Locus 84

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 333,243 – 333,363
Length 120
Max. P 0.922959
window113

overview

Window 3

Location 333,243 – 333,363
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.83
Mean single sequence MFE -38.62
Consensus MFE -33.18
Energy contribution -33.98
Covariance contribution 0.80
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.70
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 1.15
SVM RNA-class probability 0.922959
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 333243 120 + 22224390
GAGUAUCUGUGAUCUGGAUGUUACGGUCACUGUGAGCUCCGCUUGCUCGCGGUUCUAAUUCCGAUCGCAUCAGCAGUCGGCGUCCAUUAAUUGCAUGGUUUUCUUUGUGUCUUUACACAA
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>DroSec_CAF1 683 120 + 1
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(((.(((((..((.(((((((.(((((.(((((((((.......)))))))))....)))))(((.((....)).))).)))))))...))..)).))).))).((((((....)))))) ( -40.90)
>DroSim_CAF1 498 120 + 1
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(((.(((((..((.(((((((.(((((.(((((((((.......)))))))))....)))))(((.((....)).))).)))))))...))..)).))).))).((((((....)))))) ( -40.90)
>DroEre_CAF1 691 120 + 1
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((((((.(((((((.((((((((......)))))((..((((......))))..))...))))))))))...))))))((...((((.......))))...)).((((((....)))))) ( -35.60)
>DroYak_CAF1 1201 120 + 1
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((((((.(((((((.(((..((((....((..(((((.......)))))..))))))..))))))))))...))))))((...((((.......))))...)).((((((....)))))) ( -36.70)
>consensus
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(((.(((((..((.((((((....((..(((((((((.......))))))))).))....(((((.((....)).)))))))))))...))..)).))).))).((((((....)))))) (-33.18 = -33.98 +   0.80)

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