUAUGUCACAAACAUUUUUUGUUUAUUAUU-AUU .((((((((..-........))))))))(((((.((((((((((.....))))))...)))).((.(((....))))).)))))..(((((.....)))))......-... ( -27.10) >DroPse_CAF1 1937 108 - 1 CUGCGUGGGCA-CCAUUCUGUCCAUGCAGAUAUCGUUUGUGGGCUUCCAGCCCAUCCAGAGCUCCGAGCAUAUGCUGGUAAGUGCCAACC-GACCACGAGAACUGUC-CUC (((((((((((-......))))))))))).........((((((.....)))))).(((..(((..(((....)))(((..((....)).-.)))..)))..)))..-... ( -39.80) >DroYak_CAF1 2152 106 - 1 CUGCGUGGGCA-CCAUACUGUCGAUGCAGAUCUCAUUUGUGGGCUUCCAACCCAUCCAGAGCUCCGAGCACAUGCUGGUAAGUGUAA--C-UAUUUUGUGUAAUGCU-AUG ((((((.((((-......)))).)))))).........(((((.......))))).((.(((.....(((((...((((.......)--)-))...)))))...)))-.)) ( -27.50) >DroAna_CAF1 2056 107 - 1 UUGUGUGGGAA-CUAUACUGUCCAUGCAGAUAUCGUUCGUGGGCUUCCAGCCCAUACAGAGCUCGGAACACAUGCUGGUAAGGAUUG--C-AUUCCACUCUAGUUCUAGUU ..(((((.(((-(.(((((((....)))).))).))))((((((.....)))))).............)))))(((((...(((...--.-..)))...)))))....... ( -31.10) >DroPer_CAF1 1935 109 - 1 CUGCGUGGGCAACCAUUCUGUCCAUGCAGAUAUCGUUUGUGGGCUUCCAGCCCAUCCAGAGCUCCGAGCAUAUGCUGGUAAGUGCCAACC-GACCACGAGAACUGUC-UUA (((((((((((.......))))))))))).........((((((.....)))))).(((..(((..(((....)))(((..((....)).-.)))..)))..)))..-... ( -39.60) >consensus CUGCGUGGGCA_CCAUUCUGUCCAUGCAGAUAUCGUUUGUGGGCUUCCAGCCCAUCCAGAGCUCCGAGCACAUGCUGGUAAGUGUCA__C_UACCUUGUGUAAUGCU_AUG (((((((((((.......))))))))))).((((....((((((.....))))))....(((...........)))))))............................... (-22.98 = -23.28 + 0.31)
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