Locus 8117

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	20,185,298 – 20,185,450
Length	152
Max. P	0.999898

overview

Window 2

Location	20,185,298 – 20,185,410
Length	112
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.91
Mean single sequence MFE	-41.28
Consensus MFE	-33.16
Energy contribution	-33.84
Covariance contribution	0.68
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.49
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.24
SVM RNA-class probability	0.650782
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20185298 112 - 22224390
CGGGCGGUAUGAGCAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGUCGCAAAGGGAGUGGGGUAGGUGCAAGGUAAGAAAUGCGGGUGCCACUUUAAGCUUGCGUCCACAAAAC
..((((.((((((.(((.....))).))))))))))..(((((.((((...((..((((((.((..(...(((.....)))..)..))))))))..)))))))))))..... ( -39.50)
>DroSec_CAF1 6957 111 - 1
CGGGCGGUAUGAGUAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGCCGCAAAGAG-GCAGGGCAGCUGCAAGGUAAGAAGUGCGGGUGCCACUUUAAGCUUGCGUCCACAAAAC
..((((.((((((.(((.....))).))))))))))..((((((.((((((((-....((((.(((((..........))))).)))).))))....))))))))))..... ( -43.10)
>DroSim_CAF1 6524 112 - 1
CGGGCGGUAUGAGCAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGUCGCAAAGAGAGUGGGGCAGCUGCAAGGUAAGAAGUGCGGGUGCCACUUUAAGCUUGCGUCCACAAAAC
..((((.((((((.(((.....))).))))))))))..(((((.(((((..(((((..((((.(((((..........))))).)))))))))....))))))))))..... ( -44.40)
>DroEre_CAF1 7238 110 - 1
CGGGCGGUAUGAGCAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGUUGCAAGGGGAGUGGG-CAACUGCAAGGUAGGAAAUGCGGGUGCCACUUUAAC-UUGCGUCCCCAAAAC
((((((.((((((.(((.....))).)))))))))).))((((.((((((..((((((.-((.(((((..........))))).))))))))...)-)))))..)))).... ( -43.50)
>DroYak_CAF1 6184 112 - 1
CGGGCGGUAUGAGCAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGUCGCAAGCAGAAUGGGGGCACUGCCAGGGAAGAAAUGCGGGUGCCACUUUAAGUUUGCGUUCGAAAAAC
((((((.((((((.(((.....))).)))))))))).))((((.(((((((.....(((((((((((............)).)))))).)))...)))))))))))...... ( -35.90)
>consensus
CGGGCGGUAUGAGCAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGUCGCAAAGAGAGUGGGGCAGCUGCAAGGUAAGAAAUGCGGGUGCCACUUUAAGCUUGCGUCCACAAAAC
..((((.((((((.(((.....))).))))))))))..(((((.(((((.......((((((.(((((..........))))).)))).))......))))))))))..... (-33.16 = -33.84 +   0.68)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	20,185,338 – 20,185,450
Length	112
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.12
Mean single sequence MFE	-44.78
Consensus MFE	-40.46
Energy contribution	-40.70
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.82
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	4.44
SVM RNA-class probability	0.999898
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20185338 112 + 22224390
ACCUUGCACCUACCCCACUCCCUUUGCGACCCACGCGGCGUAUGAGGAAUGCGAAAUUGCUCAUACCGCCCGUGGUCCCGCAUCUGAGCAACUGGGUGACAGUUGAUUUGCC
.....(((.........(((....((((..(((((.((((((((((.(((.....))).)))))).)))))))))...))))...)))((((((.....))))))...))). ( -42.50)
>DroSec_CAF1 6997 111 + 1
ACCUUGCAGCUGCCCUGC-CUCUUUGCGGCCCACGCGGCGUAUGAGGAAUGCGAAAUUACUCAUACCGCCCGUGGUCCCGCAUCUGAGCAACUGGGUGACAGUUGAUUUGCC
......((((((((((((-.((..(((((.(((((.((((((((((.(((.....))).)))))).)))))))))..)))))...)))))...)))...))))))....... ( -47.00)
>DroSim_CAF1 6564 112 + 1
