Locus 8219

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 20,419,860 – 20,419,962
Length 102
Max. P 0.956072
window13505

overview

Window 5

Location 20,419,860 – 20,419,962
Length 102
Sequences 5
Columns 104
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.97
Mean single sequence MFE -38.22
Consensus MFE -33.42
Energy contribution -35.58
Covariance contribution 2.16
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.46
SVM RNA-class probability 0.956072
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20419860 102 + 22224390
CAC--AAAUUGGGAUAUCGCGUCUUGCGAUUUCUGGCAGUGCAUUGUGCGGGCACACGUUCUGGGCUCUGUGUCCUUGCAUCCUGCGAGUGCACCCUGCACUGC
...--......(((.(((((.....))))).))).((((((((..(((((((((((.((.....))..)))))))((((.....))))..))))..)))))))) ( -41.50)
>DroSec_CAF1 9238 100 + 1
CCC--AAAUUGGGAAGUCGCGUCCUGCGAUUUCUGGCAGUGCAUUGUGCGGGCACUCGUUC--GGCUCUGUGUCCUUGCAUCCUGCGAGUGCAUCCUGCACUGC
...--......(((((((((.....))))))))).((((((((..((((((((((......--......))))))((((.....))))..))))..)))))))) ( -42.00)
>DroSim_CAF1 5648 100 + 1
CAC--AAAUUGGGAAGUCGCGUCCUGCGAUUUCUGGCAGUGCAUUGUGCGGGCACACGUUC--GGCUCUGUGUCCUUGCAUCCUGCGAGUGCAUCCUGCACUGC
...--......(((((((((.....))))))))).((((((((..(((((((((((.(...--....))))))))((((.....))))..))))..)))))))) ( -42.70)
>DroEre_CAF1 8562 97 + 1
GUC--CAAUUCGGAAGU---GUCUGGCGAUUUCUGGCAGUGCAUUGUGCGGGCACACGUUC--GGCUCUGUGUCCUUGCAUCCUGCGAGUGCAUCCUGCACUGC
...--.....(((((((---........)))))))((((((((..(((((((((((.(...--....))))))))((((.....))))..))))..)))))))) ( -36.30)
>DroYak_CAF1 5344 92 + 1
GUUGGGAAUUGGGAAGU---GUCUUGCGAUUUCUCACAGUGCACUGUGCGGGCACACGUUC--GACUCUGUGUCCUUGCAUCCUGCGA-UGCA------ACUGC
...((((((((.((...---...)).))))))))(((((....))))).(((((((.(...--....))))))))(((((((....))-))))------).... ( -28.60)
>consensus
CAC__AAAUUGGGAAGUCGCGUCUUGCGAUUUCUGGCAGUGCAUUGUGCGGGCACACGUUC__GGCUCUGUGUCCUUGCAUCCUGCGAGUGCAUCCUGCACUGC
...........(((((((((.....))))))))).((((((((..(((((((((((.((.....))..)))))))((((.....))))..))))..)))))))) (-33.42 = -35.58 +   2.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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