Locus 8017

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 19,938,702 – 19,938,818
Length 116
Max. P 0.857465
window13160

overview

Window 0

Location 19,938,702 – 19,938,818
Length 116
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.67
Mean single sequence MFE -39.98
Consensus MFE -35.48
Energy contribution -35.32
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.41
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 0.81
SVM RNA-class probability 0.857465
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19938702 116 - 22224390
--CGCUGCUGGUUGGCAAGCGCGGCGCAUUCAUUUGGCCAUAAUGAGGCAACGCUUUGCCAGAAGACGAAACAAGUUAAAAAGCCAGGGAGC--AUUCUGUCCUUGGCCAGAGCUUUGCC
--.(((.(((.((((((((.(((..((.((((((.......))))))))..)))))))))))....................((((((((..--......))))))))))))))...... ( -40.80)
>DroSec_CAF1 52054 116 - 1
--UGUUACUGGUUGGCAAGCGCGGCGCAUUCAUUUGGCCAUAAUGAGGCAACGCUUUGCCAGAAGACGAAACAAGUUAAAAAGCCAGAGAGC--AUUCUGUCCUUGGCCAGAGCUUUGCC
--.....((((((((((((.(((..((.((((((.......))))))))..)))))))))....(((.......)))....))))))(((((--..((((.(....).)))))))))... ( -36.30)
>DroSim_CAF1 44498 116 - 1
--CGUUGCUCGUUGGCAAGCGCGGCGCAUUCAUUUGGCCAUAAUGAGGCAACGCUUUGCCAGAAGACGAAACAAGUUAAAAAGCCAGGGAGC--AUUCUGUCCUUGGCCAGAGCUUUGCC
--((..((((.((((((((.(((..((.((((((.......))))))))..)))))))))))....................((((((((..--......))))))))..))))..)).. ( -40.90)
>DroEre_CAF1 42083 118 - 1
GCUGUUGCUGGUUGGCAAACGCGGCGCAUUCAUUUGGCCAUAAUGAGGCAACGCUUUGCCAGAAGACGAAACAAGUUAAAAAGCCGGGGAGC--AUUCUGUCCUUGGCCAGGGCUUUGCC
((.(((.((..((((((((.(((..((.((((((.......))))))))..))))))))))).))....)))(((((.....((((((((..--......))))))))...))))).)). ( -39.00)
>DroYak_CAF1 43713 120 - 1
GCUGUUGCCGGUUGGCAAACGCGGCGCAUUCAUUUGGCCAUAAUGAGGCAACGCUUUGCCAGAAGACGAAACAAGUUAAAAAGCCAGGGAGCACAUUCUGUCCUUGGCCAGCGCUUUGCC
(((((((.(..((((((((.(((..((.((((((.......))))))))..)))))))))))..).))).............((((((((.((.....))))))))))))))........ ( -42.90)
>consensus
__UGUUGCUGGUUGGCAAGCGCGGCGCAUUCAUUUGGCCAUAAUGAGGCAACGCUUUGCCAGAAGACGAAACAAGUUAAAAAGCCAGGGAGC__AUUCUGUCCUUGGCCAGAGCUUUGCC
..((((.....((((((((.(((..((.((((((.......))))))))..)))))))))))..))))....(((((.....((((((((..........))))))))...))))).... (-35.48 = -35.32 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:53:22 2006