Locus 8126

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 20,206,062 – 20,206,259
Length 197
Max. P 0.707214
window13354 window13355

overview

Window 4

Location 20,206,062 – 20,206,179
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.47
Mean single sequence MFE -60.48
Consensus MFE -42.35
Energy contribution -41.52
Covariance contribution -0.83
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.35
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.707214
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20206062 117 - 22224390
CGCCUGCUGCGAAGGUGGCUGGCUCCAGAGCCAGCCGCUCAGAACCAUGUCGGUGGCCUGGCUAAGAUG---GGCUGCUUGCUGGGCGGCAGCUUGGGUGGUAAGCUUUUUGAUGGCCGU
.(((((((((...(((((((((((....))))))))))).....(((.((.((..(((((.......))---)))..)).)))))))))))(((((.....)))))........)))... ( -55.30)
>DroPse_CAF1 3486 117 - 1
GGCUGUCAGGGUGGGUGGCUGGCUCCACUGCCAGCUGCUGAGGAUCAGAUCGGUGGCCUGGCUGCCUUGUGCGGCUGCCUGCUGAGCGGCCGCC---GAGGUGAGCUUUUUGAUGGCCGU
(((((((((....((..((((((......))))))..))((((.(((..(((((((((.(((.(((......))).))).((...)))))))))---))..))).))))))))))))).. ( -65.50)
>DroSim_CAF1 33942 117 - 1
CGCCUGCUGCGAAGGUGGCUGGCUCCAGAGCCAGCCGCUCAGAACCAUGUCGGUGGCCUGGCUGAGAUG---GGCCGCUUGCUGUGCGGCGGCUUGGGUGGUAAGCUUCUUAAUGGCCGU
((((.((.(((..(((((((((((....))))))))))).....((((.(((((......))))).)))---)..)))..)).).)))((((((((((.((....)).))))..)))))) ( -55.20)
>DroEre_CAF1 22497 117 - 1
CGCCUGCUGCGACGGUGGCUGGCUCCAGAGCCAGCCGCUGAGGACCAUGUCGGUGGCCUGGCUGAGAUG---GGCUGCCUGCUGGGCGGCGGCCUGGGUGGUGAGCUUCUUGAUGGCCGU
(((((...((..((((((((((((....))))))))))))(((.((((.(((((......))))).)))---)....))))).)))))((((((.(((.((....)).)))...)))))) ( -62.00)
>DroYak_CAF1 24512 117 - 1
CGCCUGCUGCGACGGGGGCUGGCUCCAAAGCCAGCCGCUAAGGACCAUGUCGGUGGCCUGGCUGAGAUG---GGCUGCUUGCUGGGCGGCGGCUUGGGUGGUGAGCUUUUUGAUGGCCGU
.(((.(((((...((.((((((((....)))))))).)).....(((.((.((..(((((.......))---)))..)).)))))))))))))...(((.((.((....)).)).))).. ( -54.00)
>DroPer_CAF1 2462 117 - 1
GGCUGUCAGGGUGGGUGGCUGGCUCCACUGCCAGCUGCUGAGGAUCAGAUCGGUGGCCUGGCUGCCGUGUGCGGCUGCCUGCUGGGCGGCCGCC---GAGGUGAGCUUCUUGAUGGCCGU
(((((((((....((..((((((......))))))..))((((.(((..(((((((((.((((((.....))))))(((.....))))))))))---))..))).))))))))))))).. ( -70.90)
>consensus
CGCCUGCUGCGAAGGUGGCUGGCUCCAGAGCCAGCCGCUGAGGACCAUGUCGGUGGCCUGGCUGAGAUG___GGCUGCCUGCUGGGCGGCGGCCUGGGUGGUGAGCUUCUUGAUGGCCGU
.(((.........((((((((((......))))))))))..((......)))))((((.((((.........(((((((.((...))))))))).........)))).......)))).. (-42.35 = -41.52 +  -0.83)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 20,206,139 – 20,206,259
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.50
Mean single sequence MFE -59.98
Consensus MFE -40.21
Energy contribution -40.47
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.34
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.23
SVM RNA-class probability 0.643442
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20206139 120 - 22224390
UGGGCAGAGAGACAGUUGCCGGCUGCGCGUAGAGCUAGCUCCUGCAGCUCCGAGAUCAUAGAACGCUGGCAAUCCAAACGCGCCUGCUGCGAAGGUGGCUGGCUCCAGAGCCAGCCGCUC
.((((......((..((((.(((.((((((.(((((.((....))))))).(.(((..(((....)))...))))..))))))..)))))))..))((((((((....)))))))))))) ( -52.30)
>DroPse_CAF1 3563 120 - 1
UGGGCGGAGAGGCAGUUGCCGGCUGCCCGCAGUGCCAGUUCCUGCAGCUCUGCGAUCAGUGUGCGCUGGCAGUCCUGCUUGGCUGUCAGGGUGGGUGGCUGGCUCCACUGCCAGCUGCUG
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>DroSim_CAF1 34019 120 - 1
UGGGCAGAGAGGCAGUUGCGGGCUGCGCGCAGAGCCAGCUCCUGCAGCUCCGAGAUCAUAGAACGUUGGCAGUCCAGACGCGCCUGCUGCGAAGGUGGCUGGCUCCAGAGCCAGCCGCUC
...((((..((((.(((..(((((((((((((((....)).)))).))........((........))))))))).)))..)))).))))...(((((((((((....))))))))))). ( -58.80)
>DroEre_CAF1 22574 120 - 1
UGAGCAGAGAGGCAGUUGCCGGCUGCGCGCAGGGCCAGCUCCUGCAGCUCCGAGAUCAUGGAACGCUGGCAAUCCAGGCGCGCCUGCUGCGACGGUGGCUGGCUCCAGAGCCAGCCGCUG
...((((...(((....)))..)))).(((((.(((((((((.....(.....).....)))..))))))....((((....))))))))).((((((((((((....)))))))))))) ( -62.50)
>DroYak_CAF1 24589 120 - 1
UGUGCAGAGAGGCAGUUGCCGGCUGCGCGCAAAGCCAACUCCUGCAACUCCGAGAUCAUGGAACGCUGGCAAUCCAGGCGCGCCUGCUGCGACGGGGGCUGGCUCCAAAGCCAGCCGCUA
.((((((..((((.(((((.((.((.((.....))))...)).)))))((((......)))).((((((....))).))).)))).)))).))((.((((((((....)))))))).)). ( -50.90)
>DroPer_CAF1 2539 120 - 1
UGGGCGGAGAGGCAGUUGCCGGCUGCCCGCAGUGCCAGUUCCUGCAGCUCUGCGAUCAGUGUGCGCUGGCAGUCCUGCUUGGCUGUCAGGGUGGGUGGCUGGCUCCACUGCCAGCUGCUG
..(((((...((((((.((((((..(((((..((.(((((...((((..((((...((((....))))))))..))))..))))).))..)))))..))))))...))))))..))))). ( -67.70)
>consensus
UGGGCAGAGAGGCAGUUGCCGGCUGCGCGCAGAGCCAGCUCCUGCAGCUCCGAGAUCAUAGAACGCUGGCAAUCCAGACGCGCCUGCUGCGAAGGUGGCUGGCUCCAGAGCCAGCCGCUG
(((.(.(((..((((..((.((((........)))).))..))))..))).)...)))......((.(((...........))).))......((((((((((......)))))))))). (-40.21 = -40.47 +   0.25)

alignment

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