Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,241,349 – 2,241,461 |
Length | 112 |
Max. P | 0.700884 |
Location | 2,241,349 – 2,241,461 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.99 |
Mean single sequence MFE | -49.92 |
Consensus MFE | -29.42 |
Energy contribution | -29.45 |
Covariance contribution | 0.03 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -1.76 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.35 |
SVM RNA-class probability | 0.700884 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2241349 112 + 22224390 ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGCGUGCGCACCUCCAUUUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAAAAUGGUGGUCGAAGUGGUGGCGCCGG .(((((((((.........))))))))).((.((((....(((((((((((((....))).))).(((((.(((.......))).....)))))..)))))))..)))))). ( -49.80) >DroVir_CAF1 5302 106 + 1 ACUACGCGCUGUCGCUUGAGAUGGGUGGGAGUGCGCACCUCCAUCUCAUGGACGCUGCUCUCGCUCCAUUCGCCAUCGCCCAGCGGCAGAUCGG------GCGUGGCUCCCA .((((((.((((((((.(.((((((..((((((.((((.(((((...))))).).)))...))))))...).)))))..).)))))))).....------))))))...... ( -45.90) >DroPse_CAF1 5162 112 + 1 ACCACCCGCUGCCGCUUCAGGUGGGUGGGGGUGCGCACCUCCAUCUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGCCGCAGUCCAGGGCCACUGUGGCAGCUGUGGUGGCAGCUG .......(((((((((.(((((((((((((((....))))))))...((((((....))).))).))))..((((((((........))))))))..))).))))))))).. ( -57.70) >DroSec_CAF1 4414 112 + 1 ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGCGUGCGCACCUCCAUUUCGUGGACACUGUUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAGAAUGGUGGUCGAAGUGGUGGCGCCGG .((...(((..(((((((..(((((((((((.(.(((..(((((...)))))...))).).))).)))))).)).....(((((.....)))))..)))))))..)))..)) ( -50.70) >DroEre_CAF1 4518 112 + 1 ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGUGUGCGCACCUCCAUUUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAGAAUGGUGGCUGAAGUGGUGGUGCCGG .(((((((((.........)))))))))...((.(((((.(((((((..((((....)))).((((((.(((((.......))).)).))).))).))))))).))))))). ( -51.50) >DroAna_CAF1 5423 112 + 1 ACCACCCGCUGACGCUUCAAGUGGGUGGGAGUGCGGACUUCCAUCUCGUGGACACUGGUCUCACUCCAUUCGGCGUUCUCAGGGAGAAGAGUGGUGGUGCUGGUGGUGGUUG (((((((((...(((.....)))(((((((((....)))))))))..)))).(((..((..((..((((((....(((((...)))))))))))))..))..)))))))).. ( -43.90) >consensus ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGAGUGCGCACCUCCAUCUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAGAAUGGUGGUCGAAGUGGUGGCGCCGG .(((((..(.((((((......(((((((.(((.(.((((((((...)))))....)))).))))))))))(((.......))).....)))))).)....)))))...... (-29.42 = -29.45 + 0.03)
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