| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 20,071,228 – 20,071,322 |
| Length | 94 |
| Max. P | 0.658121 |
| Location | 20,071,228 – 20,071,322 |
|---|---|
| Length | 94 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.68 |
| Mean single sequence MFE | -19.87 |
| Consensus MFE | -14.24 |
| Energy contribution | -14.18 |
| Covariance contribution | -0.06 |
| Combinations/Pair | 1.10 |
| Mean z-score | -1.39 |
| Structure conservation index | 0.72 |
| SVM decision value | 0.26 |
| SVM RNA-class probability | 0.658121 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 20071228 94 - 22224390 --GGGAC--AUUCACUAUAUUGCAUACACAAGCUGCAAUAAAAAAUUCAGCCCACGUCCCGAGCACUUAUUGAUACGUGAGCAUAGAUGACACACA----------------------AU --.....--..(((((((((((((.........))))))).........((.(((((..(((.......)))..))))).)).))).)))......----------------------.. ( -18.00) >DroPse_CAF1 9304 118 - 1 CAGGGAC--AUCCACUAUUGUGCAUAUACAAACUGUAAUAAAAAAUUCAGUCCACGUCUCAAGCACUUAUUGAUACGUGAGCAUAGAUGACAUACACAUGCUCGUACUCACCCUCCUACU .((((..--........((((((........((((.(((.....))))))).(((((.((((.......)))).))))).))))))(((((((....))).)))).....))))...... ( -25.10) >DroSec_CAF1 7857 94 - 1 --GCGAC--AUUCACUAUUGUGCAUACACAAGCUGCAAUAAAAAAUUCAGCCCACGUCCCGAGCACUUAUUGAUACGUGAGCAUAGAAGACACACA----------------------AU --.....--.....((.((((((........((((.(((.....))))))).(((((..(((.......)))..))))).)))))).)).......----------------------.. ( -18.60) >DroEre_CAF1 7231 94 - 1 --GGGAC--AUUCACUAUUGUGCAUACAGAAGCUGCAAUAAAAAAUUCAGCCCACGUCCCGAGCACUUAUUGAUACGUGAGCAUAGAUGACACACA----------------------AU --(((((--...(((....))).........((((.(((.....)))))))....)))))......(((((.((.(....).)).)))))......----------------------.. ( -18.30) >DroAna_CAF1 12160 96 - 1 --GGGACAUAUUCACUAUUGUGCAUACACAAACUCUAAUAAAAAAUUCAGUCCACGUCUGGAGCACUUAUUGAUACGUGAGCAUAGAUGACACACA----------------------CU --.((((..........(((((....))))).....(((.....)))..)))).(((((((..(((..........)))..).)))))).......----------------------.. ( -15.70) >DroPer_CAF1 8038 118 - 1 UAGGGAC--AUCCACUAUUGUGCAUAUACAAACUGUAAUAAAAAAUUCAGUCCACGUCUCAAGCACUUAUUGAUACGUGAGCAUAGAUGACAUACACAUGCUCGUACUCACACUCCUACU (((((..--........((((((........((((.(((.....))))))).(((((.((((.......)))).))))).))))))(((((((....))).))))........))))).. ( -23.50) >consensus __GGGAC__AUUCACUAUUGUGCAUACACAAACUGCAAUAAAAAAUUCAGCCCACGUCCCGAGCACUUAUUGAUACGUGAGCAUAGAUGACACACA______________________AU .................((((((........((((.(((.....))))))).(((((..(((.......)))..))))).)))))).................................. (-14.24 = -14.18 + -0.06)
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