Locus 8274

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 20,583,250 – 20,583,461
Length 211
Max. P 0.998988
window13584 window13585 window13586

overview

Window 4

Location 20,583,250 – 20,583,369
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.58
Mean single sequence MFE -22.53
Consensus MFE -20.85
Energy contribution -20.93
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.42
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.29
SVM RNA-class probability 0.938295
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20583250 119 + 22224390
CCAAUAUCAUGCAUCCUGUAUUUCACCUUUUAAGCCAGGCACCCUGUGGUGUUGGUUAUGUCCUAAACGAUUCGCUAAGUCCUGUACAACAUCACGAAAUAUAACUGUAUCUAUGUU-UU
..(((((.(((((...((((((((.(((........)))......((((((((((((........)))((((.....)))).....)))))))))))))))))..)))))..)))))-.. ( -24.00)
>DroVir_CAF1 202687 119 + 1
CCAAUAUCAUGCAUCCUGUAUUUCACCUUUUAAUCCAGGCACCCUGUGGUGUUGGUUAUGUCCUAAACGAUUUGCUAAAUCCUGUACAACAUCACGAAAUAUAACUGUAUCUAUAUU-UU
..(((((.(((((...((((((((.(((........)))......((((((((((((........)))((((.....)))).....)))))))))))))))))..)))))..)))))-.. ( -24.10)
>DroGri_CAF1 182527 119 + 1
CCAAUAUCAUGCAUCCUGUAUUUCACCUUUUAAUCCAGGCACCCUAUGGUGUUGGUUAUGUCCUAAACGAUUCGCUAAGUCCUGUACAACAUCACGAAAUAUAACUGUAUCUAUAUU-UU
..(((((.(((((...((((((((.............((((((....)))))).((.((((..((...((((.....))))...))..)))).))))))))))..)))))..)))))-.. ( -20.60)
>DroWil_CAF1 188181 119 + 1
CCAAUAUCAUGCAUCCUGUAUUUCACCUUUCAAUCCAGGCACCCUAUGGUGUUGGUUAUGUCCUAAACGAUUCGCUAAAUCCUGUACAACAUCACGAAAUAUAACCGUAUCUAUGUU-UU
.((((((((((...((((.(((.........))).)))).....))))))))))((.((((..((...((((.....))))...))..)))).))((((((((........))))))-)) ( -19.10)
>DroMoj_CAF1 251847 119 + 1
CCAAUAUCAUGCAUCCUGUAUUUCACCUUUCAAUCCAGGCACCCUGUGGUGUUGGUUAUGUCCUAAGCGAUUUGCUAAAUCCUGUACAACAUCACGAAAUAUAACUGUAUCUAUAUU-UU
..(((((.(((((...((((((((.(((........)))......(((((((((...........(((.....)))..........)))))))))))))))))..)))))..)))))-.. ( -24.60)
>DroAna_CAF1 160345 120 + 1
CCAAUAUCAUGCAUCCUGUAUUUCACCUUUUAAGCCAGGCACCCUGUGGUGUUGGUUAUGUCCUAAACGAUUCGGUAAAGUCUUGACAACAUCACGAAAUAUAACCGUAUUUAUGUUUUU
..(((((.((((....((((((((.(((........)))......((((((((((((........)))((((......))))....)))))))))))))))))...))))..)))))... ( -22.80)
>consensus
CCAAUAUCAUGCAUCCUGUAUUUCACCUUUUAAUCCAGGCACCCUGUGGUGUUGGUUAUGUCCUAAACGAUUCGCUAAAUCCUGUACAACAUCACGAAAUAUAACUGUAUCUAUAUU_UU
..(((((.(((((...((((((((.(((........)))......((((((((((((........)))((((.....)))).....)))))))))))))))))..)))))..)))))... (-20.85 = -20.93 +   0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 20,583,330 – 20,583,447
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.80
Mean single sequence MFE -31.97
Consensus MFE -29.75
Energy contribution -29.70
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.27
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 3.31
SVM RNA-class probability 0.998988
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20583330 117 - 22224390
UAGUGCGUCGUGACGCUAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGU-UCAAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUAC-UAGGUGAA-AACAUAGAUACAGUUAUAUUUCGUGAUGUUGUACAGG
..(((((.(((.(((.........((((((((((((..-.....)))))))))))).......(((((((((.-...((...-.)).)))))))))........))).))).)))))... ( -33.40)
>DroVir_CAF1 202767 117 - 1
UAGUGCGUCGUGACGCUAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGU-UCCAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUAU-UAGGUGAA-AAUAUAGAUACAGUUAUAUUUCGUGAUGUUGUACAGG
..(((((.(((.(((.........((((((((((((..-.....)))))))))))).......((((((((((-...((...-.))))))))))))........))).))).)))))... ( -32.40)
>DroGri_CAF1 182607 117 - 1
UAGUGCGUCGUGACGCAAUUGAAAUAAUCGUCCGUCGU-UCCAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUGC-UAGGUGAA-AAUAUAGAUACAGUUAUAUUUCGUGAUGUUGUACAGG
..(((((.(((.(((((((.((((((((((((((((..-.....))))))))))).))))).)))))......-.....(((-(.(((((......))))))))))).))).)))))... ( -36.10)
>DroWil_CAF1 188261 117 - 1
UAGUGCGUCGUGACGCUAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGU-UCAAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUAU-UAGGUGAA-AACAUAGAUACGGUUAUAUUUCGUGAUGUUGUACAGG
..(((((.(((.(((.........((((((((((((..-.....)))))))))))).......((((((((((-...((...-.))))))))))))........))).))).)))))... ( -32.90)
>DroMoj_CAF1 251927 117 - 1
UAGUGCGUCGAGACGCAAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGU-UCCAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUAU-UAGGUGAA-AAUAUAGAUACAGUUAUAUUUCGUGAUGUUGUACAGG
..(((((.(((((.((((..(...((((((((((((..-.....)))))))))))).)..))))(((((((((-...((...-.)))))))))))......)))))......)))))... ( -29.90)
>DroAna_CAF1 160425 120 - 1
UAGUGCGUCGUGACGCUAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGUUUCAAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUAUUUAGGUGAAAAACAUAAAUACGGUUAUAUUUCGUGAUGUUGUCAAGA
.......((.(((((.((((((((((((((((((((........)))))))))).........((((((((((....((.....))))))))))))...))))))..)))).))))).)) ( -27.10)
>consensus
UAGUGCGUCGUGACGCUAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGU_UCAAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUAU_UAGGUGAA_AACAUAGAUACAGUUAUAUUUCGUGAUGUUGUACAGG
..(((((.(((.(((.........((((((((((((........)))))))))))).......((((((((((....((.....))))))))))))........))).))).)))))... (-29.75 = -29.70 +  -0.05)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 20,583,369 – 20,583,461
Length 92
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.04
Mean single sequence MFE -26.05
Consensus MFE -22.16
Energy contribution -21.63
Covariance contribution -0.53
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.56
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.739332
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20583369 92 - 22224390
-CUUUAA-------------------------UUGCAGGUUAGUGCGUCGUGACGCUAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGUUCAAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUACUAGGUG
-((.(((-------------------------.(((((.(((((((((....)))).)))))..((((((((((((.......)))))))))))).......))))).)))..))... ( -24.80)
>DroVir_CAF1 202806 99 - 1
-UUUCUAUUCGA------------------UUUUUCAGGUUAGUGCGUCGUGACGCUAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGUUCCAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUAUUAGGUG
-..((((...((------------------(....(((((((((((((....)))).)))))..((((((((((((.......))))))))))))...))))....)))...)))).. ( -23.30)
>DroPse_CAF1 187567 93 - 1
AUUCCAA-------------------------UUGCAGGUUAGUGCGUCGUGACGCUAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGUUCGAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUACUAGGUG
((..(((-------------------------..((...(((((((((....)))).)))))..((((((((((((.......))))))))))))))..)))..))............ ( -24.50)
>DroGri_CAF1 182646 117 - 1
-UCUCUUUUUCUCAUCCUUUAUUCAUCGAUCAUUGUAGGUUAGUGCGUCGUGACGCAAUUGAAAUAAUCGUCCGUCGUUCCAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUGCUAGGUG
-...........((((......(((.(((((((((.....))))).))))))).(((((.((((((((((((((((.......))))))))))).))))).)))))........)))) ( -32.10)
>DroWil_CAF1 188300 91 - 1
-UCCCAA-------------------------UU-CAGGUUAGUGCGUCGUGACGCUAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGUUCAAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUAUUAGGUG
-..((..-------------------------((-(((......((((....))))..))))).((((((((((((.......))))))))))))...................)).. ( -22.90)
>DroMoj_CAF1 251966 99 - 1
-UCUCCGUUUCA------------------CUUCACAGGUUAGUGCGUCGAGACGCAAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGUUCCAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUAUUAGGUG
-...((((((((------------------(..(((......))).)).)))))(((((.((((((((((((((((.......))))))))))).))))).)))))........)).. ( -28.70)
>consensus
_UCUCAA_________________________UUGCAGGUUAGUGCGUCGUGACGCUAUUGAAAUAAUCGUUCGUCGUUCCAAGAUGGGCGAUUGGUUUUUGUUGUAUUUACUAGGUG
.....................................(.(((((((((....))))........((((((((((((.......))))))))))))...............))))).). (-22.16 = -21.63 +  -0.53)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:59:52 2006