Locus 8372

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 20,792,973 – 20,793,091
Length 118
Max. P 0.978068
window13749 window13750

overview

Window 9

Location 20,792,973 – 20,793,091
Length 118
Sequences 5
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.59
Mean single sequence MFE -31.93
Consensus MFE -26.58
Energy contribution -27.10
Covariance contribution 0.52
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.20
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.81
SVM RNA-class probability 0.978068
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20792973 118 + 22224390
GACUGUGUGUGCUUUGUACAUUUUCAAUGCAAAUAUUUGCAUCUGUGUCCGUGUCCAUUUGUGUGUUUGCAUGGAUCAGAGCGGAAUAGAGCACAAACUAUAUACACAUAAUAUCGCA
....((.((((((((((.(........(((((....)))))((((.((((((((.(((....)))...))))))))))))...).)))))))))).)).................... ( -32.20)
>DroSec_CAF1 121489 118 + 1
GACUGUGUGUGUUUUGUACAUUUUCAAUGCAAAUAUUUGCAUCUGUGUCCGUGUCCAUUUGUGUGUUUGCAUGGAUAAGAGCGGAAUAGAGCACAAACUAUAUACACAUAAUAUCGCA
...((((((((((((((.(........(((((....)))))(((((.(((((....(((..(((....)))..)))....))))))))))).)))))..))))))))).......... ( -32.90)
>DroSim_CAF1 58518 118 + 1
GACUGUGUGUGUUUUGUACAUUUUCAAUGCAAAUAUUUGCAUCUGUGUCCGUGUCCAUUUGUGUGUUUGCAUGGAUCAGAGCGGAAUAGAGCACAAACUAUAUACACAUAAUAUCGCA
...((((((((((((((.(........(((((....)))))(((((.(((((....(((..(((....)))..)))....))))))))))).)))))..))))))))).......... ( -32.90)
>DroEre_CAF1 44099 118 + 1
GACUGUAUGUGUUUUAUACAUUUUCAAUGCAAAUAUUUGCUCCUGUGUCCGUGUCCAUUUGUGUGUUUGCAUGGAUCAGAGCGGAAUAGAGCACAAACUAUAUACACAUACCAUCGCA
((..((((((((..((((.........(((...(((((((((.((.((((((((.(((....)))...)))))))))))))).)))))..))).....)))).))))))))..))... ( -31.84)
>DroYak_CAF1 96218 118 + 1
GACUGUGAGUGUUUUGUACAUUUUCAAUGCAAAUAUUUGCAUCUGUGUCCGUGUCCAUUUGUAUGUUUGCUUGGAUCAGAGCGGAAUACAGCACACACUAUAUACACAUAAUAUCGCA
...((((.((((..(((.........((((((....))))))(((((((((((((((...(((....))).)))))....)))).))))))...)))..)))).)))).......... ( -29.80)
>consensus
GACUGUGUGUGUUUUGUACAUUUUCAAUGCAAAUAUUUGCAUCUGUGUCCGUGUCCAUUUGUGUGUUUGCAUGGAUCAGAGCGGAAUAGAGCACAAACUAUAUACACAUAAUAUCGCA
....((.((((((((((.(((.....)))......(((((.((((.((((((((.(((....)))...))))))))))))))))))))))))))).)).................... (-26.58 = -27.10 +   0.52)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 20,792,973 – 20,793,091
Length 118
Sequences 5
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.59
Mean single sequence MFE -26.16
Consensus MFE -21.90
Energy contribution -22.42
Covariance contribution 0.52
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.65
SVM RNA-class probability 0.812782
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20792973 118 - 22224390
UGCGAUAUUAUGUGUAUAUAGUUUGUGCUCUAUUCCGCUCUGAUCCAUGCAAACACACAAAUGGACACGGACACAGAUGCAAAUAUUUGCAUUGAAAAUGUACAAAGCACACACAGUC
..........(((((......(((((((.....((((...((.(((((............)))))))))))....(((((((....)))))))......)))))))....)))))... ( -25.30)
>DroSec_CAF1 121489 118 - 1
UGCGAUAUUAUGUGUAUAUAGUUUGUGCUCUAUUCCGCUCUUAUCCAUGCAAACACACAAAUGGACACGGACACAGAUGCAAAUAUUUGCAUUGAAAAUGUACAAAACACACACAGUC
..........(((((......(((((((.....((((......(((((............)))))..))))....(((((((....)))))))......)))))))....)))))... ( -24.60)
>DroSim_CAF1 58518 118 - 1
UGCGAUAUUAUGUGUAUAUAGUUUGUGCUCUAUUCCGCUCUGAUCCAUGCAAACACACAAAUGGACACGGACACAGAUGCAAAUAUUUGCAUUGAAAAUGUACAAAACACACACAGUC
..........(((((......(((((((.....((((...((.(((((............)))))))))))....(((((((....)))))))......)))))))....)))))... ( -26.40)
>DroEre_CAF1 44099 118 - 1
UGCGAUGGUAUGUGUAUAUAGUUUGUGCUCUAUUCCGCUCUGAUCCAUGCAAACACACAAAUGGACACGGACACAGGAGCAAAUAUUUGCAUUGAAAAUGUAUAAAACACAUACAGUC
...(((.((((((((..........((((((..((((...((.(((((............)))))))))))....))))))......(((((.....)))))....)))))))).))) ( -30.50)
>DroYak_CAF1 96218 118 - 1
UGCGAUAUUAUGUGUAUAUAGUGUGUGCUGUAUUCCGCUCUGAUCCAAGCAAACAUACAAAUGGACACGGACACAGAUGCAAAUAUUUGCAUUGAAAAUGUACAAAACACUCACAGUC
((.((.......(((((((..(((((.((((.....(((........)))...(((....)))...)))))))))(((((((....)))))))....)))))))......)).))... ( -24.02)
>consensus
UGCGAUAUUAUGUGUAUAUAGUUUGUGCUCUAUUCCGCUCUGAUCCAUGCAAACACACAAAUGGACACGGACACAGAUGCAAAUAUUUGCAUUGAAAAUGUACAAAACACACACAGUC
..........(((((......(((((((.....((((...((.(((((............)))))))))))....(((((((....)))))))......)))))))....)))))... (-21.90 = -22.42 +   0.52)

alignment

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secondary structure

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