Locus 7858

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	19,571,633 – 19,571,748
Length	115
Max. P	0.797862

overview

Window 9

Location	19,571,633 – 19,571,748
Length	115
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.70
Mean single sequence MFE	-39.42
Consensus MFE	-25.95
Energy contribution	-25.82
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-1.92
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.61
SVM RNA-class probability	0.797862
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19571633 115 + 22224390
---UGCAGAUAAUCGGCAUGCGGCCGCAUCCCUCGCCGCCACCUUGCUACGGUGGCCUCCUGAUCGCCGCCUGGCCCGUCACCAUUGUGCUCAGCAUCAUGGUGCAGUGCUUCAUUAC
---.(((.......(((..(((((.((.......)).((((((.......)))))).........)))))...))).(.((((((.((((...)))).)))))))..)))........ ( -41.10)
>DroVir_CAF1 9652 110 + 1
--------AUACUCAAUAUGAAGCCGCAUCCCAUGCCGCCGCCCUGCUACGGCGGCCUGCUGAUCACCGCCUGGCCCGUGACCAUUGUGAUCAGCAUAAUGGUGCAGUGCUUCAUCAC
--------.........(((((((((((((....(((((((........))))))).((((((((((....(((.......)))..))))))))))....))))).).)))))))... ( -46.00)
>DroPse_CAF1 4977 118 + 1
CGUUGUAGAUACUCAACAUGAGGCCGCAUCCGUUACCGCCUCCGUGCUAUGGGGGCCUCCUGAUAGCCGCCUGGCCCGUGACCAUUGUGCUCAGCAUCAUGGUGCAGUGCUUCAUAAC
.((((........))))((((((((((((..(((((.(((..((.(((((.(((....))).)))))))...)))..)))))....))))...((((....)))).).)))))))... ( -42.20)
>DroGri_CAF1 8622 110 + 1
--------AUACUCAAUAUGAAGCCGCAUCCAUCGCCACCGCCCUGCUAUGGCGGACUGCUAAUCACUGCCUGGCCGGUGACCAUUGUGAUUAGCAUUAUGGUGCAGUGUUUCAUCAC
--------.........(((((((((((.((((.....(((((.......)))))..((((((((((....(((.......)))..))))))))))..))))))).).)))))))... ( -37.40)
>DroMoj_CAF1 9137 110 + 1
--------AUACUGAGCAUGAAGCCGCAUCCGCUGCCACCGCCUUGCUAUGGCGGUCUCUUGAUAACCGCGUGGCCCUUGACCAUUGUGAUCAGCAUCAUGGUGCAGUGCUUCAUCAC
--------.......(.(((((((((((((.(.(((.((((((.......))))))....((((...(((((((.......))).))))))))))).)..))))).).)))))))).. ( -34.10)
>DroAna_CAF1 1675 115 + 1
---CCCAGAUCCUCAGCAUGCGACCGCAUCCGUCGCCACCGCCCUGUUACGGCGGACUCCUGAUCGCCGCCUGGCCCGUCACCAUUGUGUUGAGCAUCAUGGUCCAGUGCUUCAUCAC
---.((((((.(((((((((((((.......)))))..(((((.......))))).....((((.(((....)))..)))).....)))))))).))).)))................ ( -35.70)
>consensus
________AUACUCAACAUGAAGCCGCAUCCGUCGCCACCGCCCUGCUACGGCGGCCUCCUGAUCACCGCCUGGCCCGUGACCAUUGUGAUCAGCAUCAUGGUGCAGUGCUUCAUCAC
.................(((((((((((((.......((((((.......))))))...((((.(((....(((.......)))..))).))))......))))).).)))))))... (-25.95 = -25.82 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	19,571,633 – 19,571,748
Length	115
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.70
Mean single sequence MFE	-44.35
Consensus MFE	-25.97
Energy contribution	-26.47
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.87
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.17
SVM RNA-class probability	0.616592
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 19571633 115 - 22224390
GUAAUGAAGCACUGCACCAUGAUGCUGAGCACAAUGGUGACGGGCCAGGCGGCGAUCAGGAGGCCACCGUAGCAAGGUGGCGGCGAGGGAUGCGGCCGCAUGCCGAUUAUCUGCA---
........((.(((((((((..(((...)))..)))))).)))))...((((.((((..(..((((((.......))))))..)..((.((((....)))).))))))..)))).--- ( -45.60)
>DroVir_CAF1 9652 110 - 1
GUGAUGAAGCACUGCACCAUUAUGCUGAUCACAAUGGUCACGGGCCAGGCGGUGAUCAGCAGGCCGCCGUAGCAGGGCGGCGGCAUGGGAUGCGGCUUCAUAUUGAGUAU--------
...(((((((...(((((....((((((((((..((((.....))))....)))))))))).((((((((......))))))))...)).))).))))))).........-------- ( -55.90)
>DroPse_CAF1 4977 118 - 1
GUUAUGAAGCACUGCACCAUGAUGCUGAGCACAAUGGUCACGGGCCAGGCGGCUAUCAGGAGGCCCCCAUAGCACGGAGGCGGUAACGGAUGCGGCCUCAUGUUGAGUAUCUACAACG
((((((..((.(((.(((((..(((...)))..)))))..)))))..((.((((.......))))))))))))...(((((.(((.....))).)))))..((((........)))). ( -39.60)
>DroGri_CAF1 8622 110 - 1
GUGAUGAAACACUGCACCAUAAUGCUAAUCACAAUGGUCACCGGCCAGGCAGUGAUUAGCAGUCCGCCAUAGCAGGGCGGUGGCGAUGGAUGCGGCUUCAUAUUGAGUAU--------
...(((((...(((((((((..((((((((((..((((.....))))....))))))))))...((((((.((...)).)))))))))).))))).))))).........-------- ( -43.80)
>DroMoj_CAF1 9137 110 - 1
GUGAUGAAGCACUGCACCAUGAUGCUGAUCACAAUGGUCAAGGGCCACGCGGUUAUCAAGAGACCGCCAUAGCAAGGCGGUGGCAGCGGAUGCGGCUUCAUGCUCAGUAU--------
..........((((...(((((.(((((((....((((.....))))(((((((.......))))(((((.((...)).))))).)))))).)))).)))))..))))..-------- ( -38.70)
>DroAna_CAF1 1675 115 - 1
GUGAUGAAGCACUGGACCAUGAUGCUCAACACAAUGGUGACGGGCCAGGCGGCGAUCAGGAGUCCGCCGUAACAGGGCGGUGGCGACGGAUGCGGUCGCAUGCUGAGGAUCUGGG---
(((......)))....(((.(((.((((.(((..((....)).(((..((((((..(....)..)))))).....))).)))(((((.......)))))....)))).)))))).--- ( -42.50)
>consensus
GUGAUGAAGCACUGCACCAUGAUGCUGAUCACAAUGGUCACGGGCCAGGCGGCGAUCAGGAGGCCGCCAUAGCAGGGCGGCGGCAACGGAUGCGGCCUCAUGCUGAGUAU________
...((((....(((((((.((((((((.......((((.....))))..)))).))))....((((((.......))))))......)).)))))..))))................. (-25.97 = -26.47 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

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