Locus 8158

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	20,285,973 – 20,286,212
Length	239
Max. P	0.951690

overview

Window 5

Location	20,285,973 – 20,286,081
Length	108
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.98
Mean single sequence MFE	-46.48
Consensus MFE	-19.38
Energy contribution	-19.68
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.31
Structure conservation index	0.42
SVM decision value	0.23
SVM RNA-class probability	0.643800
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20285973 108 + 22224390
AUCACCGGCGAAAUGGAGUCGCUGGUGGCGGCGACAAUAGCCGCAGCUGCUGGUAGCGCAGAAACAUG---AUGACUGCCACUAGCGUCUGCAAUGC---CACCGGAAUGGGAG
.((.(((((........))).(((((((((((.......)))((((.(((((((.(.((((.......---....)))))))))))).))))...))---))))))...)))). ( -47.30)
>DroPse_CAF1 24661 102 + 1
AUCACCGGCGAUAUAGAGUCACUGGUGGCGGCCACAAUGGCUGCGGCAGCGGGCAAGGCAGCCACAUG---GUGG-UGC--------UCCGCCAUGCCCCCACCCGAAUGUGAG
..((((((.(((.....))).))))))((((((.....))))))((((...(((..((((.((((...---))))-)))--------)..))).))))..(((......))).. ( -45.60)
>DroEre_CAF1 10539 108 + 1
AUCACCGGCGAAAUAGAGUCGCUAGUGGCAGCGACAAUAGCCGCAGCUGCAGGCAGCGCAGAAACAUG---GUGGCUGCCACUAGCGUCUGCAAUGC---CACCCGAAUGAGAG
......((((...((((..(((((((((((((.((.....(.((.((((....)))))).).......---)).)))))))))))))))))...)))---)............. ( -46.50)
>DroYak_CAF1 10581 108 + 1
AUCACCGGCGAAAUGGAGUCACUGGUAGCAGCUACAAUAGCCGCAGCUGCUGGUAGCGCAGAAACAUG---GUGACUGCCACUAGCGUCUGCAAUGC---CACCAGAAUGAGAG
.(((..(((........))).((((((((((((.(.......).)))))))((((..(((((....((---(((.....)))))...)))))..)))---))))))..)))... ( -39.50)
>DroAna_CAF1 13368 111 + 1
AUCACCGGGGAAAUGGAGUCACUGGUGGCGGCCACGAUGGCGGCUGCGGCCGGCAGGGCCGAGACAUGAUGGUGGCCGCCAGCCGCCUCGGCCAGGC---CGCCGGAAUGGGAG
.(((((((.((.......)).)))))(((((((.(((.((((((((((((((.((.(.......)....)).)))))).)))))))))))....)))---)))).))....... ( -58.90)
>DroPer_CAF1 24718 102 + 1
AUCACCGGCGAUAUAGAGUCACUGGUGGCGGCCACAAUUGCUGCGGCAGCGGGCAAGGCAGCCACAUG---GUGG-UGC--------UCCGCCAUGCCCCCACCCGAAUGUGAG
..((((((.(((.....))).))))))((.(((.((.....)).))).))(((((.(((.(((((...---))))-)..--------...))).))))).(((......))).. ( -41.10)
>consensus
AUCACCGGCGAAAUAGAGUCACUGGUGGCGGCCACAAUAGCCGCAGCUGCGGGCAGCGCAGAAACAUG___GUGGCUGCCACUAGCGUCUGCAAUGC___CACCCGAAUGAGAG
..((((((.((.......)).))))))((((........(((((....)).)))...((((...(((....))).)))).........))))...................... (-19.38 = -19.68 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	20,285,973 – 20,286,081
Length	108
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.98
Mean single sequence MFE	-46.00
Consensus MFE	-25.19
Energy contribution	-23.78
Covariance contribution	-1.41
Combinations/Pair	1.43
Mean z-score	-2.46
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	1.41
SVM RNA-class probability	0.951690
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20285973 108 - 22224390
CUCCCAUUCCGGUG---GCAUUGCAGACGCUAGUGGCAGUCAU---CAUGUUUCUGCGCUACCAGCAGCUGCGGCUAUUGUCGCCGCCACCAGCGACUCCAUUUCGCCGGUGAU
........((((((---(...((.((.((((.(((((......---.......((((.......))))..(((((....))))).))))).)))).)).))..))))))).... ( -41.00)
