Locus 8034

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 19,970,552 – 19,970,689
Length 137
Max. P 0.938061
window13183 window13184

overview

Window 3

Location 19,970,552 – 19,970,649
Length 97
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.03
Mean single sequence MFE -38.45
Consensus MFE -24.73
Energy contribution -24.07
Covariance contribution -0.66
Combinations/Pair 1.52
Mean z-score -1.43
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.778520
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19970552 97 + 22224390
GGUCCGCUGGCCCGCGAUCAUCAGGGUCAGUACAAGCCCUACUACCAGUCGGAUGCAGCCAGUGCACCACUGGCGGGACCCAGCGCACCGCUGAUC-----C
(((.(((((((((((.......(((((........))))).....((((.((.((((.....)))))))))))))))..)))))).))).......-----. ( -42.60)
>DroVir_CAF1 738 100 + 1
GGUCCGCUGGCUCGGGAUCAUCAGGGCAUGUACAGGCCGUACUAUCAGUCGGACUUAGUCGGCGCACCGUCAGCUGUGCCCACUCCA--GUGGCCACCUAUG
((.(((((((...((.....)).((((((......((((.((((..((.....))))))))))((.......)).))))))...)))--))))))....... ( -35.30)
>DroGri_CAF1 827 100 + 1
GGUCCGCUGGCUCGCGAUCAUCAGGGCAUAUAUCGUCCAUAUUAUCAAUCGGAUGCCGCCAGUGCCCCAACCGCUAUACCCAGUCCA--AUUGAUGGGUAUG
((..(((((((..((........((((.......)))).....(((.....))))).)))))))..))......((((((((.((..--...)))))))))) ( -31.70)
>DroSec_CAF1 5347 97 + 1
GGUCCGCUGGCCCGCGACCAUCAGGGUCAGUACAAGCCCUACUACCAGUCGGAUGCAGCCAGUGCACCACUGGCGGGACCCGGUGCACCGCUGAUC-----C
(((.((((((((((((.((...(((((........)))))((.....)).)).))).(((((((...))))))))))..)))))).))).......-----. ( -40.20)
>DroEre_CAF1 5383 97 + 1
GGUCCGCUGGCCCGCGACCAUCAGGGCCAGUACAAGCCCUACUACCAGUCGGAUGCCGCCAGUGCAAGGCUCGCGGGACCCGGCGCACCACUGAUC-----C
(((.(((((((((((((((...(((((........)))))....((....)).((((....).))).)).)))))))..)))))).))).......-----. ( -42.70)
>DroYak_CAF1 5484 97 + 1
GGUCCGCUGGCCCGCGACCAUCAGGGCCAGUACAAGCCCUAUUACCAGUCGGAUGCCGCCAGUGCACCACUCGCUGGACCCGGCGCACCACUGAUC-----C
(((..((((((((..(.....).))))))))....))).......((((.(..(((((((((((.......))))))...)))))..).))))...-----. ( -38.20)
>consensus
GGUCCGCUGGCCCGCGACCAUCAGGGCCAGUACAAGCCCUACUACCAGUCGGAUGCAGCCAGUGCACCACUCGCGGGACCCAGCGCACCACUGAUC_____C
(((((((((((..(((.((...(((((........)))))((.....)).)).))).))))))((.......)).)))))((((.....))))......... (-24.73 = -24.07 +  -0.66)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 19,970,592 – 19,970,689
Length 97
Sequences 6
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.40
Mean single sequence MFE -42.43
Consensus MFE -24.14
Energy contribution -23.87
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 1.29
SVM RNA-class probability 0.938061
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19970592 97 - 22224390
GCCAUCAGCAGGCUGGUGGGUAUUUGCAGGUACGGCUGAUG-----GAUCAGCGGUGCGCUGGGUCCCGCCAGUGGUGCACUGGCUGCAUCCGACUGGUAGU
((.(((((..((((((((((....(.(((((((.(((((..-----..))))).)))).))).).)))))))))((((((.....)))))))..))))).)) ( -46.30)
>DroGri_CAF1 867 100 - 1
GCUAGCAAUACAUUGGCUGGUACCUGCACAUAGUGCUGGCCAUACCCAUCAAU--UGGACUGGGUAUAGCGGUUGGGGCACUGGCGGCAUCCGAUUGAUAAU
((((.........((((..((((.........))))..))))((((((((...--..)).))))))))))(((((((((.......)).)))))))...... ( -33.30)
>DroSec_CAF1 5387 97 - 1
GCCAUCAGCAGGCUGGUGGGUAUUUGCAAGUACGGCUGGUG-----GAUCAGCGGUGCACCGGGUCCCGCCAGUGGUGCACUGGCUGCAUCCGACUGGUAGU
.(((((((....)))))))(((((....))))).((..(((-----(((((((((((((((.((.....))...)))))))).)))).)))).))..))... ( -46.80)
>DroEre_CAF1 5423 97 - 1
GCCAUCAGCAGGCUGGUGGGGACUUGCAGGUACGGCUGGUG-----GAUCAGUGGUGCGCCGGGUCCCGCGAGCCUUGCACUGGCGGCAUCCGACUGGUAGU
.......(((((((.(((((..((.((..((((.(((((..-----..))))).)))))).))..))))).)))).)))((..((((...))).)..))... ( -45.20)
>DroYak_CAF1 5524 97 - 1
GCCAUCAGCAGACUGGUGGGGAUUUGUAGGUACGGCUGGUG-----GAUCAGUGGUGCGCCGGGUCCAGCGAGUGGUGCACUGGCGGCAUCCGACUGGUAAU
.((((((((..(((.(..(....)..).)))...)))))))-----)(((((((((((((((((((((.....))).)).))))).))).)).))))))... ( -39.80)
>DroAna_CAF1 1192 91 - 1
GCCAGCAGGAUGCUGGUGGGUAUUUGCAGAUACUGCUGGUGCGGCGGACCAGCUG-----GGGGUGCC------GGAGCACUUGCCGCAUCCGAUUGGUAGU
(((((..((((((.((..(((....((((...)))).(.(.(((((..((.....-----))..))))------).).))))..))))))))..)))))... ( -43.20)
>consensus
GCCAUCAGCAGGCUGGUGGGUAUUUGCAGGUACGGCUGGUG_____GAUCAGCGGUGCGCCGGGUCCCGCGAGUGGUGCACUGGCGGCAUCCGACUGGUAGU
...........((..((.((....(((..((((.((((((.......)))))).)))).((((((.(........).)).))))..))).)).))..))... (-24.14 = -23.87 +  -0.27)

alignment

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