Locus 802

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 2,241,349 – 2,241,461
Length 112
Max. P 0.700884
window1299

overview

Window 9

Location 2,241,349 – 2,241,461
Length 112
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.99
Mean single sequence MFE -49.92
Consensus MFE -29.42
Energy contribution -29.45
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.76
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.35
SVM RNA-class probability 0.700884
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2241349 112 + 22224390
ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGCGUGCGCACCUCCAUUUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAAAAUGGUGGUCGAAGUGGUGGCGCCGG
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>DroVir_CAF1 5302 106 + 1
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>DroPse_CAF1 5162 112 + 1
ACCACCCGCUGCCGCUUCAGGUGGGUGGGGGUGCGCACCUCCAUCUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGCCGCAGUCCAGGGCCACUGUGGCAGCUGUGGUGGCAGCUG
.......(((((((((.(((((((((((((((....))))))))...((((((....))).))).))))..((((((((........))))))))..))).))))))))).. ( -57.70)
>DroSec_CAF1 4414 112 + 1
ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGCGUGCGCACCUCCAUUUCGUGGACACUGUUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAGAAUGGUGGUCGAAGUGGUGGCGCCGG
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>DroEre_CAF1 4518 112 + 1
ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGUGUGCGCACCUCCAUUUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAGAAUGGUGGCUGAAGUGGUGGUGCCGG
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>DroAna_CAF1 5423 112 + 1
ACCACCCGCUGACGCUUCAAGUGGGUGGGAGUGCGGACUUCCAUCUCGUGGACACUGGUCUCACUCCAUUCGGCGUUCUCAGGGAGAAGAGUGGUGGUGCUGGUGGUGGUUG
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>consensus
ACCACCCGCUGCCGCUUCAAGUGGGUGGGAGUGCGCACCUCCAUCUCGUGGACACUGGUCUCGCUCCACUCGGCAUUAUCCGCCAGAAUGGUGGUCGAAGUGGUGGCGCCGG
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alignment

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secondary structure

Postscript

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