Locus 8201

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 20,376,258 – 20,376,363
Length 105
Max. P 0.632763
window13478

overview

Window 8

Location 20,376,258 – 20,376,363
Length 105
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.37
Mean single sequence MFE -49.23
Consensus MFE -30.42
Energy contribution -31.53
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.20
SVM RNA-class probability 0.632763
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20376258 105 - 22224390
U---UAU---AUUCGCGGCC---GCCGCAGCCGCCGCGUUCCUCAGCCAGGGUAGAUCACUGUAGCUGCCAUAUAGCUGGGUAUAUAGCCACUGGCUGGAUUGCGGCAAGAGGG
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>DroPse_CAF1 45296 105 - 1
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>DroEre_CAF1 23236 105 - 1
U---UAU---GUUCGCCGCA---GCCGCAGCCGCCGCGUUCCUCAGCCAGGGUAGAUCACUGUAGCUGCCAUACAGCUGGGUAUAUAGCCACUGGCUGGAUUGCGGUAAGAGCG
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>DroMoj_CAF1 55533 111 - 1
CAGCUGUGGAGCUGGCAGCG---GCUGCUGCCGCCGCGCUACGUAGCCAAGGCAGCUCGCUGUAGCUGCCAUAGAGCUGGGUGUAGAGCCACUGGCUCGACUGCGGCAGCAGCG
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>DroAna_CAF1 46446 108 - 1
U---GAG---AUUGGAGGCUGCUGCGGCAGCGGCGGCGUUCCUCAGCCAGGGGAGAUCACUGUAGCUGCCGUAGAGCUGGCUGUACAGCCACUGGCUGGACUGGGGGAGCAGGG
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>DroPer_CAF1 45870 105 - 1
C---CGC---ACUGGCCGCU---GCCGCCGCUGCGGCGCUCCUCAGCCAGGGUAGAUCACUGUAGCUGCCAUAGAGCUGGGUGUACAGCCACUGGCUGGACUGCGGCAGGAGCG
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>consensus
C___UAU___ACUGGCCGCU___GCCGCAGCCGCCGCGCUCCUCAGCCAGGGUAGAUCACUGUAGCUGCCAUAGAGCUGGGUGUACAGCCACUGGCUGGACUGCGGCAGGAGCG
.......................(((((.((....)).....(((((((((((....((((.(((((.......)))))))))....))).))))))))...)))))....... (-30.42 = -31.53 +   1.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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