>DroPse_CAF1 24661 102 - 1
CUCACAUUCGGGUGGGGGCAUGGCGGA--------GCA-CCAC---CAUGUGGCUGCCUUGCCCGCUGCCGCAGCCAUUGUGGCCGCCACCAGUGACUCUAUAUCGCCGGUGAU
..........((..((((((.(((((.--------.((-(...---...))).))))).))))).)..))((.(((.....))).))((((.((((.......)))).)))).. ( -45.10)
>DroEre_CAF1 10539 108 - 1
CUCUCAUUCGGGUG---GCAUUGCAGACGCUAGUGGCAGCCAC---CAUGUUUCUGCGCUGCCUGCAGCUGCGGCUAUUGUCGCUGCCACUAGCGACUCUAUUUCGCCGGUGAU
...(((((..((((---(.((.(.((.(((((((((((((.((---.(((...((((((((....)))).)))).))).)).))))))))))))).))).)).)))))))))). ( -48.70)
>DroYak_CAF1 10581 108 - 1
CUCUCAUUCUGGUG---GCAUUGCAGACGCUAGUGGCAGUCAC---CAUGUUUCUGCGCUACCAGCAGCUGCGGCUAUUGUAGCUGCUACCAGUGACUCCAUUUCGCCGGUGAU
.........(((((---((...(((((.((..((((......)---))))).))))))))))))(((((((((.....)))))))))((((.((((.......)))).)))).. ( -42.20)
>DroAna_CAF1 13368 111 - 1
CUCCCAUUCCGGCG---GCCUGGCCGAGGCGGCUGGCGGCCACCAUCAUGUCUCGGCCCUGCCGGCCGCAGCCGCCAUCGUGGCCGCCACCAGUGACUCCAUUUCCCCGGUGAU
.((((.....((((---(((....(((((((((((.(((((((......))...(((...)))))))))))))))).))).)))))))...((((....)))).....)).)). ( -54.20)
>DroPer_CAF1 24718 102 - 1
CUCACAUUCGGGUGGGGGCAUGGCGGA--------GCA-CCAC---CAUGUGGCUGCCUUGCCCGCUGCCGCAGCAAUUGUGGCCGCCACCAGUGACUCUAUAUCGCCGGUGAU
.((((.....((((.(((((.(((((.--------.((-(...---...))).))))).)))))((.(((((((...))))))).)))))).((((.......))))..)))). ( -44.80)
>consensus
CUCACAUUCGGGUG___GCAUGGCAGACGCUAGUGGCAGCCAC___CAUGUUUCUGCCCUGCCAGCAGCUGCGGCUAUUGUGGCCGCCACCAGUGACUCCAUUUCGCCGGUGAU
........((((((.......((((((.......((((..........)))))))))).))))))..((.((.((....)).)).))((((.((((.......)))).)))).. (-25.19 = -23.78 +  -1.41)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	20,286,081 – 20,286,183
Length	102
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.10
Mean single sequence MFE	-40.85
Consensus MFE	-25.51
Energy contribution	-26.21
Covariance contribution	0.70
Combinations/Pair	1.43
Mean z-score	-2.30
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	1.24
SVM RNA-class probability	0.934626
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20286081 102 + 22224390
CUCAAGGGUGAGCUGUCGGCUGCACUCGCUCCACC---UUGGACGUCGUCCAGAUA---ACUGGCGCUGGCCACUGUUUUCUGUGGUUCUGCCAACUGCUUGCCCUGU
....((((..(((.((.(((.((....)).((((.---..((((...))))(((.(---((((((....))))..))).)))))))....))).)).)))..)))).. ( -39.60)
>DroPse_CAF1 24763 105 + 1
CUCAACGGGGAGCUAUCCAC---GCCGGCUCCACCAGUCACCACAUCGUCGAGAUAGUGGCUGGACGUGGCCACCGUUUUCUGUGGCUCCGCCAAUUGUUUGCCCUGC
.....(((((.((.......---)).(((....((((((((...(((.....))).))))))))..(..(((((.(....).)))))..)))).........))))). ( -37.40)
>DroSim_CAF1 18023 102 + 1
CUCAAGGGUGAGCUGUCGGCUGCACUUGCUCCACC---UUGGACAUCGUCCAGGUA---ACUGGCGCUAGCCACUGUUUUCUGUGGUUCUGCCAACUGCUUGCCCUGU
....((((..(((.((.(((.......((.(((.(---((((((...)))))))..---..))).)).((((((........))))))..))).)).)))..)))).. ( -42.50)
>DroEre_CAF1 10647 102 + 1
CUCAAGGGUGAGCUGUCGGCUGCAAUUGCUCCGCC---UUGGACAUCGUCCAGAUA---GCUGGCGCUGGCCACUGUUUUCUGCGGUUCUGCCAACUGCUUGCCCUGU
....((((..(((.((.(((.((....)).((((.---.(((((...)))))((((---(.((((....)))))))))....))))....))).)).)))..)))).. ( -43.10)
