| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,568,037 – 19,568,157 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.556787 |
| Location | 19,568,037 – 19,568,157 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 91.61 |
| Mean single sequence MFE | -44.81 |
| Consensus MFE | -39.38 |
| Energy contribution | -39.47 |
| Covariance contribution | 0.09 |
| Combinations/Pair | 1.18 |
| Mean z-score | -1.31 |
| Structure conservation index | 0.88 |
| SVM decision value | 0.05 |
| SVM RNA-class probability | 0.556787 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 19568037 120 + 22224390 CAUUUGGGUGCUGCUGGAGCUAAAGCUGCAGCCGGGCAAUCCGGAAGCCACUCUCAGCCUCAAAUCGCGCUCCGUGGAGGUGGCCAACAUAAUCUUCGCCGCCUACGAGGCCAUCAUCCG ..((((((((((((((.(((....))).))))..))).)))))))...........(((((...(((((...)))))(((((((.............)))))))..)))))......... ( -43.72) >DroSec_CAF1 31972 120 + 1 CAUUUGGGUGCUGCUAGAGCUGAAGCUGCAGCCGGGCAACCCGGAAGCCACUCUCAGCCUCAAAUCGCGCUCCGUGGAGGUGGCCAACAUAAUCUUCGCCGCCUACGAGGCCAUCAUCCG .....(((((.((..((((.((..(((....(((((...))))).)))))))))..(((((...(((((...)))))(((((((.............)))))))..))))))).))))). ( -44.52) >DroEre_CAF1 31768 120 + 1 CAUUUGGGUGCUGCUGGAGCUGAAGCUGCAGCCGGGCAACCCGGAAGCCACCCUCAGCCUCAAAUCGCGCUCCGUGGAGGUGGCCAACAUAAUCUUCGCCGCCUACGAGGCCAUCAUCCG .....(((((((((((.(((....))).))))((((...))))..)).)))))...(((((...(((((...)))))(((((((.............)))))))..)))))......... ( -48.62) >DroWil_CAF1 35417 120 + 1 CAUUUGGGUCCUAUUGGAGCUUAAAUUGCAGCCGGGAAAUCCGGAUGCCACCCUCAGCCUCAAAUCCCGAUCAGUGGAGGUGGCCAAUAUCAUAUUUGCCGCCUACGAGGCCAUCAUACG .((((((((((....))).))))))).(((.((((.....)))).)))........(((((...((((.....).)))((((((.((((...)))).))))))...)))))......... ( -40.00) >DroYak_CAF1 30656 120 + 1 CAUUUGGGUGCUGCUGGAGCUGAAACUGCAGCCGGGCAACCCGGAAGCCACUCUCAGCCUCAAAUCGCGCUCCGUGGAGGUGGCUAACAUCAUUUUCGCUGCCUACGAGGCCAUCAUCCG .....(((((.((.((..(((((....((..(((((...)))))..)).....)))))..))......((..(((..(((..((.............))..))))))..)))).))))). ( -41.82) >DroAna_CAF1 37607 120 + 1 CAUCUGGGUGCUGCUGGAGCUGAAGCUGCAGCCGGGCAACCCGGAUGCCACGCUCAGUCUCAAGUCGCGCUCCGUGGAGGUGGCCAACAUUAUUUUCGCCGCCUACGAGGCCAUCAUCCG .....((((((.(((.(((((((.((.(((.(((((...))))).)))...)))))).))).))).)))).))..((((((((((..........(((.......)))))))))).))). ( -50.20) >consensus CAUUUGGGUGCUGCUGGAGCUGAAGCUGCAGCCGGGCAACCCGGAAGCCACUCUCAGCCUCAAAUCGCGCUCCGUGGAGGUGGCCAACAUAAUCUUCGCCGCCUACGAGGCCAUCAUCCG ..((((((((((((((.(((....))).))))..))).)))))))...........(((((...((((.....))))(((((((.............)))))))..)))))......... (-39.38 = -39.47 + 0.09)
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