Locus 8056

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	20,087,772 – 20,087,928
Length	156
Max. P	0.946764

overview

Window 0

Location	20,087,772 – 20,087,869
Length	97
Sequences	5
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.84
Mean single sequence MFE	-35.86
Consensus MFE	-24.76
Energy contribution	-24.72
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.93
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	1.01
SVM RNA-class probability	0.899077
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20087772 97 - 22224390
AUGUGCA-G----UAUAUACAGCUUUGAUGUGGCCUGUGUGCACACGCCACACAUGUGAGUGUG--UGCAAAAGGAUCUAAUCGAAUGCAAGGGAUA-AUAUGCA
...((((-.----(((.....((((((((....(((...((((((((((((....))).)))))--))))..))).....)))))).)).....)))-...)))) ( -35.00)
>DroSec_CAF1 10205 97 - 1
AGGUGCA-G----UAUAUACAGCUUUGAUGUGGCCUGUGUGCACACGCCACACAUGUGAGUGUG--UGCGAAAGGAUCUAAUCGAAUGCAAGGGAUA-AUAUGCA
...((((-.----(((.....((((((((....(((...((((((((((((....))).)))))--))))..))).....)))))).)).....)))-...)))) ( -34.30)
>DroSim_CAF1 12500 97 - 1
AGGUGCA-G----UAUAUACAGCUUUGAUGUGGACUGUGUGCACACGCCACACAUGUGAGUGUG--UGCGAAAGGAUCUAAUCGAAUGCAAGGGAUA-AUAUGCA
...((((-.----(((.....((((((((.((((((...((((((((((((....))).)))))--))))...)).)))))))))).)).....)))-...)))) ( -33.70)
>DroEre_CAF1 8724 98 - 1
AUGUGCAAG----UAUAUACAGCUUUGAUGUGGCCUGUGUGCACACACCACACAUGUGAGUGUG--UGCGCAAGGACCUAAUCGAAUGCAAAGGAUA-AUAUGCA
...((((..----(((.....((((((((..(((((.((((((((((((((....))).)))))--))))))))).))..)))))).)).....)))-...)))) ( -39.60)
>DroYak_CAF1 9481 105 - 1
AUGUGCAAGUAUGUACAUACAGCUUUGAUGUGGCCUGUGUGCACACGCCACACAUGUGAGUGUGUGUGCGAAAGGAUCUAAUCGAAUGCAAAGGACAUGUAUGUA
(((((((.((((....)))).((((((((....(((.((..((((((((((....))).)))))))..))..))).....)))))).))........))))))). ( -36.70)
>consensus
AUGUGCA_G____UAUAUACAGCUUUGAUGUGGCCUGUGUGCACACGCCACACAUGUGAGUGUG__UGCGAAAGGAUCUAAUCGAAUGCAAGGGAUA_AUAUGCA
...((((......(((.....((((((((..(((((...((((((((((((....))).)))))..))))..))).))..)))))).)).....)))....)))) (-24.76 = -24.72 +  -0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	20,087,804 – 20,087,903
Length	99
Sequences	5
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.96
Mean single sequence MFE	-29.74
Consensus MFE	-18.73
Energy contribution	-20.64
Covariance contribution	1.91
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.34
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.756764
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20087804 99 + 22224390
UUUGCA--CACACUCACAUGUGUGGCGUGUGCACACAGGCCACAUCAAAGCUGUAUAUA----C-UGCACAUACAUAUGUAUGUAUGUAUAUGUACUCGGUUGGGC
..((((--(((.(.(((....)))).))))))).....(((.((.(..((.((((((((----(-...((((((....))))))..)))))))))))..).))))) ( -32.40)
>DroSec_CAF1 10237 97 + 1
UUCGCA--CACACUCACAUGUGUGGCGUGUGCACACAGGCCACAUCAAAGCUGUAUAUA----C-UGCACCUACAUAUG--UGUAUGUAUAUGUACUCGGUUGGGC
...(((--(((.(.(((....)))).))))))......(((.((.(..((.((((((((----(-(((((........)--)))).)))))))))))..).))))) ( -30.60)
>DroSim_CAF1 12532 97 + 1
UUCGCA--CACACUCACAUGUGUGGCGUGUGCACACAGUCCACAUCAAAGCUGUAUAUA----C-UGCACCUACAUAUG--UGUACGUAUAUGUAAUCGCUCGGGU
...(((--(((.(.(((....)))).))))))...........(((..(((((((((((----(-(((((........)--)))).)))))))))...)))..))) ( -27.30)
>DroEre_CAF1 8756 88 + 1
UGCGCA--CACACUCACAUGUGUGGUGUGUGCACACAGGCCACAUCAAAGCUGUAUAUA----CUUGCACAUA------------UGUAUUGGUAUUCGGUCGGGC
((.(((--(((((.(((....))))))))))).))..((((..(((((.((((((....----..))))....------------.)).)))))....)))).... ( -27.80)
>DroYak_CAF1 9514 99 + 1
UUCGCACACACACUCACAUGUGUGGCGUGUGCACACAGGCCACAUCAAAGCUGUAUGUACAUACUUGCACAUAUA-------GUAUGUAUAUGUAUUCGGUCGGGC
...((((((.(((.(....).)))..)))))).....(((((((.......)))(((((((((((.........)-------))))))))))......)))).... ( -30.60)
>consensus
UUCGCA__CACACUCACAUGUGUGGCGUGUGCACACAGGCCACAUCAAAGCUGUAUAUA____C_UGCACAUACAUAUG__UGUAUGUAUAUGUACUCGGUCGGGC
............(((....(((((((.(((....))).)))))))....................((((.((((((((....)))))))).)))).......))). (-18.73 = -20.64 +   1.91)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	20,087,804 – 20,087,903
