Locus 8177

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 20,340,766 – 20,340,886
Length 120
Max. P 0.704851
window13433

overview

Window 3

Location 20,340,766 – 20,340,886
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.88
Mean single sequence MFE -29.56
Consensus MFE -22.44
Energy contribution -22.48
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.32
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.36
SVM RNA-class probability 0.704851
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20340766 120 + 22224390
AUCUUACACGCAGAUGGAUAAAUAUCUAGCAUAUAUGUUUUUACGUUUAUUCCCGUGUAUAUAAGUACGUAUGCAUAAUGCAUGUGGGCUGAUGUAAAUGCAAAAAUAAAACUGCGAAUG
........(((((.(((((....))))).......(((.((((((((....((((.((((....)))).(((((.....)))))))))..)))))))).))).........))))).... ( -29.90)
>DroSec_CAF1 8654 118 + 1
AUCUUCCACGCAGAUGGAUAAAUAUCUCACAUAUAUGUUUUUAUG--UAUUCCCGUGUAUAUAAGUACGUAUGCAUAAUGCAUGUGGGCUGAUGUAAAUGCAAAAAUAAAACUGCGAAUG
........(((((............(((((((((((((.((((((--(((......))))))))).))))))((.....)))))))))....(((....))).........))))).... ( -28.00)
>DroSim_CAF1 10210 118 + 1
AUCUUCCACGCAGAUGGAUAAAUAUCUCACAUAUAUGUUUUUAUG--UAUUCCCGUGUAUAUAAGUACGUAUGCAUAAUGCAUGUGGGCUGAUGUAAAUGCAAAAAUAAAACUGCGAAUG
........(((((............(((((((((((((.((((((--(((......))))))))).))))))((.....)))))))))....(((....))).........))))).... ( -28.00)
>DroEre_CAF1 5082 118 + 1
AUCUUCCACGCAGAUGGAUAAAUAUCUGCCAUAUAUGUUUUUAUG--UAUUCCCGUGUAUAUAAGUACGUAUGCAUAAUGCAUGUGGGCUGAUGUAAAUGCAAAAAUAAAACUGCGAACG
........(((((.((.((..(((((.(((.(((((((..(((((--(((...((((........)))).)))))))).)))))))))).)))))..)).)).........))))).... ( -31.40)
>DroYak_CAF1 9047 118 + 1
AUCUUGCACGCAGAUGGAUAAAUAUCUGCCAUAUAAGUUUUUAUG--UAUUCCCGUGUAUAUAAGUACGUAUGCAUUAUGCAUGUGGGCUGAUGUAAAUGCAAAAAUAAAACUGCGAACG
...(((((.(((((((......))))))).((((.((((..((((--(((....((((((((......)))))))).)))))))..)))).))))...)))))................. ( -30.50)
>consensus
AUCUUCCACGCAGAUGGAUAAAUAUCUCACAUAUAUGUUUUUAUG__UAUUCCCGUGUAUAUAAGUACGUAUGCAUAAUGCAUGUGGGCUGAUGUAAAUGCAAAAAUAAAACUGCGAAUG
........(((((..((((....))))........(((.((((((......((((.((((....)))).(((((.....)))))))))....)))))).))).........))))).... (-22.44 = -22.48 +   0.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:57:37 2006