>DroYak_CAF1 10689 102 + 1
CUCAAGGGUGAGCUGUCGGCUGCACUCGCUGCACC---UUGGACAUCGUCCAGAUA---GCUGGCGCUGGCCACUGUUUUCUGCGGUUCUGCCAACUGCUUGCCUUGU
..(((((((.(((((((((.((((.....))))))---.(((((...)))))))))---))).))((((((.(((((.....)))))...))))...))...))))). ( -40.50)
>DroMoj_CAF1 11509 91 + 1
CUCAACGGCGAGCUGUCCGCAGCGCCGGC------------CACGUCGUCCAGAUA---GCUGGACGUGGCUGCUGUUUUCUGUGGCUCCGCCAGCUGUUUGCCCG--
.....((((..((((....))))))))..------------.....((..((((((---(((((.((..((..(........)..))..)))))))))))))..))-- ( -42.00)
>consensus
CUCAAGGGUGAGCUGUCGGCUGCACUCGCUCCACC___UUGGACAUCGUCCAGAUA___GCUGGCGCUGGCCACUGUUUUCUGUGGUUCUGCCAACUGCUUGCCCUGU
....(((((((((.((.(((......((((........((((((...)))))).........))))..((((((........))))))..))).)).))))))))).. (-25.51 = -26.21 +   0.70)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	20,286,115 – 20,286,212
Length	97
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.36
Mean single sequence MFE	-33.62
Consensus MFE	-22.74
Energy contribution	-24.04
Covariance contribution	1.31
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.85
SVM RNA-class probability	0.867323
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20286115 97 + 22224390
CUUGGACGUCGUCCAGAUAACUGGCGCUGGCCACUGUUUUCUGUGGUUCUGCCAACUGCUUGCCCUGUGGCUGGUGCUCCUGUUAA-A--AAUGUAAU---GU--
.((((((...)))))).((((.(((((..(((((........(..(((.....)))..).......)))))..)))))...)))).-.--........---..-- ( -32.16)
>DroSec_CAF1 15994 96 + 1
CUUGGACGUCGUCCAGGUAACUUGCGCUAGCCACUGUUUUCUGUGGUUCUGCCAACUGCUUGCCCUGUGGCUGAUGCUCCUGUUAA-A--AGU-UAAU---GU--
(((((((...)))))))((((..(((.(((((((........(..(((.....)))..).......))))))).)))....)))).-.--...-....---..-- ( -28.06)
>DroSim_CAF1 18057 95 + 1
CUUGGACAUCGUCCAGGUAACUGGCGCUAGCCACUGUUUUCUGUGGUUCUGCCAACUGCUUGCCCUGUGGCUGAUGCUCCUGUUAA-A--AGU--AAU---GU--
(((((((...)))))))((((.((.(((((((((........(..(((.....)))..).......)))))))..)).)).)))).-.--...--...---..-- ( -29.56)
>DroEre_CAF1 10681 99 + 1
CUUGGACAUCGUCCAGAUAGCUGGCGCUGGCCACUGUUUUCUGCGGUUCUGCCAACUGCUUGCCCUGUGGCUGGUGCUCCUGUUGA-AAUGGAUGCAU---GU--
.....((((((((((..((((.(((((..(((((........((((((.....)))))).......)))))..)))))...)))).-..)))))).))---))-- ( -40.36)
>DroYak_CAF1 10723 100 + 1
CUUGGACAUCGUCCAGAUAGCUGGCGCUGGCCACUGUUUUCUGCGGUUCUGCCAACUGCUUGCCUUGUGGUUGGUGCUCCUGUUGUGGAAAGUAGUAU---GU--
.((((((...))))))...((((((((..(((((........((((((.....)))))).......)))))..))))(((......)))...))))..---..-- ( -34.56)
>DroMoj_CAF1 11538 95 + 1
----CACGUCGUCCAGAUAGCUGGACGUGGCUGCUGUUUUCUGUGGCUCCGCCAGCUGUUUGCCCG---CCGGCUGCUCCUAUACG-A--AACAUAAGCGUGUAA
----..((.((..(((((((((((.((..((..(........)..))..)))))))))))))..))---.))........((((((-.--........)))))). ( -37.00)
>consensus
CUUGGACAUCGUCCAGAUAACUGGCGCUGGCCACUGUUUUCUGUGGUUCUGCCAACUGCUUGCCCUGUGGCUGGUGCUCCUGUUAA_A__AGU_UAAU___GU__
.((((((...)))))).((((.((((((((((((........((((((.....)))))).......))))))))))))...)))).................... (-22.74 = -24.04 +   1.31)

alignment

secondary structure

dotplot

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