Locus 8370

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	20,790,311 – 20,790,479
Length	168
Max. P	0.883763

overview

Window 6

Location	20,790,311 – 20,790,405
Length	94
Sequences	4
Columns	95
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.02
Mean single sequence MFE	-20.16
Consensus MFE	-18.84
Energy contribution	-19.09
Covariance contribution	0.25
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.07
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	0.93
SVM RNA-class probability	0.883763
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20790311 94 - 22224390
GCAAUCGCCGCAAUAUAUAAUAUAUGGCGCAUAUAGGAUCAUACAUAU-UCUGUGUAUAUAUCAGCAUAUAUGAGUGUAUGCAUAUGAAAUAUAU
.....(((((..((((...)))).)))))(((((..(((.((((((..-...))))))..))).(((((((....))))))))))))........ ( -19.20)
>DroSec_CAF1 118953 93 - 1
GCAAUCGCCGCAAUAUAUAAU--AUGGCGCAUAUAGGAUCAUACAUAUAUCUGUGUAUAUAUCAGCAUAUAUGAGUGUAUGCAUAUGAAAUAUAU
.....(((((...........--.)))))(((((..(((.(((((((....)))))))..))).(((((((....))))))))))))........ ( -19.70)
>DroSim_CAF1 54777 95 - 1
GCAAUCGCCGCAAUAUAUAAUAUAUGGCGCAUAUAGGAUCAUACAUAUAUCUGUGUAUAUAUCAGCAUAUAUGAGUGUAUGCAUAUGAAAUAUAU
.....(((((..((((...)))).)))))(((((..(((.(((((((....)))))))..))).(((((((....))))))))))))........ ( -20.00)
>DroEre_CAF1 41575 95 - 1
GCAAUCGCCGCAAUAUAUAAUAAAUGGCGCAUACACGAUCAUACAUAUAUCUGUGUAUAUAUCAGCAUAUAUGAGUGUAUGCAUAUGAAAUAUAU
....((((((..............))))((((((((....(((((((....)))))))...(((.......)))))))))))....))....... ( -21.74)
>consensus
GCAAUCGCCGCAAUAUAUAAUAUAUGGCGCAUAUAGGAUCAUACAUAUAUCUGUGUAUAUAUCAGCAUAUAUGAGUGUAUGCAUAUGAAAUAUAU
.....(((((..............)))))(((((..(((.(((((((....)))))))..))).(((((((....))))))))))))........ (-18.84 = -19.09 +   0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	20,790,365 – 20,790,479
Length	114
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.74
Mean single sequence MFE	-25.40
Consensus MFE	-21.90
Energy contribution	-22.10
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.39
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.757374
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20790365 114 + 22224390
GAUCCUAUAUGCGCCAUAUAUUAUAUAUUGCGGCGAUUGCAUCGCAACGACAAUUUUGGCUCAUUAUAAAUUUGCCUUAAUUUUAAUGCAAAAUGUC--UCUGCCGCAGUCAG---UCC
...........(((.(((((...))))).)))..((((((...(((..((((.(((((...(((((.(((((......)))))))))))))))))))--..))).))))))..---... ( -24.90)
>DroSec_CAF1 119008 112 + 1
GAUCCUAUAUGCGCCAU--AUUAUAUAUUGCGGCGAUUGCAUCGCAACGACAAUUUUGGCUCAUUAUAAAUUUGCCUUAAUUUUAAUGCAAAAUGUC--UCUGCCGCAGUCCG---ACC
.................--.......(((((((((.((((...)))).((((.(((((...(((((.(((((......)))))))))))))))))))--..)))))))))...---... ( -23.40)
>DroSim_CAF1 54832 114 + 1
GAUCCUAUAUGCGCCAUAUAUUAUAUAUUGCGGCGAUUGCAUCGCAACGACAAUUUUGGCUCAUUAUAAAUUUGCCUUAAUUUUAAUGCAAAAUGUC--UCUGCCGCAGUCCG---GCC
............(((((((...))))(((((((((.((((...)))).((((.(((((...(((((.(((((......)))))))))))))))))))--..)))))))))..)---)). ( -26.40)
>DroEre_CAF1 41630 116 + 1
GAUCGUGUAUGCGCCAUUUAUUAUAUAUUGCGGCGAUUGCAUCGCAACGACAAUUUUGGCUCAUUAUAAAUUUGCCUUAAUUUUAAUGCAAAAUGUCUCUCUGCCGCAGACCG---CCC
....(((....))).............((((((((.((((...)))).((((.(((((...(((((.(((((......)))))))))))))))))))....))))))))....---... ( -24.40)
>DroYak_CAF1 93718 117 + 1
UAUCCUAUAUGCGCCAUUUAUUAUAUAUUGCGGCGAUUGCAUCGCAACGACAAUUUUGGCUCAUUAUAAAUUUGCCUUAAUUUUAAUGCAAAAUGUC--UCUGCCGCAGUCCGUGGCCC
............(((((.........(((((((((.((((...)))).((((.(((((...(((((.(((((......)))))))))))))))))))--..)))))))))..))))).. ( -27.90)
>consensus
GAUCCUAUAUGCGCCAUAUAUUAUAUAUUGCGGCGAUUGCAUCGCAACGACAAUUUUGGCUCAUUAUAAAUUUGCCUUAAUUUUAAUGCAAAAUGUC__UCUGCCGCAGUCCG___CCC
..........................(((((((((.((((...)))).((((.(((((...(((((.(((((......)))))))))))))))))))....)))))))))......... (-21.90 = -22.10 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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