Locus 838

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 2,352,086 – 2,352,214
Length 128
Max. P 0.901857
window1352 window1353

overview

Window 2

Location 2,352,086 – 2,352,188
Length 102
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.98
Mean single sequence MFE -40.38
Consensus MFE -27.70
Energy contribution -28.65
Covariance contribution 0.95
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.71
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.64
SVM RNA-class probability 0.807953
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2352086 102 + 22224390
------------UUUUAUACUCUUCUUACCGCAGUGACGCUCGUCGCUGCCAUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCA
------------..................((((((((....))))))))((((((((.((((((.(((((....))))).))))))..((....))....))))))))..... ( -39.20)
>DroPse_CAF1 21990 102 + 1
------------UGUUGUUCAUGUCUUACCGCAGUGGCGCUCAUCACUGGCAUCGGUGCAGUCAGCGUGGCCAUUGCAUCGCUGAUUAUCGGCAAUGCACUCGCCAGUGUUGCA
------------....(((..(((......)))..)))((....(((((((...(((((((((((((..((....))..))))))).........)))))).)))))))..)). ( -35.00)
>DroSec_CAF1 21641 114 + 1
UGGCCUUAUGGCUUUGAUGGACUUCUUACCGCAGUGACGCUCGUCGCUGCCGUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCA
(((((.....((.(((((((........))((((((((....)))))))).))))).))((((((.(((((....))))).))))))...))))).(((((....))))).... ( -44.60)
>DroSim_CAF1 18038 114 + 1
UGGCUUUAUGGCUCUGAUGGACUUCUUACCGCAGUGACGCUCGUCGCUGCCGUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGACUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCA
.((((....))))(((((((........))((((((((....)))))))).))))).((((((((.(((((....))))).)))).(((((((.........))))))))))). ( -42.60)
>DroEre_CAF1 18233 112 + 1
--GGUGGCCCAGUUUGAUGGACUUCUUACCGCAGUGACGCUCGUCGCUGCCGUCGCCACAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACACACUCGCCGGUGUUGCA
--.(((((((((...(((((((........((((((((....))))))))(((((((......)))))))..))).)))).)))......))))))(((((....))))).... ( -45.90)
>DroPer_CAF1 16180 102 + 1
------------UGUUGUUCAUGUCUUACCGCAGUGGCGCUCAUCACUGGCAUCGGUGCAGUCAGCGUGGCCAUUGCAUCGCUGAUUAUCGGCAAUGCACUCGCCAGUGUUGCA
------------....(((..(((......)))..)))((....(((((((...(((((((((((((..((....))..))))))).........)))))).)))))))..)). ( -35.00)
>consensus
____________UUUGAUGCACUUCUUACCGCAGUGACGCUCGUCGCUGCCAUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCA
..............................((((((((....)))))))).......((((((((.(((((....))))).)))).(((((((.........))))))))))). (-27.70 = -28.65 +   0.95) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 2,352,108 – 2,352,214
Length 106
Sequences 6
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.18
Mean single sequence MFE -44.58
Consensus MFE -18.01
Energy contribution -18.23
Covariance contribution 0.23
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.62
Structure conservation index 0.40
SVM decision value 1.02
SVM RNA-class probability 0.901857
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2352108 106 + 22224390
UGACGCUCGUCGCUGCCAUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCAACUGAAGACGAUGGGCG-------AUGUGUU--UC
...((((((((((((((...)))((((((((.(((((....))))).)))).(((((((.........)))))))))))......)).)))))))))-------.......--.. ( -41.30)
>DroPse_CAF1 22012 111 + 1
UGGCGCUCAUCACUGGCAUCGGUGCAGUCAGCGUGGCCAUUGCAUCGCUGAUUAUCGGCAAUGCACUCGCCAGUGUUGCAGCUGA--UCGAUGCCAGGGUAUUGAUAAUUA--UC
........(((.(((((((((((.(((((((((((((...(((((.((((.....)))).)))))...)))).)))))..)))))--)))))))))))))...........--.. ( -48.00)
>DroSec_CAF1 21675 106 + 1
UGACGCUCGUCGCUGCCGUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCAACUGAAGACGAUGGACG-------AUGAGUU--UC
.((.((((((((...((((((..((((((((.(((((....))))).)))).(((((((.........)))))))))))..(....).)))))).))-------)))))).--)) ( -41.90)
>DroSim_CAF1 18072 106 + 1
UGACGCUCGUCGCUGCCGUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGACUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCAACUGAAGACGAUGGACG-------AUGAGUU--UC
.((.((((((((...((((((..((((((((.(((((....))))).)))).(((((((.........)))))))))))..(....).)))))).))-------)))))).--)) ( -41.70)
>DroMoj_CAF1 23888 106 + 1
UUGAGCUCAUCGCUGCCAUCGGAACAGUCCGCGAUGCCAUUGCAAUGCAGCUUGGCUGCAAUGCAAUCGCCCGUGUUGCAGCUGCCGAU--UGAGCG-------AUAAGUUUAUC
.((((((.((((((.(.(((((..((((..(((((((.((((((.((((((...)))))).)))))).))....))))).)))))))))--.)))))-------)).)))))).. ( -46.60)
>DroPer_CAF1 16202 111 + 1
UGGCGCUCAUCACUGGCAUCGGUGCAGUCAGCGUGGCCAUUGCAUCGCUGAUUAUCGGCAAUGCACUCGCCAGUGUUGCAGCUGA--UCGAUGCCAGGGUAUUGAUAAUUA--UC
........(((.(((((((((((.(((((((((((((...(((((.((((.....)))).)))))...)))).)))))..)))))--)))))))))))))...........--.. ( -48.00)
>consensus
UGACGCUCAUCGCUGCCAUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCAUUGCAUCGCUGAUUAUCGGCAACGCACUCGCCGGUGUUGCAACUGAAGACGAUGGACG_______AUAAGUU__UC
...............((((((....((((((.(.(((....))).).)))))).((((....(((((....))))).....))))...))))))..................... (-18.01 = -18.23 +   0.23) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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