Locus 8212

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	20,414,874 – 20,415,114
Length	240
Max. P	0.995796

overview

Window 3

Location	20,414,874 – 20,414,994
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.06
Mean single sequence MFE	-57.67
Consensus MFE	-53.50
Energy contribution	-54.12
Covariance contribution	0.61
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.98
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	2.62
SVM RNA-class probability	0.995796
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20414874 120 - 22224390
CUUCGUCUGCACGGUGCUCCCGCCCCACUGGCGGAGCAACAAGACGCUGCCGGUGGCCUUCAAGGUCGUCUCGCUGGGCGACAUUAUGGACGGAACGAUGGUCACCGUGCGGGCGGGCAA
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>DroSec_CAF1 3549 120 - 1
CUUCGUCUGCACGGUGCUGCCGCCCCACUGGCGGAGCAACAAGACGCUGCCGGUGGCCUUCAAGGUCGUCUCGCUGGGCGACAUCAUGGACGGAACGAUGGUCACCGUGCGGGCGGGCAA
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>DroAna_CAF1 4571 120 - 1
CUUCGUCUGCACCGUCCUACCGCCCCACUGGCGAUCGAACAAAACGCUACCGGUGGCCUUCAAGGUUGUGUCCUUGGGCGAUAUCAUGGACGGAACGAUGGUGACUGUCCGGGCGGGCAA
.......(((.((((((...(((((((((((....((.......))...)))))))....(((((......))))))))).......((((((.((....))..))))))))))))))). ( -47.40)
>DroSim_CAF1 174 120 - 1
CUUCGUCUGCACGGUGCUGCCGCCCCACUGGCGGAGCAACAAGACGCUGCCGGUGGCCUUCAAGGUCGUCUCGCUGGGCGACAUCAUGGACGGAACGAUGGUCACCGUGCGGGCGGGCAA
.(((((((((((((((((..((..((((((((((..(.....)...))))))))))((((((..(((((((....)))))))....)))).))..))..)).)))))))))))))))... ( -60.30)
>DroEre_CAF1 3526 120 - 1
CUUCGUCUGCACGGUGCUGCCGCCCCACUGGCGGAGCAACAAGACGCUGCCGGUGGCCUUCAAGGUCGUCUCGCUGGGCGACAUCAUGGACGGCACGAUGGUCACCGUGCGGGCGGGCAA
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>DroYak_CAF1 185 120 - 1
CUUCGUAUGCACGGUGCUGCCGCCCCACUGGCGGAGCAACAAGACGCUGCCGGUGGCCUUCAAGGUCGUCUCGCUGGGCGACAUCAUGGACGGCACGAUGGUCACCGUGCGGGCGGGCAA
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>consensus
CUUCGUCUGCACGGUGCUGCCGCCCCACUGGCGGAGCAACAAGACGCUGCCGGUGGCCUUCAAGGUCGUCUCGCUGGGCGACAUCAUGGACGGAACGAUGGUCACCGUGCGGGCGGGCAA
.(((((((((((((((((..((..((((((((((.(........).))))))))))((((((..(((((((....)))))))....)))).))..))..)).)))))))))))))))... (-53.50 = -54.12 +   0.61)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	20,414,994 – 20,415,114
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.94
Mean single sequence MFE	-55.92
Consensus MFE	-49.11
Energy contribution	-48.78
Covariance contribution	-0.33
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-1.64
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	0.80
SVM RNA-class probability	0.853307
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20414994 120 + 22224390
AGCGGACUGCUCGUGCGGAUCAGCUCGCCCGGAUGCUCGGUGAGGAAGUCGCCCAGCGUCCGCUCCGCCAGGAUGUCCGAGGUCAUCUUCGUGUAGGCCUCAUUUAGGAGUUGGGCGGGC
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>DroSec_CAF1 3669 120 + 1
AGCGGACUGCUCGUGCGGAUCAGCUCGCCCGGAUGCUCGGUGAGGAAGUCGCCCAGCGUCCGCUCCGCCAGGAUGUCCGAGGUCAUCUUCGUGUAGGCCUCAUUCAGGAGUUGGGCGGGC
....((((((....)))).)).(((((((((((((((.(((((.....))))).)))))))(((((....((....))((((((...........)))))).....))))).)))))))) ( -59.50)
>DroAna_CAF1 4691 120 + 1
AGCGGGCUACUGGUGCGGAUCAGUUCGCCGGGAUGUUCGGUUAGGAAGUCGCCCAGUGUCCUUUCCGCCAGGAUGUCGGAGGUCAUUUUGGUGUAGGCCUCGUUUAAUAAUUGGGCGGGU
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>DroSim_CAF1 294 120 + 1
AGCGGACUGCUCGUGCGGAUCAGCUCGCCCGGAUGCUCGGUGAGGAAGUCGCCCAGCGUCCGCUCCGCCAGGAUGUCCGAGGUCAUCUUCGUGUAGGCCUCAUUCAGGAGUUGGGCGGGC
....((((((....)))).)).(((((((((((((((.(((((.....))))).)))))))(((((....((....))((((((...........)))))).....))))).)))))))) ( -59.50)
>DroEre_CAF1 3646 120 + 1
AGCGGACUGCUCGUGCGGAUCAGCUCGCCCGGAUGCUCGGUGAGGAAGUCGCCCAGCGUCCGCUCCGCCAGGAUGUCAGAGGUCAUCUUCGUAUAGGCCUCAUUCAGGAGUUGGGCGGGC
....((((((....)))).)).(((((((((((((((.(((((.....))))).)))))))(((((....((((....((((((...........)))))))))).))))).)))))))) ( -56.10)
>DroYak_CAF1 305 120 + 1
AGCGGACUGCUCGUGCGGAUCAGCUCGCCCGGAUGCUCGGUGAGGAAGUCGCCCAGCGUCCGCUCCGCCAGGAUGUCGGAGGUCAUCUUCGUGUAGGCCUCAUUCAGGAGUUGGGCGGGC
....((((((....)))).)).(((((((((((((((.(((((.....))))).)))))))(((((.....((.....((((((...........))))))..)).))))).)))))))) ( -56.50)
>consensus
AGCGGACUGCUCGUGCGGAUCAGCUCGCCCGGAUGCUCGGUGAGGAAGUCGCCCAGCGUCCGCUCCGCCAGGAUGUCCGAGGUCAUCUUCGUGUAGGCCUCAUUCAGGAGUUGGGCGGGC
....((((((....)))).)).(((((((((((((((.(((((.....))))).)))))))(((((....((((....((((((...........)))))))))).))))).)))))))) (-49.11 = -48.78 +  -0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

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