Locus 8035

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	19,970,828 – 19,970,952
Length	124
Max. P	0.993655

overview

Window 5

Location	19,970,828 – 19,970,927
Length	99
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	72.94
Mean single sequence MFE	-41.05
Consensus MFE	-17.88
Energy contribution	-17.83
Covariance contribution	-0.05
Combinations/Pair	1.58
Mean z-score	-2.27
Structure conservation index	0.44
SVM decision value	1.47
SVM RNA-class probability	0.956398
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19970828 99 - 22224390
GGUGGAUUGCUGAGGCUGCGGUGGCUGCAGGAAGAUUCGCUGCAGCUGCAGUUGAAUCUGCGGCUGGUG------GUGGUGCGCCUGU---GCCUGCGGCUGGUAGAU
......(((((..(((((((..(((.(((((.....((((..(((((((((......)))))))).)..------))))....)))))---))))))))))))))).. ( -46.80)
>DroPse_CAF1 1456 87 - 1
AGCUGAUGUUUGAGCCUGUGGCGGUUGCAGGAAGAUACGCUGAAGUUGCAGC------------UGGGG------GUGGUGCUGUGGU---GCCUGUGGCUGAUAGAU
.(((.(....).)))((((..((((..((((....(((((((......))))------------....(------(.....)))))..---.))))..)))))))).. ( -25.80)
>DroSec_CAF1 5587 99 - 1
GGUGGAUUGCUGAGGCUGCGGUGGUUGCAGGAAGAUCCGCUGCAGCUGCAGUUGGAUCUGCGGCUGGUG------GUGGUGCGCCUGU---GCCUGCGGCUGGUAGAU
.(..((((((((.(((((((((((...(.....)..))))))))))).))))..))))..).((..((.------(..(.(((....)---)))..).))..)).... ( -47.30)
>DroEre_CAF1 5629 99 - 1
GGUCGAUUGCUGCGGCUGCGGCGGUUGCAGGAAGAUCCGUUGCAGUUGCAGUUGGAUCUGCGGCUGGUG------GUGGUGUGCCUGG---GCCUGCGGCUGGUAGAU
((((((((((((((((((((((((...(.....)..))))))))))))))))..)))).((((((.(.(------((.....)))).)---))).))))))....... ( -45.90)
>DroYak_CAF1 5745 93 - 1
GGUGGAUUGCUGGGACUGCGGAUGUUGCAGGAAGAUUCGUUGC------AGUUGGAACUGCGGCUGGUG------GUGGUGCACCUGU---GGCUGCGGCUGGUAGAU
......((((..(((((((((..(((.......)))...))))------))))....(((((((((..(------(((...))))..)---)))))))))..)))).. ( -32.00)
>DroAna_CAF1 1383 108 - 1
AGUCGGCGACUGCGUCUGCGGCUGCUGCAGAAAGAUGCGUUGCAACUGCAACUGCGGUUGCUGCUGGUGCUGUGGGUGCUGCACUUGCGAGGCCAGGGGCUGGAAAAU
((((((((((((((..(((((.(((((((......))))..))).)))))..)))))))))).(((((..((..((((...))))..))..))))).))))....... ( -48.50)
>consensus
GGUGGAUUGCUGAGGCUGCGGCGGUUGCAGGAAGAUCCGCUGCAGCUGCAGUUGGAUCUGCGGCUGGUG______GUGGUGCGCCUGU___GCCUGCGGCUGGUAGAU
...............((((..((((((((((....((((((((....))))).))).........((((............)))).......)))))))))))))).. (-17.88 = -17.83 +  -0.05)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	19,970,856 – 19,970,952
Length	96
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	72.15
Mean single sequence MFE	-39.53
Consensus MFE	-23.90
Energy contribution	-24.57
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-2.38
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	2.41
SVM RNA-class probability	0.993655
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19970856 96 - 22224390
GUG------GA---GCUGGUUGCUCGGCGUAGAUGGUGGAUUGCUGAGGCUGCGGUGGCUGCAGGAAGAUUCGCUGCAGCUGCAGUUGAAUCUGCGGCUGGUG------GU
((.------((---((.....)))).))......((((((((.(((.((((.....)))).)))...)))))))).(((((((((......)))))))))...------.. ( -40.90)
>DroPse_CAF1 1484 87 - 1
AAG------GGCCGCCUGGCUGUUCGGCAUAGAUAGCUGAUGUUUGAGCCUGUGGCGGUUGCAGGAAGAUACGCUGAAGUUGCAGC------------UGGGG------GU
...------.(((.((..((((((((((.(((....))).(((((...((((..(...)..)))).))))).)))))....)))))------------..)))------)) ( -32.90)
>DroSec_CAF1 5615 96 - 1
GUG------GA---GCUGGUUGCUCGGCGUAGAUGGUGGAUUGCUGAGGCUGCGGUGGUUGCAGGAAGAUCCGCUGCAGCUGCAGUUGGAUCUGCGGCUGGUG------GU
((.------((---((.....)))).)).(((.(.(..((((((((.(((((((((((...(.....)..))))))))))).))))..))))..).))))...------.. ( -43.00)
>DroEre_CAF1 5657 96 - 1
GUG------GA---GCUGGCUGCUCGGCGUAGAUGGUCGAUUGCUGCGGCUGCGGCGGUUGCAGGAAGAUCCGUUGCAGUUGCAGUUGGAUCUGCGGCUGGUG------GU
...------..---((..((((((((((.......)))))..((((((((((((((((...(.....)..)))))))))))))))).......)))))..)).------.. ( -46.20)
>DroYak_CAF1 5773 90 - 1
GUG------GA---GCUGGCUGCUCGGCGUAGAUGGUGGAUUGCUGGGACUGCGGAUGUUGCAGGAAGAUUCGUUGC------AGUUGGAACUGCGGCUGGUG------GU
((.------((---((.....)))).)).........(((((.(((.(((.......))).)))...)))))(((((------(((....)))))))).....------.. ( -29.30)
>DroAna_CAF1 1414 108 - 1
GGGAACUUGUG---GCCGGCUGCUCCGCGUAGAUAGUCGGCGACUGCGUCUGCGGCUGCUGCAGAAAGAUGCGUUGCAACUGCAACUGCGGUUGCUGCUGGUGCUGUGGGU
....(((..((---(((..((((.....)))).(((.(((((((((((..(((((.(((((((......))))..))).)))))..))))))))))))))).))))..))) ( -44.90)
>consensus
GUG______GA___GCUGGCUGCUCGGCGUAGAUGGUGGAUUGCUGAGGCUGCGGCGGUUGCAGGAAGAUCCGCUGCAGCUGCAGUUGGAUCUGCGGCUGGUG______GU
..............(((((((((....(((((.((((.....))))...)))))((((((((((.........))))))))))..........)))))))))......... (-23.90 = -24.57 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:53:45 2006