Locus 8083

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	20,120,257 – 20,120,411
Length	154
Max. P	0.617492

overview

Window 9

Location	20,120,257 – 20,120,371
Length	114
Sequences	4
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.22
Mean single sequence MFE	-45.46
Consensus MFE	-28.74
Energy contribution	-31.30
Covariance contribution	2.56
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.68
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.543082
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20120257 114 + 22224390
UUGGGUGGCCUUGGGGCUGGGACCGCUUCCUCCACUCUCGCUCACGCUCUACGAUCCACGCUCCACUCUGGCCUAGGCACUUUUGGAGUGGGGCUAGGGUUCCAGCUCCAGCUC
......(((..(((((((((((((.((..(((((((((.((....))............(((((.....))....)))......)))))))))..)))))))))))))))))). ( -47.40)
>DroSec_CAF1 22123 107 + 1
UUGGGUGGCCUUGGGGCUGGG----CUCCCUCCACGCUC---CACGCUCUACGAUCCAUGCUCUACUCUGGGCUAGGCACUUUUGGUGUGGGGCUAGGGUUCCAGCUCCAGCUC
......(((..((((((((((----..((((....((((---((((((.......((..((((......))))..)).......)))))))))).)))).))))))))))))). ( -48.54)
>DroEre_CAF1 17025 98 + 1
UUGGGUGGCCCUGGGGCUGGGAGCG----CUCCC--C-----CACGCUCUCCAAUCCCCGCUCCACUCUGGACUAGGCGCUGUUGGAGUUG-----GGGUUCCAGCUGGGGUUC
......((((((..(((((((((((----.....--.-----..)))))...((((((.(((((((..((.......))..).)))))).)-----))))))))))))))))). ( -40.50)
>DroYak_CAF1 1052 105 + 1
UUGGGUGGCCUUGGGGCUGGGACCG----CUCCC--CUU---CACGCUCUCCGAUUUACGCUCCACUCCGGACUAGGUACUUUUGGAGUGGGGCUAGGGUUUCAGCUCCAGCUC
......(((..((((((((..((((----(....--...---...))............(((((((((((((.........)))))))))))))...)))..))))))))))). ( -45.40)
>consensus
UUGGGUGGCCUUGGGGCUGGGACCG____CUCCA__CUC___CACGCUCUACGAUCCACGCUCCACUCUGGACUAGGCACUUUUGGAGUGGGGCUAGGGUUCCAGCUCCAGCUC
..((....))((((((((((((((....................((.....))......(((((((((((((.........)))))))))))))...))))))))))))))... (-28.74 = -31.30 +   2.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	20,120,294 – 20,120,411
Length	117
Sequences	4
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.65
Mean single sequence MFE	-39.50
Consensus MFE	-23.27
Energy contribution	-25.15
Covariance contribution	1.88
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.17
SVM RNA-class probability	0.617492
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20120294 117 + 22224390
UCGCUCACGCUCUACGAUCCACGCUCCACUCUGGCCUAGGCACUUUUGGAGUGGGGCUAGGGUUCCAGCUCCAGCUCCAGCUCCAGCUAUAGCUACGGCUACGAAUUAGAGUGCCAC
.......(((((((.(((((..((((((((((.((....))......))))))))))..)))))..((((..(((....)))..)))).((((....)))).....))))))).... ( -43.70)
>DroSec_CAF1 22156 102 + 1
UC---CACGCUCUACGAUCCAUGCUCUACUCUGGGCUAGGCACUUUUGGUGUGGGGCUAGGGUUCCAGCUCCAGCUCCGG------------CUACGACUACGAAUUAGAGUGCCAC
..---.................((((......))))..((((((((((((.(((((((.((((....)))).))))))))------------)))((....))....)))))))).. ( -32.70)
>DroEre_CAF1 17056 101 + 1
-----CACGCUCUCCAAUCCCCGCUCCACUCUGGACUAGGCGCUGUUGGAGUUG-----GGGUUCCAGCUGGGGUUCCAGCUCCAGCU------ACCGCUACGAAUUAGAGUGCCAC
-----..((((((...........(((.....)))...((((..((((((((((-----(((..((....))..))))))))))))).------..)))).......)))))).... ( -41.50)
>DroYak_CAF1 1083 114 + 1
UU---CACGCUCUCCGAUUUACGCUCCACUCCGGACUAGGUACUUUUGGAGUGGGGCUAGGGUUUCAGCUCCAGCUCCAGCUACGGCUACGACUACGGCUACGAAUUAGAGUGCCAC
..---...((.(((..((((..(((((((((((((.........)))))))))))))...((((..((((..(((....)))..))))..))))........))))..))).))... ( -40.10)
>consensus
UC___CACGCUCUACGAUCCACGCUCCACUCUGGACUAGGCACUUUUGGAGUGGGGCUAGGGUUCCAGCUCCAGCUCCAGCUCCAGCU____CUACGGCUACGAAUUAGAGUGCCAC
.......((((((..(((((..(((((((((((((.........)))))))))))))..)))))..((((..(((....)))..))))...................)))))).... (-23.27 = -25.15 +   1.88)

alignment

secondary structure

dotplot

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