ACCUUGCAGCUGCCCCACUCUCUUUGCGACCCACGCGGCGUAUGAGGAAUGCGAAAUUGCUCAUACCGCCCGUGGUCCCGCAUCUGAGCAACUGGGUGACAGUUGAUUUGCC
......(((((((((((..(((..((((..(((((.((((((((((.(((.....))).)))))).)))))))))...))))...)))....)))).).))))))....... ( -48.10)
>DroEre_CAF1 7277 111 + 1
ACCUUGCAGUUG-CCCACUCCCCUUGCAACCCACGCGGCGUAUGAGGAAUGCGAAAUUGCUCAUACCGCCCGUGGUCCCGCAUCUGAGCAACUGGGUGACAGUUGAUUUGCC
........((..-(((((((....(((...(((((.((((((((((.(((.....))).)))))).)))))))))....)))...)))....))))..))............ ( -42.00)
>DroYak_CAF1 6224 112 + 1
CCCUGGCAGUGCCCCCAUUCUGCUUGCGACCCACGCGGCGUAUGAGGAAUGCGAAAUUGCUCAUACCGCCCGUGGUCCCGCAUCUGAGCAACUGGGUGACAGUUGAUUUGCC
....(((((........(((....((((..(((((.((((((((((.(((.....))).)))))).)))))))))...))))...)))((((((.....))))))..))))) ( -44.30)
>consensus
ACCUUGCAGCUGCCCCACUCUCUUUGCGACCCACGCGGCGUAUGAGGAAUGCGAAAUUGCUCAUACCGCCCGUGGUCCCGCAUCUGAGCAACUGGGUGACAGUUGAUUUGCC
.....(((.........(((....((((..(((((.((((((((((.(((.....))).)))))).)))))))))...))))...)))((((((.....))))))...))). (-40.46 = -40.70 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	20,185,338 – 20,185,450
Length	112
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.12
Mean single sequence MFE	-45.40
Consensus MFE	-40.18
Energy contribution	-40.50
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.00
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.52
SVM RNA-class probability	0.994888
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20185338 112 - 22224390
GGCAAAUCAACUGUCACCCAGUUGCUCAGAUGCGGGACCACGGGCGGUAUGAGCAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGUCGCAAAGGGAGUGGGGUAGGUGCAAGGU
.(((......(((.(.((((.((.((....(((((..(((((((((.((((((.(((.....))).)))))))))).))))).))))).)).)).)))))))).)))..... ( -43.30)
>DroSec_CAF1 6997 111 - 1
GGCAAAUCAACUGUCACCCAGUUGCUCAGAUGCGGGACCACGGGCGGUAUGAGUAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGCCGCAAAGAG-GCAGGGCAGCUGCAAGGU
((((.......))))((((((((((((.(.(((((..(((((((((.((((((.(((.....))).)))))))))).))))).))))).....-.).)))))))))...))) ( -47.30)
>DroSim_CAF1 6564 112 - 1
GGCAAAUCAACUGUCACCCAGUUGCUCAGAUGCGGGACCACGGGCGGUAUGAGCAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGUCGCAAAGAGAGUGGGGCAGCUGCAAGGU
((((.......))))((((((((((((...(((((..(((((((((.((((((.(((.....))).)))))))))).))))).))))).........)))))))))...))) ( -44.80)
>DroEre_CAF1 7277 111 - 1
GGCAAAUCAACUGUCACCCAGUUGCUCAGAUGCGGGACCACGGGCGGUAUGAGCAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGUUGCAAGGGGAGUGGG-CAACUGCAAGGU
((((.......))))(((((((((((((..(((((..(((((((((.((((((.(((.....))).)))))))))).))))).))))).......))))-))))))...))) ( -43.90)
>DroYak_CAF1 6224 112 - 1
GGCAAAUCAACUGUCACCCAGUUGCUCAGAUGCGGGACCACGGGCGGUAUGAGCAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGUCGCAAGCAGAAUGGGGGCACUGCCAGGG
((((.......((((.((((.(((((....(((((..(((((((((.((((((.(((.....))).)))))))))).))))).))))))))))..)))))))).)))).... ( -47.70)
>consensus
GGCAAAUCAACUGUCACCCAGUUGCUCAGAUGCGGGACCACGGGCGGUAUGAGCAAUUUCGCAUUCCUCAUACGCCGCGUGGGUCGCAAAGAGAGUGGGGCAGCUGCAAGGU
((((.......))))((((((((((((...(((((..(((((((((.((((((.(((.....))).)))))))))).))))).))))).........)))))))))...))) (-40.18 = -40.50 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

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