Length	99
Sequences	5
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.96
Mean single sequence MFE	-32.74
Consensus MFE	-21.04
Energy contribution	-22.66
Covariance contribution	1.62
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-3.01
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	1.37
SVM RNA-class probability	0.946764
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20087804 99 - 22224390
GCCCAACCGAGUACAUAUACAUACAUACAUAUGUAUGUGCA-G----UAUAUACAGCUUUGAUGUGGCCUGUGUGCACACGCCACACAUGUGAGUGUG--UGCAAA
(((((.(.((((..((((((.(((((((....)))))))..-)----)))))...)))).).)).))).....((((((((((((....))).)))))--)))).. ( -37.80)
>DroSec_CAF1 10237 97 - 1
GCCCAACCGAGUACAUAUACAUACA--CAUAUGUAGGUGCA-G----UAUAUACAGCUUUGAUGUGGCCUGUGUGCACACGCCACACAUGUGAGUGUG--UGCGAA
..........((((...((((((..--..)))))).)))).-(----(((((((.((..((.((((((.(((....))).)))))))).))..)))))--)))... ( -32.40)
>DroSim_CAF1 12532 97 - 1
ACCCGAGCGAUUACAUAUACGUACA--CAUAUGUAGGUGCA-G----UAUAUACAGCUUUGAUGUGGACUGUGUGCACACGCCACACAUGUGAGUGUG--UGCGAA
......(((.((((((((.......--.)))))))).))).-.----...((((((((.......)).))))))(((((((((((....))).)))))--)))... ( -32.80)
>DroEre_CAF1 8756 88 - 1
GCCCGACCGAAUACCAAUACA------------UAUGUGCAAG----UAUAUACAGCUUUGAUGUGGCCUGUGUGCACACACCACACAUGUGAGUGUG--UGCGCA
(((.......((((...(((.------------...)))...)----)))..(((.......))))))...((((((((((((((....))).)))))--)))))) ( -27.40)
>DroYak_CAF1 9514 99 - 1
GCCCGACCGAAUACAUAUACAUAC-------UAUAUGUGCAAGUAUGUACAUACAGCUUUGAUGUGGCCUGUGUGCACACGCCACACAUGUGAGUGUGUGUGCGAA
.......((.((((((((.(((((-------(.((((((((....)))))))).))...((.((((((.(((....))).)))))))))))).)))))))).)).. ( -33.30)
>consensus
GCCCGACCGAAUACAUAUACAUACA__CAUAUGUAUGUGCA_G____UAUAUACAGCUUUGAUGUGGCCUGUGUGCACACGCCACACAUGUGAGUGUG__UGCGAA
.............((((((((((......))))))))))...........((((((((.......)).))))))(((((((((((....))).)))))..)))... (-21.04 = -22.66 +   1.62)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	20,087,837 – 20,087,928
Length	91
Sequences	5
Columns	103
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	73.12
Mean single sequence MFE	-31.52
Consensus MFE	-13.67
Energy contribution	-16.46
Covariance contribution	2.79
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.03
Structure conservation index	0.43
SVM decision value	1.13
SVM RNA-class probability	0.919859
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20087837 91 + 22224390
CAGGCCACAUCAAAGCUGUAUAUA----C-UGCACAUACAUAUGUAUGUAUGUAUAUGUACUCGGUUGGGCGGUGGCCGUGGGCGUGGCAGCUGUG-------
..((((((.((((....(((((((----.-(((((((((....))))))..))))))))))....))))...))))))...(((......)))...------- ( -32.10)
>DroSec_CAF1 10270 83 + 1
CAGGCCACAUCAAAGCUGUAUAUA----C-UGCACCUACAUAUG--UGUAUGUAUAUGUACUCGGUUGGGCGGGGGCUGGGGGCGUGGCC-------------
..((((((.((..((((.((((((----(-(((((........)--)))).)))))))..((((......))))))))..))..))))))------------- ( -31.60)
>DroSim_CAF1 12565 83 + 1
CAGUCCACAUCAAAGCUGUAUAUA----C-UGCACCUACAUAUG--UGUACGUAUAUGUAAUCGCUCGGGUGUGGUCUCGGGGCUUGGCC-------------
.((.(((((((..(((((((((((----(-(((((........)--)))).)))))))))...)))..))))))).))...(((...)))------------- ( -26.50)
>DroEre_CAF1 8789 85 + 1
CAGGCCACAUCAAAGCUGUAUAUA----CUUGCACAUA------------UGUAUUGGUAUUCGGUCGGGCGG-CACUGGGGGCGUGGCAGCCG-GGGUGGCA
...(((((......((((.((((.----..((((....------------))))...)))).))))(.((((.-(((.......))).).))).-).))))). ( -26.90)
>DroYak_CAF1 9549 95 + 1
CAGGCCACAUCAAAGCUGUAUGUACAUACUUGCACAUAUA-------GUAUGUAUAUGUAUUCGGUCGGGCGG-GACUGGGGGCGUGGCAGCUGUGGGUGGCA
...(((((.(((.(((((((((((((((((.........)-------))))))))))((.(((((((......-))))))).))...)))))).)))))))). ( -40.50)
>consensus
CAGGCCACAUCAAAGCUGUAUAUA____C_UGCACAUACAUAUG__UGUAUGUAUAUGUACUCGGUCGGGCGG_GACUGGGGGCGUGGCAGC_G_G_______
...(((((.((...................((((.((((((((....)))))))).))))(((((((.......))))))))).))))).............. (-13.67 = -16.46 +   2.79)

alignment

secondary structure

dotplot

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