Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,352,086 – 2,352,214 |
Length | 128 |
Max. P | 0.901857 |
Location | 2,352,086 – 2,352,188 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.98 |
Mean single sequence MFE | -40.38 |
Consensus MFE | -27.70 |
Energy contribution | -28.65 |
Covariance contribution | 0.95 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.71 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.64 |
SVM RNA-class probability | 0.807953 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2352086 102 + 22224390 ------------UUUUAUACUCUUCUUACCGCAGUGACGCUCGUCGCUGCCAUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCA ------------..................((((((((....))))))))((((((((.((((((.(((((....))))).))))))..((....))....))))))))..... ( -39.20) >DroPse_CAF1 21990 102 + 1 ------------UGUUGUUCAUGUCUUACCGCAGUGGCGCUCAUCACUGGCAUCGGUGCAGUCAGCGUGGCCAUUGCAUCGCUGAUUAUCGGCAAUGCACUCGCCAGUGUUGCA ------------....(((..(((......)))..)))((....(((((((...(((((((((((((..((....))..))))))).........)))))).)))))))..)). ( -35.00) >DroSec_CAF1 21641 114 + 1 UGGCCUUAUGGCUUUGAUGGACUUCUUACCGCAGUGACGCUCGUCGCUGCCGUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCA (((((.....((.(((((((........))((((((((....)))))))).))))).))((((((.(((((....))))).))))))...))))).(((((....))))).... ( -44.60) >DroSim_CAF1 18038 114 + 1 UGGCUUUAUGGCUCUGAUGGACUUCUUACCGCAGUGACGCUCGUCGCUGCCGUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGACUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCA .((((....))))(((((((........))((((((((....)))))))).))))).((((((((.(((((....))))).)))).(((((((.........))))))))))). ( -42.60) >DroEre_CAF1 18233 112 + 1 --GGUGGCCCAGUUUGAUGGACUUCUUACCGCAGUGACGCUCGUCGCUGCCGUCGCCACAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACACACUCGCCGGUGUUGCA --.(((((((((...(((((((........((((((((....))))))))(((((((......)))))))..))).)))).)))......))))))(((((....))))).... ( -45.90) >DroPer_CAF1 16180 102 + 1 ------------UGUUGUUCAUGUCUUACCGCAGUGGCGCUCAUCACUGGCAUCGGUGCAGUCAGCGUGGCCAUUGCAUCGCUGAUUAUCGGCAAUGCACUCGCCAGUGUUGCA ------------....(((..(((......)))..)))((....(((((((...(((((((((((((..((....))..))))))).........)))))).)))))))..)). ( -35.00) >consensus ____________UUUGAUGCACUUCUUACCGCAGUGACGCUCGUCGCUGCCAUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCA ..............................((((((((....)))))))).......((((((((.(((((....))))).)))).(((((((.........))))))))))). (-27.70 = -28.65 + 0.95)
Location | 2,352,108 – 2,352,214 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.18 |
Mean single sequence MFE | -44.58 |
Consensus MFE | -18.01 |
Energy contribution | -18.23 |
Covariance contribution | 0.23 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -2.62 |
Structure conservation index | 0.40 |
SVM decision value | 1.02 |
SVM RNA-class probability | 0.901857 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2352108 106 + 22224390 UGACGCUCGUCGCUGCCAUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCAACUGAAGACGAUGGGCG-------AUGUGUU--UC ...((((((((((((((...)))((((((((.(((((....))))).)))).(((((((.........)))))))))))......)).)))))))))-------.......--.. ( -41.30) >DroPse_CAF1 22012 111 + 1 UGGCGCUCAUCACUGGCAUCGGUGCAGUCAGCGUGGCCAUUGCAUCGCUGAUUAUCGGCAAUGCACUCGCCAGUGUUGCAGCUGA--UCGAUGCCAGGGUAUUGAUAAUUA--UC ........(((.(((((((((((.(((((((((((((...(((((.((((.....)))).)))))...)))).)))))..)))))--)))))))))))))...........--.. ( -48.00) >DroSec_CAF1 21675 106 + 1 UGACGCUCGUCGCUGCCGUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGAUUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCAACUGAAGACGAUGGACG-------AUGAGUU--UC .((.((((((((...((((((..((((((((.(((((....))))).)))).(((((((.........)))))))))))..(....).)))))).))-------)))))).--)) ( -41.90) >DroSim_CAF1 18072 106 + 1 UGACGCUCGUCGCUGCCGUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCGUUGCAUCUCUGACUAUCGGCCACGCACUCGCCGGUGUUGCAACUGAAGACGAUGGACG-------AUGAGUU--UC .((.((((((((...((((((..((((((((.(((((....))))).)))).(((((((.........)))))))))))..(....).)))))).))-------)))))).--)) ( -41.70) >DroMoj_CAF1 23888 106 + 1 UUGAGCUCAUCGCUGCCAUCGGAACAGUCCGCGAUGCCAUUGCAAUGCAGCUUGGCUGCAAUGCAAUCGCCCGUGUUGCAGCUGCCGAU--UGAGCG-------AUAAGUUUAUC .((((((.((((((.(.(((((..((((..(((((((.((((((.((((((...)))))).)))))).))....))))).)))))))))--.)))))-------)).)))))).. ( -46.60) >DroPer_CAF1 16202 111 + 1 UGGCGCUCAUCACUGGCAUCGGUGCAGUCAGCGUGGCCAUUGCAUCGCUGAUUAUCGGCAAUGCACUCGCCAGUGUUGCAGCUGA--UCGAUGCCAGGGUAUUGAUAAUUA--UC ........(((.(((((((((((.(((((((((((((...(((((.((((.....)))).)))))...)))).)))))..)))))--)))))))))))))...........--.. ( -48.00) >consensus UGACGCUCAUCGCUGCCAUCGGCGCAAUCGGCGAUGCCAUUGCAUCGCUGAUUAUCGGCAACGCACUCGCCGGUGUUGCAACUGAAGACGAUGGACG_______AUAAGUU__UC ...............((((((....((((((.(.(((....))).).)))))).((((....(((((....))))).....))))...))))))..................... (-18.01 = -18.23 + 0.23)
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