Locus 8043

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 20,002,377 – 20,002,497
Length 120
Max. P 0.802281
window13199 window13200

overview

Window 9

Location 20,002,377 – 20,002,497
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.83
Mean single sequence MFE -46.23
Consensus MFE -23.64
Energy contribution -24.50
Covariance contribution 0.86
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.11
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.62
SVM RNA-class probability 0.802281
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20002377 120 + 22224390
UGUCGCUGGUGUAGCCGCCAUACUCGCAGCCGGCGUCCAUCAGCACGAGAUCCUGCUGACCCAACAACUGGCUGUUGGCCACGUAGUGGAUCACCGUGGCGUUUUUACCGGCAGCCACCA
.((.(((((((.((.((((((.((.((((((((.((...((((((.(....).))))))....))..)))))))).))((((...))))......)))))).)).))))))).))..... ( -46.60)
>DroVir_CAF1 1788 120 + 1
UGUCGCUGGUAUAGCCGCCGUAUUCGCAGCCGGCAUCCAUCAGCAGCAGCUCCUGCGGCUGCAGCAACUGUGUGUUGUUCACAUAGUGUAUAACGGUGGCAUUUUUGCCGGCGGCCACCA
.((((((((((..((((((((....((((((.((........)).((((...)))))))))).(((.(((((((.....))))))))))...)))))))).....))))))))))..... ( -60.40)
>DroPse_CAF1 1826 120 + 1
UGUCGCUGGUGUAUCCGCCGUACUCGCAGCCAGCAUCCAUGAGGACCAGAUCUUGCGGCUGCAACAGCUGGCUGUUGUCCACAUAGUGGAUGAUGGUGGCAUUGCGACCGGCGGCCACAA
.((((((((((((.(((((((....(((((((((.(((....))).......((((....))))..))))))))).((((((...)))))).)))))))...))).)))))))))..... ( -56.20)
>DroWil_CAF1 1773 120 + 1
UAUCACUCGUAUAGCCGCCGUACUCACAGCCAGCGUCCAUGAGAACCAAAUCCUUUGGCUGCAAUAACUGUGUAUUGUUCACAUAAUGGAUAAUUGUGGCAUUUUUGCCGGCAGCAACGA
......((((...((.(((.....(((((...(((.(((.(((.........)))))).))).....))))).((((((((.....))))))))...((((....))))))).)).)))) ( -29.80)
>DroMoj_CAF1 1836 120 + 1
UAUCGCUCGUAUAGCCGCCAUAUUCACAGCCCGCAUCCAUCAGCAGCAGCUCCUGCGGCUGCAGAAUCUGUGUGUUGUUCACAUAGUGUAUGACGGUGGCAUUUCGGCCAGCUGCCACAA
........((...((((((.......(((((.((........)).((((...)))))))))((....(((((((.....)))))))....))..)))))).....(((.....))))).. ( -39.60)
>DroAna_CAF1 1777 120 + 1
UGUCGCUGGUGUAGCCGCCGUACUCGCAGCCGGCGUCCAUCAGCACCAUGUCCUGCACCCCCACGACUUGAUUAUUGGUCACGUAGUGGAUGAUGGUGGCGUUCCGGCCGGAGGCUACCA
.((((((((((..(((((.((....)).).))))...)))))))................((((.((.((((.....)))).)).))))..)))((((((.((((....)))))))))). ( -44.80)
>consensus
UGUCGCUGGUAUAGCCGCCGUACUCGCAGCCGGCAUCCAUCAGCACCAGAUCCUGCGGCUGCAACAACUGUGUGUUGUUCACAUAGUGGAUGACGGUGGCAUUUCGGCCGGCGGCCACCA
....((((((...((((((((....((.....))((((((..(((........)))....((((((......)))))).......)))))).))))))))......))))))........ (-23.64 = -24.50 +   0.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 20,002,377 – 20,002,497
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.83
Mean single sequence MFE -45.80
Consensus MFE -25.56
Energy contribution -25.73
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.35
SVM RNA-class probability 0.698512
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 20002377 120 - 22224390
UGGUGGCUGCCGGUAAAAACGCCACGGUGAUCCACUACGUGGCCAACAGCCAGUUGUUGGGUCAGCAGGAUCUCGUGCUGAUGGACGCCGGCUGCGAGUAUGGCGGCUACACCAGCGACA
((((((((((((.((....(((..(((((.(((.........(((((((....)))))))(((((((.(....).)))))))))))))))...)))..)))))))))..)))))...... ( -54.10)
>DroVir_CAF1 1788 120 - 1
UGGUGGCCGCCGGCAAAAAUGCCACCGUUAUACACUAUGUGAACAACACACAGUUGCUGCAGCCGCAGGAGCUGCUGCUGAUGGAUGCCGGCUGCGAAUACGGCGGCUAUACCAGCGACA
(((((((((((((((....))))..........(((.((((.....)))).)))...(((((((((((......))))....((...))))))))).....)))))))..))))...... ( -46.80)
>DroPse_CAF1 1826 120 - 1
UUGUGGCCGCCGGUCGCAAUGCCACCAUCAUCCACUAUGUGGACAACAGCCAGCUGUUGCAGCCGCAAGAUCUGGUCCUCAUGGAUGCUGGCUGCGAGUACGGCGGAUACACCAGCGACA
..(((.((((((.(((((..((((....((((((...((.(((((((((....))))).(((.(....)..))))))).)))))))).)))))))))...))))))...)))........ ( -50.80)
>DroWil_CAF1 1773 120 - 1
UCGUUGCUGCCGGCAAAAAUGCCACAAUUAUCCAUUAUGUGAACAAUACACAGUUAUUGCAGCCAAAGGAUUUGGUUCUCAUGGACGCUGGCUGUGAGUACGGCGGCUAUACGAGUGAUA
((((.((((((((((....))))((............((....))...((((((((..((..(((..(((......)))..)))..)))))))))).))..))))))...))))...... ( -39.30)
>DroMoj_CAF1 1836 120 - 1
UUGUGGCAGCUGGCCGAAAUGCCACCGUCAUACACUAUGUGAACAACACACAGAUUCUGCAGCCGCAGGAGCUGCUGCUGAUGGAUGCGGGCUGUGAAUAUGGCGGCUAUACGAGCGAUA
..((((((.(.....)...))))))(((((((.....((....))...(((((...(((((.((((((.((...)).))).))).))))).)))))..)))))))(((.....))).... ( -40.80)
>DroAna_CAF1 1777 120 - 1
UGGUAGCCUCCGGCCGGAACGCCACCAUCAUCCACUACGUGACCAAUAAUCAAGUCGUGGGGGUGCAGGACAUGGUGCUGAUGGACGCCGGCUGCGAGUACGGCGGCUACACCAGCGACA
..(((((((((((((((....(((.((((.(((((.((.(((.......))).)).)))))))))(((.((...)).))).)))...))))))).))(.....))))))).......... ( -43.00)
>consensus
UGGUGGCCGCCGGCAAAAAUGCCACCAUCAUCCACUAUGUGAACAACACACAGUUGUUGCAGCCGCAGGAUCUGGUGCUGAUGGACGCCGGCUGCGAGUACGGCGGCUACACCAGCGACA
..((((((((((((......)))...........................((((((..(((.((((((.((...)).))).))).))))))))).......))))))))).......... (-25.56 = -25.73 +   0.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:53:57 2006